2. 소송비용은 원고들이 모두 부담한다.

가. 원고 김AA에 대한 처분 경위

(1) 원고 김AA은 1996. 3. 30.과 5. 15. 두 차례에 걸쳐 성남시 수정구 OO동 000-0 전(田)에 대한 합계 826.46㎡에 해당하는 공유지분(이후 공유물분할로 같은 동 000-0, 000-00, 000-00, 000-00의 공유지분으로 변경되었다. 이하, 위 분할된 토지 지분을 통틀어 '이 사건 제1 토지'라 한다)을 취득하여 소유하다가 2009. 1. 16. 공공용지의 협의취득을 원인으로 한국토지공사에게 양도(1,883,603,740원)하였다.

(2) 이에 원고 김AA은 피고 성남세무서장에게 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 구 조세특례제한법(2010.1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제69조 제1항의 8년 이상 자경 농지 감면규정 및 제77조 제1항 제1호 의 공익사업용 토지 감면규정을 각 적용한 감면신청(감면세액 2억 원)과 함께 198,576,692원을 납부하였다.

(3) 그러나 피고 성남세무서장은 2010. 12. 1. 공익사업용 토지 감면규정은 적용하여 양도소득세 1억 원을 감면하되, 이 사건 제1 토지가 양도 당시 주거지역 편입된 날 부터 3년이 지난 농지에 해당한다는 이유로 8년 이상 자경요건에 따른 양도소득세 감면신청을 거부하고, 2009년 귀속 양도소득세를 304,066,692원(가산세 포함)으로 증액경 정한 후 원고 김AA에게 기납부세액을 공제한 105,490,000원을 추가로 납부・고지하였 다(이하 '이 사건 제1 처분'이라 한다).

나. 원고 김DD에 대한 처분 경위

(1) 원고 김DD은 1996. 2. 21. 성남시 수정구 OO동 000-0 전(田)에 대한 합계 661.16㎡에 해당하는 공유지분(이후 공유물분할로 같은 동 000-0, 000-0, 000-00, 000-00, 000-00, 000-00의 공유지분으로 변경되었다. 이하, 위 분할된 토지 지분을 통 틀어 '이 사건 제2 토지'라 한다)을 취득하여 소유하다가 2009. 2. 20. 공공용지의 협의 취득을 원인으로 한국토지공사에게 양도(1,429,442,600원)하였다.

(2) 이에 원고 김DD은 피고 이천세무서장에게 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 8년 이상 자경 농지 감면규정 및 제77조 제1항 제1호의 공익사업용 토지 감면규정을 각 적용한 감면신청(감면세액 2억 원)과 함께 130,602,578원을 납부하였다.

(3) 그러나 피고 이천세무서장은 2010. 12. 15. 공익사업용 토지 감면규정은 적용하여 양도소득세 75,781,577원을 감면하되, 이 사건 제2토지가 양도 당시 주거지역 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 해당한다는 이유로 8년 이상 자경요건에 따른 양도 소득세 감면신청을 거부하고, 2009년 귀속 양도소득세를 261,640,592원(가산세 포함)으로 증액경정한 후 원고 김DD에게 기납부세액을 공제한 131,038,010원을 추가로 납부・고지하였다(이하 '이 사건 제2 처분'이라 한다)

다. 이 사건 제1, 2 토지의 주거지역 편입 및 택지개발예정지구지정 경위

(1) 경기도지사는 2005. 6. 27. 이 사건 제1. 2 토지(이하 '이 사건 각 토지'라 한다)가 소재한 성남시 수정구 OO동 일원을 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 '국 토계획법'이라 한다) 제30조에 따라 개발제한구역 우선 해제지역으로 자연녹지지역에 서 제1종 일반주거지역으로 결정・고시하였다.

(2) 그 후 건설교통부장관은 2006. 7. 21. 사업시행자를 한국토지공사(한국토지주택공사로 변경)로 하여 이 사건 각 토지가 소재한 성남시 OO동 일원을 비롯한 성남시 복정동, 서울 송파구 거여동・장지동, 하남시 학암동・감이동 일원 6,768,000㎡ 을 택지개발촉진법 제3조와 제7조에 따라 '송파거여택지개발예정지구'로 지정고시하였고, 그 후 '송파거여택지개발예정지구'는 지역적 편향성 등의 사유로 지방자치단체의 의견을 반영하여 '위례택지개발예정지구'로 명칭이 변경되고, 그 면적도 섬처럼 남게 되는 일부 개발제한구역 추가 편입, 지구계 경계측량성과 반영 및 구적오차 정정 등을 이유로 6,788,331㎡로 변경된 후 2008. 8. 5. 택지개발 사업인정고시가 이루어졌다.

(3) 한편 한국토지공사는 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관이다.

라. 전심절차

원고들은 각자 이 사건 제1, 2 처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 5. 4.과 6. 28. 각 기각되었다

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1・2, 갑 제3 내지 5호증, 을 제1 내 지 4호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 첫 번째 주장

원고들은 각자 이 사건 각 토지를 취득한 이래 8년이상 계속 자경하여 왔고, 위 각 토지는 2005. 6. 27. 주거지역으로 지정된 후 다시 2006. 7. 21. 송파거여택지개발 예정지구로 지정되어 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취금 지 등의 제한을 받게 됨에 따라 그 소유자인 원고들은 송파거여택지개발사업의 시행자 인 한국토지공사에게 위 각 토지를 매도하고 보상금을 받는 외에는 달리 처분할 방법이 사실상 없었다. 더구나 당초 송파거여택지개발사업은 2009년까지 택지개발 및 아파트 분양을 모두 마칠 계획이었으나 2008. 8.경 위례택지개발사업으로 사업명칭을 변경하면서 사업준공일이 2014. 12.까지로 연장된 것으로서, 한국토지공사가 당초 송파거여택지개발 사업계획에 따라 이 사건 각 토지를 매입하였다면 원고들은 그 주거지역 편입일인 2005. 6. 27.부터 3년 이내에 위 각 토지를 매도할 수 있어 8년 이상 자경요건에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있었으나 한국토지공사의 위와 같은 사업 또는 보상지연으로 인하여 3년이 경과한 2009. 1. 16.과 2. 20.에서야 이 사건 각 토지를 양도하게 되었다. 비록 이 사건 각 토지는 개발사업의 시행 전에 이미 국토계획법에 의하여 주거 지역으로 편입되기는 하였으나 주거지역으로의 편입시점, 개발사업의 시작시점, 사업시행자의 보상시점이 각 언제인지, 편입시점과 개발사업시점 사이의 시간적 간격이 어떠한지에 따라 자경농지 소유자의 양도소득세 감면여부가 달라진다면 조세형평에 반하는 결과가 생기게 되므로, 주거지역 편입시기가 채 3년(이 사건 각 토지의 경우 1년)이 지나기전에 개발사업이 시행되고 사업시행자의 사업 또는 보상 지연 등으로 위 편입시점으로부터 3년이 지난 시점에 매도된 경우도 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 구 조세 특례제한법 시행령(2009.6.26.대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제66조 제4항 제1호 (나)목이 적용되어야 한다. 그렇다면 원고들은 구 조세특례제한법 시행규칙(2010.4. 20.기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행규칙'이라 한다) 제27조 제4항, 제5항 소정의 '부득이한 사유'로 인하여 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 지나 이 사건 각 토지를 양도한 경우에 해당하므로, 결국 8년 이상 자경요건에 따른 양도소득세 감면규 정이 적용되어야 한다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

(2) 두 번째 주장

설령 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 (나)목, 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항에 의한 8년 이상 자경요건에 따른 양도소득세 감면규정이 적용되지는 않는다고 하더라도, 적어도 원고들에 대하여는 구 조특볍 제69조 제1항 단서에 의하여 이 사건 각 토지가 국토계획법에 의한 주거지역에 편입된 2005. 6. 27.까지 발생한 소득으로서 구 조특볍 시행령 제66조 제7항에 따른 일부 양도소득금액에 대하여는 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 각 처분 중 일부 감면되어야 하는 부분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문은 '농지소재지에 거주하는 거주자가 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지 사이에 8년 이상 자기가 직접 경작한 자경농지의 양도로 인하여 발생하는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다'고 규정하면서, 다만 '양도일 현재 특별시 ・ 광역시(광역시에 있는 군 제외) 또는 시(도 ・ 농복합형태의 시의 읍 ・ 면지역 제외)에 있는 농지중 국토계획법에 의한 주거지역 안에 있는 농지로서 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외'하도록 규정함으로써 양도소득세 감면대상에서 배제하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제66항 제4항 제1호는 그 단서 (나)목에서 '사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토계획법에 따른 주거지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우를 감면배제에서 제외'함으로써 다시 양도소득세 감면대상이 되는 것으로 규정하고 있는데, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제4항은 공공기관이란 '공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관을 말한다'고, 제5항은 부득이한 사유란 '사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다'고 각 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 제69조의 입법취지가 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 조세부담을 감면시켜 주기 위한 규정인 점, 한편 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항은 주거지역에 편입된 농지는 3년 이상 보유하는 경우에는 감면을 배제하되, 3년 이내에 양도하지 못하는 부득이한 경우에는 다시 감면을 해주는 것도 같은 입법취지를 반영한 것인 점, 위 각 규정의 문언 내용 및 그 각 입법취지, 주거지역 편입된 위 부득이한 경우에 해당하는데도 단지 개발사엽의 시행 전후에 따라 감면여부를 달리본다면 형평성의 문제가 발생할 수 있는 점 등을 고려하면, 국토계획법에 따른 주거지역에 편입된 이후 3년이 경과하기 전에 사업시행자가 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행된 경우라도 그 사업 또는 보상을 지연시키는 책임 이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유가 있는 경우에는 그 주거지역으로 편입된 후 3년이 경과하여 양도된 경우라고 하더라도 양도소득세의 감면대상이 된다고 봄이 타당 하다. 그런데 앞서 인정한 사실관계 의하면, 송파거여택지개발예정지구가 위례택지개발예정지구로 명칭이 변경된 것은 지역적 편향성 등의 사유로 지방자치단체의 의견을 반영함에 따른 것이고, 그 면적이 늘어난 것 역시 섬처럼 남게 되는 일부 개발제한구역의 추가 편입, 지구계 경계측량성과 반영 및 구적오차 정정 등에 따른 것일 뿐인데다가 그 후 2008. 8. 5.에 이르러 사업인정고시가 있었음을 알 수 있어 사업 또는 보상을 지연시킨 것이라거나 그 책임이 사업시행자인 한국토지공사에게 있다고 할 수 없고, 달리 이를 인정할 자료도 없으므로, 이 사건 각 토지는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 (나)목, 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제4항, 제5항 소정의 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고들의 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문은 '농지를 취득한 때로부터 양도할 때까지 사이에 8년 이상 직접 경작한 자경농지의 양도로 인하여 발생한 양도소득세를 감면한다'고 규정하면서, 그 단서는 '당해 토지가 국토계획법에 의한 주거지역에 편입된 경우에는 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다'고 각 규정하고 있는데, 그 소득에 관하여 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항은 '[양도소득금액x(주거지역 등에 편입된 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)]의 산식으로 계산한 금액'으로 규정하고 있다. 위 각 규정의 문언내용, 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되면서 신설된 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 그 입법취지가 주거지역에 편입된 농지의 경우 편입일 이후에 지가상승으로 인하여 발생한 양도소득에 대해서까지 감면하는 것은 자경농지 감면규정의 입법취지에 부합하지 아니하여 배제하도록 하는 규정인 점, 따라서 위 단서 규정은 본문의 감면범위를 제한한 것으로서 우선 본문규정의 적용이 전제되는 점 등을 종합하면, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서가 적용되기 위해서는 그 당해 토지가 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면대상 농지임을 전제로 한다 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 토지는 시(市)에 소재하는 농지로서 부득이한 사유 없이 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지나 양도되어 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문에 해당하는 농지로서 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면대상 농지 에 해당하지 않는 이상 위 단서 규정 역시 적용될 수 없다고 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고들의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.