원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 매입세금계산서는 그 과세기간이 경과한 후인 2000. 10.경 작성일자를 공급시기인 1998.경으로 소급하여 작성되었으므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 소정의 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 따라서 위 규정에 의하여 이 사건 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다는 피고의 주장에 대하여, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행·교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로, 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성·교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 할 것이고, 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 매입세액을 불공제한 부분은 위법하다고 판단하였다.

2. 이 법원의 판단

과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는, 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다 ( 대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체판결 참조).

그런데 원심이 인정한 사실관계 및 기록에 의하면, 원고는 1998년 제1기에 세금계산서의 수수 없이 원교희로부터 경유를 공급받아 오다가 그 과세기간이 경과한 후에 서울지방국세청장의 세무조사과정에서 원교희의 세금계산서 미교부 사실이 적발되자 비로소 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 이 사건 매입세금계산서를 교부받았다는 것이므로, 위 세금계산서에 의한 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 이 사건 매입세금계산서에 의하여 그 매입세액이 공제되어야 한다고 판단한 원심판결에는 사실과 다른 세금계산서에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다.

3. 결 론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.