2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1，2，갑 제2호증，갑 제3，4호증，을 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고는 서울 서초구 OO동 000에서 'BB상회'라는 상호로 고철도매업을 영위 하는 사업자이다.

나. 원고는 주식회사 CC산업(이하 'CC산업'이라 한다)으로부터 2008. 2. 1. 공급가액 000원 상당의 매입세금계산서 1매(이하 이를 '이 사건 제1 세금계산서'라 한다)를， 같은 해 6. 30. 공급가액 000원 상당의 매입세금계산서 1매(이하 이를 이 사건 제2 세금계산서라 하고，이 사건 제1，2 각 세금계산서를 통툴어 '이 사건 각 세금계산서'라 한다)를 각 교부받아 그에 따른 매입세액을 공제하여 2008. 7. 25. 피고에게 2008년 제1기 귀속 부가가치세를 신고 • 납부하였다.

다. 피고는 2010. 9. 1. 원고에게，이 사건 각 세금계산서의 공급가액 합계액 000원 중 000원 부분은 CC산업이 원고에게 매출한 금액이 아니라 주식회사 DD기업(이하 'DD기업'이라 한다)이 원고에게 매출한 금액이라는 이유로 이를 '사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액'으로 보아 위 부분에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제하여， 2008년 제1기 귀속 부가가치세 000원을 결정 ・ 고지하였다(이하 이를 '이 사건 부과처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2011. 11. 2. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2011. 1. 28. 위 이의신청이 기각되었다. 원고는 다시 같은 해 4. 21. 조세심판원에 심판 청구를 하였으나 같은 해 7. 19. 위 심판청구가 기각되었다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

원고는 2008년 상반기 CC산업으로부터 고철 등의 재화를 공급받으면서 이에 대한 세금계산서를 교부받았을 뿐이고， DD기업으로부터는 재화를 공급받은 바 없으므로， 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다르게 기재된 세금계산서가 아니다.

2) 피고의 주장

원고가 폐자재 매입과 관련하여 DD기업에 000원을 선지급한 후 000원을 반환받은 점， DD기업의 대표자인 EE과 CC산업의 대표자인 김FF 또한 DD기업이 000원의 매출을 누락하였다고 진술하고 있는 점，DD기업이 원고의 채권자들에게 원고가 지급해야 할 공사비용 중 000원을 직접 지급 한 점 등 제반 사정에 비추어 보면， 이 사건 각 세금계산서 공급가액 합계액 000원 중 000원 부분은 DD기업이 원고에게 공급한 재화에 대한 대가로 봄이 상당하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3 내지 제7호증，갑제9 내지 제12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가) CC산업은 서울 중구 OOOO로 0가 000 소재 GG건설 본사 사옥(이하 'GG빌딩'이라 한다)의 수선을 위하여 주식회사 GG건설(이하 'GG건설'이라 한다)과 철거용역계약을 체결함으로써 GG빌딩에 대한 철거공사(이하 '이 사건 철거공사'라 한다)를 하게 되었다.

나) 원고는 2008. 1. 31. CC산업과 사이에 환수대금 000원(부가가 치세 별도)을 주고， 지하 2층부터 지상 25층까지 이 사건 철거공사현장에서 발생하는 고철 등 폐자재 일체를 환수하는 내용의 폐자재환수계약(이하 '이 사건 환수계약기라 한다)을 체결하고，위 환수계약에 따른 대금으로 CC산업에 2008. 1. 30. 000원을，같은 해 2. 1. 000원을 각 송금하였다.

다) 한편 CC산업은 2008. 3.경 GG건설의 요구에 의하여 DD기업과 공동으로 이 사건 철거공사를 시공하게 되었다. 이에 따라 GG빌딩 지하 2층부터 지상 20층 까지의 부분(철거면적 73，646㎡ 전체철거면적 중 63.61%)은 CC산업의 철거공사구간으로，GG빌딩 지상 21층부터 지상 25층까지의 부분(철거면적 42，036㎡， 전체철거면적 중 36.39%)은 DD기업의 철거공사구간으로 각 구분되었다.

라) 원고는 그 무렵 CC산업과 사이에 이 사건 환수계약의 환수대금을 000원으로 증액하되， 그 중 000원을 CC산업에， 나머지 000 원을 DD기업에 각 지급하기로 약정하였다.

마) 원고는 2008. 3. 11. CC산업에 나머지 환수대금 000원 중 000원을，같은 해 3. 12. DD기업에 000원을 각 지급하였다.

바) 한편， 원고는 CC산업에 2008. 4. 25. 이 사건 제1 세금계산서에 따른 부가가치세 000원을， 같은 해 7. 25. 이 사건 제2 세금계산서에 따른 부가가치세 000원을 각 지급하였다.

사) 원고는 2008. 2. 하순경부터 이 사건 환수계약에 따라 GG빌딩의 폐자재 분리 및 수거작업을 진행하였는데， 이 사건 철거공사의 범위가 대수선공사에서 일반수선 공사로 변경됨에 따라 원고가 환수할 수 있는 폐자재의 양이 줄어들었고， 원고와 CC산 업， DD기업 사이에 분쟁이 발생하였다.

아) 이에 원고는 2008. 12. 10. CC산업， DD기업과 사이에 아래와 같은 내용의 합의(이하 '이 사건 합의'라 한다)를 하였다.

자) 원고는 2008. 12. 12. CC산업， DD기업에 미지급된 인건비 등의 합계액 이 000원임을 통지하였다.

차) CC산업， DD기업이 원고에게 이 사건 합의에 따른 돈을 지급하지 아니 하자， 원고는 2009. 2. 18. CC산업， DD기업을 상대로 서울남부지방법원 2009가합3549호로 합의금 청구의 소를 제기하였다. 당시 원고가 제출한 소장의 주된 내용은 다음과 같다.

카) 원고는 2009. 3. 16. CC산업과 사이에 이 사건 합의에 따른 돈 000원 중 CC산업이 원고에게 지급할 부분을 000원으로 약정하고，위 약정에 따라 2009. 3. 17. CC산업으로부터 000원을 지급받은 다음，그 무렵 위 합의금 청구사건 중 CC산업에 대한 소를 취하하였다.

타) 위 합의금 청구사건에 관하여 원고는 2009. 7. 24. 서울남부지방법원으로 부터 '피고는 원고에게 000원 및 이에 대하여 2009. 1. 31.부터 2009. 7. 24.까지 는 연 5%，그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비울에 의한 돈을 지급하라'는 판결을 선고받았고，위 판결은 2009. 8. 18. 확정되었는데， 위 판결의 주된 판결이유는 아래와같다.

2) 판단

구 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호에서 정한 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙인바，이 사건 각 세금계산서의 공급가액 합계액 000원 중 000원 부분이 사실과 다르게 기재된 공급가액이라는 피고의 위 주장에 부합하는 증거로는 을 제2， 3호증의 각 기재가 있으나， 위 각 증거는 앞서 인정된 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 드러나는 다음과 같은 사정들에 비추어 이 를 믿을 수 없고， 달리 피고의 위 주장사실을 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

가) 원고는 이 사건 각 세금계산서를 CC산업으로부터 교부받기 이전인 2008. 1. 31. CC산업과 사이에 대금 000원의 이 사건 환수계약을 체결하였을 뿐만 아니라，2008년 상반기에 CC산업에게 모두 000원을 지급하였는바，이 사건 환수계약상의 대금이나 원고가 2008년 상반기에 CC산업에게 지급한 금액은 이 사건 각 세금계산서의 공급가액 합계액을 초과한다.

나) 이 사건 각 세금계산서에 따른 부가가치세 각 000원 합계 000원 전부를 원고가 CC산업에 지급한 반면， DD기업에는 부가가치세를 지급 한 바 없다.

다) 피고가 주장하는 바와 같이 원고가 CC산업으로부터 공급받은 재화의 가액이 000원에 불과하다면，CC산업은 부가가치세 신고를 할 당시의 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래와 관계되는 계약의 일부가 해제되거나 취소되었다는 이유로 위 금액을 초과하는 공급가액 부분에 대하여는 관할 세무서장에 경정청구 등을 할 수 있음에도，이와 같은 경정 청구 등이 이루어졌다고 볼 만한 증거자료가 제출되어 있지 않다.

라) 피고는 원고가 CC산업으로부터 000원，DD기업으로 000원 상당의 재화를 공급받았음을 전제로 이 사건 처분을 하였으나， 원고가 CC산업과 DD기업으로부터 각 실제 공급받은 폐자재의 공급가액이 확인된 바는 없고，원고가 CC산업과 DD기업으로부터 각 지급받은 합의금(CC산업으로부터 000 원，DD기업으로부터 000원)을 역으로 계산하여 위 돈 상당의 폐자재를 공급받았다고 추측한 것에 불과하다.그러나 원고가 CC산업，DD기업을 상대로 합의금 청구의 소를 제기할 당시 원고조차도 000원 중 CC산업，DD기업으로부터 각 지급 받아야 할 금액을 특정하지 못하였다.

마) 원고가 이 사건 합의에 따른 돈 000원 중 CC산업으로부터 000원을，DD기업으로부터 000원을 각 반환받기는 하였으나，이는 협상과정 내지 민사소송과정에서 위 000원을 7:4의 비울(이 사건 환수계약에 따른 총 대금 000원 중 CC산업이 원고로부터 지급받은 금액 000원과 QQ기업이 원고로부터 지급받은 금액 000원을 기준으로 한 비율)로 나눈 결과에 불과하다.

바) 원고가 CC산업으로부터 000원，DD기업으로부터 000원 상당의 폐자재를 각 실제 공급받았다면，폐자재를 환수하는 원고의 직원들 중 7/11는 CC산업의 철거공사구간에 투입되고，나머지 직원들은 DD기업의 철거공사구간에 각 투입되었거나，원고의 직원들이 폐자재 환수기간 중 7/11은 CC산업 철거공사구간에서，나머지는 DD기업의 철거공사구간에서 각 작업하였다는 것인데，이와 같은 작업진행방식은 매우 이례적인 것으로 보인다. 오히려 작업진행의 효율성을 고려하면 원고가 주장하고 있는 바와 같이 지하2층부터 지상20층에 위치한 CC산업의 철거공사구간에서 먼저 폐자재 환수작업을 진행하였을 가능성이 크고， 그렇다면 원고가 2008년 상반기에 환수한 폐자재의 대부분은 CC산업이 공급한 것으로 봄이 상당하다.

사) 원고가 DD기업으로부터 폐자재의 일부를 공급받았다고 하더라도，원고가 CC산업， DD기업으로부터 각 실제 공급받은 폐자재의 양(量) 내지 가액을 구별하여 특정할 만한 객관적인 증빙자료가 없는 이 사건에 있어서 이 사건 각 세금계산서 합계액 중 000원 부분만이 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.