2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 건설업을 영위하는 법인인 원고는 2001. 3. 26. BB온천 주식회사(이하 'BB온천'이라 한다)와 포천시 BB면 OO리 0000 소재 BB온천스파리조트(이하 '이 사건 리조트'라 한다)를 공사대금 000원(부가가치세 별도)에 신축하는 내용의 도급공사계약을 체결하였다가，2003. 4. 16. 위 도급공사계약을 해지하고 BB온천，CC레저 주식회사(이하 'CC레저'라 한다)，안DD(이하 BB온천，CC레저，안DD을 통틀어 '도급인들'이라 한다)과 이 사건 리조트를 공사대금 000원(부가가치세 별도)에 신축하는 내용의 도급공사계약을 체결하였다. 원고는 이후 2004. 2. 27. 도급인들과 위 공사도급계약의 공사대금을 000원(부가가치세 별도)으로 증액하는 계약을 체결하였다.

나. 원고는 2004. 7. 12. 이 사건 리조트의 신축공사를 완료하였고，2004 사업연도 연 중 회계처리를 함에 있어서 위 신축공사의 작업진행률에 따라 2003 사업연도 수익으로 인식한 000원을 제외한 나머지 공사대금채권 000원(이하 '이 사건 쟁점 채권'이라 한다)을 2004 사업연도 수입금액으로 회계장부에 계상하였다. 그러나 기업회계기준에 따르면 공사대금의 회수가 불확실한 경우 수익으로 인식할 수 없다는 회계 법인의 감사의견에 따라，2004 사업연도 결산 당시에는 이 사건 쟁점 채권을 수입금액으로 계상하지 아니하였다.

다. 서울지방국세청장은 2009. 6. 29.부터 2009. 8. 24.까지 원고에 대한 법인세 세무 조사를 실시하였다. 위 세무조사결과 서울지방국세청장은 원고가 2004 사업연도 법인세 신고ㆍ납부 당시 이 사건 쟁점 채권을 익금에서 누락한 사실을 발견하고， 피고에게 이를 통보하였다.

라. 이에 피고는 이 사건 쟁점 채권을 2004 사업연도 익금에 산입하여 2009. 10. 1.

원고에게 2004 사업연도 법인세 0000원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2009. 12. 30. 이의신청을 하였으나 기각되었다. 원고는 2010. 4. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나， 조세심판원은 2011. 9. 29. 위 심판 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 3， 7， 8， 9호증， 을 제1호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 도급인들의 사업부진으로 인하여 2003. 8. 6. 이 사건 리조트의 부지에 대하여 경매개사결정이 내려진 점，CC레저가 발행한 약속어음이 2004. 12. 9. 최종 부도처리된 점 등을 고려하여 원고의 외부감사법인인 PP회계법인은 2004 사업연도 재무제표를 감사하면서 기업회계기준에 의할 경우 이 사건 쟁점 채권이 원고에게 유입될 가능성이 없다고 판단하였고，이와 같은 감사결과에 따라 원고는 2004 사업연도 법인세 신고 당시 이 사건 쟁점 채권을 익금에 산업하지 않았다. 그렇다면，이 사건 쟁점 채권은 회수가 불가능한 채권으로 2004 사업연도에 성숙ㆍ확정되었다고 볼 수 없으므로，2004 사업연도 법인세를 산정함에 있어서 위 채권은 익금에서 제외됨이 마땅하다.

2) 가사 이 사건 쟁점 채권이 2004 사업연도에 성숙ㆍ확정되었다고 하더라도，원고는 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것，이하 '법인세법'이라 한다) 제40조 및 기업회계기준 등 관계 법령의 해석상 의의(疑意)로 인하여 2004 사업연도 법인세 과세표준을 과소신고한 것에 불과하므로，원고에게는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 관하여

법인세법상 어떠한 채권이 발생하였을 경우 이를 익금에 산입할 것인지 여부를 판단함에 있어 그 채권의 행사에 법률상 제한이 없다면 일단 권리가 확정된 것으로서 당해 사업연도의 익금으로 산입되는 것이고 그 후 채무자의 무자력 등으로 채권의 회수가능성이 없게 되더라도 이는 회수불능으로 확정된 때 대손금으로 처리할 수 있는 사유가 될 뿐이지 이로 인하여 그 채권으로 인한 소득의 귀속시기에 영향을 미치는 것은 아니다(2005. 5. 13. 선고 2004두3328 판결 참조). 살피건대， 앞서 인정된 사실과 갑 제3호증，을 제2 내지 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들， 즉 ① 원고는 2004. 6. 20. 도급인들과 이 사건 리조트의 운영에 따른 영업이익으로 위 도급공사계약에 의하여 발생한 원고의 공사대금채권의 변제에 충당하는 한편，이 사건 리조트에 관하여 유치권을 행사하기로 하는 약정을 체결한 점，② 원고는 이 사건 쟁점 채권을 포함한 위 도급공사계약에 따른 공사대금채권을 피담보채권으로 하여 BB온천 소유의 이 사건 리조트에 관하여 2005. 3. 24. 근저당권자 원고，채무자 BB온천， 채권최고액 000원으로 한 근저당권설정등기를 경료한 점，③ 이 사건 리조트가 2007. 5. 3. 낙찰됨에 따라 원고는 그 무렵 000원을 경매배당금으로 지급받은 점，④ 법인세법에서는 소득세법상 이자소득 등과 달리 이른바 '대손' 제도를 두고 있으므로， 채권이 발생하였을 경우 이는 원칙적으로 익금에 산입되어야 하고， 채권의 회수가능성이 불분명하다는 사유로 이를 익금에서 제외할 수 없는 점 등에 비추어 보면， 원고가 주장하는 사정만으로 이 사건 쟁점 채권이 2004 사업연도 당시 그 행사에 법률상 제한이 있다고 단정하기 부족하고，달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고， 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나(대법원 2008. 12. 11. 선고 2006두17840 판결， 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조)，납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 볍령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 참조). 살피건대，① 구 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며， 이하 이 조에서 건설등 이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다 고， 같은 조 제2항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다， 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 작업진행률 이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업 연도의 익금과 손금에 산입한다 고 각 규정함으로써 그 손익의 귀속시기를 명확하게 정하여 그 해석에 의의(疑義)가 발생할 여지가 없는 점，② 기업회계가 기업의 경영성과를 정확하게 분석하여 이를 대외적으로 공표하고 장래의 경영활동에 있어서 지침으로 삼고자 하는 데에 기본목적을 두는 반면 세무회계는 이와 달리 국가나 지방자치단체의 재정수입의 확보에 일차적 목적을 두고 있기 때문에， 일반적으로 세무회계는 기업회계에 비하여 소득은 빠르게， 비용은 천천히 인식하려는 경향이 있는데， 법인세법 제43조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금 의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기엽회계의 기준 또는 관행에 따른다 고 정함으로써 기회회계의 기준에 보충적 효력만이 있음을 명확히 하고 있는 점 등을 고려하면 기엽회계기준에 따를 경우 이 사건 쟁점 채권이 수익으로 인정될 수 없다는 사정만으로 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유 가 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.