가. 청구인은2006.4.17. ‘OOOOOOOOOOOO’내에 위치한OOOO OOOOOOOO 토지1,651.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 OOOOOO으로부터 매매가액1,819,291,070원에 취득하고 「지방세법」제276조 제1항 또는 「OOOOOO OOOO」 제28조의 규정에 의해 취득세등을감면받았다.

나. 처분청은2009.4.17. 이 사건 토지에 대한 현장조사를 통하여 이 사건 토지가 나대지 상태로 방치되어 있음을 확인하고, 청구인이 이 사건토지의 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 직접사용하지 아니한 것으로 보아 「지방세법」 제276조 제1항 단서에 의거2009.6.11. 취득세 36,647,790원, 농어촌특별세 3,664,770원, 등록세 36,647,790원, 지방교육세 7,329,550원, 합계 84,289,900원(가산세 포함)을 부과고지하고, 2009.6.16. 2006년부터 2008년까지 기 감면하였던 재산세 26,788,750원, 지방교육세 7,329,550원, 합계 32,146,490원을 추징하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2009.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

이 사건 토지 취득일부터 유예기간내 당해사업에 직접 사용하지 못한 이유는 용적률 변경에 대한OOOOOO과의 행정소송 및 소송진행 중에 발생한 소유권이전등기말소 청구사건에 따른 OOOOOO의 부동산처분금지 가처분결정 등 법적다툼 등으로 인한 것으로서 위와 같은 사유는 정당한 사유에 해당되므로 이 사건 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은이 사건토지를 취득한 후 당초 입주계약내용대로 공장을 건축하고자 하였다면 건축이 가능했음에도 입주계약상당초 100%인용적률을 무리하게 증가시키기위하여 OOOOOO과 약 2년2개월에걸친 장기간의 소송을 진행한 사실에서, 이는 법령의 제한이나행정관청의 사용 금지·제한에 해당되는 것이 아니라 청구인의경영상 필요에 의한 자유로운 의사결정에 따른 것이라고 판단되므로, 이를 두고 정당한 사유가 있었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

또한, 청구인은 소유권이전등기말소 소송과 관련한 처분금지가처분에 의해사업의 추진이 불가하였다고 주장하지만, 가처분기간 동안 청구인의 경영·수익상필요에 의해 당초 입주계약과 달리 용적율 상향조정을 위한 소송을 진행하고 있었고,가처분등기 말소일 이후 2009.8.4. 이 사건 토지를 청구외 (O)OOOOOOOO에 현물출자를 원인으로 소유권 이전을 하였으며,소유권 이전이후 자가공장에서 분양이 주목적인 아파트형 공장으로 변경하여 건축허가를 받은 사실에서 당해 업종에 직접 사용하기 보다는 매각을 전제로 한 점에서, 이 사건 토지를 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 노력을 다하였다고 인정할 만한 입증자료도 없이 단순히 사인 간에 소송이 있었다는 이유만으로 유예기간내 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

산업단지내의 토지를 취득하고 유예기간(3년)내에 당해 업종의 용도에 직접 사용하지 못한데 대한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제276조(산업단지 등에 대한 감면)①「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감( 「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다.다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

(2) OOOOOO 감면조례

제28조 (OOOOOOOOOOOO에 대한 감면)「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 OOOOOOOOOOOO(산업시설용지에 한한다)내에 입주하는 자가 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제7조의3의 규정에 의하여 시장이 OOOOOOOOOOOO의 주요 유치업종으로 고시한 지식 및 정보통신산업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산(이미 분양을 받았거나 사업용으로 사용하는 것을 승계취득하는 경우에는 제외한다)에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 당해 업종의 용도에 직접 사용하지 않고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제38조 (입주계약 등)① 산업단지에서 제조업을 하거나 하려는 자는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 관리기관과 그 입주에 관한 계약(이하 "입주계약"이라 한다)을 체결하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 입주기업체 및 지원기관이 입주계약사항 중 지식경제부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에는 새로 변경계약을 체결하여야 한다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제48조의2 (입주기준 등)④ 관리기관이 법 제38조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 입주계약을 체결하려면, 법, 이 영, 그 밖에 관련 법령 및 해당 산업단지의 관리기본계획에 적합하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인이 대표이사로 있었던 OOOOOO(O)O OOOOOO은 2003.4.16. OOOOOOOOOO내에 있는 12B-9L 대지 1,654㎡(이 사건 토지로 확정되기 전의 가번지와 면적임)에 대하여 OOOOOO을 매도인으로, OOOOOO(O)를 매수인으로 하고, 지정용도는 산업시설용지로 하여 용지 매매계약을 체결하였고, 같은 날 입주계약을 체결하였으며, 청구인은 2003.4.22. 위 용지매매계약 및 입주계약상 OOOOOO(O)의 지위를 포괄적으로 승계하는 내용의 권리·의무승계 계약을 체결한 후 2006.4.17. 이 사건 토지의 매매대금(정산금)을 완납하였다.

(나) 청구인은 2006.6.6.OOOOOO에게 당초 건축면적 1,654㎡를 20,184.11㎡로 변경하는 입주계약변경을 신청하였는데, 이에 OOOOOO은2006.6.15. ‘OOOOO 지방산업단지 입주계약 변경 신청건은 용적율의 과도한 증가와 OOOO 지방산업단지 입주 대상업종 이외의 업종추가 및 신청대상자의 부적격 등의 사유로 변경할 수 없으며, 산업단지 입주계약 변경은 OOOO 지방산업단지 개발계획에 부합할 경우에만 가능’하다고 회시하였다.

(다) 청구인은 위 입주계약변경신청이 거부당하자 2006.9.5. OOOOOO을 상대로 계약변경거부처분 취소소송을 제기하였으나, OOO은 2008.6.26. OOOOOO는 용도지역만으로 용적률이 결정되는 것이 아니라 OOOOOO 조성목적에 부합하는지 여부에 따라 입주계약 및 변경계약을 체결할 수 있는 것으로서 피고(OOOO)은 1997년 9월경 이 사건 OOOOOO를 지방산업단지로 지정후 1999년 경 개발계획을 수립하면서 산업단지 내의 개발밀도를 400%로 정하고, 2004년2월경 토지처분계획을 수립하면서 용적률을 400%로 제한한 사실, 당초 OOOOOO의 입주계약신청서에는 건축면적이 1,654㎡로 되어 있었고, 피고(OOOO)는 OOOOOO의 신청내용이 관계법령 및 OOOOOO의 관리기본계획에 적합하다고 판단하여 입주계약을 체결하였으며, 원고(청구인)는 OOOOOO로부터 그 지위를 양수하면서 당초의 신청서 내용대로 공장을 건립하겠다는 내용의 이행각서를 피고에게 제출한 사실, 이 사건 OOOOOO에 입주계약을 체결한 공장 중 그 용적률이 1,000%에 가까운 공장은 아파트형 공장 2개뿐이고 나머지는 용적율이 400% 미만인 사실을 인정할 수 있으므로 피고의 이 사건 거부처분은 적법하다 할 것이며, 피고가 2개의 아파트형 공장에 1,000%에 가까운 용적률을 허용한 것은 이는 수익적 행정행위로 재량행위에 해당하고 아파트형 공장은 일반 공장보다 용적률이 높은 것이 당연히 예상되는 공장이며 산업시설용지의 조기활성화 등을 위한 피고의 정책적 목적에서 이를 허용한 것으로 보인다는 이유로 원고(청구인) 패소판결(OOOOOOOOO)을 하였다.

(라) 2007.6.7. 이 사건 토지의 최초 계약자인 OOOOOO(O)의 주주인 OOO가 소송을 통하여 OOOOOO(O)와 청구인 사이에 2003.4.22. 이 사건 토지 매매계약 승계의 적법성을 문제 삼아 이 사건 토지에 대한 OOOOOOOOOO의 가처분결정(OOOOOOOOOO)이 있었으며, 2009.1.29. 가처분 등기가 말소되었다.

(마) 처분청은 2009.3.23.청구인에게 이 사건 토지가OOOOOOOOOO 용지매매계약 및 입주계약에 따른 지정용도로 현재까지 건축물 미착공 등 사용하지 않고 있으므로 2009.9.27.까지 지정용도로 사용토록 하는 시정명령을 하였으며, 처분청담당공무원은 2009.4.17. 이 사건 토지에 대한 현장조사 후, 이 사건 토지는 과세유예기간 종료일(2009.4.17.) 현재 건물신축을 위한 터파기 공사나 옹벽설치 등 어떠한 공사행위도 한 사실이 없이 유채꽃이 식재되어 있는 등 나대지 상태로 방치되어 있다고 결과보고하였다.

(바) 한편, 이 사건 토지는 2009.8.4. (O)OOOOOOOO로 소유권이전 등기(OOOO O OOOOOOOOOO OOOO)되었고, 2009.8.17. (O)OOOOOOOO는 사업자OOOOO(O)OOOOOOOOO 및 사업내용 변경(자가공장→아파트형 공장)을 내용으로 하는 산업단지 입주 변경계약을 처분청과 체결하였으며, 2009.9.1. (O)OOOOOOOO는 처분청으로부터 공장(아파트형공장)을 주용도로 하여 연면적 9,843.12㎡로 하는 건축허가를 받았다.

(2) 지방세법 제276조 제1항 및 OOOOOO 감면조례 제28조를 종합하면, OOOOOOOOOOOOO에 입주하는 자가 OOOOOOOOOOOOO의 주요 유치업종으로 고시한 지식 및 정보통신 산업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 등을면제하되, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 당해 업종의 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 당해 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 법령ㆍ사실상의 장애사유와 장애 정도, 청구법인이 토지를 당해 사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO OO, OOOOOOOO OO OO).

(3) 살피건대,청구인은 OOOOOO의 입주계약변경(용적률변경)거부처분으로 인한 행정소송으로 유예기간내 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고주장하나,입주계약서의 특약사항에 입주계약 등에 관한 사항은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 등을 따른다고 규정하고 있고, OOOOOO은 1999년경 OOOOOO의 개발과 관련하여 개발밀도를 400%로 정하였으며, 2004년 2월경 토지처분계획을 수립하면서 용적률을 400%로 제한한 사실 등을 볼 때 청구인은 이 사건 토지 취득 당시부터 입주계약변경을 하려면 관련법령 및 당해 산업단지의 관리기본계획에 적합하여야 한다는 사실을 알 수 있었다 할 것임에도 무리한 용적률 변경을 이유로 소송을 진행하는 과정에서 이 사건 토지를 유예기간내에 직접사용하지 못한 것이므로 이 사건 토지를 유예기간내 사용하지 못한 사유가법령에 의한 금지·제한 등 외부적인 사유로 보기는 어렵다 할 것이며,이 사건 토지에 대한 가처분결정으로 인하여 이 사건 토지를 유예기간내에 사용하지 못하였다는 주장과 관련하여서도 이 사건 토지에 대한 가처분결정은 OOOOOO(O)의 주주 1인이 청구인 앞으로 경료된 소유권이전등기 말소와 OOOOOO(O) 앞으로의 소유권이전등기를 위한 것으로 이는 법령상의 장애라기 보다는 청구인의 내부적인 사정에 기인한 것이라 할 것이다.

또한청구인이 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 유예기간을 넘긴 내부적인 사유가 있었는지 여부를 보면청구인은 이 사건 토지와 관련하여 무리한 용적률변경을 이유로 한 행정소송 및 가처분결정과 관련된 소송을 한 사실 외에는 이 사건 토지에 대하여 건축착공 등을 위한 노력을 한 흔적이 없고, 더욱이 유예기간(2009.4.17.)내에 소송종결(2008.6.26.) 및 가처분등기말소(2009.1.29.) 후에도 별다른 노력없이 나대지 상태로 방치하였다가 바로 매각(2009.8.4)하였으므로 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기도 어렵다 할 것이다.

따라서, 청구인이 이 사건 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 업종의 용도에 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유가 있다는 주장은 받아들기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.