2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 부분에서 설시할 이유는, 제1심 판결 이유 해당란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 실물거래의 존부

(1) 원고의 주장

원고는 건물을 신축하기 위해 지하를 굴착하는 토공사를 전문으로 하는 업체로, 지하를 굴착하여 나온 토사를 처리하기 위해 덤프트럭을 사용해야 한다. 그런데 덤프트럭은 주로 개인사업자들이 이를 소유하면서 지입회사 등에 지입을 하여 운영하기 때문에, 원고와 같은 토공회사는 지입회사 등 중개업자를 통하여 덤프트럭을 사용하고, 그 사용대금은 중개업자가 지정한 계좌로 송금하거나 현금으로 지급하며, 매입세금계산서 역시 덤프트럭 소유자인 개인사업자들로부터 받는 것이 사실상 불가능하여 중개업자가 교부하는 세금계산서를 받게 된다.

원고는 2000. 1. ~ 3. 사이에 원고의 공사현장에서 이 사건 세금계산서 기재 공급가액 338,900,000원(이하 '이 사건 거래대금'이라 한다) 상당의 덤프트럭을 사용하고, 중개업자로부터 ○○중기, ○○중기, ○○중기 명의의 세금계산서를 받았는데, 당시 원고는 중개업자로부터 위 회사들의 사업자등록증, 장비등록증 사본 등을 교부받았기 때문에 위 회사들이 가공 세금계산서를 발행하는 회사라는 사실을 알지 못하였으며, 그 후 2000. 3. ~ 8. 사이에 그 사용대금을 다음 표와 같이 중개업자가 지정한 계좌로 송금하거나 현금 등으로 지급하였다.

순번

거래처

지급내역

일자

금액

지급방법

1

○○중기

00. 5. 31.

10,000,000

계좌입금

2

00. 6. 9.

89,000,000

계좌입금

3

○○중기

00. 6. 9.

73,810,000

계좌입금

4

○○중기

00. 3. 6.

44,500,000

현금지급

5

00. 6. 9.

60,000,000

계좌입금(조○○)

6

00. 6. 21.

30,000,000

현금지급

7

00. 6. 22.

41,518,000

받을 어음의 배서지급

8

00. 7. 15.

10,790,000

계좌입금

9

00. 7. 15.

10,000,000

현금지급

10

00. 8. 31.

3,172,000

현금지급

합계

372,790,000

결국, 이 사건 세금계산서는 비록 실제 공급자가 아닌 자가 발행한 세금계산서이기는 하지만, 원고가 공사현장에서 덤프트럭을 실제로 사용하고 그 대금을 지급한 실물거래는 존재하였다. 위 실물거래가 존재한다는 사실은, 원고가 시행한 공사에 대한 도급계약서, 잔토운반일지, 작업일지 등이 존재하고 실제로 시공이 되었다는 점, 2003. 4. 피고의 세무조사 담당 공무원도 실물거래 사실을 인정하였던 점, 만약 이 사건 거래대금을 공사원가에서 제외한다면 원고의 2000.1.~3.의 소득률이 58%가 되어 표준소득률 7.5%를 크게 초과하고, 2000 사업연도 전체로 보아도 매출액 대비 장비사용료율이 20%밖에 되지 않아 다른 해의 평균 장비사용료율인 30%대에 크게 미달하는 점 등에 비추어 보아도 알 수 있다.

따라서 실물거래에 의한 이 사건 거래대금을 손금에 산입하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 인정사실

(가) 이○○는 ○○중기, ○○중기, ○○중기 등 28개 법인을 위장설립하여 실제 거래사실 없이 가공 매출 • 매입 세금계산서를 수수하는 자료상 행위를 하면서 가공 세금계산서 발행과 관련하여 8~10%의 수수료를 수취하여 왔는데, 사후 세무조사가 있는 경우 가공 세금계산서를 수취한 업체가 소명자료로 활용할 수 있도록 세금계산서 매입 업체가 세금계산서 발행 명의자인 건설중기 법인(○○중기 등) 계좌에 매입 세금계산서 거래금액 상당액을 입금한 후 건설중기 법인의 인감이 날인된 출금전표를 이용하여 다시 출금하는 방식(소위 '통장작업')을 사용하였다.

(나) 이○○는 2000. 9. ○○중기 발행 세금계산서에 관한 자료상 혐의가 적발되었고, 2002. 6.에는 위 28개 업체 전부의 세금계산서에 관한 자료상 혐의가 적발되어 기소되었으며, 그 결과 실질거래 없이 이 사건 세금계산서를 발행하여 원고에게 교부하였다는 내용을 포함한 조세범처벌법위반의 범죄사실 등으로 2003. 11. 21. 유죄판결이 확정되었다.

(다) 한편, 원고는 이○○로부터 1999년 2기분(7월 ~ 12월) 가공 세금계산서를 매수한 후 계좌입금 및 출금의 방식으로 그 수수료 6,836,000원을 지급한 바 있다[원고가 1999년 2기분으로 ○○중기로부터 41,240,000원의 세금계산서를, ○○중기로부터 39,420,000원의 세금계산서를 각 발행받은 후, 2000. 1. 26. ○○중기의 계좌에 45,364,000원을, ○○중기의 계좌에 43,362,000원을 각 입금하였고, 같은 날 ○○중기의 계좌에서 41,878,600원, ○○중기의 계좌에서 40,011,000원이 각 출금되었으며, 한편 이○○가 작성한 거래처 수금내역(을 제4호증의 2)에 원고에 대하여 '입금일자 2000. 1. 26. 매출금액 80,660,000원, 수수료율 8.5%, 수수료 6,856,100원, 결재금액 6,836,000원, 조흥(○○,○○)'라는 취지가 기재되어 있는 점을 종합하면 위와 같은 사실이 인정된다].

(라) 한편, 원고가 위 표 순번 1, 2, 3, 5, 8 기재와 같이 계좌입금한 금원은 즉시 그 대부분의 금액이 출금되었다.

[인정근거] 갑 제49, 50, 57호증, 을 제3 내지 5, 10, 16 내지 24호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

(3) 판단

납세의무자가 신고한 매입세액 또는 필요경비 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 실물거래가 있었고 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면 이 사건 세금계산서는 원고와 ○○중기, ○○중기, ○○중기 사이에 실물거래 없이 발행된 사실을 인정할 수 있으므로(원고는 이 사건 소 제기 전까지는 실물거래의 상대방이 신○○, 김○○, 이○○이라고 주장하다가, 제1심에서는 그 상대방이 ○○중기, ○○중기, ○○중기라고 주장하였고, 당심에서 중개업자를 통하여 개인사업자와 거래한 것이라고 최종적으로 주장을 정리하고 있으므로 ○○중기, ○○중기, ○○중기와 실물거래가 없었다는 점은 이를 자인하고 있는 것으로 보인다), 결국 원고가 실물거래의 존재 및 그 비용지출에 대하여 입증할 책임이 있다고 할 것이다.

그런데 원고는 중개업자를 통하여 거래를 하였고 그 중개업자의 요구에 따라 계좌입금 또는 현금지급 등을 하였다고 주장하면서도 그 중개업자를 특정하거나 밝히지 못하고 있어 결국 원고가 지급하였다고 주장하는 금원을 실제 받은 사람이 누구인지 알 수 없는 점, 원고가 은행계좌로 입금한 금원은 모두 즉시 출금되었고, 이 방식은 원고가 이○○로부터 1999년 2기분 가공 세금계산서를 매입한 후 그 수수료를 지급하는 방식과 유사한 점, 원고가 지급하였다고 주장하는 금원 중 은행계좌로 입금한 금원 이외의 금원에 대하여는 원고가 직접 작성한 장부(갑 제53, 55, 56호증) 외에는 그 지급사실을 인정할 자료가 없는 점, 뒤에서 보는 바와 같이 2003. 4. 세무조사 당시의 담당공무원은 원고가 제출한 신○○, 김○○, 이○○의 거래사실확인서에 기초하여 실물거래가 있었던 것으로 판단하였던 것인데, 그 거래사실확인서가 허위인 점 등을 종합하면, 실제 공사가 시행되었고 소득율 및 장비사용료율 등이 현실적이지 않다는 등 원고가 주장하는 사정만으로는 원고가 이 사건 거래대금에 해당하는 실물거래를 하고 그 대금을 모두 지급하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 피고가 이 사건 거래대금에 상응하는 실물거래를 부인하여 한 손금부인이 위법하다고 할 수 없다.

나. 중복세무조사 여부

(1) 원고는, 국세기본법 제81조의3 제2항은 "세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다."고 규정하고 있는 바, 이 사건 처분은 피고가 2003. 4. 원고에 대하여 실시한 세무조사와 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 세무조사에 의한 것으로 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지한 중복세무조사에 해당하여 위법하다고 주장한다.

(2) 살피건대, 을 제7호증의 2, 을 제10, 12호증의 각 기재, 당심 증인 송○○의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2003. 4.경 원고의 1999 사업연도

및 2000 사업연도 장비사용료 세금계산서에 대하여 조사한 결과, 1999 사업연도에 대해서는 세금계산서 공급가액 581,460,000원 중 535,280,000원이 자료상으로부터 매입된 것으로 밝혀졌으나 장비사용료에 대한 증빙자료가 없어 추계과세를 하였고, 2000 사업연도에 대해서는 원고가 이 사건 거래대금에 관하여 신○○, 김○○, 이○○과 사이에 실질거래가 있었다는 내용의 거래사실확인서를 제출하고, 공사도급계약서 및 실제 공사시공 실적이 존재하는 점 등을 고려하면 이 사건 거래대금에 관하여 실물거래는 있었다고 판단하여 이 사건 거래대금을 손금으로 인정하였던 사실, 그러나 그 후 이○○에 대한 형사판결에서 원고가 2000년도에 이○○로부터 매입한 이 사건 세금계산서가 가공의 세금계산서인 것으로 확정되었고, 이어 ○○지방국세청 감사관실에서 실시한 감사에서 이 사건 세금계산서가 위장거래가 아닌 가공거래라는 혐의가 있다는 이유로 재조사를 지시한 사실, 이에 피고가 2004. 6. 신○○, 김○○, 이○○에 대하여 조사한 결과 원고와 그들 사이의 실지거래사실이 존재하지 않음을 확인하고 이 사건 처분에 이르게 된 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실을 종합하면, 피고가 2004. 6.에 한 세무조사는 이○○에 대한 유죄판결이 확정되고, 신○○ 등의 거래사실확인서가 허위로 밝혀지는 등 원고의 법인세 추가 탈루 혐의가 인정되어 시행된 것이라고 할 것이고, 이는 국세기본법 제81조의3 제2항에서 정한 "조세탈루의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우"에 해당하므로 (대법원 2003. 11. 28. 선고 2000두9421 판결 참조), 이 사건 처분이 국세기본법 제81조의3 제2항을 위반한 중복세무조사에 기한 것이라는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

<1심 : 인천지방법원 2005구합3053 판결>

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 토공사 등 건축공사업을 하는 내국법인이다.

"나. 원고는 2000년 제1기 과세기간 중 주식회사 ○○중기(이하○○중기'라 한다), 주식회사 ○○중기(이하○○중기'라 한다), 주식회사 ○○중기(이하○○중기'라 한다)를 공급자로 하는 다음 표 기재와 같은 세금계산서 9장(이하이 사건 세금계산서'라 한다)을 교부받아 공급가액 합계 338,900,000원을 손금에 산입하는 것으로 2000사업연도 법인세를 신고하였다.",<표>

순번

공급자

공급일

공급가액(원)

부가가치세액(원)

합계금액(원)

1

○ ○ 중 기

2000. 1. 31.

17,000,000

17,00,000

18,700,000

2

2000. 2. 29

21,000,000

2,100,000

23,100,000

3

2000. 3. 31.

29,100,000

2,910,000

32,010,000

4

○○중기

2000. 1. 31

26,500,000

2,650,000

29,150,000

5

2000. 2. 29.

25,200,000

2,520,000

27,720,000

6

2000. 3. 31.

38.300,000

3,830,000

42,130,000

7

○○중기

2000. 1. 31.

42,000,000

4,200,000

46,200,000

8

2000. 2. 29.

58,800,000

5,880,000

64,680,000

9

2000. 3. 31.

81,000,000

8,100,000

89,100,000

합계

9장

338,900,000

33,890,000

372,790,000

다. 피고는 2003. 4. 10. 원고에 대한 세무조사 결과 이 사건 세금계산서의 발행 명의자인 ○○중기, ○○중기, ○○중기가 실제 공급자가 아니라는 이유로 매입부가가치세 공제를 부인하여 원고로부터 부가가치세 61,713,690원을 추징하였으나 그 대신 신○○, 김○○, 이○○과 사이에 이 사건 세금계산서에 상당하는 매입거래를 실제로 한 것으로 보아 법인세 산정에 있어서는 이 사건 세금계산서 기재 공급가액 합계 338,900,000원을 손금으로 인정하였다.

라. 그런데 피고는 2004. 7.경 이 사건 세금계산서와 관련한 가공거래혐의를 재조사한 결과 이사건 세금계산서를 모두 실물거래 없이 작성된 허위 세금계산서라고 판단하여 2000사업연도 법인세 관련 손금 산입을 부인하고, 2004. 9. 1. 원고에게 2000사업 연도 법인세 155,367,950원을 경정 부과⋅ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑1호증, 갑2호증의 2, 갑48호증의 1 내지 9, 을1호증, 을2호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가, 원고의 주장

원고는 ○○중기, ○○중기, ○○중기로부터 장비사용 용역을 공급받고 그 대금 372,790,000을 현금으로 지급하면서 그에 상응하는 이 사건 세금계산서를 교부받았고, 원고의 1997년부터 2003년까지 기간 동안 매출액 중 장비사용료가 차지하는 비율이 26% 내지 37%에 달하는 반면 이 사건 세금계산서에 기재된 공급가액 합계 상당액을 손금에 산입하지 않으면 2000년도 장비사용료 비율은 20%에 불과하므로, 이 사건 세금계산서에 기재된 공급가액 합계 상당액을 손금으로 산입하여야 하고, 설사 위 업체들이 명의위장사업자라고 하더라도 원고는 위 업체들로부터 용역을 공급받을 당시 사업자등록증 등을 교부받아 위 업체들이 정당한 사업자임을 확인하였으므로 경정 등 불이익한 처분을 받아서는 아니됨에도 불구하고, 피고가 이 사건 세금계산서의 공급가액 합계 상당액을 손금에 산입하지 않고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나, 관련 법령

Ｏ 법인세법

제19조 (손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발행하는 손비의 금액으로 한다,

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발행하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제66조 (결정 및 경정)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니 한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 인정사실

(1) ○○중기는 대표자를 윤○○으로 하여 1999. 4. 9. 개업하였다가 2000. 9. 30. 폐업한 건설업체, ○○중기는 대표자를 김○○로 하여 1999. 4. 29. 개업하였다가 2000..9. 30. 폐업한 건설업체, ○○중기는 대표자를 김○○(○○중기의 대표자와 동일인)로 하여 1999. 7. 15. 개업하였다가 2000. 9. 30. 폐업한 건설업체이다.

(2) ○○중기는 2000. 9. 28. 피고로부터, ○○중기와 ○○중기는 2002. 7. 8. ○○지방국세청장으로부터 각 자료상 혐의로 검찰에 고발되었다.

(3) ○○중기, ○○중기를 실질적으로 운영하면서 자료상 영업을 해온 이는 재화 또는 용역을 공급함이 없이 이 사건 세금계산서 중 ○○중기, ○○중기 명의의 세금계산서를 발행하여 원고에게 교부하였다는 내용의 조세범처벌법위반 범죄사실 등으로 2003. 7. 15. ○○지방법원 ○○지원에서 징역 1년 6월의 판결을 선고받아 2003. 11. 21. ○○지방법원에서 그 유죄판결이 확정되었다. 이○○는 2002. 5경 ○○지방국세청에서 조사받으면서, 자신이 ○○중기도 실질적으로 운영하면서 허위 세금계산서를 발행하였다는 내용의 전말서를 작성하여 제출하였다.

(4) 원고는 2004. 7. 23. 이 사건 처분에 대한 과세전적부심사청구를 하면서, ○○중기, ○○중기, ○○중기로부터 장비사용 용역을 공급받지 않은 것은 사실이나, 실제 거래자인 신○○, 김○○, 이○○으로부터 장비사용 용역을 공급받고 그 대금을 현금으로 지급하면서 이 사건 세금계산서를 교부받은 것이라고 주장하였다. 이에 대하여 피고는 원고가 신○○, 김○○, 이○○에게 금원을 지급하였다거나 신○○, 김○○, 이○○이 원고로부터 금원을 수령하였다는 등의 증빙자료가 없어 이사건 세금계산서에 의한 거래사실을 인정하기 어렵다는 이유로 원고의 과세전적부심사청구를 받아들이지 않았다.

(5) 원고는 2004. 12. 13. 이 사건 처분에 대한 국세심판청구를 하면서도 과세전적부심사청구에서와 마찬가지로 신○○, 김○○, 이○○으로부터 실제 장비사용 용역을 공급받았다고 주장하였으나, 그 주장이 받아들여지지 않고 심판청구 기각결정을 받았다.

(6) 원고는 이 사건 소장에서는 ○○중기, ○○중기, ○○중기에게 이 사건 세금계산서 기재 공급가액 합계 372,790,000원을 지급하기 위하여 2000. 1. 26.부터 같은 해 7.15.까지 기간 동안 29회에 걸쳐 원고의 예금계좌에서 합계 379,024,140원의 현금을 인출하여 그 중 372,790,000원을 ○○중기, ○○중기, ○○중기에게 지급하였다고 주장하면서 원고의 예금통장(갑49호증의 1, 2) 및 2000. 6. 9.자 무통장입금증(갑50호증)을 제출하였다가, 이 사건 소송계속 중 피고의 요청에 의하여 제출한 2000년도 현금출납장(갑53호증)의 기재가 원고의 주장과 대부분 들어맞지 않는다는 피고의 지적을 받고, 2006. 2. 13.자 준비서면으로 ○○중기, ○○중기, ○○중기에 대한 지급 내역을 수정하여 제출하였다.

〔인정근거〕 갑2호증의 2, 을3호증, 을4호증의 1, 2, 을5호증의 1내지3, 을6호증의 1, 3, 5, 을7호증의 1, 2, 을8호증의 1내지 3, 을11호증의 1 내지 4, 을16호증, 을20호증, 을24호증, 변론 전체의 취지

라, 판단

납세의무자가 신고한 매입세액 또는 필요경기 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 실물거래가 있었고 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자 측에서 이를 입증할 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 참조).

살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 당초에는 신○○, 김○○, 이○○으로부터 장비사용 용역을 공급받았으나 ○○중기, ○○중기, ○○중기 명의의 이 사건 세금계산서를 교부받은 것이라고 주장하면서 신○○, 김○○, 이○○ 명의의 거래사실확인원을 제출하였다가 과세전적부심사 및 국세심판 절차에서 그 주장을 인정받지 못하자 이 사건소에 이르러서야 비로소 ○○중기, ○○중기, ○○중기로부터 장비사용 용역을 공급받았다고 주장하는 점, 이 사건 세금계산서 중 ○○중기, ○○중기 명의의 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 발행된 것으로 위 이○○에 대한 형사사건에서 밝혀졌고, ○○중기, ○○중기 명의로 자료상 행위를 한 이○○는 국세청의 조사과정에서 자신이 ○○중기도 운영하면서 허위 세금계산서 발행 행위를 했다고 진술한 점, 원고가 현금을 인출하여 ○○중기, ○○중기, ○○중기에게 장비사용 대금을 지급하였다고 주장하는 일시 및 금액에 관한 원고의 예금통장 및 현금출납장의 기재가 대부분 서로 들어맞지 않는데다가 대금 지급 방법에 대한 원고의 주장도 계속해서 바뀌고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성된 것이라고 보지 않을 수 없고, 갑3 내지 47호증, 갑49호증의 1, 2, 갑50내지 58호증의 각 기재만으로는 이를 뒤집어 이 사건 세금계산서가 실물거래에 의한 것이라거나 그러한 비용이 실제로 지출 되었다고 보기 어려우며, 달리 이를 인정할 증거도 없으므로, 이 사건 세금계산서 기재 공급가액을 손금으로 인정하지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.