2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용중9/10는원고가,나머지는피고가각부담한다.

가ㆍ 2003. 2. 12.자 매매계약의 체결(이하 '이 사건 매매계약')

(1) 계약당사자

① 매도인 : 주식회사 일구환경(이하 '일구환경')

② 매수인 : 이○○(다만 부동산 검인계약서상 매수인 명의는 이○○의 처인 이◎◎으로 함)

(2) 매매목적물ㆍ일구환경의 지점인 인천 서구 ●●동 223-236, 518 소재 공장(이하 '이 사건 공장')

(3) 매매대금 : 10억6,000만원

나.피고의종합소득세부과처분내역

(1) 이사건매매계약의매매대금중3억8,000만원을일구환경소유의시설장치등에대한가액으로보아일구환경이이를매출누락한것으로판단

(2) 위매출누락액3억8,000만원이귀속이불명한채사외유출되었다는이유로2006. 2. 1. 대표이사인원고에게상여처분하는내용의소득금액변동통지

(3) ① 2007. 2. 8. 일구환경에 2003년 귀속 근로소득세 원천징수분 129,683,270원 을 경정ㆍ고지, ② 같은 해 8. 3. 원고에게 2003년 귀속 종합소득세 146,463,380원을 결정ㆍ고지

다.피고의원고에대한각감액경정및환급

(1) 위 나. (2)항의 근로소득세 원천정수분이 이미 납부된 사실을 확인하고 2008. 11.경 직권으로 105,328,480원1)을 감액경정 및 환급

(2) 2009. 7.경 12,555,320원2)을 추가로 감액 경정 및 환급

(3) 잔존세액(고지세액기준) 28,579,580원(= 146,463,380원 - 105,328,480원 12,555,320원)

인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증, 갑 제48호증의 1 내지 3, 갑 제50호증의 1. 을 제2호증의 1 내지 6, 을 제4호증의 1. 을 제5호증, 을 제6호증의 1, 을 제7 내지 9, 11호증, 을 제12호증의 1 내지 을 제14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

일구환경은 이○○과 이 사건 매매계약을 체결할 당시 토지를 평당 2,200,000원으로 계산하여 토지대금만 1,060,000,000원으로 약정하고 일구환경 소유의 시설장치 등은 무상으로 양도하기로 하였으므로, 일구환경이 위 매매대금 중 시설장치 등에 대한 가액 380,000,000원을 매출누락하였음을 전제로 하는 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 인정사실

(1) 원고는1998. 12. 30. 자신의처인신★★명의로인천서구●●동223-236,같은동518 각토지(합계550평) 및그지상건물을낙찰받았고,그곳에서폐수등처리업을영위하다가2003. 6. 26. 폐업선고를하였다.

(2) 2003. 2. 12.자 이 사건 매매계약서(갑 제2호증)에는 1매도인 1 : 일구환경, 매도인 2 : 신★★, 매수인. 이○○'이라고 기재되어 있고, 그 아래에는 '위 매수인은 서구 석남2동 223-236, 같은 동 223-518 소재 매도인 1 소유 폐수처리업 관련 허가권, 시설 등 및 매도인 2 소유 토지, 건물에 대하여 매매계약을 체결'한다는 내용이 기재되어 있으며, 제1조에는 '매매대금은 일금 일십억 육천만 원(1,060,000,000원)으로 한다. 다만 폐수처리업 관련시설, 차량 등 명의 이전에 관련된 제비용(연체된 배출부과금 포 함)은 매수인의 부담으로 한다'라고 기재되어 있다.

(3) 인천 서구 ●●동 223-226, 같은 동 518 각 토지 및 그 지상 건물에 대한 부동산 겸인계약서(갑 제1호증의 6, 원고는 위 검인계약서가 원고가 백지상태에서 도장만 찍어준 것을 이○○ 측에서 임의로 작성한 것이라고 주장하나, 갑 제1호증의 5, 갑 제4, 23, 35호증, 갑 제48호증의 1의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다)에는 매도인은 토지 및 건물의 등기명의자인 위 신★★, 매수인은 이○○의 처인 이◎◎을 되 어 있고, 매매대금은 680,000,000원으로 되어 있다.

(4) 이 사건 매매계약 당시 인천 서구 ●●동 223-236, 같은 동 518 각 토지의 개별공시지가는 각 323,000원1㎡이었고, 2005. 11.경 개별공시지가는 각 298,000원1㎡, 시 세는 평당 1,200,000원 - 1,300,000원 정도였다.

(5) 일구환경의 2002년 및 2003년 법인결산서에 의하면, 2002년 기계장치 137,000,000원, 차량운반구 125,000,000원, 산업재산권 18,000,000원으로 총 280,000,000원, 2003년 기계장치 0원, 차량운반구 13,000,000원, 산업재산권 16,000,000 원으로 총 29,000,000원의 자산이 각 계상되어 있다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 3, 6, 갑 제2호증, 을 제5호증, 을 제6호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 이 사건 매매계약을 체결함에 있어 일구환경이 이○○에게 시설장치 등을 무상으로 양도하였다는 취지의 원고의 주장에 대하여 살피건대, 이 사건 매매계약서에 등기부상 토지 및 건물의 소유자인 신★★ 이외에 일구환경도 매도인으로 함께 기재되어 있는 사실, 토지 및 건물에 관한 부동산 등기용 겁인계약서에는 원고의 처인 신★★만이 매도인으로 기재되어 있고 매매대금란에 680,000,000원이라고 기재되어 있는 사실, 일구환경의 2002년도 법인결산서에는 기계장치 등 총 280,000,000원의 자산이 계상되어 있었는데 2003년도 법인결산서에는 차량운반구 등 총 29,000,000원의 자산만 이 계상되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 위 인정사실에 이 사건 매매계약 당시 인천 서구 ●●동 223-236, 같은 동 518 각 토지의 시세가 평당 각 2,200,000원에 미치지 못하는 것으로 보이는 점, 이 사건 매매계약서에는 일구환경 소유의 폐수처리업 관련 허가권, 시설 등이 매매목적물로 명시되어 있는 점, 매수인 김☆☆이 '일구환경의 대표이사인 원고의 요구로 부동산 가격을 680,000,000원으로 기재한 검인계약서를 작 성하였으며, 이에 380,000,000원은 허가권을 포함한 시설장치의 가격으로 판단하였다' 는 취지의 확인서(갑 제1호증의 4)를 세무공무원에게 제출한 점, 김☆☆의 남펀 이○○도 수사기관에서 공장과 기계를 통틀어 1,060,000,000원에 매입하였다고 진술한 점(갑 제1호증의 9) 등을 종합해 보면, 갑 제1호증의 7, 갑 제3, 4, 17, 18호증, 갑 제22, 23 호증, 갑 제24호증의 3 내지 5, 갑 제26호증의 3, 4, 갑 제29호증 내지 갑 제32호증의 1, 갑 제34, 35, 43 내지 47호증, 갑 제49호증의 1, 2의 각 기재만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 정당한세액

다만, 구 소득세법 부칙(제6958호, 2003. 7. 30.) 제2조 제2항에 따라 2003년 귀속 근로소득에 대한 종합소득산출세액에서 45만 원이 공제되어야 할 것임에도 피고는 2009. 7. 감액경정을 함에 있어 이를 누락하였는바, 따라서 이 사건 부과처분 중 정당 한 세액은 원고에 대한 2003년 귀속 종합소득세 28,579,580원에서 세액공제액 45만 원 을 차감한 28,129,580원이 남게 되므로, 이 사건 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그러므로원고의청구를일부인용한다.