구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 은 “증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 ‘창업법인 등’이라 한다)의 종업원이 주식매입선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(그 주식의 실제 매입가액과 시가와의 차액을 말한다)은 이를 근로소득 등으로 보지 아니한다.”고 규정하고, 제2항 은 “ 제1항 의 규정에 의한 주식매입선택권은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것에 한한다.”고 규정하면서, 제1호 에서 ‘창업법인 등이 당해 주식매입선택권을 부여하기 전에 주식매입선택권의 매입가액 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 당해 종업원과 약정한 것일 것’, 제2호 에서 ‘ 제1호 의 규정에 의한 주식의 매입가액이 대통령령이 정하는 가액 이상일 것’, 제5호 에서 ‘ 제2호 의 규정에 의한 주식의 매입가액의 연간 합계액이 대통령령이 정하는 금액 이하일 것’을 각 규정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제13조 제4항 은 “ 법 제15조 제2항 제1호 의 주주총회의 결의는 상법 제434조 의 규정에 의한 결의를 말한다.”고 규정하고, 제5항 은 “ 법 제15조 제2항 제2호 에서 대통령령이 정하는 가액이라 함은 다음 각 호의 1에 규정하는 금액을 말한다.”고 규정하면서, 제1호 에서 ‘자기주식을 취득하여 부여하는 경우에는 주식매입선택권의 부여일을 기준으로 상속세 및 증여세법 제63조 의 규정을 준용하여 평가한 당해 주식의 시가’를, 제2호 에서 ‘ 제1호 외의 경우: 제1호 의 규정에 의하여 평가한 당해 주식의 시가와 당해 주식의 액면가액 중 높은 금액’을 각 규정하고, 제7항 은 “ 법 제15조 제2항 제5호 에서 대통령령이 정하는 금액이라 함은 5천만 원을 말한다.”고 규정하고 있다.

위 각 규정의 내용과 입법 취지를 종합하면, 주식매입선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익이 구 조세특례제한법 제15조 제1항 소정의 과세특례대상 소득이 되기 위하여는 같은 조 제2항 제1호 에 의하여 주식매입선택권 부여 당시 매입가액을 정하는 경우는 물론이고 주식매입선택권 부여 후 그 매입가액을 조정하는 경우에도 기존 주주들의 이익을 보호하기 위하여 상법 제434조 의 규정에 의한 결의(이하 ‘주주총회 특별결의’라 한다)를 거쳐야 함이 원칙이지만 ( 대법원 2009. 5. 28. 선고 2006두5755 판결 참조), 주식매입선택권 부여 후 매입대상 주식이 분할되어 그 분할비율에 따라 1주당 매입가액을 감액하는 경우는 분할비율에 따라 매입대상 주식의 수량이 늘어나는 반면 그 1주당 액면가액이 감액되는 것을 반영함으로써 주식매입선택권 부여 당시의 조건을 그대로 유지시켜 주는 것에 불과하고 기존 주주들의 이해관계에 어떠한 영향을 미치지 아니하므로, 이러한 경우에까지 주주총회 특별결의를 거쳐야 한다고는 볼 수 없고, 이와 같이 하여 감액된 1주당 매입가액으로 주식매입선택권을 행사함으로써 얻는 이익은 매입가액의 연간 합계액 5천만 원에 해당하는 부분의 한도 내에서 여전히 구 조세특례제한법 제15조 제1항 소정의 과세특례대상 소득이 된다고 봄이 상당하다 .

같은 취지에서 원심이, 원고가 임직원인 소외인 등에게 이 사건 주식매입선택권을 부여한 후 주식분할로 인한 가치변동을 반영하여 주식매입선택권 부여 당시의 행사조건을 균등하게 유지시켜 주기 위하여 그 매입가액을 분할비율에 따라 조정한 것에 관하여는 주주총회 특별결의가 필요 없다고 전제한 다음, 이 사건 주식매입선택권 행사 당시 1주당 시가와 위와 같은 조정을 거친 1주당 매입가액의 차액에 주식분할을 반영하여 조정된 부여 주식수량 중 실제 행사한 주식수량을 곱하여 산출된 금액은 매입가액의 연간 합계액 5천만 원에 해당하는 부분의 한도 내에서 구 조세특례제한법 제15조 제1항 소정의 과세특례대상 소득이 된다고 판단한 것은 정당하므로, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 조세특례제한법 제15조 에 관한 법리오해 등의 잘못이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.