가.처분청은청구인이 2008년도 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 서울특별시 OOO OOOO OOO OO아파트 42동 801호(이하 “이 건 주택”이라 한다)의 주택을 소유하고 있고 이 건 주택의 공시가격이 2,080,000,000원으로서 주택분 과세기준금액인 6억원을 초과하는 종합부동산세 납세의무자에 해당하므로 이 건 주택의 공시가격에서 6억원을 공제한 1,480,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한종합부동산세16,004,580원, 농어촌특별세 3,200,910원, 합계19,205,490원(이하 “이 건 종합부동산세”라 한다)을 2008.11.20. 청구인에게 부과고지하였다.

나. 그 후 처분청은 2008.12.26. 법률 제9273호로 「종합부동산세법」이 개정됨에 따라 「종합부동산세법」 부칙 제3조의 규정에 의하여 과세표준 적용비율을 100분의 80으로 하향조정(종전 100분의 90)한 다음 2009.1.16. 이 건 종합부동산세를 종합부동산세 13,894,580원, 농어촌특별세 2,778,910원, 합계 16,673,490원으로 경정하고 그 차액은 환급하였다.

다.이에 대하여 청구인은 청구인이 합산배제 임대주택인 서울특별시 OOO OOO 1227-4 및 같은 동 1169-6 다가구주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 소유하고 있다는 사유로 “1세대 1주택자”에 대한 장기보유자 및 고령자 세액공제를 하지 아니하는 것은 부당하다고 주장하며 2009.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 OOO와 공동으로 임대주택인 쟁점주택을 소유하고 있는바, 쟁점주택은 「조세특례제한법」제97조의 규정에 의한 임대주택으로서 국세청 예규(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO) 등에 의하여 거주자의 소유주택으로 보고 있지 아니함에도 처분청에서 청구인을 다주택 소유자로 판정하여 「종합부동산세법」제9조 제6항 및 제7항의 개정 규정에 의한 1세대 1주택 장기보유자 세액공제와 고령자 세액공제를 배제하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점주택을 청구인의 주택수에서 제외하여 1세대 1주택자에 대한 세액공제를 하여 달라고 주장하지만, 종합부동산세 부과시 임대주택 합산배제는 「종합부동산세법」제8조에 의한 것이고, 이 건과 같은 “1세대 1주택자”에 대한 세액공제는 같은 법 제9조에 의한 것이며, 같은 법 시행령 제2조의3에서 세대원 중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유하고 있는 경우에 그 주택 소유자를 1세대 1주택자로 규정하고 있고, 임대주택에 대한 합산배제를 신고한 경우에는 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 각각 1주택으로 보도록 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점주택에 대하여 12세대가 독립하여 구분 사용하는 것으로 합산배제 신고하여 주택분 재산세 과세대상인 2주택을 소유하고 있는 사실이 확인되므로 처분청에서 “1세대 1주택자”에 대한 세액공제를 배제한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1주택 이외에 합산배제 임대주택을 소유하고 있다는 사유로 “1세대 1주택자”에 대한 종합부동산세의 연령별·보유기간별 세액공제를 배제하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제7조 (납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

제8조 (과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「임대주택법」 제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정보육시설용 주택, 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령이 정하는 주택. 이 경우 수도권외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한한다.

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 당해 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

제9조 (세율 및 세액) ① 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)으로 한다.

⑤ 주택분 종합부동산세 납세의무자가 1세대 1주택자에 해당하는 경우의 주택분 종합부동산세액은 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액에서 제6항 또는 제7항에 따른 1세대 1주택자에 대한 공제액을 공제한 금액으로 한다. 이 경우 제6항과 제7항은 중복하여 적용할 수 있다.

⑥ 과세기준일 현재 만 60세 이상인 1세대 1주택자의 공제액은 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액에 다음 표에 따른 연령별 공제율을 곱한 금액으로 한다.

⑦ 1세대 1주택자로서 해당 주택을 과세기준일 현재 5년 이상 보유한 자의 공제액은 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액에 다음 표에 따른 보유기간별 공제율을 곱한 금액으로 한다.

○ 부칙 제4조 (1세대 1주택자에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제9조 제5항·제6항 및 제7항의 개정규정은 이 법의 공포일일 속하는 연도에 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제2조의3 (1세대 1주택의 범위) ① 법 제8조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택자”란 세대원 중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유한 경우로서 그 주택을 소유한 「소득세법」 제1조 제1항 제1호에 따른 거주자를 말한다. 이 경우 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택은 1주택으로 보되, 제3조에 따른 합산배제 임대주택으로 같은 조 제8항에 따라 신고한 경우에는 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 각각 1주택으로 본다.

② 제1항에 따른 1세대 1주택자 여부를 판단할 때 다음 각 호의 주택은 1세대가 소유한 주택 수에서 제외한다.

1. 제4조 제1항 제6호에 해당하는 1주택

2. 제4조 제1항 제8호에 해당하는 주택

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 「임대주택법」 제2조 제4호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 "사업자등록" 이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지 및 제5호부터 제7호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.

1. 「임대주택법」 제2조 제2호에 따른 건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2005. 5. 31. 제정)

2. 「임대주택법」 제2조 제3호에 따른 매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우의 그 주택

가. 「주택법」 제2조 제3호에 따른 국민주택(이하 “국민주택”이라 한다) 규모 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것

나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

6. 매입임대주택[미분양주택( 「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 보유한 납세의무자는 법 제8조 제3항에 따른 신고와 함께 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 제출하여야 한다.

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것

나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

다. 수도권 밖의 지역에 위치할 것

라. 가목부터 다목까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 “미분양매입임대주택”이라 한다)이 5호 이상일 것[제2호에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 제3호에 따른 매입임대주택이 2호 이상이거나 제5호에 따른 임대주택이 5호 이상인 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제5호에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(제3호에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 특별시ㆍ광역시 또는 도 안에 있는 경우에 한정한다)]

② 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 다가구 임대주택”이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 “다가구주택”이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서 「임대주택법 시행령」 제7조 제1항에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.

⑤ 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호를 적용하는 경우 임대주택의 수는 같은 특별시ㆍ광역시 또는 도에 소재하는 주택별로 각각 합산하여 계산한다.

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은 「지방세법 시행령」 제140조의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

⑧ 법 제8조 제2항 제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

제4조 (합산배제 기타주택) ① 법 제8조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 기타주택”이라 한다)을 말한다.

6. 수도권 밖의 지역에 위치하는 1주택(납세의무자가 2주택 이상을 소유한 경우에는 주택의 공시가격이 가장 높은 주택을 말한다)

8. 「문화재보호법」 제47조 제2항에 따른 등록문화재에 해당하는 주택

(3) 조세특례제한법

제97조 (장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 해당 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 해당 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 40(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「임대주택법」에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008년도 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재1997.7.26. 취득한 서울특별시 OOO OOOO OOO OO아파트 42동 801호 주택과 1994.6.15. 및 1996.5.1. OOO와 공동사업자로 등록한 임대주택인 서울특별시 OOO OOO 1227-4 및 같은 동 1169-6 다가구주택을 소유하고 있다.

(2) 청구인은 서울특별시 OOO OOO 1227-4 다가구주택 14가구, OOO 1169-6 다가구주택 14가구 등 총 28가구의 주택을 「임대주택법」에 의하여 임대사업에 공여하고 있는 사실이 주택임대사업자 수입금액 명세서 등에 의하여 확인되고 있다.

(3) 살피건대, 2008.12.26. 법률 제9273호로 신설된 「종합부동산세법」제9조 제5항·제6항 및 제7항에서 주택분 종합부동산세 납세의무자가 1세대 1주택자에 해당하는 경우의 주택분 종합부동산세액은 제1항ㆍ제3항 및 제4항에 따라 산출된 세액에서 제6항 또는 제7항에 따른 1세대 1주택자에 대한 연령별·보유기간별 공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제4조에서 이 개정규정은 이 법의 공포일일 속하는 연도에 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제2조의3 제1항에서 ”1세대 1주택자”란 세대원 중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유한 경우로서 그 주택을 소유한 「소득세법」제1조 제1항 제1호에 따른 거주자를 말하고, 이 경우 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택은 1주택으로 보되, 제3조에 따른 합산배제 임대주택으로 같은 조 제8항에 따라 신고한 경우에는 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 각각 1주택으로 본다고 규정하고 있다.

(4) 청구인은 2008년도 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 종합부동산세 과세대상이 되는 이 건 주택 1채와 「종합부동산세법 시행령」제3조의 합산배제 임대주택인 서울특별시 OOO OOO 1227-4 소재 다가구주택 14가구, 같은 동 1169-6 소재 다가구주택 14가구 등 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 주택 총 28가구의 주택을 소유하고 있는 사실이 주택임대사업자 수입금액명세서, 건축물관리대장 등에 의하여 확인되고 있으므로, 처분청에서 청구인이 「종합부동산세법 시행령」 제2조의3의 규정에 의한 “1세대 1주택자”에 해당되지 아니하는 것으로 보아 「종합부동산세법」제9조 제6항·제7항의 규정에 의한 연령별 세액 공제와 보유기간별 세액 공제를 적용하지 아니한 것은 적법하다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다