종합부동산세법 제14조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 피고는 2010. 11. 16. 원고에게 2010년 귀속 종합부동산세 000원 및 농어촌특별세 000원을 각 부과하였다(이하 이를 '이 사건 처분'이라 한다)

나. 피고는 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정법'이라고 한다) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 따라 종합부동산세액을 계산 하면서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 시행령'이라고 한다) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항 소정의 '주택분 또는 종합 ・ 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대 하여 주택분 또는 종합 ・ 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'을 '과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율'의 방법[종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 '개정 시행규칙'이라고 한다) 별지 제3호 서식 부 표(2) 중 작성요령(이하 '작성요령'이라고 한다) 참조]으로 계산하였는데, 구체적인 세액 산출내역은 별지 제1 산출내역 목록 기재와 같다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 2. 10. 남대문세무서장에게 이의신청을 하였으나, 2011. 3. 10. 위 이의신청이 기각되었다. 원고는 다시 2011. 6. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 8. 9. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 제3호증, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 개정법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 개정 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 통일한 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중복 부과하는 이중과세의 문제를 조정하고 있다. 그런데 피고는 공제할 재산세액을 산정하면서 개정 시행규칙 작성요령에서 정한 계산방식에 따라 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 (종합부동산세 또는 재산세) 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않았는데, 위 개정 시행규칙 작성요령은 종합부동산세가 부과되는 동일한 과세대상에 대한 재산세액을 전부 공제하지 않도록 한 것으로서 실질적 조세법률주의 원칙 또는 이중과세금지의 원칙을 위반하여 헌법에 위반되거나 위법한 것이어서 무효이고, 위 시행규칙을 전제로 한 이 사건 처분 역시 위법하다.

2) 재정경제부는 2003. 9. 3. "부동산 보유세제 어떻게 달라지나? 라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니어서 위헌의 소지가 없다는 견해를 공식적으로 밝힌 바가 있음에도 원고가 납부한 재산세 액의 일부만을 공제하여 이 사건 처분을 하였으니, 이는 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 제2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액의 범위에 관하여

가) 종합부동산세법령의 주요 개정 내역

(1) 구 종합부동산세법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되어 같은 날 시행되고 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것, 이하 '종전법'이라고 한다)과 개정법의 내용

(3) 구 종합부동산세 시행규칙(2009. 5. 12. 기획재정부령 제80호로 개정되기 전의 것, 이하 '종전 시행규칙'이라 한다)과 개정 시행규칙의 내용

(4) 지방세법상 재산세 과세표준

나) 위 관계 법령 및 개정내역에 의하면，① 종전법은 2008년분까지의 종합부동산세액을 계산함에 있어 주택 또는 종합・별도합산과세대상 토지(이하 '주택 등'이라고 한다)에 대한 과세기준금액(주택의 공사가격을 합산한 금액 000원， 종합합산과세대상 토지의 공사가격을 합한 금액 3억 원， 별도합산과세대상 토지의 공시가격을 합한 금액 000원， 이하 '000원 등'이라고 한다)을 초과하는 금액을 과세표준으로 정하여 여기에 다 시 연도별 적용비율과 세율을 곱하되， 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여는 당해 과세대상 주택 등 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였으므로， 결국 공제되는 재산 세액을 계산하는 구체적 산식은 종전 시행령 및 종전 시행규칙이 정하는 바와 같이 '주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액000 원 등)을 초과하는 분에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액[= (감면후 공시가격 - 000원 등) x 재산세과세표준 적용비율 × 재산세율] ÷ 주택을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'이 되고, ② 개정법은 2009년분부터의 종합부동산세액을 계산함에 있어 '과세기준금액'이라는 개념을 삭제하면서 주택 등 공시가격 중 000원 등을 초과하는 부분에 공정시장가액비울을 곱한 금액을 과세표준으로 규정한 다음 여기에 세율을 곱하되, 과세표준금액에 대하여 당해 과세대상 주택 등 재산세로 부과된 세액을 공제하도 록 하였으므로, 결국 공제되는 재산세액을 계산하는 구체적 산식은 개정 시행령 및 개정 시행규칙이 정하는 바와 같이 '주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세 표준에 대하여 주택 등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액[= (감면 후 공시가격 000원 등) x 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율] ÷ 주택을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'이 되는 것이 개정법령의 문언 및 계산상 명백하다.

다) 이에 대하여 원고는 종전법과 개정법상 종합부동산세의 과세표준을 정하는 산식이 '공시가격에서 000원 등을 공제한 금액에 연도별 적용비율과 세율'을 곱하던 방법에서 연도별 적용비율 대신 공정시장가액비울을 곱하는 방법으로 변경된 데 지나지 아니하고 세액은 원칙적으로 과세표준에 세율을 곱하는 것이므로, 공제되는 재산세액에 대한 개정법 및 개정 시행령의 규정 내용인 '주택 등 과세표준금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등 재산세 상당액'은 '과세기준초과분 공시지가에 공정시장가액비율(개정법이 정 한 공정시장가액비율을 의미하는 것인지 개정 지방세법이 정한 공정시장가액비율을 의 마하는 것인지는 불분명하다)을 곱한 금액(과세표준)'에 재산세 표준세율을 적용하여 산출된 금액이 되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 개정법은 종전법과 달리 '과세기준금액'이라는 개념을 삭제하면서 주택 등 공사가격 중 000원 등을 초과하는 부분에 공정시장가액비울을 곱한 금액을 과세표준으로 규정하였고 공제되는 재산세액의 기준이 되는 금액을 '과세기준금액'에서 '과세표준'으로 변경하였다. 그리고 개정 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항에서 규정한 공제되는 재산세액 계산을 위한 산식 중 '주택 등 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'이란 개정 지방세법 제188조가 재산세 과세표준별로 차등 세율을 규정하고 있으므로, 결국 개정 지방세법 제187조에 따른 재산세 과세표준(시가표준액에 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액)에 해당세율을 적용하여 계산한 금액[(공사가격 - 000원 등) x 개정법상 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]을 의미하고, 위 산식은 개정 시행규칙 작성요령이 정한 산식과 일치함이 문언상으로는 물론 계산상으로도 명백하다. 또한, 원고의 주장과 같이 '공정시장가액비율'을 1회만 곱하여야 하는데, 만약 그 '공정시장가액비율'이 개정법이 정한 종합부동산세 공정시장가액비율을 의미하는 것이라면(즉 재산세 공정거래가액비율은 곱하지 않는다는 취지라면), 개정 지방세법이 재산세의 과세표준을 정함에 있어 '재산세 공정시장가액비율'을 곱하도록 한 규정에 반할 뿐만 아니라, 원고의 주장대로라면 종전 시행령 및 시행규칙에서 공제되는 재산세 액을 계산함에 있어 개정전 지방세법상 재산세 과세표준 계산시 적용되는 '재산세 적용비율'을 산식에 규정한 것을 설명할 수 없게 된다. 만일 원고의 위 주장이 '재산세 공정시장가액비율'만을 곱하여야 한다는 의미라면(즉 개정법상 종합부동산세 공정시장 가액비율을 곱하지 않는다는 취지라면), 개정법이 과세표준을 '공시지가에서 000원 등을 공제한 금액에 공정시장가액비울을 곱한 금액'으로 정하고 공제되는 재산세액의 기 부분 즉, 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준 에서 제외된 부분[(공시지가 - 000원 등) x (1 - 공정시장가액비율)]에 대한 재산세액 은 종합부동산세액을 계산함에 있어 공제할 필요가 없다.

(2) 그런데 종전법에서는 공시가격합계액에서 과세기준금액을 차감한 부분(과세기준금액 초과분) 전체에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데, 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 연도별 적용비울(현재의 종합부동산세 공정시장가액비율) 을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 000원 등) x ( 연도별 적용비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 과세 사각지대가 발생하게 되고 재산세가 과다하게 공제된다. 이 같은 불합리를 개선하기 위하여 개정법은 종합부동산세 과세표준에 대하여 해당 주택 등 재산세로 부과된 세액만 공제할 재산세액으로 개정하였다.

(3) 이처럼 종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상 부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에 결국 동일한 과세대상 부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로, 종합부동산세와 재산세 사이에 이중과세의 문제는 발생 하지 아니한다[헌법재판소 2008. 11. 13. 선고 2006헌바112, 2007헌바71, 88, 94, 2008 헌바3, 62, 2008헌가12(병합) 전원재판부 결정 참조].

(4) 설령 원고의 주장대로 개정 시행규칙에 따를 경우 종합부동산세 과세대상에 대한 재산세액이 일부 공제되지 아니하는 결과가 생긴다고 하더라도, 종합부동 산세를 부과함에 있어 이미 납부한 재산세액을 전액 공제하여야 한다는 어떤 헌법적 명령이 입법자에게 부여되었다고 할 수 없을 뿐만 아니라 개정 시행규칙은 개정법과 개정 시행령에서 정한 공제 대상 재산세액의 구체적 산식을 그 규정 내용에 따라 정한 것에 불과하여 조세법률주의에도 위반되지 않음은 앞서 본 바와 같다. 그리고 설령 원고의 이 부분 주장이 그와 같은 개정법과 개정 시행령의 내용이 위헌임을 지적하는 것 이라고 하더라도, 입법자로서는 통일한 과세대상에 대하여 중첩적으로 조세가 부과되는 것을 배제하거나 완화하기 위한 조정규정을 둘 것인지 여부 및 이를 어떻게 조정할 것인지에 관하여 입법형성적 재량을 가지고 있으므로, 종합부동산세와 재산세를 부과함에 있어 일부 세액을 공제하지 아니하였다는 이유만으로 입법재량의 한계를 현저히 벗어난 자의적인 입법 조치라고 할 수도 없다.

3)신뢰보호의 원칙 위배 여부

가) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초 하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 어떠한 행정 처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 위배되는 행위로서 위법하다(대법원 2006. 6. 9. 선고 2004두46 판결 등 참조).

나) 살피건대, 갑 제4호증의 기재에 의하면 재정경제부가 2003. 9. 3. '부동산 보유세제 어떻게 달라지나?'라는 제목의 설명자료를 통하여 종합부동산세를 과세할 때 지방자치단체에서 과세한 재산세액은 전액 공제되므로 이중으로 과세하는 것이 아니므로 위헌의 소지가 없다는 공식적 견해를 밝힌 사실은 인정된다. 그러나 앞서 본 바와 같이 개정법의 시행 후에도 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액은 모두 공제되 고 있으므로 피고가 위와 같은 견해 표명에 위배되는 처분을 하였다고 할 수 없다. 따라 서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.