2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 7. 31. 원고에 대하여 한 2010년 사업연도 귀속 법인세 ,187,210,597원의 부과처분을 취소한다

가. 원고는 2003. 3. 11. 설립되어 신축주택판매 및 부동산임대업을 영위하는 회사이다.

나. 피고는 원고에 대하여 2012. 3. 26.부터 2012. 6. 1.까지 2010년 귀속 법인세통합조사를 실시한 결과, 장부 및 증빙서류 미비를 이유로 추계결정을 하였고, 2012. 7. 31. 원고에게 2010년 귀속 법인세 2,187,210,590원을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다). 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 원고의 추계소득금액을 계산한 내역은 다음과 같다.

1) 수입금액(243억 3,700만 원)

0

◦ 평당 매매가 1,703,870원 = 매매계약서상 아파트 매매대금 258억 원/매매평수 15,142평

◦ 매매대금 240억 7,600만 원 = 평당 매매가 1,703,870원 × (18평×169세대+28평×396세대)

2) 주요경비(157억 5,200만 원)

0

※ 기초재고자산 포함 주요경비는 2009년도 아파트 기말재고자산 취득원가

3) 추계소득금액(65억 6,400만 원)

0

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013. 2. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2014. 10. 8. '이 사건 처분은 원고가 제시하는 입증자료 등을 토대로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다'는 결정(이하 '이 사건 재조사 결정'이라 한다)을 하였다.

라. 피고는 이 사건 재조사 결정에 따라 2014. 10. 24.부터 2014. 11. 21.까지 재조사를 한 후 2014. 12. 10. 원고에게 이 사건 처분이 적정하다는 재조사 결과를 통보하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제16호증의 각 기재(가지번호 있는것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

1) 원고가 제출한 증빙서류를 토대로 실지조사의 방법으로 법인세 과세표준과 세액을 결정할 수 있었음에도, 피고는 추계조사에 의해 과세표준과 세액을 결정하였다(추계과세의 요건 미비).

2) 피고는 원고가 매도한 아파트 중 2011년과 2012년에 소유권이전등기가 이루어진 59세대 및 원고 명의로 소유권이전등기가 남아있는 4세대에 대한 매매대금까지 원고의 2010년도 소득금액에 포함시켰으므로, 소득금액을 잘못 산정하였다(추계과세의 합리성, 타당성 결여).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

구 분 금 액 (원) 비 고

매매대금 아파트 25,800,000,000

매출부가세는 상가 총금액의 8%임

상가 500,000,000

VAT 40,000,000

계(A) 26,340,000,000

국민주택기금대출(B) 9,240,000,000 등기 이전시 정산

임대보증금

(아파트+상가)(C)

11,400,000,000 등기 이전시 정산

미납 임대보증금 및 임대료(D) 170,000,000 등기 이전시 정산

지급액(A+D)-(B+C) 5,870,000,000 등기 이전시 정산

임대아파트 매매계약서

이 사건 아파트, 부대복리시설 및 이 사건 아파트 단지 내 상가에 대하여 매도인 원고(이하 "갑"이라 부른다)와 매수인 우***(이하 "을"이라 부른다)는 현장조사 및 교부받은 제 서류 등을 통해매매목적 물건을 충분히 파악한 다음 성실히 계약내용을 이행하기로 하고 아래와 같이 매매계약을체결한다.

제1조 매매대금 및 지급방법

(1) 매매대금은 아래와 같다.

총 매매대금은 금 이백육십삼억 사천만 원(￦26,340,000,000)으로 한다.

(2) 매매대금 지급방법은 아래와 같다.

가. 계약시 계약금 금 오억 칠천만 원(￦570,000,000)을 지급한다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 각 증거, 갑 제4, 7호증, 을 제3, 4, 5, 8, 9, 11, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

1) 박**은 2007. 2.경부터 실질적 대표자로서 원고를 운영하다가, 2010. 1.경부터 주식회사 우***(이하 '우***'라 한다)의 실질적 운영자인 이**과 함께 공동으로 원고를 운영하였고, 2010. 3.경부터는 이**이 단독으로 원고를 운영하였다.

2) 원고는 2009. 9. 29.경 우***와 사이에 충북 청원군 **면 **리 **0-1에 소재한 아**아파트(이하 '이 사건 아파트'라 한다) 609세대와 이 사건 아파트 단지 내 상가를 263억 4,000만 원에 일괄 매매하기로 하는 계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였다. 이 사건 매매계약서의 구체적인 내용은 다음과 같다.

나. 2009. 11. 13. 중도금 금 일십칠억 원(￦1,700,000,000)을 지급한다.

다. 잔금의 지급기일은 2010. 2. 5.로 정한다.

제2조 소유권 이전

가. 잔금지급과 동시에 을의 비용으로 소유권 이전등기를 한다. 단, 국민주택기금 대출 채무인수등기 절차를 완료하고 소유권 이전등기를 한다.

… 중략 …

- 특 약 -

위와 같이 계약을 체결하고 준수하는 것을 원칙으로 하되 을의 수고 및 비용절약 등을 고려하여 아래와 같이 갑을 양도하기로 특약한다.

특약 제1조. 특약 우선 원칙

위 제1조 - 제7조와 특약이 상충될 시 본 특약이 우선한다.

특약 제2조. 본 계약과 무관한 원고의 채권 보장 및 협조

가. 잔금과 동시에 갑의 주식 51% 이상을 을에 양도하고 을을 공동대표이사로 선임 등재한다. 갑은 천안시 서북구 **동 **0-4번지 소재 사회복지법인 ***에 대한 약 16억 원의 채권이 있는바, 이를 갑이 전액 수령할 때까지 을은 적극 협조하여야 하고 수령 후 갑 소유 주식 전부를 을에게 양도하고 갑은 공동대표이사직을 즉시 사임한다.

… 중략 …

특약 제3조. 법인에 대한 갑의 제한적 권한과 의무

갑은 잔금 수령 이후 본 계약과 무관한 채권회수를 위하여 한시적으로 공동대표이사로 재직하고 있는 바, 공동대표이사의 권리 및 의무는 채권회수를 위한 제한적임을 명확히 한다.

특약 제4조. 2009년도 결산 권한 및 의무

2009년도 결한 권한 및 의무는 갑에게 있다.

특약 제5조. 법인세 납부의무

2010년도(2011년 납부분)부터 법인세 납부의무는 을에게 있다.

… 후략 …

2) 원고는 2009년부터 2012년까지 이 사건 아파트 605세대에 관하여 우***, 주식회사 **도시개발, **산업개발 주식회사(주식회사 **도시개발과 **산업개발 주식회사는 모두 이**이 운영하던 회사들이고, 이하에서 우***와 위 회사들을 통틀어 '우*** 등'이라 한다) 및 27명의 개인들 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었는바, 그 구체적인 내역은 다음 [표1]과 같다.(생략)

3) 우***의 계좌에서 원고의 계좌로 2009. 9. 29.부터 2010. 3. 24.까지 42회에 걸쳐서 합계 39억 7,600만 원이 지급되었고, 원고의 계좌에서 박**의 자녀들(박##, 박@@) 및 주식회사 스**(박**의 가족이 운영하는 회사) 명의의 각 계좌로 2010. 1. 8.경부터 2010. 6. 22.경까지 합계 1,716,830,500원이 이체되었다.

4) 이후 원고를 운영하던 이**이 2011. 9. 4.경 구속되자, 박**은 2012. 2. 29. 원고의 2010년도 법인세에 관하여 임대수입금액 261,000,000원, 유형자산 처분손실 2,864,000,000원, 당기순손실 2,603,000,000원으로 각 기재하여 기한후 신고를 하였다.

5) 이**은 2012. 4. 3. 원고의 2010년 사업연도 법인세 통합조사를 위한 심문에서 "이 사건 아파트를 매입하면서 원고 법인을 인수하게 되었고, 2010. 2. 이후로는 원고를 단독으로 운영하였다. 이 사건 매매계약서의 내용은 모두 사실이다. 계약금 5억 7,000만 원은 세 번에 걸쳐 분납하였고, 중도금 17억 원도 2009. 11. 13. 무렵 전액 지급하였으며, 잔금은 전부 지급한 것은 아니나 95% 가량을 지급하였다. 4세대를 제외한 나머지 세대들은 모두 분양이 되었고, 2009년부터 2011년까지 소유권이전등기를 마쳤다. 2011. 9. 4.부터 서울구치소에 수감되어 원고에 대한 법인세 신고를 하지 못했다.

이 사건 매매계약은 계약서의 내용대로 순조롭게 진행되었고, 박**이 기한후 신고를 하면서 원고에 유형자산 처분손실이 발생하였다고 신고한 부분에 대해서는 알지 못한다."라는 취지로 진술하였다.

6) 박**은 2012. 4. 4. 원고의 2010년 사업연도 법인세 통합조사를 위한 심문에서 "기한후 신고 당시 기재한 유형자산 처분손실 항목에 대해서는, 원래 원고의 법인세 신고를 해야 하는 이**이 없었기 때문에 이**을 대신하여 준비할 수 있는 서류만 가지고 신고를 한 것이고, 잘못된 것으로 생각한다. 등기 이전을 위해 이 사건 아파트 의 각 세대별 계약서를 작성한 사실이 있으나, 계약서는 보관하고 있지 않다. 현재 원고의 2010년 사업연도 귀속 현금출납장이나 기타 장부를 보관하고 있지 않다."라는 취지로 진술하였다.

7) 피고는 2014. 10. 24. 이 사건 재조사 결정에 기하여 원고의 2010년도 법인세에 관한 부분조사에 착수하였고, 박**은 2014. 10. 29. 이**으로부터 원고의 2010년도 법인세 재조사에 관한 모든 권한을 위임받았다.

8) 피고는 2014. 11. 3. 박**에게 '제출된 2010년도 귀속분 손익계산서 중 복리후생비, 소모품비, 수선비 등 경비부분과 관련된 매입세금계산서, 대금증빙(계좌내역), 영수증 등 증빙서류 일체와 유형자산 처분이익 귀속시기를 확인할 수 있는 임대아파트양도대금 수령내역(2010년 이후 수령한 양도대금 계좌내역 등)을 2014. 11. 5.까지 제출하라'는 내용의 공문을 발송하였다.

9) 박**은 피고에게, 2014. 11. 4. '자료제출 기한을 2014. 12. 5.로 연기해달라'는내용의 서면을, 2014. 12. 1. '이 사건 매매계약은 실질적으로 각 세대에 대한 소유권이전등기가 이루어질 때마다 일정금액을 지급하는 형태의 전속분양계약이므로, 2011년과 2012년에 소유권이전등기가 이루어진 세대에 대한 대금은 원고의 2010년도 귀속소득 금액으로 볼 수 없고, 2010년도에 소유권이전등기가 이루어진 502세대에 대하여 5,300,611,316원만을 소득금액으로 결정하여야 한다'는 내용의 서면을 각 제출하였고, 이 사건 매매계약에 따른 원고의 2010년 소득금액을 5,300,611,316원으로 산정한 근거 자료로 '세무조사시 조사관으로부터 교부받은 유형자산 처분자료'라는 표제의 문서를 제출하였다. 이후 박**은 2014. 12. 5. 원고와 현대기업금융 사이의 2010년 거래현황 과 민국저축은행에 대한 대출여신거래기록 조회기록을 참고자료로 제출하였다.

10) 피고는 2014. 12. 10. 원고에게 '이 사건 재조사 결정에도 불구하고 이 사건 처분이 적정하다'는 통지를 하였다.

라. 이 사건 처분이 추계과세의 요건을 갖추지 못하여 위법한지 여부

1) 과세관청은 법인세의 과세표준과 세액을 실지조사의 방법에 따라 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이지만, 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실액을 밝힐 수 있는 근거과세의 방법이 없는 때에는 추계의 방법으로 과세표준 등을 결정할 수 있고, 이러한 추계과세의 요건은 과세관청이 이를 입증하여야 할 것이다. 과세관청은 납세자가 과세표준과 세액을 신고하면서 제출한 세금계산서・장부 기타의 증빙이 불성실한 것으로 보여질 경우 그 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제출받아 실지조사를 하고, 그 자료에 의하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없을 때 비로소 추계조사 결정을 하여야 하며, 이러한 절차를 취함이 없이 한 추계조사 결정에 의한 과세처분은 추계과세의 요건을 결한 것으로서 위법하지만, 그와 같은 절차를 취하는 이유가 근거과세의 원칙상 추계조사 결정이 실지조사 결정을 할 수 없는 때에 예외적으로 허용된다는 점에 있음에 비추어 보면, 과세관청이 납세자로 하여금 그 제출된 세금계산서・장부 기타 증빙의 부당성을 지적하고 새로운 자료를 제출하게 하여 실지조사를 하더라도 과세표준과 세액을 결정할 수 없음이 명백한 경우까지 그러한 절차를 취하지 아니하고 추계조사결정에 의한 과세처분을 하였다 하여 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 1999. 10. 8. 선고 98두915 판결, 대법원 1996. 7. 30. 선고 94누15202 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고의 2010년도 법인세에 관해서는 추계과세의 요건 중 구 법인세법 시행령[2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다] 제104조 제1항 제1호가 정하는 '소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우'에 해당한다고 봄이 타당하므로, 피고가 원고의 소득금액을 추계조사의 방법으로 산정한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고는 기한 내에 2010년도 법인세 신고를 하지 아니하였고, 기한후 신고서 역시 허위로 제출하였다.

② 원고는 이 사건 처분에 대한 이의신청 및 심판청구 과정에서 정상적으로 작성된 복식부기 장부(갑 제20호증)를 제출하였다고 주장하나, 그 중 계정별원장(갑 제20호 증의18)이 기한후 신고 당시에 제출되었던 허위자료라는 점 및 현금출납장을 비치하지 아니하였다는 점을 각 자인하고 있고, 현재까지 진정한 계정별원장이나 전표 등 장부의 진실성을 뒷받침하는 증빙서류를 제출하지 못하고 있다. 원고가 이 법원에 증거로 제출한 문서들은 작성자에 의해 임의로 정리된 각종 내역서, 원고가 박**의 자녀 등 에 대해 차용금 채무를 부담하고 있었다는 주장을 입증하기 위한 자료, 변호사 비용과 세무비용에 대한 세금계산서, 이 사건 아파트의 중개수수료 영수증, 원고의 일부 계좌 거래내역, 이 사건 아파트의 일부 세대에 대한 등기부등본 등인바, 이들 자료는 임의 작성이 가능한 자료에 불과하거나 일부 자료에 불과하여 전체적인 내역을 확인할 만한 신뢰성 있는 증빙서류로서 원고의 2010년도 소득금액을 계산할 수 있는 자료라고 보기 어렵다.

③ 원고는 2010년도에 이 사건 아파트 502세대를 매매한 대가로 수령한 대금이 17,821,150,009원이고, 양도차익은 5,300,611,316원이라고 주장하면서 그 근거로 유형자산처분자료(갑 제4호증의2)를 들고 있으나, 이는 매매가액, 양도차익 등을 도출한 객관적인 근거자료 없이 원고가 신고한 내용이 정확하다는 것을 전제로 조사를 담당한 공무원에 의해 임의로 작성된 문서에 불과하다.

④ 이 사건 재조사 결정의 취지는 '2010. 2.경 이후로 원고를 실질적으로 운영한 이**이 구속되어 원고의 2010년도 장부기장이 정상적으로 이루어지지 못한 것으로 보이는 점, 피고가 이**과 박**에 대한 조사를 각 1회씩만 실시하였고, 원고의 세무조사기간 연장신청을 불허한 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분 과정에서 원고의 입증자료를 통한 소명이 충분히 반영되지 못한 것으로 보이므로, 원고가 제시하는 입증자료를 토대로 재조사를 할 필요가 있다'는 것이다. 그런데 박**이 구속 중인 이**으로부터 원고의 2010년도 법인세 재조사에 관한 권한을 위임받은 시점으로부터 2년 4개월이 경과한 현재에 이르기까지 원고의 2010년도 소득금액을 계산할 수 있는 신뢰성 있는 증빙서류를 제출하지 못하고 있는 점에 비추어 볼 때, 설령 피고가 이 사건 처분 이전에 원고에게 추가 증빙자료를 제출할 기회를 주었다고 하더라도, 원고는 실지조사의 방법을 통해 과세표준과 세액을 결정할 수 있는 새로운 자료를 제출하지 못하였을 것으로 보인다. 따라서 피고가 원고의 세무조사기간 연장신청을 불허하였다거나 이**과 박**에 대한 대면조사를 1회씩만 실시하였다는 점만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

마. 이 사건 처분에서 추계조사에 의한 소득금액 산정이 적법하게 이루어졌는지 여부

1) 구 법인세법[2011. 1. 1. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다] 제40조 제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"고 규정하고 있는데, 익금이 확정되었다고하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없으며, 여기서 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되었는지는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상・사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 참조). 한편, 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호는 '상품 등외의 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날로 하고, 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)・인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.'라고 규정하고 있다.

2) 위 법리 및 관련 법령에 비추어 살피건대, 앞서 인정한 사실에 갑 제18호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 원고의 이 사건 아파트 565세대 양도로 인한 익금 및 손금이 2010년 사업연도에 귀속된다고 판단하여 원고의 소득금액을 산정한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

가) 원고는 '이 사건 매매계약의 실질은 우***가 이 사건 아파트의 각 세대에 관한 수분양자를 모집하여 수분양자들과 분양계약을 체결하고 수분양자들로부터 분양대금이 납부되면 원고가 소유권이전등기를 해주기로 하는 일종의 전속분양계약이므로, 각 세대의 건물등기부에 기재된 거래가액으로 개별 매매가액을 산정하고, 각 세대의 소유권이전등기가 경료된 시점에 해당 세대에 대한 매매대금이 원고에게 귀속된 것으로 보아야 한다'는 취지로 주장한다.

그러나 ① 이 사건 매매계약의 처분문서에 원고가 우***에 이 사건 아파트 및 그 단지 내 상가를 일괄하여 매도하는 것으로 기재되어 있는 점, ② 이**이 심문과정에서 이 사건 매매계약을 계약서의 내용대로 체결하였다는 취지로 진술한 점, ③ 박**이 심문과정에서 이 사건 아파트의 각 세대들에 대한 개별 분양계약서는 가지고 있지 않다고 진술하였고, 원고가 현재까지 각 세대들에 대한 개별 분양계약서를 제출하지 못하고 있는 점, ④ 이 사건 아파트의 각 세대 중 27세대를 제외한 대부분의 세대들에 관하여 우*** 등 명의로 소유권이전등기가 이루어졌고, 우*** 명의 계좌에서 원고의 계좌로 여러 세대들에 대한 매매대금이 한꺼번에 지급된 것으로 보이는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 매매계약은 원고가 우***에 이 사건 아파트 및 그 단지 내 상가 일체를 양도하기로 하는 약정이라고 보는 것이 상당하다. 따라서 이 사건 매매계약으로 양도된 이 사건 아파트 세대들에 관하여 하나의 수입시기를 적용하는 것이 타당하다.

나) 원고는 '2011년 및 2012년에 소유권이전등기가 된 59세대에 대해서는 각 등기시점 무렵에 매매대금을 수령하였으므로, 2010년도에 매매대금이 청산되었다고 볼 수 없다'는 취지로 주장한다.

그러나, ① 이**이 심문과정에서 '이 사건 매매계약서상의 매매대금 58억 7,000만 원을 2010년도에 대부분(95%) 지급하였다'고 진술한 점, ② 원고가 2010. 3. 말경 이후 우***로부터 매매대금을 수령한 사실을 뒷받침하는 증거를 전혀 제출하지 못하고 있는 점(갑 제16호증의 기재만으로는 2011. 5. 12. 손** 명의로 박## 명의 계좌에 3,500만 원이 입금되었다는 사실을 알 수 있을 뿐, 그 거래가 이 사건 아파트에 관한 매매대금 지급의 일환으로 이루어졌다는 점은 알 수 없다), ③ 우*** 의 실질적 운영자인 이**이 2010. 3.경부터 박**으로부터 원고의 법인통장, 이 사건 아파트 등을 비롯한 원고의 자산에 관한 실질적인 처분권을 취득하여 사용・수익한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 2010년경 우***가 이 사건 아파트 565세대 에 관한 매매대금 채무를 거의 전부 이행하여 사실상 지배하고 있었다고 볼 수 있으므로, 이 사건 아파트 565세대의 양도로 인한 이익은 2010년도에 원고에 귀속되었다고 봄이 상당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

2017. 3. 9.