2. 원고가 한 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

피고가 2010. 3. 2. 원고에게 한 2008년 귀속 양도소득세 3,267,922,788원과 가산세 268,623,252원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유 중 “1. 처분의 경위 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 나. 관계법령 다. 판단 (1) 이 사건 부동산에 대한 이월과세의 적용 여부”까지는 아래와 같이 고치는 것 말고는 제1심 판결 해당 부분과 같다. 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.

○ 제1심 판결 2쪽 아래에서 7째 줄 “2008. 12. 4.”을 “2008. 12. 12.경”으로 고친다.

○ 제1심 판결 3쪽 2째 줄 “2010. 3. 11.”을 “2010. 3. 2.”로 고치고, 3째 줄 “(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)”를 지우며, 6째 줄 “경정처분을 하였다.”를 “경정처분을 하였다(당초 2010. 3. 2.자 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).”로 고친다.

○ 제1심 판결 6쪽 아래에서 6째 줄 다음에 “또한 조세특례제한법 제32조 제2항 의 ‘법인의 자본금’을 ‘기업회계기준에 의한 대차대조표상의 자본금’으로 보더라도 마찬가지라고 할 것이다. 나아가 이러한 관계법령의 규정 내용에다가 중소기업의 대형화를 유도하기 위하여 개인중소기업의 법인전환을 지원할 목적으로 도입된 입법취지 등을 더하여 보면, 조세특례제한법 시행령 제29조 를 위와 같이 법문대로 해석함으로써 비영리법인(특히 재단법인)을 이월과세 적용 대상에서 제외한다고 하더라도 그것이 모법인 조세특례제한법 제32조 의 위임 범위를 벗어난 것으로서 무효라거나 합리적 이유 없이 재단법인과 사단법인을 차별하여 조세평등의 원칙에 반한다고 볼 수도 없다.”를 추가한다.

2. 신뢰보호 원칙을 위반하였는지 여부에 관한 판단

일반적으로 행정상의 법률관계에서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해 표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해 표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다( 대법원 2001. 9. 28. 선고 2000두8684 판결 , 대법원 2006. 2. 24. 선고 2004두13592 판결 등 참조).

이러한 법리에 비추어 이 사건 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 위배되는지 여부를 본다. 갑 제6호증, 을 제7 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 일부 기재, 제1심 증인 소외 1 및 당심 증인 소외 2, 3의 각 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 소외 1은 장기간 세무공무원으로 근무하다가 1998.경부터 세무사 업무를 하여 왔는데, 2007. 6.경 원고로부터 이 사건 의료법인으로 전환하는 것에 대한 자문을 의뢰받아 위 법인으로 전환시 양도소득세의 이월과세가 가능한지 여부를 검토한 사실, 그 과정에서 소외 1은 2008. 3.경 친분이 있던 안산세무서 세무공무원인 소외 2에게 이월과세의 가능 여부 등을 문의하였는데, 당시 이월과세 업무를 담당하지 않았던 소외 2는 개인적으로 국세청에 관련 예규의 존재 여부 등을 확인하는 방법으로 법리검토를 하였을 뿐 별도로 담당 직원에게 문의하거나 서면질의를 요청하지는 아니하였고, 단순히 소외 1에게 ‘이월과세 신청을 해도 무방할 것 같다’는 취지의 개인적 의견을 구두로 전달한 사실, 소외 2의 조언과 소외 1의 자문 등에 따라 원고는 개인병원을 이 사건 의료법인으로 전환하는 업무를 추진하여 2008. 6. 5. 이 사건 의료법인을 설립한 후 2008. 8. 1. 이 사건 부동산을 포괄적으로 위 법인에 양도한 사실, 그 업무추진 과정에서 당시 원고 측 기장대리를 맡고 있던 소외 4 세무법인은 2008. 7. 3. 국세종합상담센터장에게 ‘개인법원이 의료법인 전환시 양도소득세 이월과세 여부’에 관한 서면질의를 요청하였으나 같은 달 31. 이월과세를 적용받을 수 없다는 내용의 회신을 받은 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 안산세무서 세무공무원 소외 2는 평소 친분관계에 있던 소외 1 세무사로부터 자신의 담당업무가 아님에도 이월과세 가능 여부에 관한 문의를 받고 구두로 개인적인 의견을 전달한 것에 불과하므로, 이러한 개인적인 의견 전달이 피고 측의 공적인 견해표명이라고 보기는 어렵고, 원고가 제출한 증거만으로는 그 주장과 같은 공적인 견해표명이 있었음을 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다(또한 원고 측에서 기장대리인인 소외 4 세무법인을 통하여 국세종합상담센터장에게 이월과세 적용 여부에 관한 공식적인 서면질의를 요청한 바 있음에도 불구하고 그 회신을 기다리거나 이를 충분히 검토하지 아니한 채 비공식적 자문 등에 의존하여 이 사건 부동산을 양도하는 등으로 성급하게 의료법인 전환 업무를 추진한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때 비공식적 자문을 잘못 신뢰한 데 대하여 원고 측에 상당 부분 귀책사유가 있어 보인다). 나아가 이 사건 부과처분에 이르게 된 경위 등을 보더라도, 원고가 2008. 10. 30.에 한 이월과세신청에 대하여 피고가 이를 받아들여 2008. 12. 12.경 이월과세결정을 한 후 2009. 10. 20. 중부지방국세청에서도 세무조사결과 그 신청이 적정하다고 통지한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 이 사건 의료법인 전환 경위, 이 사건 부과처분의 경위와 그 전후 상황 등에서 보는 바와 같이 이 사건 부과처분은 이월과세가 부적정하다는 2009. 12. 29.자 감사원의 감사결과 통보(을 제5호증)에 따라 피고가 잘못된 종전 이월과세결정을 시정하기 위하여 한 것이므로 신뢰보호 원칙 위배가 문제된다고 볼 수도 없다.

따라서 원고가 주장하는 모든 사정을 감안하더라도 이 사건 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다. 이 부분 원고 주장도 받아들일 수 없다.

3. 가산세에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다( 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).

이 사건의 경우, 원고가 세무공무원 소외 2 등을 통한 비공식적인 자문 결과 이월과세가 가능하다는 응답을 받은 다음 이에 따라 이 사건 의료법인 전환 업무 등을 추진하였고, 세무당국에서도 감사원의 감사결과가 있기 전까지 이월과세가 가능하다는 입장이었다고 하더라도, 앞서 보았던 관계법령의 규정 내용, 이월과세 신청 및 이 사건 부과처분 경위와 그 전후 상황 등에 비추어 보면, 그와 같은 사정과 원고가 제출한 증거들만으로는 이월과세 여부에 관하여 관계 법령 자체에 오인할 수 있는 규정들이 존재한다거나 그 해석을 둘러싼 견해 대립이 있다고 보기 어려우므로, 원고가 주장하는 것처럼 세법 해석상 의문이 있는 경우에 해당하여 원고에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다. 이 부분 원고 주장 역시 받아들일 수 없다.

4. 결론

이 사건 부과처분은 적법하다. 이와 달리 본 제1심 판결은 부당하다. 피고가 한 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 원고가 한 청구를 기각한다.