2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 DD 북구 @@동 1185-4에서 'DD유통'이라는 상호로 식육 도ㆍ소매업 을 하는 사업자로, 2005년부터 2007년까지 양산시 **동 872에서 도축업을 영위하는 주식회사 ㅁㅁ산업(이하 'ㅁㅁ산업'이라 한다)으로부터 도축서비스에 대한 세금계산서 외에 아래 표 기재와 같이 한우ㆍ육우 등 매입에 대한 계산서(이하 '이 사건 계산서'라 한다)를 수취하여 위 각 계산서에 기재된 공급가액을 필요경비에 산업하여 해당 과세 기간의 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 2009년 1월경 ㅁㅁ산업의 계산서 교부내역을 조사한 결과， 원고가 축산 농가로부터 소를 매입하였음에도 ㅁㅁ산업으로부터 소의 매입에 관한 이 사건 계산서를 수취한 사실을 확인하고， 2009. 7. 1. 원고에게 위 표 기재와 같이 해당 과세기간 귀속 종합소득세에 대한 계산서합계표보고불성살가산세 합계 36，363，350원을 경정 ・ 고 지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 2009. 9. 25. 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2009. 12. 9. 조세심판원은 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건의 경우 원고는 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것과 2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조의2 제2항 단서 및 같은 법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제208조의2 제1항 제5호 소정의 '농어민으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받는 경우'에 해당되어 계산서 수취의무가 없으므로, 계산서합계표의 제출의무가 있는 사업자에게 적용되는 구 소득세법 제81조 제3항을 근거로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고가 그동안 도축업자로부터 소의 매입에 대한 계산서를 수취하는 관행을 문제 삼지 아니하다가 이제 와서 과세를 하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다.

(3) 원고는 이 사건 계산서의 수취의무 및 합계표 제출의무가 없음에도 성실하게 제출하였고, 이로 인하여 세금의 감면이나 공제를 부당하게 받은 적도 없으며, 그 동안 업계의 관행으로만 생각하여 가산세가 부과된다는 사정을 알지 못하였으므로, 가산세 면제 사유인 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

(가) 구 소득세법 제81조 제7항 제2호(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 및 구 소득세법 제81조 제3항 제2호의 규정에 의하면, 복식부기의무자가 사실과 다르게 매입처별계산서합계표를 기재하여 제출한 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 제160조 및 제160조의2의 각 규정에 의하면, 사업자는, 대통령령이 정하는 일정규모 미만의 사업자(간편장부대상자)로서 대통령령이 정하는 간편장부를 비치하고 그 사업에 관한 거래사실을 성실히 기재한 경우를 제외하고는, 소득금액을 계산할 수 있도록 증빙서류 등을 비치하고 그 사업에 관한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 의하여 장부에 기록・관리하여야 하고, 거주자가 사업소득금액 등을 계산함에 있어서 필요경비를 계산하고자 하는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증빙서류를 수취하고 이를 확정신고기간 종료일로부터 5년 간 보관하여야 한다고 규정하면서 다만, 예외적으로 법 제160조의2 제2항 단서 및 제208조의2 제1항 제5호에서 '농ㆍ어민으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건의 경우, 원고가 농민들로부터 소를 구입하였음에도 ㅁㅁ산업으로부터 구매한 것으로 기재된 이 사건 계산서를 수취하여 2005년부터 2007년까지 종합소득세를 신고ㆍ납부한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고가 구 소득세법상 복식부기의무자란 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 복식부기의무자가 사실과 다른 매입처별계산서합계표를 기재하여 제출한 경우로 보아 한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이고, 비록 관계 법령에 따라 농민으로부터 소를 직접 공급받는 경우에는 계산서 등을 수취할 의무가 없다고 하더라도 원고가 도축업자로부터 사실과 다른 내용의 계산서를 수취한 사실이 인정되는 이상 가산세 인정에 어떠한 장애가 되는 것은 아니다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는데(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 참조), 원고가 그 동안 도축업자 명의로 발행한 계산서를 수취하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하여 왔고, 피고가 이에 아무런 이의를 제기하지 아니하였다는 사정만으로는 계산서의 적법성이나 가산세 부과여부에 대하여 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있고 할 것인데 (대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 등 참조), 원고가 주장하는 위와 같은 사정만으로는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.