소송총비용은 원고가 부담한다.

이 판결의 이유는, 제1심판결의 제4면 제17행 이하 부분을 아래의 제2항과 같이 수정하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같다.

2. 수정하는 부분

1) 이 사건 부칙 및 2001년 개정전 조세특례제한법의 적용 여부

원고는, 노원을지병원과 관련된 임시투자세액의 공제 여부는 이 사건 부칙에 의하여 적용되는 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 에 따라 판단하여야 한다고 주장한다.

피고는, 이 사건 부칙의 “ 제130조 제1항 의 개정규정”은 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 의 “대통령령이 정하는 디지털 방송장비를 제외한다”는 부분만을 의미하므로, 노원을지병원에 대해서는 이 사건 부칙 및 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 이 적용되지 않고 이 사건 처분 당시의 규정(2005 ~ 2007 사업연도 법인세는 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전 조세특례제한법 제130조 제2항 , 2008 사업연도 법인세는 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전 조세특례제한법 제130조 제2항 )이 적용되어 임시투자세액이 공제되지 않는다고 주장한다.

먼저 이 사건 부칙이 그 뒤에 이루어진 조세특례제한법의 개정에 의하여 폐지되었는지 여부에 관하여 살피건대, 조세특례제한법이 이 사건 부칙이 제정된 후 이 사건 처분이 있기까지 여러 차례 개정되었으나 이 사건 부칙은 개정되거나 삭제되지 않았고, 조세특례제한법의 개정 과정에서 이 사건 부칙과 모순·저촉되는 규정이 생긴 사실도 없으므로, 이 사건 부칙은 이 사건 처분 당시 유효하게 존속하였던 것으로 판단된다.

다음으로, 노원을지병원과 관련된 임시투자세액의 공제 여부를 판단함에 있어 이 사건 부칙이 적용되는지 여부에 관하여 살피건대, ① 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 은 “내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 창업하는 경우(수도권 외의 지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다) 수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산에 대하여는 임시투자세액공제를 배제한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제124조 제1항 은 “ 같은 법 제130조 제1항 에서 ‘창업’이라 함은 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다”고 규정한 점, ② 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 은 “내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치된 사업장을 포함한다)을 이전하여 설치하는 경우 수도권 안에 소재하는 당해 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비를 제외한다)에 대하여는 임시투자세액공제를 배제한다”고 규정함으로써 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 이 규정하던 임시투자세액의 공제 배제대상을 변경하였고, 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제124조 는 창업의 개념에 관한 종전 규정을 삭제한 점, ③ 이 사건 부칙은 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 중 사업장에 관한 부분이 개정 법률의 시행일인 2002. 1. 1. 이후 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우부터 적용된다고 규정한 점, ④ 이 사건 부칙 중 “ 제130조 제1항 의 개정규정”의 의미에 관한 피고의 주장은, 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 이 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 과 같은 법 시행령 제124조 제1항 소정의 사업장과 창업의 개념을 포괄하여 임시투자세액의 공제 배제대상인 사업장을 새로 규정한 것과 부합하지 않는 점을 종합하면, 2001년 개정된 조세특례제한법의 시행일 이전에 설치된 노원을지병원에 대해서는 이 사건 부칙에 의하여 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 및 같은 법 시행령 제124조 제1항 이 적용되어야 하고, 그에 따라 임시투자세액의 공제대상에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다.

2) 노원을지병원이 임시투자세액의 공제대상에 해당하는지 여부

원고는, 2001년 개정전 조세특례제한법 시행령 제124조 제1항 이 2001년 개정전 조세특례제한법의 위임 없이 같은 법 제130조 제1항 의 ‘창업’의 개념을 확장함으로써 원고가 노원을지병원을 설치한 경우와 같이 수도권 안에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우도 임시투자세액의 공제대상에서 배제된다고 규정하였는바, 위 시행령 제124조 제1항 은 법률의 위임 없이 조세감면배제의 범위를 확장한 것으로서 조세법률주의 원칙에 위배되어 무효라고 주장한다.

법률의 시행령이나 시행규칙은 법률에 의한 위임이 없으면 개인의 권리·의무에 관한 내용을 변경·보충하거나 법률에 규정되지 아니한 새로운 내용을 정할 수 없지만, 법률의 시행령이나 시행규칙의 내용이 모법의 입법취지 및 관련 조항 전체를 유기적·체계적으로 살펴보아 모법의 해석상 가능한 것을 명시한 것에 지나지 아니하거나 모법 조항의 취지에 근거하여 이를 구체화하기 위한 것인 때에는 모법의 규율 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없으므로, 모법에 이에 관하여 직접 위임하는 규정을 두지 않았다고 하더라도 이를 무효라고 볼 수 없다( 대법원 2009. 6. 11. 선고 2008두13637 판결 참조).

위와 같은 법리에 따라 살피건대, ① 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 의 제목은 “수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제”인바, 조세감면배제의 대상을 투자자의 소재지에 관계없이 수도권 안에서 이루어지는 투자로 규정한 점, ② 위 법률 제130조 제1항 은 “내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에서 창업하는 경우”뿐 아니라 “수도권 외의 지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우”를 임시투자세액의 공제 배제대상으로 규정한 점, ③ 위 법률 제130조 는 조세감면규제법이 1989. 12. 30. 법률 제4165호로 일부개정될 때에 제43조의6 으로 신설되었고 조세감면규제법이 조세특례제한법으로 개정된 뒤에도 유지되었는데, 위 규정의 입법취지는 수도권으로의 기업집중을 억제하기 위하여 수도권 안에서의 기업의 신·증설에 대한 조세감면제도를 축소하는 데에 있고, 그러한 입법취지를 고려하면 수도권 외의 지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우뿐 아니라 수도권 안에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우에도 조세감면을 배제할 필요성이 있는 점, ④ 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제2항 은 1989년 12월 31일 이전부터 수도권 안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인이 수도권 안에 소재하는 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용고정자산으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 임시투자세액의 공제를 허용하는 것으로 규정하고, 2001년 개정전 조세특례제한법 시행령 제124조 제2항 은 같은 법 제130조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 증설투자”라 함은 1989년 12월 31일 이전부터 계속하여 사업을 영위하는 사업장에 사업용고정자산을 새로이 설치하기 위한 투자라고 규정하였는바, 위 조항들에 의하면 1989년 12월 31일 이전부터 수도권 안에서 사업을 영위하고 있던 내국인의 사업장 중 임시투자세액의 공제대상이 되는 것은 1989년 12월 31일 이전에 설치된 사업장에 한정되는 점 등 2001년 개정전 조세특례제한법의 입법취지와 같은 법 제130조 의 내용 등을 종합하면, 수도권 안에 소재하는 기업이 1990년 1월 1일 이후 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우도 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 에 의하여 임시투자세액의 공제 배제대상에 해당한다고 해석함이 상당하다.

따라서 2001년 개정전 조세특례제한법 시행령 제124조 제1항 은 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 의 해석상 가능한 내용을 규정한 것에 불과하므로, 모법에 위임 규정을 두지 않았다는 점을 근거로 위 시행령 제124조 제1항 을 무효라고 볼 수 없다. 결국 노원을지병원은 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 및 같은 법 시행령 제124조 제1항 에 의하여 임시투자세액의 공제 배제대상에 해당되므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 처분이 행정처분의 불가변력에 위반되어 위법한지 여부

원고는 이 사건 처분이 행정처분의 불가변력에 위반되어 위법하다고 주장하는바, “1. 처분의 경위”에서 살핀 바와 같이 피고가 2005 내지 2007 사업연도 법인세에 관한 원고의 경정청구를 받아들여 경정결정을 한 후 임시투자세액 상당을 환급해 주었고, 그 후 노원을지병원이 임시투자세액의 공제대상에서 배제된다는 이유로 위 사업연도의 법인세에 관하여 다시 경정·고지한 사실이 인정된다.

구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제66조 제2항 제1호 는 내국법인의 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 납세자 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있고, 같은 법 제66조 제4항 은 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 이를 다시 경정하도록 규정하고 있다.

위와 같은 규정에 의하면, 피고는 부과권의 제척기간 등 장애사유가 없는 한 법인세 부과처분에 오류 또는 누락이 있는 경우 횟수에 제한 없이 종전의 부과처분을 시정하기 위하여 경정할 수 있으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 원고의 청구를 인용한 제1심판결은 부당하고 피고의 항소는 이유 있으므로, 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.