2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2008. 4. 10. 원고에 대하여 한 2003년도 제2기분 부가가치세 1,648,252,980원, 2004년도 제1기분 부가가치세 3,341,935,473원의 각 부과처분을 모두 취소한다(원고는 당심에서 위와 같이 청구를 변경하였다).

2. 항소취지

주문과 같다.

가. 원고는 2002. 10. 1. 설립되어 2005. 12. 30. 폐업하였는데, 금지금(金地金, 금괴

・ 골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1,000분의 995 이상인 금을 말한다)의 수출입업 및 도매업 등을 영위하였던 회사이다

나. 피고는 ① 원고가 수입한 금지금과 관련하여 2002. 10. 1.부터 2003. 6. 30.까지 사이에 금지금 도매상인 주식회사 XX, 주식회사 OO닷컴, 주식회사 □□상사, 주식회사 ◇◇, 주식회사 △△금은에게 구매확인서에 의하여 영세율로 매출한 금지금 74,108,641,000원의 거래와 2005. 5. 1.부터 2005. 6. 30까지 사이에 주식회사 YY 금은에게 내국신용장에 의하여 영세율로 매출한 금지금 5,754,569,000원의 거래를 '허위로 작성된 구매확인서와 내국신용장에 의한 거래'로 보아 부가가치세법상의 영세율의 적용을 부인하고, ② 원고가 수출한 금지금과 관련하여 2003. 8. 1.부터 2004. 6. 찌까지 금지금 도매상인 KK엔터프라이즈 주식회사, 주식회사 YY금은으로부터 금지금을 매입하고(이하 '이 사건 금지금 거래'라 한다) 교부받은 합계 37,281,448,000원의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 매입세액을 불공제하여, 원고에 대하여 2008. 4. 10.자로 2002년도 제2기분 부가가치세 1,898,323,210원, 2003년도 제1기분 부가가치세 7,734,973,500원, 2003년도 제2기분 부가가치세 1,951,708,330원, 2004년도 제1기분 부가가치세 3,370,821,690원의 부과처분을 하고, 2008. 5. 1.자로 2005년도 제1기분 부가가치세 116,190,270원의 부과처분 및 575,037,000원의 환급거부처분을 하였다.

다. 원고는 2008. 7. 7. 국세심판원에 위와 같은 처분의 취소를 구하는 심판을 청구 하였으나 2010. 8. 20 기각되었다.

라. 한편, 피고는 2011. 7. 7. 원고에 대하여, 앞서 본 처분 중 원고가 수입한 금지금의 거래와 관련한 부가가치세[2002년도 제2기분 부가가치세, 2003년도 제1기분 부가가치세, 2005년도 제1기분 부가가치세(환급거부 부분 포함)] 부과처분 전부와 원고가 수출한 금지금의 거래와 관련한 부가가치세 부과처분 부분 중 세금계산서합계표기재 불성설가산세 부분(2003년도 제2기 부가가치세 부과처분 중 300,262,821원과 2004년도 제1기분 부가가치세 부과처분 중 22,227,640원 부분)을 각 직권으로 취소하였다(이와 같이 직권취소하고 남은, 원고의 이 사건 금지금 거래와 관련한 2003년도 제2기분 및 2004년도 제l기분 각 부가가치세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 피고는 2011. 12. 20. 원고에 대하여 이 사건 처분 당시 오류로 과다 부과한 부가가치세 부과부분(2003년도 제2기 부가가치세 부과처분 중 3,192,537원과 2004년도 제1기분 부가가치세 부과처분 중 6,658,578원 부분)을 추가로 직권취소하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 13, 22호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체적 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 쌍방의 주장

원고는, 이 사건 금지금 거래에 있어서 부정거래의 존재사실을 알지 못하였고 알 수도 없었으므로 신의성실의 원칙을 적용하여 매입세액 공제를 부정할 수 없고, 가사 이 사건 금지금 거래에 신의성실의 원칙을 적용한다고 하더라도 폭탄업체를 경유하지 않은 금지금 거래부분은 매입세액의 공제를 허용하여야 한다고 주장한다.

이에 대하여 피고는, 금지금 수출업자로서 원고가 이 사건 금지금 거래와 관련하여 매입세액의 공제를 구하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 허용될 수 없다고 다툰다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의 출자자, 주식 분포, 본점소재지 등

가) 2002. 10. 1. 설립된 원고의 초기자금은 대표자 전BB의 부친인 전CC가 출자하였는데, 당시 위 전CC는 서울 강남구 DD동에서 카센타를 운영하던 중이었다.

나) 원고의 주식지분 변동 내역을 보면, 설립 당시부터 2003. 11. 20.까지는 전BB가 49%, 그 모친인 이DD가 45%, 부친인 전CC가 6%를 보유하였다가 2003. 11. 20부터 2004. 9. 23.까지는 전BB가 52.5%, 이DD가 45%, 전CC가 2.5%를 보유하였고, 2004. 9. 23.부터 2005. 6. 30.까지는 전BB가 24.5%, 이DD가 20%, 전CC가 2.5%, 남EE가 28%, 최FF이 25%를 각 보유하였다.

다) 원고는 설립 당시 본점 소재지가 서울 강남구 AA동 000-00였는데, 그 후 2002. 12. 17. 같은 동 000-00 AA 0000호로 이전하여 이 사건 금지금 거래기간 동안 위 주소가 본점 소재지로 계속 유지되었다. 그런데 위 주소지들은 일반 주택 소재지로 보인다.

라) 원고의 자본금은 1억 원에 불과한데도 이 사건 금지금 거래와 관련하여 약 1년 간 무려 372억여 원에 달하는 금지금을 매입하여 수출하였다.

2) 이 사건 금지금 거래의 유형 등

가) 원고는 뒤에서 보는 바와 같은 면세금제도가 시행된 이후인 2003. 8. 26.경 부터 2004. 5. 27.경까지 금지금 수출업체로서 이 사건 매입처로부터 이 사건 매입 금 지금을 과세로 매입하여 대부분 당일 또는 그 익일에 주식회사 BB의 중개로 홍콩 소재 MM. LTD.(이하 'MM 상사'라고 한다)에게 수출하고 매입세액을 환급 또는 공제받았다. 그런데 위 매입 금지금은 수입업자에 의하여 수입된 날에 6, 7단계의 거래를 거쳐 대부분 수입 당일 또는 그 익일에 원고에 의하여 수출되었다. 그 과정에서 금지금의 가공이나 변형 등이 이루어진 바는 없다.

나) 원고가 수출하였던 이 사건 매입 금지금의 거래와 관련하여서는 수입업체로부터 원고까지의 모든 거래 단계의 대금결제가 역순으로 완료되었고, 위 금지금 거래에 있어서 중간 거래단계별 업체도 금지금의 일반 도매시장의 거래시세에 관계없이 일정한 마진을 붙여 세금계산서를 발행 ・ 교부하였다.

다) 원고가 수출하였던 이 사건 매입 금지금은 모두 FF, GG무역, HH귀금속, LL쥬얼리, PP통상, QQ무역, RR골드, SS, TT월드 등 폭탄업체 들이 과세재화로 전환한 후 자신들의 매입가액보다 낮은 공급가액(다만 여기에 부가가치세액을 더한 액수, 즉 공급대가는 매입가액보다 높다)으로 매출하고 폐업 등의 방법으로 부가가치세 납부의무를 이행하지 아니하는 소위 폭탄영업과 관련되어 있다(원고는 이 사건 금지금 거래 중 일부는 폭탄업체를 거치지 않았다고 주장하나, 을 제12호 증의 9, 을 제19호증의 각 기재와 변론 전체적 취지에 비추어 보면 이 사건 금지금 거래는 모두 폭탄업체를 거친 것으로 인정되고, 이에 반하는 을 제2호증, 제6호증의 2, 제23호증의 각 기재는 믿지 아니하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다).

라) 이 사건 금지금의 수출가격은 수입가격보다 낮았고, 국내시세보다도 저렴하고 국제시세의 최저가보다도 낮거나 최저가 수준의 가격에 불과했다{원고는 이 사건 금지금의 수출가격과 국내시세 등을 비교하는데 든 국내시세자료(을 제15호증)가 도매가가 아닌 소매가라고 주장하나, 갑 10호증의 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 위 인정사실을 뒤집을 만한 자료가 없다}.

마) 원고는 이 사건 금지금 수출 당시 그 수업시에 납부된 관세에 대하여 분할 증명서를 발급받지 않았고, 금지금의 일련번호를 작성하지도 아니하였으며, 이에 따라 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 에 따른 관세(수입가액의 3%)의 환급을 신청하지도 않았다.

바) 원고는 2003. 6.까지는 주식회사 BB의 수입대행으로 홍콩업체인 MM 상사로부터 금지금을 수입하였다가 연세금제도가 시행된 이후인 2003. 8.부터는 같은 주식회사 BB의 수출대행으로 위 MM 상사에 금지금을 수출하면서 주식회사 BB에 송금한 금액에 1%를 마진으로 취하였다. 특히 주식회사 BB는 원고 등을 MM 상사에 중개하여 금지금을 수출하게 한 후 다시 위 MM 상사로부터 동일한 금지금을 2, 3일의 짧은 주기로 재수입하는 방법으로 계속 ・ 반복적으로 금지금 변칙거래를 주도하였는데, 국세청 조사에 의하면 위 BB는 수업상과 수출상을 직접 연결시켜주고 수출입물량을 통제하는 역할을 하였다.

3) 금지금 거래 중 조세포탈을 목적으로 하는 변칙적인 거래의 일반적 형태

2003. 7. 1.부터 조세특례제한법 제106조의3에 의하여 '연세금제도'가 시행되자 종로의 금지금 도매업체들 중 일부는 위 제도를 악용하여 부가가치세를 포탈하고 국고로부터 부당한 이득을 취하기 위하여 다음과 같은 탈세수법(2003. 6. 30. 이전부터 '영세율제도'의 악용을 위하여 동일한 형태로 이용되어 오면서 그 내용이 2003년경 이미 금지금 도매업계에 널리 알려져 있었다. 이하 '폭탄영업'이라 한다)을 이용하여 왔다.

가) 외관상 금지금은 '외국업체 → 수입업체 → 1차(도매)업체 → 2차업체(생략 가능) → 폭탄업체 → 쿠션업체(도관업체) → 바닥도매업체 → 수출업체 → 외국업체'의 단계를 거쳐 유통되고 그 거래대금은 수출업체로부터 수업업체까지 역방향으로 순차 지급되나, 위 유통업체들 중 적어도 폭탄업체로부터 바닥도매업체까지의 유통업체들은 특정인 또는 특정업체의 지시에 따라 세금계산서를 발행하기만 할 뿐이고, 실제로는 위 각 단계에서 금지금의 거래나 운송을 하지 아니하는 경우가 대부분이다.

나) 폭탄업체는 그 이전 단계에서 면세금으로 유통되던 금지금을 매입하여 쿠션 업체에게 10%의 부가가치세 상당액을 추가한 과세금으로 판매한 다음 단기간 내에 이익금을 현금으로 인출하여 폐업함으로써 국가로 하여금 부가가치세를 징수할 수 없게 만들고, 폭탄업체가 쿠션업체로부터 지급받은 부가가치세 상당액은 그 이후 각 단계의 업체가 직전 단계업체로부터 교부받은 세금계산서를 이용하여 매입세액을 공제받는 방법으로 순차적으로 전가되다가 결국 수출업체가 금지금을 수출한 뒤 영세율의 적용에 따라 국가로부터 환급받는바, 위 부가가치세 환급액 중 폭탄업체가 납부하지 아니한 부가가치세액에 상당하는 부분이 폭탄영업에 의한 이익의 궁극적인 원천이 된다. 위 이익은 폭탄영업에 관여한 국내업체에 각 거래단계에서의 마진(margin)의 형태로 분배 되거나 폭탄업체의 이익금(매출공급대가에서 매입대금을 공제한 나머지 금액) 중 일정 비율로 계산한 금액을 관여업체에 별도로 지급하는 소위 백 마진(back margin)의 형태로 분배되고, 또한 폭탄영업에 관여한 외국업체에도 수출가격과 수입가격의 차액(국내 업체를 기준으로 하면 수출가격이 수입가격보다 낮게 된다)의 형태로 분배된다.

다) 폭탄영업은 그 이익을 극대화하기 위하여 통상 단기간 내에 최대한 많은 물량의 금을 유통시키는바, 그에 따라 발생할 수 있는 관여업체 사이의 분쟁이나 대금유실 등의 사고를 예방하기 위하여 ① 대부분 동일한 전주(鍵主; 폭탄영업망의 외부에서 최초에 금지금의 수입결제대금을 준비하는 자를 일컫는다)가 수출업체와 수입업체를 동시에 운영하고, ② 전주가 자신이 실질적으로 지배하거나 신뢰하는 업체를 폭탄업체와 직접 거래하도록 배치하며, ③ 전주가 각 거래단계마다 거래물량, 단가 및 마진 등을 실질적으로 결정하고, ④ 수입업체부터 수출업체까지의 일련의 거래가 대부분 매우 짧은 시간에 이루어지며, ⑤ 대부분 금지금 실물이 거래단계를 건너뛰어 수출업체로 곧바로 운송되는 등의 특징을 가진다.

[인정근거] 을 제2, 9, 10, 12, 14 내지 16, 19, 20호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 저119911호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라고만 한다) 제15조는 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 쫓아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다"고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있다. 기존의 법을 구체화하거나 이를 보충하고, 또 성문법의 경직성을 보완하는 등의 기능을 통해 법의 운용에 구체적 타당성을 확보할 수 있게 하는 이 신의성실의 원칙은 조세법 영역에서도 조세법률주의의 허점을 보정하는 역할을 하므로 비록 민사법 영역에 비하여 그 적용범위가 다소 제한적일 것이기는 하나, 조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것이다. 이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 적용될 수 있다(국세기본법 제1조, 제3조 제1항 본문).

한편 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제15조는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급가액에 관한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다고 규정하고, 제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다고 규정함으로써 이른바 전단계세액공제 제도를 채택하고 있다 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부 하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제 ・ 환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다. 이러한 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제 ・ 환급을 위한 재원이 되므로 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 만일 연속되는 일련의 거래에 있어 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래 (이하 '부정거래'라고 한다)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제 ・ 환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없을 것인바, 이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 마치게 된다.

물론 위와 같은 사유가 있다 하여도 부정거래의 존재를 전혀 알 수 없는 상황에서 거래를 한 수출업자라면 원칙적으로 부가가치세법이 정하는 바에 따라 매입세액을 공제 ・ 환급받을 수 있음을 부인하여서는 아니 될 것이다 그러나 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고, 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면, 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제 ・ 환급 제도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위라고 할 것이므로 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수업을 재원으로 삼아 매입세액을 공제 ・ 환급해 주는 것은 부정거래로 부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 미치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다.

따라서 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제 ・ 환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다 할 것이므로 이는 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다고 보아야 한다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중HH 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도 불구하고 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 봄이 상당하고, 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자와 간에 구체척인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다. 그리고 위와 같은 경우 악의적 사업자와 상호의존 관계에 있는 수출업자가 국가로부터 매입세액을 공제 ・ 환급받음으로써 국고의 유출이 현실화되므로 이러한 수출업자에 대한 제재로서 그에 대한 매입세액의 공제 ・ 환급을 부인한다고 해서 악의적 사업자의 부가가치세 포탈에 대한 책임을 합리척 이유 없이 수출업자에게 전가하는 것이라고 할 수도 없다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조).

2) 위와 같은 법리에 비추어 앞서 본 인정사실 및 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 비록 원고가 조세포탈을 목적으로 소위 폭탄업체와 공모하였다고 단정할 수는 없다 하더라도 적어도 수출업자인 원고로서는 이 사건 금지금 거래에 있어서 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고, 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제 ・ 환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였다고 봄이 상당하다. 그리고 이러한 원고가 매입세액의 공제와 환급을 주장하는 것은, 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제 ・ 환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제 제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되어 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다.

가) 원고가 거래한 이 사건 금지금은 수입에서 수출까지 1, 2일의 매우 짧은 기간 내에 여러 단계의 도매업체들을 거쳐 유통되었고, 이 사건 금지금은 대부분 아무런 가공 없이 수입과 수출을 반복하였다・ 그리고 이 사건 금지금에 대한 국내거래들은 모두 짧은 기간에 이루어졌음에도 불구하고, 위 거래들이 모두 다른 가격으로 이루어져 그 관여업체들이 각자 상당한 마진을 붙였다.

나) 원고의 이 사건 금지금 수출가격은 수입가격보다 낮았을 뿐만 아니라 국내 시세 및 국제시세와 비교하여도 상당히 저렴하였다. 만약 원고가 합리적 경제주체라면 이 사건 금지금을 수출하지 않고 국내 도매업체에게 판매하는 것이 원고에게 더 많은 경제적 이득을 얻을 수 있었음에도 원고는 굳이 환차손 등 거래위험을 안고서 낮은 가격에 금지금을 수출하였는데, 이는 상식적으로 납득하기 어렵다.

다) 앞서 본 바와 같이 원고의 이 사건 금지금 유통과정에는 전형적인 폭탄영업 업체들이 반드시 관여하였다.

라) 무엇보다도 원고는 금지금 수입영업을 하다가 면세금제도가 시행된 이후인 수출영업으로 전환하였는데, 그 과정에서 수입대행업체와 수출대행업체는 모두 주식회사 BB로 동일하였다. 앞서 본 바와 같이 주식회사 BB는 국세청 조사결과 원고 등을 MM 상사에 중개하여 금지금을 수출하게 한 후 다시 위 MM 상사로부터 통일한 금지금을 2, 3일의 짧은 주기로 재수입하는 방법으로 계속 ・ 반복적으로 금지금 변칙거래를 주도하였고, 수입상과 수출상을 직접 연결시켜주고 수출입물량을 통제하는 역할을 하였다는 것인데, 원고가 상당한 기간 동안 주식회사 BB로 하여 금 수업 또는 수출을 대행케 하면서 BB에 송금한 금액의 1% 정도를 마진으로 취한 사정에 비추어 보면 원고는 이 사건 금지금 거래의 변칙적 구조나 내용에 관하여 알았거나 알 수 있었다고 봄이 상당하다.

마) 한편, 원고의 본점소재지는 이 사건 금지금 거래 당시 일반 주택 소재지로서 통상의 금지금 취급업체 사업장과 다르고, 그 실질적인 사주는 원고 대표자의 부친인 전CC로 보이는데, 전CC는 카센터를 운영하는 사람으로서 이전에 금지금 거래 경험이 없었던 것으로 보인다. 이러한 제반 사정에 비추어 볼 때 원고가 정상적인 금지금 수출업체인지에 관하여도 상당한 의문이 든다.

바) 일반적으로 금지금을 수출할 경우 수입시 납부한 관세를 환급받는 것이 정상적인데도, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 금지금을 매입하면서 관세환급에 필요한 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 소정의 분할증명서를 교부받지도 아니하였고, 이 사건 금지금을 수출하면서도 관세 환급신청을 전혀 한 바 없다.

사) 원고가 매매차익을 누리면서 이 사건 금지금을 단기간 내에 매입 ・ 수출할 수 있었던 것은 중간 단계의 악의적 사업자가 이 사건 금지금을 저가로 공급하면서 매출세액을 포탈하는 부정거래를 하였기 때문이고, 그 거래의 구조에 비추어 원고가 거액의 이 사건 금지금을 수출함으로써 그 판로를 확보해 주지 않고서는 악의적 사업자가 부정거래를 하는 것이 거의 불가능할 것이므로, 결국 원고와 악의적 사업자는 필연적인 상호 의존관계에 있었다고 할 수 있다.

아) 종국적으로 원고가 매입세액을 공제 ・ 환급받을 수 없다면 그 세액의 부담이 매매차익을 초과하여 손해를 보게 되고 그로 인하여 거래가 불가능하게 되므로 이러한 상호 의존관계는 반드시 원고가 수출에 대한 영세율 적용에 의해 국가로부터 매입세액을 공제 ・ 환급받는 것을 전제로 하고, 이러한 일련의 거래는 워낙 짧은 기간 내에 이루어지므로 국가가 사전에 이를 차단하기도 어렵다.

마. 소결론

따라서 피고가 직권취소한 부분을 제외한 이 사건 세금계산서에 대한 매입세액을 공제하지 않고 이루어진 이 사건 처분은 결과적으로 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 제1심 판결 중 피고가 직권으로 취소한 부분을 제외한 나머지 2003년도 제2기분 및 2004년도 제1기분 각 부가가치세 부과처분 부분에 관한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인데, 이 부분에 대한 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하다 따라서 제l심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.