가. 청구인은 1991.12.28. OOO 연립주택 2-106(대지 140.23㎡, 건물 91.01㎡, 이하 “종전주택”이라 한다)의 3/7 지분을 상속으로 취득하여 보유하다가 재건축으로 인해 같은 동 425 OOO 103-1602(대지 59.5㎡, 건물 185.401㎡, 이하 “신축주택”이라 한다)를 분양받아 2001.11.7. 임시사용승인을 받은 후, 2006.2.20. 신축주택을 양도하고 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정을 적용하여 2006.4.30. 양도소득세 감면신청 및 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택 감면에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 조 특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.4.23.청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.7.9. 이의신청을 거쳐 2012.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식중 분모의 취득당시 기준시가에 구주택 취득당시 기준시가를 적용하였으나, 청구인이 2006년도에 신축주택을 양도하고 양도소득세 예정신고를 하는 시점에서는 위 규정의 산식과 종전의 관련예규(재경부 재산 46014 -273, 1998.9.23.)만을 참고할 수 있었고, 2009년도의 관련예규(재산-227, 2009.1.20.)는 적용할 수 없었으므로 준용산식인 위 규정의 산식과 종전의 관련예규에 따라 감면신고하는 것은 당연하고 처분청이 양도일로부터 6년이 경과한 시점에서 2009년도의 새로운 예규를 소급하여 적용하는 것은 신뢰의 원칙에도 위배된다.

또한 처분청은 2006년 이전에 양도한 동일한 사례에 대하여는 별다른 조치없이 과세하지 않다가 갑자기 2006년 귀속 이후 양도분에 대하여 2012.5월 부과제척기간이 임박한 시점에 과세를 하는 것은 청구인의 적정절차보장권을 침해하는 부당한 과세처분이다.

나. 처분청 의견

청구인은 조 특법 제99조의3 규정에 의거 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하였으므로 당초 신고 내용대로 양도소득금액 100%를 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 같은 법 제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조 특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당되지 않으므로 감면 배제함이 타당하다.

또한 청구인은 처분청이 기존의 유권해석을 소급적용하여 경정결정하였으므로 신뢰의 원칙에도 위반되고, 제척기간 만료일로부터 약 1개월 전에 과세예고통지를 생략하고 과세처분한 것은 청구인의 적정절차보장권을 침해한 부당한 처분임을 주장하나, 조 특법 제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지기간 전체에 대하여 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다”고 하여 유추·확대해석이 아니므로 신뢰의 원칙에 위반되거나, 적정절차보장권을 침해한 부당한 처분으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조 특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상인지 여부

나. 관련법률

(1)조세특례제한법

제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2.자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2)조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한양도소득세의 감면 등】

①법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 1991.12.28.종전주택을상속으로 취득하여보유하던 중 재건축으로 인해2001.11.7.신축주택을취득하여 보유하다가2006.2.20.양도하고실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후 조 특법 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 2006.4.30. 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 「조특법」 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아이 건 양도소득세를 과세하였다.

(나)청구인은 1991.12.28. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2001.11.7. 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2006.11.6.이고, 신축주택을 2006.2.20. 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(다)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 「조특법」제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2001.11.7.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조특법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 되어 있다.

(2) 위 사실관계를 근거로종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조특법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지에 대하여 본다.

(가) 청구인은처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시기준시가는 건물취득당시의 기준시가로, 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득당시 기준시가로하여 과세하였는바, 양도일로부터 6년이 경과한 시점에서 2009년도의 새로운 예규를 소급하여 적용하는 것은 신뢰의 원칙에 위배되며, 부과제척기간이 임박한 시점에서 과세하는 것은 청구인의 적정절차보장권을 침해하는 부당한 과세처분임을주장한다.

(나) 그러나, 조특법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조특법」제99조의3 제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935., 2011.6.30. 같은 뜻).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.