2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 5. 26. 강AA에게 화성시 동탄면 OO리 000 공장용지 990㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 양도하고， 그 무렵 양도가액을 000원으로 하여 양도소득세 과세표준을 신고하였다.

나. 피고는 강AA으로부터 제출받은 원고와 강AA 사이의 2005. 3. 4.자 매매계약서(이하 '이 사건 매매계약서'라고 한다， 을 제4호증의 1) 등을 근거로 이 사건 토지의 양도가액이 000원인 것으로 보아 양도소득세를 증액・경정한 후 2011. 6. 10. 원고에 게 2006년 귀속 양도소득세 452，445，260원(가산세 포함)을 납세고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 2011. 6. 22. 조세심판원에 심판청구를 하면서 "원고가 2004년 말경 이 사건 토지에 인접한 화성시 동탄면 OO리 000 임야 13，917㎡(이하 '이 사건 인접토 지'라고 한다)의 소유자인 윤GG으로부터 이 사건 인접토지와 공로와의 통로를 개설할 수 있도록 토지를 교환해 달라는 요청을 받고 이 사건 토지 중 89평 부분과 이 사건 인접토지 중 565평 부분(이하 '이 사건 교환토지'라고 한다)을 교환하기로 합의가 성립 되었으므로， 000원 전부가 이 사건 토지의 매매대금이 아니다"는 취지로 주장하였다.

조세심판원은 이 사건 토지 중 89평 부분과 이 사건 교환토지에 대하여 교환이 성립되었는지 여부와 이에 따른 양도가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다.

라. 피고는 조세심판원의 결정에 따라 재조사를 실시한 후 2011. 12. 1. 원고에게 이 사건 처분이 정당하다는 취지의 통지(이하 '이 사건 통지'라고 한다)를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 5호증， 갑 제8호증， 을 제1 내지 3호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 피고가 2011. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

피고가 2011. 12. 1. 원고에게 한 이 사건 통지는， 피고가 조세심판원의 결정에 따라 재조사를 실시하고 종전의 이 사건 처분이 정당하다는 취지의 처리결과를 통지한 것에 불과하여 행정소송의 대상이 되는 과세처분이라고 할 수 없다. 따라서 이 사건 통지를 과세처분으로 보아 그 취소를 구하는 것은 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2004년 말경 윤GG과 사이에 이 사건 토지 중 89평 부분과 이 사건 교환 토지를 교환하기로 합의하였고， 이 사건 교환토지를 윤GG으로부터 사실상 양도받아 2005. 3. 2. 위 교환토지에 관하여 화성시장으로부터 산지전용허가를 받기도 하였다.

그 후 강AA이 이 사건 토지 및 윤GG 소유의 이 사건 인접토지 대부분을 전부 매수하게 되었는데， 위와 같이 일부 토지에 관하여 교환계약에 따라 소유자가 사실상 변경된 관계로， 원고와 강AA은 이 사건 토지뿐만 아니라 이 사건 교환토지도 매매목적물에 포함시켜 매매대금을 000원을 정하였고， 다만 소유권이전등기를 하는 과정에 서 이 사건 토지에 대한 매매대금은 000원으로 정한 후 2006. 5. 11.자 매매 계약서(갑 제4호증， 이하 '이 사건 원고계약서'라고 한다)를 작성하였다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 이 사건 토지의 양도가액이 000원인 것으로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

갑 제4， 5호증， 갑 제6호증의 l 내지 5， 을 제3호증， 을 제4호증의 4， 을 제5호증， 을 제7호증， 을 제8호증의 1， 3 내지 8의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합해 보면， ① 원고와 윤GG은 이 사건 토지 중 89평 부분과 이 사건 교환토지를 서로 교환하려고 하였으나 실제 교환계약서를 작성하지는 않았고， 원고와 윤GG은 상대방에게 원고 주장의 교환계약의 이행을 요구하지는 않은 사실，② 원고는 이 사건 교환토지에 관하여 윤GG으로부터 토지사용승낙서를 받아 산지전용허가를 신청하였으나 2005. 3. 4. 강AA과 사이에 이 사건 매매계약서가 작성되자 그 다음날 산지전용허가가 포함된 공장설립변경신청을 취하한 사실，③ 강AA은 2005. 2. 5. 윤GG과 사이에 이 사건 인접토지 대부분을 포함하여 매매계약을 체결하였고， 2006년 5월경 이 사건 토지를 포함하여 그에 대한 소유권이전등기까지 완료한 사실，④ 강AA과 윤GG은 위 매매계약의 특약사항으로 매매목적물에 원고의 이 사건 토지 중 89평 부분을 포함시켰고， 강AA과 원고는 이 사건 매매계약서에 이 사건 교환토지를 매매목적물로 명시하여 포함시킨 사실， ⑤ 이 사건 매매계약서에는 매수인 강AA의 주민등록번호가 'XXXXXX - 0000000'로 정확하게 기재되어 있고 강AA의 인감도장이나 간인이 날인되어 있는 반면， 이 사건 원고계약서는 매수인 강AA의 주민등록번호가 'XXXXXX -000000'로 기재되어 있고， 강AA의 인감도장이 아닌 막도장이 날인되어 있으며 간인도 되어 있지 않은 사실 등이 인정된다. 위 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음의 사정들， 즉 ① 원고가 이 사건 교환토지에 대하여 산지전용허가를 신청하는 등 이용에 나아갔으나 윤GG으로부터 토지사용승낙을 받아 신청한 것에 불과하고 이러한 사정만으로는 원고 주장의 교환계약이 체결되었다고 보기는 어려운 점，② 이 사건 원고계약서는 강AA의 주민등록번호 뒷자리를 6자리만 기재하거나 간인이 되어 있지 않은 등 원고와 강AA 사이에 진정하게 작성된 것인지 매우 의심스러운 점，③ 원고와 윤GG 사이에 이 사건 교환토지 등에 관한 교환계약이 성립되지 않은 이상 이 사건 토지 전부가 여전히 원고의 소유로서 강AA에게 양도되었다고 할 것인 점，④ 강AA으로서는 이 사건 토지와 이 사건 인접토지 대부분을 전부 매수하는 이상 굳이 이 사건 교환토지 부분과 이 사건 토지 중 89평 부분을 따로 분리하여 미등기 전매 방식으로 매수하지는 않았을 것으로 보이는 점 등의 사정을 종합해 보면， 원고는 이 사건 매매계약서에 기재된 바와 같이 매매대금 000원에 이 사건 토지를 강AA에게 양도하였다고 할 것이다. 따라서 피고가 이 사건 토지의 양도가액을 000원으로 보아 원고에게 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 피고가 2011. 12. 1. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 각하하고， 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.