2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 2분하여 그 중 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 피고는 원고가 어머니 김○○과 함께 2001.12.31. 기준으로 상장법인인 ○○전자 주식회사(이하'○○전자'라고 줄여 쓴다)의 보통주 39,032주와 우선주 1,408주(시가총액 11,049,736,000원)를 보유하고, 김○○ 및 아버지 박○○와 함께 2002.12.31. 기준으로 ○○전자 보통주 47,032주와 우선주 1,408주(시가총액 14,979,248,000원)를 보유함으로써 소득세법(이하'법'이라고 줄여 쓴다) 제94조 제1항 제3호 가목 및 법 시행령 제157조 제4항 제2호 소정의 대주주에 해당하여 양도소득세 과세대상에 포함됨에도 불구하고, 그 소유 주식을 타에 양도하고서도 이를 신고하지 아니하였다는 이유로 법 제114조 제1항에 따라 2002년 및 2003년 귀속 양도소득세에 대한 과세표준과 세액을 결정하였다.

나. 그 과정에서 피고는 1998. 1. 15.이전 거래내역을 확인할 수 없다는 이유로 '양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것'(이하'선입선출법'이라 한다)으로 보도록 한 법 제98조 및 법 시행령 제162조 제5항을 근거로 하여 원고가 2002년에 양도한 ○○전자 보통주 8,000주와 2003년에 양도한 ○○전자 보통주 4,034주를 1998. 1.15. ○○투자증권 ○○지점에 입고된 주식으로 보고, 법 제114조 제5항 및 법 시행령 제176조의2 제2항, 제3항에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 정하고, 2003년 양도한 나머지 ○○전자 보통주 8,157주는 실지거래가액을 기준으로 취득가액을 정하는 방법으로 2004. 5. 6. 원고에 대하여 2002년 귀속 양도소득세 606,155,640원과 2003년 귀속 양도소득세 903,579,435원을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

인정 근거다툼없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 내지 3, 을 제1,2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장

피고는, 이 사건 처분은 관계법령에 따른 것이어서 적법하다고 주장함에 대하여 원고는, 원고가 1998. 1. 15. 이전의 특정시점에 ○○전자 보통주 23,970주와 우선주 1,402주 합계 25,372주를 취득한 것이 분명한 이상 법 시행령 제162조 제5항이 적용될 여지가 없고, 따라서 원고가 2002. 2. 18. 양도한 보통주 8,000주는 2000. 10. 20. 취득한 것이고, 2003.7.7. 양도한 2,200주는 1999. 2. 24.과 같은 해 7. 7. 두차례 걸쳐 유상증자를 통하여 취득한 보통주 3,342주 중 일부이며, 2003.7.30.과 같은 달 31. 두 차례에 걸쳐 양도한 보통주 10,000주는 2002. 3. 18. 취득한 것이므로, 긔 취득 당시의 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 결정하여야 함에도 불구하고, 피고가 법 시행령 162조 제5항을 적용하여 2002년과 2003년에 양도한 ○○전자 보통주 12,043주는 1998. 1. 15. ○○투자증권 ○○지점에 입고된 주식 중에 먼저 양도된 것으로 보고 그 시점의 기준시가로 환산한 가액으로 하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1988.경부터 ○○증권 ○○지점에 주식매매위탁계좌를 개설하고 ○○전자 보통주 23,970주와 우선주 1,402주를 취득하여 보유해 왔는데, ○○증권의 폐업으로 인하여 그 업무가 ○○증권으로 이관됨에 따라 원고 소유의 위 주식 25,372주도 1998. 1. 15.자로 ○○투자증권(2005.4.2. ○○투자증권으로 상호가 변경됨)○○지점에 모두 입고되었다.

(2) 원고는 2000. 10. 20. 보통주 8,000주를 1,010,700,000원(1주당 평균 126,337원, 원미만은 버림)에 매입(필요경비 3,887,450원)하여, 2002. 2. 18. 8,000주를 2,792,000,000원(1주당 평균349,000원)에 양도하였고(양도비용 11,168,000원), 2003. 7. 7.에는 같은 해 5.19. 주식담보로 대출받은 8억 원을 상환하기 위하여 보통주 2,200주를 1주당 387,000원에 매도하였으나 그 매입시기는 분명하지 않다.

(3) 또 원고는 2002. 3. 18. 보통주 10,000주를 3,342,000,000원(1주당 평균 334,200원)에 매입(필요경비 5,369,500원)하여, 2003. 7. 30. 3,000주를 1,254,000,000원(1주당 평균 418,000원)에 양도하고(양도비용 8,501,00원), 같은 달 31, 7,000주는 2,951,500,000원(1주당 평균 421,642원)에 양도하였다(양도비용 19,534,750원).

〔인정 근거〕갑 제6 내지 9호증의 각 기재, 이 법원의 ○○투자증권 주식회사 ○○WMC지점장에 대한 사실조회결과, 증인 방○○의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 구 소득세법(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것) 제96조, 97조에 의하면 증권거래세법에 의한 주권상장법인의 주식의 양도가액은 당해 주식의 양도 당시의 실지거래가액에 따라 계산하고, 양도차익 계산에 있어서 공제할 필요경비 중 취득가액 또한 당해 주식의 양도 당시의 실지거래가액에 따라 계산하여 양도소득세액을 결정하여야 하되, 주식의 취득·양도시기가 분명하지 아니한 경우에는 구 소득세법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제5항 소정의 선입선출법에 따라 양도소득세액을 결정하여야 한다.

위 인정사실에 의하건대, 원고가 2002. 2. 18. 양도한 주식 8,000주와 2003. 7. 30.과 같은 달 31.에 양도한 주식 10,000주의 취득 및 양도시기는 명백하고, 위 각 주식들의 거래에 대하여서는 그 취득 및 양도 당시의 실지거래가액을 기준으로 하여 양도소득세를 결정하여야 할 것이므로, 이 사건 각 부과처분 중 위 각 주식의 거래분에 대하여 실지거래가액을 기준으로 하지 아니한 채 과세한 부분은 위법하다.

나아가 원고는, 2003. 7. 7. 양도한 보통주 2,200주도 그 취득시기가 분명하므로 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 결정하여야 한다고 주장하나, 이를 인정하기에 족한 아무런 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 정당한 세액

원고의 2002년 및 2003년 양도소득세를 다시 계산하면 별지 세액계산표 기재와 같이 2002년 귀속 양도소득세는 447,285,618원, 2003년 귀속 양도소득세는 312,660,674원이 된다.

3. 결론

그렇다면 피고가 2004. 5. 6. 한 2002년 귀속 양도소득세 606,155,640원 중 447,285,618원을 초과하는 부분과 2003년 귀속 양도소득세 903,579,435원 중 312,660,674원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다.