2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 부산 강서구 CC2동 1320에서 2007. 8. 2.부터 2008. 12. 31.까지 고철 수집 및 판매업을 영위한 법인이다.

나. 원고는 피고에게 2007년 제2기 확정 부가가치세, 2008년 제1기 예정 부가가치세, 2007년 법인세를 신고하면서 원고의 대표이사인 박AA과 친구 사이인 김BB 운영의 HHFF로부터 교부받은 공급가액 1,691,370,000원 상당의 세금계산서에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입가액을 손금에 산입하였으며, 박AA과 형제지간인 박DD 운영의 GG무역으로부터 교부받은 공급가액 3,100,583,000원 상당의 세금계산서에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입가액을 손금에 산입하였다.

다. 부산지방국세청장은 원고, HHFF, GG무역에 대한 폐자원 유통과정 추적조사(이하 '이 사건 세무조사'라 한다)를 실시하여 HHFF이 원고에게 교부한 공급가액 1,691,370,000원 상당의 세금계산서 중 29,622,000원에 대해서만 실제 거래가 있었을 뿐 차액인 1,661,748,000원에 대하여는 가공거래에 의한 세금계산서 교부라고 판단하였고, GG무역이 원고에게 교부받은 공급가액 3,100,583,000원 상당의 세금계산서 중 220,380,000원을 제외한 나머지 2,880,203,000원 역시 가공거래에 의한 세금계산서 교부라고 판단하여 이를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2008. 7. 3. 원고에 대하여 가공거래에 의한 것으로 인정된 금액에 대하여 허위매입세액으로 보아 이를 불공제하고, 매입가액은 손금불산입하여 2007년 271분 부가가치세 257,138,890원, 2008년 1기분 부가가치세 439,192,140원, 2007년 법인세 82,863,400원을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 각 부과처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2008. 9. 4. 조세심판원에 이 사건 각 부과처분에 대한 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 11. 28. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 3, 갑 제3, 4호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체 의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2007. 8.경부터 2007. 12.경까지 HHFF로부터 1,691,370,000원 상당의 고철을 구입하여 이에 대한 세금계산서를 교부받은 후 2007. 8. 21.부터 2008. 1.11.까지 여러 차례에 걸쳐 합계 1,909,995,295원을 김BB 계좌로 송금하는 방법으로 고철대금 지급을 완료하였고, 2008. 1.경부터 2008. 6.경까지 GG무역으로부터 3,530,197,870원 상당의 고철을 구입하여 이에 대한 세금계산서를 교부받은 후 2008. 2. 18.부터 2008. 4. 30.까지 합계 3,875,055,683원을 박DD 계좌로 송금하는 방법으로 고철대금 지급을 완료하였으므로, 원고와 HHFF 및 GG무역간 거래는 실물거래이지 가공거래가 아니다. 그럼에도 피고는 위 거래를 가공거래로 보고 이 사건 각 부과처분을 한 것이므로 이 사건 각 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 세무조사 과정 및 결과 등

가) 김BB는 피고에게 2007년 1기분 부가가치세로 48,293,430원을 신고ㆍ납부하였고, 이에 피고는 위 금액의 50%인 24,146,710원을 2007년 2기분 부가가치세 예정액으로 고지하였는데, 이후 김BB는 2007년 2기분 부가가치세 신고시 매출세금계산서 교부금액으로 2,962,427,635원, 매입세액으로 4,521,510원을 선고하면서 이에 대한 구체적 입증자료를 제출하지 못하였고, 결국 위 부가가치세 예정액을 초과한 납부세액 271,739,625원을 납부하지 못하게 되었다.

나) 김BB가 위 부가가치세를 납부하지 못하자 부산지방국세청 소속 공무원이 2008. 4.경 김해시 EE리 소재 HHFF 사무실에 사실조사를 위한 현장방문을 하였는데, 사무실로 사용 중이라는 컨테이너박스는 불탄 채 방치되어 있었고, 주위에 영업을 위해 모아둔 고철도 보이지 아니하는 등 HHFF이 영업을 하고 있다는 정황을 발견할 수 없었으며, 사실조사 후 HHFF의 부가가치세 신고서를 열람한 결과 HHFF의 고철 거래의 90% 정도가 원고 대표이사 박AA이 원고 회사를 창립하기 전 운영한 'FF나라' 및 원고와의 거래에 집중된 사실이 드러나게 되면서 원고와 HHFF간 거래가 실물거래인지 여부에 대하여 의문을 갖게 되어 이 사건 세무조사가 시작 되었다.

다) 이 사건 세무조사 도중 2008. 4. 30. 부산지방국세청 소속 공무원이 원고 사무실을 현장방문하였다가 그 곳에 있던 업무노트 및 2007년 및 2008년 매출ㆍ매입장부를 발견하여 이를 일시 예치하였고, 예치과정에서 원고 대표이사 박AA은 위 업무노트 및 매출ㆍ매입장부가 원고의 경리 직원 이지혜가 작성한 것임을 확인하는 취지의 확인서를 작성ㆍ교부하였다.

라) 영치한 위 업무노트 및 매출ㆍ매입장부와 원고의 부가가치세 신고서 및 매입처별 세금계산서 합계표 등을 비교하여 본 결과 다음과 같은 사항들이 확인되었다.

① 위 업무노트 및 매출ㆍ매입장부의 내용에 의하면 2007년 2기 부가가치세 과세기 간(2007. 8. 1. - 2007. 12. 31.)동안 원고의 고철매입액은 1,555,708,000원으로, 위 금액은 HHFF이 고철매출액으로 세금계산서에 기재한 금액이자 원고가 위 기간동안 HHFF로부터의 고철매입세액으로 신고한 금액인 1,691,370,000원에 유사하나, 위 업무노트에 의하면, 원고와 HHFF간 실물거래에 대하여 2007. 10. 4. 32,585,000원[{공급가액 29,622,000원 + 부가가치세 2,962,220원(29,622,000원 x 10%), 공급대가}] 상당의 고철매입 사실만 기재되어 있을 뿐 나머지 액수에 대한 원고와 HHFF간 거래 내역은 기재되어 있지 않은 점으로 볼 때 원고 신고의 위 고철매입세액에서 위 공급가액 29,622,000원 상당의 실물거래를 제외한 나머지 금액에 대한 거래는 가공거래로 보이며, 또한 이 사건 세무조사 과정에서 김BB에게 2007년 2기분 부가가치세 신고시 기재된 매출세액 2,962,427,635원, 매입세액 4,521,510원을 입증할 수 있는 자료 제출을 요구하자 김BB는 주식회사 HH리소스가 발행한 572,000,000원 상당의 세금계산서 3매를 제출하여 위 세금계산서에 대한 확인 결과, 주식회사 HH리소스는 김BB의 부탁으로 위 세금계산서를 교부하여 주었을 뿐 김BB와 실제로 거래한 것이 아니고, 실제 거래는 원고와 사이에 이루어진 사실이 인정되는바, 실제로는 원고가 다른 업체로 부터 세금계산서 없이 고철을 매입하면서 세금계산서만 HHFF로부터 수취한 것으로 보인다.

② 2008년 1기 부가가치세 과세기간(2008. 1. 1. - 2008. 3. 31.)동안 원고가 신고 한 고철매입세액은 3,217,478,000원으로 그 중 GG무역으로부터의 고철매입세액은 3,100,583,000원이나, 원고가 GG무역으로부터 실제 거래로 고철을 매입한 금액은 공급가액 기준으로 합계 220,380,000원에 불과하여 원고 신고의 위 고철매입세액 3,100,583,000원에서 220,380,000원을 제외한 나머지 금액에 대한 거래는 가공거래에 해당한다.

③ GG무역에 대한 조사 결과 GG무역이 발행한 매출세금계산서 25매의 글씨체가 원고에서 영치한 업무노트 및 매출ㆍ매입장부에서의 글씨체와 유사하고, 보통 매출세금계산서는 부가가치세 신고를 위해 보관하는 것이 타당함에도 GG무역의 매출세금계산서는 원고 사업장에 보관되어 있었으며, 위 매출세금계산서는 박DD이 아닌 원고의 여직원이 발행한 것으로 판명되었다. 박DD은 이 사건 세무조사과정에서 처음에는 확정신고기한이 도래하지 않아 원고에 세금계산서를 발행한 사실이 없다고 하였다가 중간에 이를 번복하면서도 정확한 매출액을 기억하지 못하였다. 또한 위 업무노트 및 매 출ㆍ매입장부의 내용에 의하면, GG무역의 2008. 1. 1.부터 2008. 3. 31.까지의 고철 매입금액은 2,167,020,000원인데 그 중 원고의 고철 매입금액과 거래처, 매입일자, 매 입품목이 중복되는 금액이 1,803,980,000원으로 확인되어 박DD에게 해명을 요구하였으나 박DD은 이에 대한 정확한 답변을 하지 못하였다.

마) 부산지방국세청장은 원고가 가공거래에 의하여 세금계산서를 교부하였음을 이유로 하여 원고 및 원고의 대표이사 박AA를 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였으나, 검찰에서는 다음 2)항에서 보는 바와 같은 원고와 HHFF, GG무역간 송금 내역을 기초로 원고와 HHFF, GG무역간 거래가 실물거래에 해당한다는 원고 및 박AA의 변소를 받아들여 이들에게 각 무혐의처분을 하였다.

2) 원고와 HHFF, GG무역간 거래 및 송금 내역

가) 원고의 2007년 2기, 2008년 1기 매입처별 세금계산서 합계표 내용에 의하면, 2007. 8. 1.부터 2007. 12. 31.까지의 거래기간(2007년 2기)동안 원고가 HHFF로부터 구입한 고철의 매입세액으로 신고한 금액이 공급가액 1,691,370,995원이고, 2008. 1. 1.부터 2008. 3. 31.까지의 거래기간(2008년 1기)동안 원고가 HHFF로부터 구입한 고철의 매입세액으로 신고한 금액이 공급가액 69,345,000원으로서 실제로 원고 가 고철대금으로 HHFF에 지급해야 할 금액은 1,936,787,594원{공급가액 1,760,715,995원(1,691,370,995원 + 69,345,000원) + 부가가치세 176,071,599원 (1,760,715,995원 x 10%)}에 이르는데 , 원고가 2007. 8. 21.부터 2008. 1. 29.까지 고철 대금 명목으로 김BB에게 지급한 금액은 합계 1,986,274,795원이다.

한편 원고 대표이사 박AA은 2007. 7. 20.부터 2007. 8. 9.까지 김BB의 중소기업 은행 계좌로 총 355,000,000원을 송금하여 주었는데, 김BB는 2007. 7. 20.부터 2007. 10. 25.까지에 걸쳐 원고 및 박AA으로부터 위와 같이 교부받은 금원에서 1,836,020,370원을 현금으로 인출하였고, 원고 및 박AA은 2007. 8. 21.부터 2008. 4. 30.까지 원고 명의의 KK은행 계좌로 총 1,885,102,650원을 송금하였다.

나) 이 사건 세무조사과정에서 영치한 업무노트 및 매출ㆍ매입장부, 원고의 2008년 1기 부가가치세 신고서 및 매입처별 세금계산서 합계표의 각 기재내용에 의하면, 원고와 GG무역간 고철 거래는 2008. 1. 1.부터 2008. 6. 30.까지만 이루어졌는데, 원고가 신고한 2008. 1.1.부터 2008. 3. 31.까지의 거래기간동안 GG무역에서의 고철매입세액은 공급가액 3,100,583,070원, 2008. 4. 1.부터 2008. 6. 30.까지의 거래기간동안 GG무역에서의 고철 매입세액은 공급가액 429,614,800원으로서 실제로 원고가 고철대금으로 박DD에게 지급하여야 할 금액은 3,883,217,657원{공급가액 3,530,197,870 원(3,100,583,070원 + 429,614,800원) + 부가가치세 353,019,787원(3,530,197,870원ㆍ10%)}에 이르는데, 원고가 2008. 2. 14.부터 2008. 4. 30.까지 고철대금 명목으로 박DD에게 지급한 금액은 실제 지급해야 할 금액보다 5억 원 이상이나 많은 4,427,105,841원이고, 박DD은 위와 같이 원고로부터 고철대금을 지급받을 때마다 그 즉시 현금으로 인출하였다.

[인정근거] 앞서 든 각 증거, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1, 2, 3, 갑 제7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 3, 갑 제9호증의 1 내지 7, 갑 제10호증, 을 제6호증, 을 제7, 9, 10호 증의 각 1, 2, 을 제12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로, 부가가치세액 산정의 기초가 되는 매출세액 또는 매입세액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

2) 위 인정사실 및 그로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고와 HHFF, GG무역간 고철 거래 중 피고가 실제 거래가 있었다고 본 금액을 제외한 나머지 금액에 대한 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성ㆍ교부되어 위 금액 상당의 거래는 가공거래로 봄이 상당하고, 이에 반하는 증인 김BB의 증언은 믿지 아니하며, 원고가 허위 세금계산서 발행으로 인한 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 검찰로부터 무혐의처분을 받은 것은 위 인정에 방해가 되지 아니한다.

① 이 사건 세무조사과정에서 영치하게 된 업무노트 및 매출ㆍ매입장부는 원고의 경리직원 이지혜가 원고의 거래 내역에 대하여 기록하여 놓은 문서로서 부산지방국세청 소속 공무원이 위 문서를 영치할 당시 원고 대표이사 박AA은 위 문서의 진정성을 확인하는 취지의 확인서를 작성하였고, 위 문서의 기재 내용과 원고의 부가가치세 신고 내용을 비교�분석한 결과 원고와 HHFF 및 GG무역간 가공거래사실을 확인할 수 있었다.

② HHFF과 GG무역의 고철 거래 상대방이 주로 원고에게 집중되어 있고, 원고 신고의 2007년 2기분 부가가치세에서 매입세액인 공급가액 2,212,218,582원 중 HHFF에서의 매입세액이 차지하는 비율은 약 76%(1,691,370,995원/2,212,218,582원ㆍ100, 소수점 이하 버림, 이하 같다), 2008년 1기분 부가가치세에서 매입세액인 공급가액 3,212,478,607원 중 GG무역에서의 매입세액이 차지하는 비율은 약 96%(3,100,583,070원/3,212,478,607원 x 100)에 이르는 점, GG무역의 경영자인 박DD은 원고 대표이사 박AA과 형제지간에 있는 점 등에 비추어 볼 때 원고와 HHFF 및 GG무역 사이에 정상적인 거래가 이루어지고 있었다고 보기 어렵다.

③ 원고 및 박AA은 김BB와 박DD에게 실제 거래한 고철대금에 비하여 더 많은 금액을 송금하여 주었고, 김BB와 박DD은 원고 및 박AA으로부터 송금받은 대금을 즉시 현금으로 인출하였으며, 김BB와 박DD이 현금을 인출한지 얼마 되지 않아 원고 및 박AA이 원고 명의의 KK은행 계좌로 다액의 현금을 입금한 점에 비추어 보면, 비록 김BB와 박DD이 인출한 현금이 원고 및 박AA에게로 흘러 들어갔는지 여부를 확인할 정황은 없지만, 짧은 기간 동안 다액의 현금이 원고 및 박AA에서 김BB와 박DD에게로 이동하였다가 다시 원고 및 박AA이 관리하는 원고 명의의 은행계좌로 되돌아온 점을 볼 때, 원고와 HHFF, GG무역 사이에 이른바 '뺑뺑이 거래'가 있었다고 볼 여지가 충분히 있어 보인다.

④ GG무역의 매출세금계산서가 원고 사업장에 보관되어 있었고, 위 세금계산서를 원고 직원이 발행한 것으로 확인되었으며, GG무역의 고철 매입처와의 거래 중 상당수가 원고의 고철 매입처와의 거래와 중복되고, 박DD은 GG무역의 매출액에 대하여 잘 기억을 하지 못하는 점에 비추어 볼 때 박DD은 GG무역의 명목상 경영자에 불과 하고 실질적으로는 원고 대표이사 박AA이 매입세액 공제를 위하여 따로이 만들어 경영하는 회사가 아닌가 하는 추론이 가능하여 보인다.

3) 따라서 원고와 HHFF간 고철 거래에서 가공거래에 해당하는 1,661,748,000원 및 원고와 GG무역간 고철 거래에서 가공거래에 해당하는 2,880,203,00원에 대하여 이를 매입세액에서 불공제하고 손금불산입한 이 사건 각 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.