가. 청구법인은 2002.12.16. 당시 대주주이었던OOO 등과 함께 원활한 사업구조조정 등을 위해 채권금융기관 협의회(주채권은행OOO)와 경영정상화계획 이행약정을 체결하면서 자구계획의 일환으로 OOO소유의 부동산을 매각하기로 하고, 2005.5.20. OOO) 받아, 2005.10.13. 주식회사 제동레저와 매매계약을 체결하였다가 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기(채권자 주식회사 제일은행)가 2007.8.2. 말소되자 2007.9.3. 잔금을 수령하고 소유권 이전등기를 하였다.

나. 청구법인은 쟁점토지 취득과 관련하여 2005～2007사업연도(2005.4.～2008.3.) 귀속 비업무용토지 관련 비용 및 관련 지급이자 등 손금불산입액 OOO)에 대하여 2010.10.7. 쟁점토지가 사업용토지로 조세심판원(조심2010서1568, 합동회의)에서 결정되자 2005～2007사업연도 손금불산입액을 손금산입하고 2009사업연도 이월결손금으로 추가 공제하라는 취지로 2010.10.7. 경정청구하였으나, 처분청은 2010.12.15. 청구법인에게 경정거부 처분하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2002년 12월부터 「구조조정촉진법」에 따라 채권금융기관과의 경영정상화계획이행약정서에 따라 구 사주가 회사의 차입금을 담보하기 위하여 제공한 개인 소유의 토지를 청구법인에게 수증하였으며, 청구법인은 투자부동산 및 자산수증익으로 계정 처리하였고, 수증받은 직후 차입금 상환을 목적으로 토지를 매각하였으나, 1순위 저당권자인 OOO 차입금 상환이 완료되었음에도 불구하고 근저당권 말소를 거부하여 근저당권말소를 위한 소송을 진행하여 1심에서 승소하였으나 OOO이 항소하여 2007.6.14. 서울고등법원의 조정결정에 따라 OOO은 근저당권 설정등기의 말소등기 절차를 이행하였다.

청구법인은 2007사업연도 쟁점토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 법인세OOO만원을 납부한 후, 쟁점토지를 사업용토지로 보아 2009.12.16. 처분청에 2007사업연도 법인세 경정청구를 하였으나 기각되자 조세심판원에 심판청구하여 법인세를 환급받았으므로 쟁점토지에 대하여 비사업용토지를 전제로 지급이자 등 손금 불산입한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

비업무용토지에 대한 입법 취지를 미루어 볼 때, 「법인세법」상 업무무관 부동산이라 함은 기업 자금의 적극적인 투입 행위를 전제로 하여 취득자금 상당액에 대한 지급이자의 손금불산입하는 것이나, 청구법인의 쟁점토지 취득에는 기업자금이 전혀 투입되지 아니하였고 취득에 따른 취득세, 등록세 등의 부대비용만이 발생하였으며, 지방자치단체에 납부한 세금을 취득자금으로 간주하여 지급이자 상당액을 손금불산입하는 것은 조세 부과자체를 불법시하는 것으로서 「국세기본법」 제18조에서 규정하는 세법해석의 기준에 위배되는 것이다.

설령 쟁점토지를 비업무용토지로 간주하더라도 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호 단서 및 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제14호 규정에 해당하는 소유권에 관한 소송이 계속되고 있는 토지이며, 소유권에 관한 소송을 극히 제한적으로 해석하더라도 잔금청산이 지연된 것은 채권은행의 근저당권 말소등기 불이행으로 인한 것으로 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제29호에 규정하는 정당한 사유로 보아야 하므로 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점토지가 「법인세법 시행령」 제49조 제1항 제1호 가목에 규정하는 유예기간 중에 처분한 토지로서 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제14호 소유권에 관한 소송이 계속 중인 부동산으로서 법원에 의하여 사용이 금지된 부동산과 그 부동산의 소유권에 관한 확정 판결일로부터 5년이 경과되지 아니한 부동산에 해당한다고 주장하나, 업무무관부동산에 대한 지급이자 손금불산입 규정의 적용은 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산의 보유여부에 따라 적용되는 것이지 취득원인에 따른 것이 아니며, 쟁점토지는 소유권에 관한 소송이 아닌 제일은행의 저당권 말소 거부에 따른 소송으로 부동산 등기부상 을구에 기재된 소유권 외의 권리에 대한 소송으로 소유권에 대한 소송이라 할 수 없고 또한 법원에 의하여 사용이 금지된 부동산에 해당하지 아니하며(국심96부64, 1998.1.19. 같은 취지임), 청구법인은 쟁점토지가 「법인세법 시행령」 제92조의11 제1항 제3호의 위임에 따른 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당하며, 조세심판례(조심 2010서1568)를 근거로 주장하지만, 제일은행과의 저당권 말소 거부소송이 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호의 정당한 사유에 해당하는지 확인되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 경영정상화계획 이행약정에 따라 대주주로부터 증여받아 매각한 쟁점토지가 조세심판원의 심판청구에서 사업용 토지로 인정된 것과 관련하여, 각 사업연도에 손금불산입된 관련 비용 및 지급이자에 대하여 2009사업연도 이월결손금으로 인정하여 공제받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제13조<2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것>(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다

<부칙>

제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조, 제76조의13제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

제28조 【지급이자의 손금불산입】① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것

(2) 법인세법 시행령

제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 금액" 이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】 ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “재정경제부령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

3. 제1호 및 제2호 외의 부동산 : 취득일부터 2년

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각목외의 부분 단서에서 “재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

29. 당해 부동산의 취득후 제2호 내지 제28호의 사유외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2002.12.16. 당시 대주주이었던OOO등과 함께 원활한 사업구조조정 등을 위해 채권금융기관 협의회(주채권은행 OOO)와 경영정상화계획 이행약정을 체결하면서 자구계획의 일환으로OOO 소유의 부동산을 매각하기로 하고, 2005.5.20. OOO으로부터 쟁점토지를 증여받아, 2005.10.13. 주식회사 제동레저와 매매계약을 체결하였다가 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기(채권자 주식회사OOO)가 2007.8.2. 말소되자 2007.9.3. 잔금을 수령하고 소유권 이전등기를 하였고, 청구법인은 쟁점토지 취득과 관련하여 아래 <표>와 같이 2005～2007사업연도(2005.4.1～2008.3.31.) 귀속 비업무용토지 관련 비용 및 관련 지급이자 등 손금불산입액OOO에 대하여 손금산입하고 이월결손금을 추가 공제하라는 취지로 2010.10.7. 경정 청구하였으나, 처분청은 2010.12.15. 청구법인에게 경정거부한 사실이 심리자료 등에 나타난다.

OOO

(2) 청구법인은 당초 부득이한 사유로 쟁점토지가 사업용토지이고, 이와 관련된 2005 및 2006사업연도 지급이자 등 손금불산입액에 대하여도 손금으로 인정하여 달라고 주장하면서 2010.5.7. 우리 원에 심판청구를 하였다가 손금불산입액 등에 대하여는 2010.8.10. 취하하였으며, 2010.10.7. 쟁점토지가 사업용토지로 인용 결정(조심 2010서1568, 2010.10.7.)되자 2010.10.7. 2005～2007사업연도 지급이자 등 손금불산입액을 손금에 산입하여 2009사업연도 이월결손금을 공제하여 달라는 경정청구를 하였고, 경정청구가 거부되자 2011.3.8. 심판청구를 한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제시한 경영정상화이행약정서 사본, 고등법원 판결문 등에 의하여 쟁점토지 취득 및 매각경위 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인의 대주주 OOO은 쟁점토지를 1959.12.8. 취득하여 보유하여 오다가 1994.9.16. 청구법인의 채무담보를 위해 쟁점토지에 채권최고액 미화 OOO으로 근저당권설정등기를 해 주었다.

(나) 청구법인은 2002.12.16. 채권금융기관 협의회와 경영정상화계획 이행약정을 체결하면서 OOO 소유의 부동산을 매각하기로 하였고, 2004.5.11.에는 경영정상화계획 이행약정을 다시 맺어 상장유지 및 M&A를 위해 출자전환을 실시하고 쟁점토지를 2004년 12월까지 매각하기로 하였으며, 2004.9.8. 주식회사 제일은행에 쟁점토지에 설정된 근저당권설정등기를 2004.9.15.까지 말소 등기할 것을 요청하는 서면을 내용증명우편에 의하여 발송하였다.

(다) 청구법인은 2005.5.20. 쟁점토지를OOO으로부터 증여받아 소유권이전등기를 마치고, 2005.10.13. 주식회사OOO와 쟁점토지 매매계약을 체결(총 OOO억원을 수령하되, 쟁점토지 근저당권설정등기와 관련하여 중도금 지급일에 소유권이전청구권가등기를설정하고, 잔금OOO은 근저당권설정등기가 말소된 후 2개월 내에 수령하기로 하였다)한 다음, 2007.8.2. 근저당권설정등기가 말소되자 2007.9.3. 매매잔금을 수령하고 소유권이전등기(등기원인은 2005.10.13. 매매)를 하였다.

(라)한편, OOO을 상대로 쟁점토지근저당권설정등기 말소등기 청구소송을 제기하였고, 2006.1.10. 서울중앙지방법원 제14민사부는 말소등기를 이행하라는 원고승소 판결을 하였으나(사건번호OOO 주식회사 OOO은 항소하였으며,2007.4.16 OOO민사부는 조정에 갈음하는 결정에 의하여재차 근저당권말소등기를 이행하도록 하였고(사건번호OOO이 조정결정에 대한 이의신청을 취하하여 2007.8.2. 쟁점토지 근저당권설정등기가 말소등기되었다.

(4) 청구법인의 사업연도별 법인세 신고 및 이월결손금 현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.OOO

(5) 살피건대, 우선, 청구법인이 당초 2005 및 2006사업연도 손금불산입액에 대하여 경정청구를 하고 심판청구를 하였다가 취하한 후, 쟁점토지가 사업용토지로 인용되자 2010.10.7. 2005～2007사업연도 쟁점토지와 관련한 지급이자 등 손금불산입액의 손금산입을 전제로 하여 2009사업연도 이월결손금을 공제하여 달라는 경정청구를 하였으나 거부되자 2011.3.8. 심판청구를 한 것에 대하여 본안 심리 대상인지를 보면, 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 그 확정된 과세처분과는 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 「법인세법」의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있는 바(대법원 2003두13212, 2004.6.11., 같은 뜻), 청구법인이 2005～2006사업연도 손금불산입액에 대한 심판청구를 취하하여 확정된 법인세에 대하여 더 이상 당해 귀속분의 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 이와는 별개인 2009사업연도에 대한 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 「법인세법」의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 다시 할 수 있는 것으로 봄이 타당하다(조심 2008서3354, 2009.6.4, 참조).

이 건의 경우, 2005～2007사업연도 손금불산입액은 청구법인이 당초에 쟁점토지가 비업무용토지에 해당한 것으로 보아 손금불산입한 쟁점토지 관련 지급이자 및 공과금으로 나타나고, 우리 원 심판 결정(조심 2010서1568, 2010.10.7. 합동회의)에 따라 쟁점토지는 「법인세법」 제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호의 위임에 따라 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 소정의 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 토지로 보아 사업용토지로 인정하였는바, 쟁점토지와 관련하여 지출된 2005～2007사업연도 지급이자 등 손금불산입액도 「법인세법」 제27조 및 제28조, 같은 법시행령 제49조 제1항 제1호의 위임에 따른 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제29호 소정의 정당한 사유로 인하여 업무에 사용되지 아니하는토지로 보아 손금으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다.

다만, 2009.12.31. 개정된 「법인세법」 제13조에서 규정하는 결손금인지를 보면, 「법인세법」 제13조 제1호는 각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 공제하며, 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다고 규정하고 있고, 부칙 단서에서 신고하거나 경정·결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009.12.31. 이전에 과세표준을 신고하거나 경정·결정한 경우에는 종전 규정에 따른다고 규정하고 있어, 이는 2010년 이후 발생하는 결손금부터 적용되고, 그 이전 발생한 결손금에 대하여 공제되도록 해석하는 것이 타당하다고 보이며, 청구법인은 2005～2007사업연도 법인세 과세표준을 신고한 점, 청구법인이 쟁점토지를 사업용토지로 인정받음에 따라 손금불산입된 관련 지급이자 등도 업무용자산의 손금으로 산입되어야 하는 점, 2005～2007사업연도 결손금 및 손금을 산입함에 따라 2009사업연도 이월결손금을 증가시키는 점, 2005사업연도에 발생한 결손금은 2009사업연도 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금에 해당하는 점 등으로 볼 때, 2005～2007사업연도에 쟁점토지와 관련하여 발생한 지급이자 등 손금불산입액을 각 사업연도 손금에 산입하여 발생한 이월결손금을 2009사업연도 이월결손금으로 공제하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 청구법인이 2009사업연도 이월결손금으로 공제하여 달라는 경정청구를 처분청이 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.