2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여, 2016. 10. 13.에 한 2016. 10. 12.자 2015년 1기분 부가가치세 397,209,861원의, 2016. 10. 13.에 한 2016. 10. 12.자 2015년 2기분 부가가치세 1,579,203,468원의, 2016. 12. 22.에 한 2016. 10. 27.자 2016년 1기분 부가가치세 1,261,647,940원의 각 경정청구에 대한 각 거부처분을 모두 취소한다는 판결.

가. 원고는 2015. 1. 14.부터 2016. 5. 31.까지 ○○시 ○○읍 ○○○길 126, 1층에서 'CC금속'이라는 상호로 비철, 고철의 도.소매업을 영위하였다.

나. 원고는 2015년 1기부터 2016년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 다음과 같이 공급가액 합계 42,086,546,314원의 매출세금계산서를 발급하고, 공급가액 합계 1,074,414,881원의 매입세금계산서를 교부받아 부가가치세 합계 4,104,231,911원을 신고.납부하였다(이하 위 각 세금계산서를 '이 사건 각 세금계산서'라 한다).

다. 원고는 구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13797호로 개정되기 전의 것) 제106조의9 제2항에 따라 매입자로부터 위 나.항 매출세액을 징수하지 아니하고, 매입자가 같은 법 제106조의2 제3항의 구리 스크랩 부가가치세 매입자 납부특례에 따라 해당 부가가치세액을 주식회사 신한은행에 개설된 부가가치세 관리계좌에 입금하였다.

라. DD지방국세청장은 원고에 대하여 두 차례에 걸쳐 세무조사(조사대상기간: 2015. 1. 1.~2016. 5. 31.)를 각 실시한 결과, 이 사건 각 세금계산서가 실거래 없이 허위로 수수되었음을 확인하였는데, 이에 기초하여 매출세액, 매입세액을 전액 감액하고, 가공세금계산서를 발급하여 기 신고‧납부한 세액에서 세금계산서 미발급 가산세 등을 뺀 합계 3,238,061,269원(= 2015년 1기분 397,209,861원 + 2015년 2기분 1,579,203,468원 + 2016년 1기분 1,261,647,940원, 이하 '쟁점 세액'이라 한다)을 환급세액으로 하는 경정결의(이하 '이 사건 경정결의'라 한다)하였다.

마. 피고는 2016. 5. 27. 및 2016. 9. 21. 원고에게 쟁점 세액을 환급하겠다는 취지의 위 각 세무조사결과를 통지하였다.

바. 이후 원고는 2016. 10. 12. 피고에게 2015년 1기분 부가가치세 397,209,861원 및 2015년 2기분 부가가치세 1,579,203,468원의, 2016. 10. 27. 피고에게 2016년 1기분 부가가치세 1,261,647,940원의 쟁점 세액의 환급을 구하는 각 경정청구를 하였다.

사. 피고는 "부가가치세가 과세되는 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서만을 가공하여 발급하여 자료상으로 확정된 자가 관할 세무서장에게 기신고‧납부한 부가가치세 등은 환급하지 아니하는 것"이라는 이유로 원고에 대하여, 2016. 10. 13. 2015년 1기분 및 2기분 각 부가가치세에 관한 경정청구를, 2016. 12. 22. 2016년 1기분 부가가치세에 관한 경정청구를 각 거부하는 통지(이하 '이 사건 각 통지'라 한다)하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2017. 1. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 '쟁점 세액의 실납부자는 매출처(매입자)이고 원고는 매입자 납부특례에 따른 관리계좌를 통하여 거래상대방(매입자)으로부터 쟁점 세액을 수령한 것에 불과하기에 이 사건 각 통지로 인하여 권리 또는 이익을 침해를 당한자라고 보기 어렵다'는 이유로, 2017. 8. 21. 각하 결정을 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고의 본안전 항변

피고는, 원고가 자료상으로 확정되었더라도 환급하여야 할 세액이 있다면 환급세액을 환급하여야 하고, 매입자 납부특례에 따라 부가가치세가 납부되었더라도 납부의무자가 매입자로 변경되는 것은 아니라고 주장하면서 쟁점 세액의 환급을 거부한 이 사건 각 통지의 취소를 구하는 이 사건 소에 대하여, 이미 쟁점 세액이 환급세액으로 경정되었기에 쟁점 세액의 환급을 거부하는 이 사건 각 통지는 경정거부처분이 아니라 환급거부결정통지에 불과하여 항고소송의 대상인 처분이 아니라고 주장한다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 본문은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때(제1호) 등에 해당할 때에는 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다.

그런데 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수 없으므로, 납부의무자의 세법에 근거하지 아니한 경정청구에 대하여 과세관청이 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2006. 5. 12. 선고 2003두7651 판결 등 참조).

한편 구 국세기본법 제51조 제1항 등의 규정에 의하면 세무서장은 납세의무자가 국세, 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 초과납부액 등이 있는 때에는 즉시 이를 국세환급금으로 결정하여야 한다. 위에서 초과납부액이라 함은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하므로, 위 초과납부액 등은 모두 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당한다.

따라서 이러한 부당이득의 반환을 구하는 납세의무자의 국세환급청구권은 초과납부액의 경우에는 신고 또는 부과처분의 취소 또는 경정에 의하여 조세채무의 전부 또는 일부가 소멸한 때에 확정되고, 국세기본법 제51조 등의 국세환급금 등에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금 등에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 위 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함) 결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로, 위 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체판결, 대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두8780 판결 대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284 판결 등 참조).

2) 살피건대, 원고는 2015년 1기부터 2016년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 공급가액 합계 42,086,546,314원의 매출세금계산서를 발급하고, 공급가액 합계 1,074,414,881원의 매입세금계산서를 교부받아 부가가치세 합계 4,104,231,911원을 신고.납부한 사실, 중부지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 통해 위 각 세금계산서가 실거래 없이 허위로 수수되었음을 확인하고, 이에 기초하여 매출세액, 매입세액을 전액 감액하고, 가공세금계산서를 발급하여 기신고‧납부한 세액에서 세금계산서 미발급 가산세 등을 공제한 쟁점 세액을 환급세액으로 하는 이 사건 경정결의를 한 사실, 이후 원고는 피고에게 2015년 1기분부터 2016년 1기분까지의 부가가치세에 관한 쟁점세액의 환급을 구하는 각 경정청구를 하였으나, 피고는 원고에 대하여 위 각 경정청구를 거부하는 이 사건 각 통지를 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 경정결의를 통해 이미 감액이 확정된 쟁점 세액의 환급에 관한 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없으므로, 이 사건 각 통지는 위 경정결의를 통해 이미 확정된 쟁점 세액에 대한 원고의 환급청구를 거부하는 환급거부결정이라고 할 것인바, 이 사건 각 통지는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당되지 아니한다고 봄이 타당하다.

3) 따라서 이 사건 각 통지의 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.