2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 5. 31. 원고에게 한 2016년 제1기 부가가치세 202,727,273원에 대한 경정거부처분 및 2016년 제2기 부가가치세 21,818,182원에 대한 경정거부처분을 취소한다.

원고는 ○○ ○○구 ○○동 1412-56 토지 위에 기존 건물을 철거하고 12층 건물(이하'이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 2017. 4.경 준공하였다.

원고는 2017. 4. 25. 피고에게 이 사건 건물의 신축과 관련하여 ○○종합건설 주식회사(이하 '○○종합건설'이라 한다)로부터 건설용역을 제공받고 아래와 같이 세금계산서 8매(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 발급받았는데 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고 당시 이에 대한 신고를 누락하여 매입세액을 공제받지 못하였다면서 이 사건 세금계산서상의 매입세액(2016년 제1기 202,727,273원, 2016년 제2기 21,818,182원)을 해당 과세기간의 매출세액에서 공제하여 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였다.

피고는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없다는 이유로 2017. 5. 31. 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 갑 제1호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 실제로 ○○종합건설과 공사도급계약을 체결하여 건설용역을 제공받고 그대금을 지급하였으며, 이 사건 세금계산서는 그 공사 기성고에 따른 대금의 지급일이 속하는 과세기간의 일자를 작성 연월일로 하여 발급되었으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다. 따라서 이와 달리 보아 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고가 주의의무를 다하였음에도 그와 같은 사정을 알지 못하였으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2015. 12. 29. ○○종합토건 주식회사(이하 '○○종합토건'이라 한다)와 이 사건 건물의 신축공사에 관하여 공사대금을 73억 원으로 하는 도급계약을 체결하였다가, 2016. 6. 27. ○○종합건설(2016. 6. 27. 법인등기부의 상호가 ○○산업개발 주식회사에서 ○○종합건설로 변경등기되고, 2016. 6. 29. 사업자등록상의 상호가 그와 같이 변경되었다)과 이 사건 건물의 신축공사에 관하여 공사대금을 83억 원으로 하는 도급 계약을 체결하였다.

2) ○○종합건설은 이 사건 건물의 신축공사를 하면서 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 원고로부터 ○○종합토건 명의의 예금계좌로 입금받는 등의 방법으로 공사대금 합계 2,245,454,545원을 지급받고도 이에 관한 세금계산서를 발급하지 않고 법인세 신고시에 그 부분에 관한 매출액을 신고하지 않았고, 이와 같은 사실이 과세당국에 적발되었다.

3) ○○종합건설은 2017. 4. 3. ○○세무서장에게 2016년 제1기 매출누락액2,027,272,727원, 2016년 제2기 매출누락액 218,181,818원 등 합계 2,245,454,545원에 대한 부가가치세 수정신고를 하였고, 원고는 2017. 4. 25. 피고에게 ○○종합건설로부터 이 사건 세금계산서를 발급받고도 그 신고를 누락하여 매입세액을 공제받지 못하였다고 주장하면서 경정청구를 하였다.

4) ○○종합건설의 관리이사인 염○○은 2017. 9. 22. ○○세무서에서 범칙혐의자 심문을 받으면서 이 사건 세금계산서가 용역의 공급시기에 발급된 것인지 여부를 묻는 질문에 대하여 '용역의 공급시기인 공사대금을 지급받은 때에 세금계산서를 발급하여야 하는 규정을 알지 못하여 나중에 공사대금을 정산한 후 세금계산서를 발급하면 되는 것으로 알고 있었다'라는 취지로 답변하였다.

5) ○○종합건설은 법인사업자로서 전자세금계산서 발급의무자인데, 원고가 ○○종합건설로부터 발급받은 이 사건 세금계산서는 전자세금계산서가 아닌 종이세금계산서였다. 이 사건 세금계산서에는 공급자가 ○○종합건설로 기재되어 있었다.

[인정근거] 갑 제2호증, 을 제3 내지 9호증의 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

"구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라 한다) 제39조 제1항 제2호 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 "세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 '작성 연월일'이 사실과 다르게 기재된 경우"라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 부가가치세법 시행령 제75조 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 부가가치세법 시행령 제75조 제3호에 의하면 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서상의작성 연월일'이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다)에 한한다고 보아야 하고, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성 연월일을 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제 되어서는 아니 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 등 참조).",위 인정사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 세금계산서 중 그 작성 연월일이 2016년 제1기 부가가치세 과세기간에 속하는 일자로 기재된 세금계산서 4매에는 공급자가 ○○종합건설로 기재되어 있는데, ○○산업개발 주식회사에서 ○○종합건설로 사업자등록상의 상호가 변경된 날이 2016. 6. 29.인 점에 비추어 위 세금계산서 4매는 그 작성 연월일 당시에는 ○○종합건설이 공급자로 기재될 수 없는 것인 점, ② ○○종합건설의 관리이사인 염○○은 2017. 9. 22. ○○세무서에서 범칙혐의자 심문을 받으면서 이 사건 세금계산서가 용역의 공급시기에 발급된 것이 아니라는취지로 답변한 점, ③ ○○종합건설이 이 사건 건물의 신축공사 대금과 관련한 매출누락 혐의에 대한 과세당국의 조사를 받는 과정에서 2017. 4. 3. ○○세무서장에게 부가가치세 수정신고를 하였고, 곧이어 원고가 2017. 4. 25. 피고에게 이 사건 세금계산서를 근거로 경정청구를 하였는데, 이 사건 세금계산서는 ○○종합건설이 발급한 다른 세금계산서와는 달리 전자세금계산서가 아닌 종이세금계산서였던 점 등을 종합하면, 이 사건 세금계산서는 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간이 지난 후에 그 작성 연월일을 소급하여 작성된 것임을 인정할 수 있고, 이는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다.

따라서 이 사건 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없는 것이므로, 이와 같이 보아 이루어진 이 사건 각 처분은 적법하다.

2) 원고가 선의ㆍ무과실의 거래당사자에 해당하는지 여부

앞서 본 바와 같이 원고는 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간이 지난 후에 비로소 ○○종합건설로부터 이 사건 세금계산서를 발급받은 것으로 보이는 점, 원고의 대표이사인 이○○은 ○○세무서장의 사실조회에 대하여 이 사건 건물 신축공사의 기성금과 관련된 분쟁으로 ○○종합건설로부터 세금계산서를 바로 발급받지 못하고 분쟁이 해결된 후에 발급받았다는 내용의 답변을 한 점(갑 제2호증의 기재) 등을 종합하면, 원고가 이 사건 세금계산서가 그 부가가치세 과세기간이 지난 후에 작성 연월일이 소급하여 작성된 것임을 알지 못하였다거나 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 보기 어려우므로, 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.