1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 소득세법 제97조 제1항 제1호 (나)목 , 소득세법 시행령 제163조 제12항 , 제176조의2 제2항 제2호 등은 양도가액에서 공제할 필요경비인 취득가액을 산정함에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 그 환산가액을 양도 당시의 실지거래가액에 양도 당시의 기준시가와 취득 당시의 기준시가의 비율을 곱하여 계산한 가액으로 하도록 규정하고 있다.

한편 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목 은 토지의 기준시가를 ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 ‘개별공시지가’라고 한다). 다만 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다’고 규정하고 있는데, 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제164조 제1항 (이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라고 한다)은 “ 법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조 제2항 에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 그 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 지방세법 제4조 제1항 단서에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 둘 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 그 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가할 수 있다.”고 규정하면서, 제4호 에서 ‘개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지’를 들고 있다.

나. 관련 법령의 문언과 체계, 그리고 입법 취지 등을 유기적·체계적으로 종합하여 보면, 납세지 관할세무서장의 요청으로 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 둘 이상의 감정평가기관의 감정가액을 고려하여 평가하도록 정한 이 사건 시행령 조항은 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목 단서에 규정된 평가방법을 구체화한 세부규정을 마련한 것에 불과하다는 이유로 위임입법의 한계를 벗어난 무효의 규정이라고 할 수 없다고 본 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 위임입법의 한계에 관한 법리오해의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

가. 원심은, ① 원고가 1988. 11. 15. 부산 수영구 (주소 1 생략) 도로 73.4㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라고 한다)를 취득하여 보유하다가, 그 지목을 대지로 변경하고 이와 연접한 부산 수영구 (주소 2 생략) 대 289.9㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라고 한다) 외 10필지와 합병한 다음, 2010. 11. 30. 주식회사 제이엔지인터내셔날에 그 합병 토지와 지상 건물을 대금 9,805,324,500원에 양도한 사실, ② 원고는 피고에게 이에 대한 2010년 귀속 양도소득세를 신고하면서 취득 당시 개별공시지가가 고시되지 아니한 이 사건 제1토지의 취득가액에 관하여는 이 사건 제2토지의 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가인 1,200,000원/㎡를 적용한 환산가액으로 산정한 사실, ③ 그런데 피고는 이 사건 제2토지의 개별공시지가를 기초로 이 사건 제1토지의 환산가액을 산정할 수 없다고 보아 이를 부인하고, 2011. 6. 3. 수영세무서장에게 이 사건 제1토지를 평가하도록 요청한 사실, ④ 이에 수영세무서장은 한국감정원 부산지점 및 주식회사 가온감정평가법인 부산경남지점에 가액 평가를 의뢰하여 그 감정가액의 평균액인 521,000원/㎡을 1990. 1. 1. 기준으로 한 이 사건 제1토지의 가액으로 평가한 사실, ⑤ 피고는 이를 기초로 이 사건 제1토지의 취득가액을 환산한 다음, 원고에게 증액된 2010년 귀속 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

나아가 원심은, 납세지 관할세무서장인 피고의 요청으로 이 사건 제1토지의 소재지를 관할하는 수영세무서장이 위 두 개의 감정평가기관에 감정을 의뢰하고, 피고가 그 감정가액을 토대로 이 사건 제1토지의 취득가액을 산정한 것에 어떠한 절차상 위법이 없다는 이유로, 이 사건 처분은 적법하다고 판단하였다.

나. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.

이 사건 시행령 조항은 개별공시지가가 없는 토지의 가액을 그와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조 제2항 에 따른 비교표(이하 ‘토지가격비준표’라고 한다)에 따라 평가하도록 규정함으로써, 납세의무자가 표준지 선정과 토지가격비준표 적용의 적정 여부, 그에 따라 평가된 가액이 인근 유사토지의 개별공시지가와 균형을 유지하고 있는지 여부 등을 확인할 수 있도록 하고 있으므로, 표준지를 특정하여 선정하지 않거나 토지가격비준표에 의하지 아니한 채 개별공시지가가 없는 토지의 가액을 평가하고 그에 기초하여 기준시가를 정하는 것은 위법하다고 할 것이다.

그런데 기록에 의하면 위 두 개의 감정평가기관 또는 피고나 수영세무서장이 특정한 표준지를 선정하고 토지가격비준표에 따라 이 사건 제1토지를 감정하거나 평가하였다는 점을 확인할 수 있는 자료가 없고, 피고가 제출한 증거에 의하더라도 위 두 개의 감정평가기관은 특정한 표준지를 제시하지 아니한 채 막연히 1990. 1. 1. 당시 인근지가 1,630,000원/㎡를 기초로 1990. 1. 1.을 기준으로 한 이 사건 제1토지의 가액을 505,000원/㎡ 또는 537,000원/㎡로 감정하였고, 수영세무서장도 그 감정가액의 평균액인 521,000원/㎡을 1990. 1. 1.을 기준으로 한 이 사건 제1토지의 가액으로 평가한 사실을 알 수 있을 뿐이다.

그렇다면 원심으로서는 이 사건 시행령 조항이 정한 절차에 따라 이 사건 제1토지의 가액이 평가되었는지에 관하여 추가로 심리한 다음 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하였어야 함에도, 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 개별공시지가가 없는 토지의 가액 평가에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.