2. 원고의 항소와 피고의 나머지 항소를 각 기각한다.

3. 소송총비용은 이를 3분하여 그 2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 원고에 대하여 한, ① 2004. 10. 1.(청구취지의 2004. 10. 4.은 오기로 보인다)자 2001년 귀속 법인세 43,155,562원, 2003년 귀속 법인세 160,000원, 2001년 제1기 부가가치세 15,425,846원(청구취지의 15,425,839원은 오기로 보인다)의 각 부과처분 및 2002년 제1기 부가가치세 170,091,000원(청구취지의 171,091,000원은 오기로 보인다)의 환급거부처분, ② 2005. 1. 10.자 2001년 제2기 부가가치세 665,308,936원(청구취지의 665,308,935원은 오기로 보인다)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고 : 제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한, ① 2004. 10. 1.자 2001년 귀속 법인세 43,155,562원 부과처분, 2001년 제1기 부가가치세 15,425,846원의 부과처분 중 134,934원 부분 및 2002년 제1기 부가가치세 170,091,000원의 환급거부처분, ② 2005. 1. 10.자 2001년 제2기 부가가치세 665,308,936원의 부과처분 중 587,758,029원 부분을 각 취소한다.

나. 피고 : 제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 중 아래 제2항과 같이 추가하거나 고쳐 쓰는 부분 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 에 의하여 이를 인용한다.

2. 추가하거나 고쳐 쓰는 부분

가. 제3면 제8행의 “2003년 귀속 법인세를 160,000원으로” 다음에 “(이는 용역에 대한 대가로 지급한 800만 원에 대하여 증빙을 수취하지 않았음을 이유로 한 법인세법 제76조 제5항 에 따른 가산세이다)”를 추가한다.

나. 제4면 제20행의 “2001. 10. 1.”을 “2004. 10. 1.”로 고쳐 쓴다.

다. 제5면 제3행의 “을 1 내지 15호증(각 가지번호 포함)”을 “을 1 내지 15호증(각 가지번호 포함), 을 제36호증”으로 고쳐 쓴다.

라. 제6면 제19행의 “새한도장”을 “새안도장”으로 고쳐 쓴다.

마. 제7면 제16행 내지 제9면 제2행을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

“나. 2003년 귀속 법인세 160,000원 부과처분의 적법 여부에 대하여

법인세법 제76조 제5항 은, 납세지 관할세무서장은 법인이 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받고 신용카드매출전표, 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서 등 법인세법 제116조 제2항 각호의 1 에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 하고, 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다고 규정하고 있는바, 갑 제1호증, 을 제6호증의 1 내지 4, 을 제36호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 법무법인 대륙에게 변호사 수임료로 2003. 1. 23. 5,000,000원, 2003. 12. 10. 3,000,000원을 각 지급하고도 세금계산서 등 증빙서류를 수취하지 아니하였고, 원고의 2003 사업연도의 법인세 과세표준 소득금액은 부수(부수)인 -1,516,925,934원이어서 산출세액이 없었던 사실을 인정할 수 있다.

그렇다면 피고가 원고에 대하여 법인세법 제76조 제5항 에 따라 위 증빙서류를 수취하지 아니한 8,000,000원의 2/100에 상당하는 금액인 160,000원의 가산세를 2003년 귀속 법인세로 부과한 이 부분 처분은 적법하다.

이에 대하여 원고는, 원고가 2003년도에 일용직 근로자를 고용하여 이 사건 건물의 하자보수공사를 하고 노임으로 47,528,000원을 지급하였음에도 피고가 이를 손금에 산입하지 아니하였으므로 이 부분 처분은 위법하다고 주장한다.

그러나 법인세법 제76조 제5항 의 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 증빙수취의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서( 대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두1918 판결 등 참조), 과세표준 소득금액에 대하여 부과하는 법인세와는 그 부과 근거 및 원인 등이 달라 법인세 과세표준이 부수로서 산출세액이 없는 경우에도 징수하여야 하는 것이고, 원고가 주장하는 위 노무비 47,528,000원의 손금 산입 여부는 위 가산세의 금액 및 가산세 부과처분의 적법 여부에 아무런 영향을 미칠 수 없으므로, 원고의 위 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.“

바. 제10면 제17행 다음에 아래 부분을 추가한다.

“또한, 부가가치세법 제9조 제2항 은 역무가 제공되는 때 등을 용역의 공급시기로 삼으면서 제4항 에서 공급시기에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고, 이에 따라 그 위임을 받은 시행령 제22조 는, 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때( 제1호 )를, 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때( 제2호 )를, 제1호 및 제2호 의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때( 제3호 )를 각 그 용역의 공급시기로 규정하고 있는바, 이에 의하면 역무의 제공이 완료되었음에도 공급시기가 도래하지 아니하였다고 보는 예외적인 경우는 역무제공의 완료시 공급가액이 확정되지 아니하는 경우이고( 위 제3호 ), 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에는 역무제공의 완료시가 일반적인 공급시기가 된다 할 것이다( 대법원 2004. 11. 26. 선고 2004두4796 판결 , 대법원 1999. 5. 14. 선고 98두3952 판결 참조).”

사. 제10면 제19, 20행의 “한편” 다음에 아래 부분을 추가한다.

“갑 제12호증의 1, 을 제17, 19 내지 22호증, 을 제29호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2000. 11. 20. 공경달로부터 이 사건 건물의 보수공사를 도급받으면서 공사대금 32억 원을 공사 완공 후 즉시 현금으로 지급받기로 약정한 사실, 위 보수공사의 내용은 이 사건 건물의 기존 골격에 대한 구조보강공사와 전기와 설비(수도, 배관, 정화조, 소방, 냉난방시설 등) 등의 내부시설공사인 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없으므로, 이 사건 보수공사는 용역제공의 완료시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역공급의 경우에 해당한다고 할 것이며, 여기에다”

아. 제11면 제6행의 “이에 반하는” 다음에 “갑 제11호증의 1, 2의 각 기재와 제1심 및 당심”을 추가한다.

자. 제12면 제15행 다음에 아래 부분을 추가한다.

“피고는 위 각 세금계산서 중 일부는 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 것이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하여 매입세액에서 공제되어서는 아니된다고 주장하나, 이에 부합하는 듯한 제1심 증인 김천우의 일부 증언은 믿지 아니하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.”

차. 제14면 제15 내지 20행을 삭제한다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 별지 세액계산표 정당세액란 기재 각 금액을 초과하는 2001년 제1, 2기 부가가치세 부과처분 부분은 각 위법하여 취소되어야 하므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 2003년 귀속 법인세 160,000원 부과처분을 취소한 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고의 항소 및 피고의 나머지 항소는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 세액계산표 생략]