처분청은 청구인이 2001.7.20. ○○시 ○○구 ○○동 산 ○○번지 소재 ○○아파트 ○○동 ○○호(대지지분권 50,883분의 21.12㎡, 건축물 59.9326㎡, 이하 “이 사건 ○○호 아파트”라 한다)를 취득한 후, 2002.3.30. 이 사건 ○○호 아파트에 대한 취득세 2,320,800원(가산세 포함), 등록세 2,901,000원, 지방교육세 580,200원, 합계 5,802,000원을 신고납부하고, 2001.8.20. 같은 동 유림아파트 105동 ○○호(대지지분권 50,883분의 15.877㎡, 건축물 45.0688㎡, 이하 “이 사건 ○○호 아파트”라 하고, 이 사건 ○○호 아파트와 이 사건 ○○호 아파트를 “이 사건 아파트”라 한다)를 취득한 후 2001.9.29. 이 사건 ○○호 아파트에 대한 취득세 1,934,000원을 신고납부하고, 2001.10.31. 등록세 2,901,000원, 지방교육세 580,200원을 신고납부하자 이를 같은 날 수납하여 각각 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 임대주택사업을 영위하기 위하여 2001.6.25. 이 사건 ○○호 아파트매매계약을 체결하고, 2001.7.12. 이 사건 ○○호 아파트매매계약을 체결한 다음, 임대주택법에 의한 임대사업자 등록을 하기 위하여 2001.7.15.경 이 사건 아파트에 대한 매매계약서를 제출하고 처분청(허가민원과)에 임대사업자등록을 신청하였으나 잔금을 지급한 공급계약서가 아닌 매매계약서의 확인만으로는 임대주택사업자 등록을 할 수 없다는 사유로 반려하므로서 이 사건 ○○호 아파트의 잔금은 2001.7.20. 지급하고 이 사건 ○○호 아파트 잔금은 2001.8.20. 지급한 다음, 2001.9.6. 임대사업자등록(2001-15호)을 필하였으므로, 구 ○○시세감면조례(2002.3.21. 조례 제3767호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항의 규정에 의하여 이 사건 아파트에 대한 취득세와 등록세는 과세면제되어야 함에도, 이 사건 아파트를 임대사업자등록일 이전에 취득하였다는 사유로 과세면제대상에서 제외하는 것은 부당할 뿐만 아니라, 임대주택법시행령 제6조 제2항 제4호에서 주택을 매입하기 위한 계약을 체결한 자도 임대사업자로 등록할 수 있음에도 잔금을 지급한 공급계약서가 없다는 사유로 임대사업자등록을 반려한 것은 처분청의 귀책사유가 있는 것으로 보아야 하므로, 처분청의 잘못으로 인하여 신고납부한 법리오해로 인한 이 사건 취득세 등의 환부를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 임대주택법 제6조 규정에 의하여 주택임대사업자로 등록하기 전에 취득한 주택에 대한 취득세 등이 구 ○○시세감면조례의 규정에 의하여 면제되는지의 여부에 있다 하겠으므로,

먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 구 ○○시세감면조례 제13조 제1항(2002.3.21. 조례 제3767호로 개정되기 전의 것)에서 임대주택법 제2조 제4호에 의한 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 최초로 분양 받아 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하고, 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하의 공동주택을 취득하는 경우 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있으며, 임대주택법 제2조 제4호에서 ‘임대사업자’라 함은 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자를 말한다고 규정하고, 같은 법 제6조 및 같은법시행령 제6조 제1항과 제2항 제4호에서 2세대이상 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장에게 등록을 신청할 수 있고 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자라고 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 2001. 7. 20과 2001. 8. 20. 이 사건 ○○호 아파트와 이 사건 ○○호 아파트를 취득한 후 2001. 9. 6. 임대사업자등록(2001-15호)을 필한 후, 이 사건 ○○호 아파트에 대한 취득세는 2001. 9. 29. 신고납부하고 등록세 등은 2001. 10. 31. 신고납부한 다음, 이 사건 ○○호 아파트에 대한 취득세(가산세 포함) 및 등록세 등은 2002. 3. 30. 신고납부한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 임대사업자등록을 하기 위하여 2001. 7. 15.경 이 사건 아파트에 대한 매매계약서를 제출하고 처분청(허가민원과)에 임대사업자등록을 신청하였으나 잔금을 지급한 공급계약서가 아닌 매매계약서의 확인만으로는 임대주택사업자등록을 할 수 없다는 사유로 반려하므로서 2001. 7. 20.(이 사건 ○○호 아파트)과 2001. 8. 20.(이 사건 ○○호 아파트) 잔금을 지급하고 2001. 9. 6. 임대사업자등록(2001-15호)를 필하였으므로, 구 ○○시세감면조례 제13조 제1항의 규정에 의하여 이 사건 아파트에 대한 취득세 및 등록세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만,

구 ○○시세감면조례 제13조 제1항에서 임대주택법 제2조 제4호에 의한 임대사업자가 임대할 목적으로 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택을 최초로 분양받은 경우에는 취득세와 등록세를 면제한다라고 규정하고 있는 바, 동 규정은 임대주택법 제2조 제4호에 의한 임대사업자로 등록한 자가 임대를 목적으로 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세 및 등록세가 과세면제되지만, 임대사업자로 등록하지 아니한 자가 동 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세 및 등록세가 과세되는 것으로 보아야 하므로, 청구인의 경우와 같이 2001. 9. 6. 임대사업자로 등록하기 이전인 2001. 7. 20. 이 사건 ○○호 아파트를 취득하고, 2001. 8. 20. 이 사건 ○○호 아파트를 취득한 것이 검인계약서 등에서 입증되고 있는 이상, 이 사건 아파트에 대한 취득세 등은 과세면제대상에서 제외되어야 하고,

또한 임대주택법시행령 제6조 제2항 제4호에서 주택을 매입하기 위한 계약을 체결한 자도 임대사업자로 등록할 수 있음에도 잔금을 지급한 공급계약서가 없다는 사유로 임대사업자등록을 반려한 것은 부당하고 이로 인하여 잘못 신고납부한 이 사건 취득세 등의 환부를 구하고 있지만, 임대주택법시행령 제6조 제2항 제4호에서 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자라고 규정하고 있으므로, 동 규정에서 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 처분청으로부터 검인을 받은 계약서나 분양계약서를 처분청에 제출하여 임대사업자로 등록하여야 함에도 청구인은 검인계약서나 분양계약서가 아닌 일반계약서를 제출함으로서 임대사업자 등록을 필하지 못하였다는 사실이 처분청담당공무원(지방행정주사보 ○○○)의 확인서에서 입증되고 있는 것으로 미루어 보면, 이 사건 아파트를 취득하기 전에 임대사업자 등록을 필하지 못한 그 귀책사유는 청구인에게 있는 것으로 보아야 하므로, 청구인이 이 사건 아파트에 대한 취득세 등을 신고납부한 것은 적법하다고 판단되고, 이 사건 아파트중 아파트의 취득세 및 등록세 등을 2001. 9. 29. 신고납부하였으면 지방세법 제73조 제1항 및 같은법 제74조 제1항의 규정에 의하여 신고납부일로부터 90일이내인 2001. 12. 28.까지 ○○시장에게 이의신청을 하여야 함에도 신고납부일로부터 200일이 경과한 2002. 4. 22. 이의신청을 접수한 것이 민원서류일부인 등에서 입증되고 있는 이상, 이 사건 ○○호 아파트에 대한 취득세 및 등록세 등의 이의신청은 청구기간 도과로 인하여 각하되어야 할 것으로 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 7. 29.

행 정 자 치 부 장 관