가. 청구인은 2010.3.23.부터 현재까지 부동산 임대업을 영위하고 있는 개인사업자로, 2009.1.30. 청구인의 부친 OOO 소유의 OOO 대 136㎡ 및 OOO 대 407㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 보증금 OOO원, 월세 OOO원으로 임차하고, 2009년∼2015년 귀속 종합소득세 신고시 청구인이 OOO에게 지급한 쟁점토지 임차료를 필요경비에 각 산입하여 소득금액을 신고하였다.

나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대하여 증여세 조사를 실시한 결과, 청구인이 2012년～2015년 기간 동안 특수관계인인 OOO에게 쟁점토지 임차료 합계 OOO원을 시가(적정임차료)보다 과다하게 지급한 것으로 판단하여 부당행위계산부인 적용대상에 해당한다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.4.21. 청구인에게 종합소득세 2012년 귀속분 OOO원, 2013년 귀속분 OOO원, 2014년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.7.12. 이의신청을 거쳐 2017.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 대법원은 출자자 등으로부터 시가를 초과하여 자산을 매입한 때를 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 들고 있어 시가가 고가매입 여부에 대한 판정의 기준이 되고 이때 시가에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다고 판시(대법원 1987.4.14. 선고 86누378 판결 외 다수)하고 있으므로 「법인세법 시행령」제89조 제1항에 따라 시가 판단은 거래일 현재 불특정 제3자간의 거래가액이 우선이고, 동 금액이 불분명한 경우 감정가액, 기준시가 순서대로 적용하여야 한다.

(가) 처분청은 쟁점토지에 대한 적정임차료(시가)와 관련하여 단순히 부동산중개사에게 시세를 확인한 것만으로는 시가에 해당하지 않아 시가가 불분명한 것으로 보아 70% 정도에 불과한 쟁점토지 공시지가를 기준으로 계산한 시가를 기준으로 고가 임대여부를 판단하였는바, 처분청이 쟁점토지 임차료를 부인하려면 시가가 아니라는 명확한 조사와 입증이 선행되어야 하고 이를 근거로 시세를 산정하거나 불분명여부를 판단하여야 함에도 이 건과 같이 처분청이 쟁점토지에 대한 적정임차료, 즉 시가를 명확하게 확인하지 못한 경우 시가가 불분명하다는 사유로 입증책임이 없는 청구인의 당초 신고내용을 부인할 수 없다 할 것이다.

(나) 국세청은 ‘부동산임대차에서 부당행위계산의 유형에 해당하는지 여부는 계약일을 기준으로 판단하는 것이며, 임대료의 시가는 「법인세법 시행령」제89조 제1항 및 제2항, 제4항을 순차적으로 적용하여 산출한 가액으로 하여 임대차계약기간이 속하는 사업연도에 계속하여 적용하는 것’이라고 유권해석(법인세과-968, 2009.9.1.)하고 있는바, 청구인은 3회에 걸쳐 2009년부터 1년 6개월간 보증금 OOO에 월 OOO원(담보제공 대가 OOO원 포함), 2010.7.1.부터 2015.6.30.까지 보증금 OOO원에 월 OOO원으로 계약을 변경한 사실이 있어 단순 토지를 임차하는 경우와 토지 위에 건물을 신축하여 임차한 경우와는 시가를 달리 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청은 쟁점토지 임대차계약 체결시점인 2009.1.30., 2010.7.1. 및 2015.7.1.에 별도의 부당행위가 있었는지 여부를 조사·결정하여야 하고, 부당행위가 확인되는 경우라 하더라도 임대차계약기간이 속하는 사업연도에 계속 적용하여야 한다.

(2) 청구인의 부친 OOO의 조세부담 증가는 고려하지 아니하고, 청구인의 조세부담 감소만을 고려하여 과세한 이 건 처분이 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우’에 해당되지 아니한다.

(가) 대법원은 ‘특수관계가 있는 자와의 거래의 경우에도 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단해야 할 것’이라고 판시하고 있다(대법원 2005.10.4. 선고 2005두6812 판결, 같은 뜻임).

(나) OOO은 임대차계약시점인 2009년부터 2015년까지 종합소득세를 높은 구간의 세율(35～38%)로 신고·납부하였고, 청구인은 위 기간 동안 종합소득세를 낮은 구간의 세율(0～35%)로 신고·납부하였는바, OOO은 처분청이 산정한 시가 보다 높은 금액으로 임대수입금액을 신고하였고, 만약 OOO이 처분청이 산정한 시가대로 신고·납부하였다면 여전히 35～38%의 높은 세율에서 감액되고 청구인은 낮은 구간의 세율을 적용하여 납부하게 되므로 OOO과 청구인의 조세부담을 합산하여 보면 당초 신고·납부한 세금이 더 많게 된다. 따라서, 청구인은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 조세부담을 경감하려 한 사실이 없으므로 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 OOO의 쟁점토지 위에 건물을 신축하기 위하여 쟁점토지에 대한 임대차계약을 체결하고, 쟁점토지 인근의 유사 임대사례 등 제3자간에 일반적으로 거래되는 토지 임대가격을 확인하는 것이 불가능하여 사회통념이나 상관습에 비추어 주변 부동산 중개업소에 시세를 확인하여 쟁점토지에 대한 임차료를 산정하였다고 주장하나,

(가) 「법인세법 시행령」제89조 규정의 ‘시가’란 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 말하는바, 청구인이 주장하는 ‘부동산 중개업소에 확인한 시세’에 대한 증빙자료를 당초 조사시점부터 현재까지 제출하지 못하고 있고, 처분청도 쟁점토지 인근의 유사 임대사례를 찾고자 노력하였음에도 쟁점토지에 대한 임차료가 오히려 200%를 초과하는 사례 2건만을 확인하는 등 쟁점토지의 임대용역과 유사한 사례는 확인되지 않아 일반적·통상적인 거래행위를 찾기 어려워 보충적 평가방법을 적용하는 것이 불가피할 뿐만 아니라 설사 동 증빙자료(부동산중개인 시세확인)를 제출한다 하더라도 이를 유사 임대사례로 적용할 수 없다.

(나) 또한, 청구인은 임대차계약 당시 제3자간에 일반적으로 거래되는 토지 임대가격을 확인하는 것은 불가능한 점을 알면서도 쟁점토지에 대한 적정임차료를 찾기 위해 「법인세법 시행령」제98조 제2항에 따라 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액) 등 법령에서 규정한 노력을 이행하지 아니하였다. 이에 처분청은 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호의 계산방법에 따라 시가를 산정하였는바, 감정평가액이 처분 당시 존재함에도 이에 따라 쟁점토지에 대한 적정임차료를 계산하지 아니하고 「법인세법 시행령」에 따른 시가를 적용하여 과세처분을 하였다면 이는 위법하게 될 여지가 있다 할 것이나, 이 건 처분 당시 그와 같은 감정평가액이 존재하지 아니하여 「법인세법 시행령」에 따른 시가를 계산하여 과세처분을 하였으므로 이는 법령에 따른 적법한 처분이다.

(2) 청구인은 부동산 임대차에서 부당행위계산의 유형에 해당하는지 여부는 계약일 기준으로 판단하는 것이며, 단순 토지를 임대하는 경우의 시가와 토지 위에 건물이 신축된 경우의 시가를 달리 보아야 한다고 주장하나,

(가) 청구인은 그의 부친 소유 쟁점토지에 건물을 신축하기 위하여 2009.1.30. 토지 임대차계약을 하고, OOO으로부터 OOO원을 대출받아 지하 2층/지상 5층의 건물을 2010년에 신축하였으며, 처분청이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 소득금액을 재계산한 시기는 2011년부터 2015년까지로 청구인이 주장하는 단순 토지를 임대하는 경우와 건물이 신축된 후의 임대하는 경우를 감안할 필요가 없고, 유사 임대사례를 확인할 수 없는 상황에서 「법인세법 시행령」제98조의 계산방법에 따라(감정평가액의 시가가 없으므로 다음 순서인 기준시가에 따라 시가를 산정) 시가를 산정한 것이다.

(3) 청구인은 처분청이 청구인의 부친의 조세부담 증가는 고려하지 않고, 청구인의 조세부담 감소만을 고려한 처분이 조세부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당되는지 여부는 달리 판단하여야 한다고 주장하나,

(가) 부당행위계산부인은 특수관계인 간의 거래로 인하여 특수관계인 일방이 그 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 소득금액을 다시 계산할 수 있는 것인바, 청구인은 조사청으로부터 담보설정과 관련하여 증여세 조사를 받았고 담보제공에 대한 이익(증여이익)은 없는 것으로 판단되었으나, 쟁점토지에 대한 적정임차료(시가)가 불분명한 것으로 보아 보충적 평가방법으로 그 시가를 산정하였고 쟁점토지 임차료가 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되므로 「소득세법 시행령」제98조에 따라 부당행위계산부인 규정을 적용하여 소득금액을 재계산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(나) 부당행위계산부인 규정은 당사자 간의 기존 법률행위의 효력에 영향을 주는 것이 아닌 과세소득의 계산에만 적용되는 것으로, 이 경우 당사자의 조세회피의사는 필요하지 않으며, 위의 성립요건과 더불어 납세의무자의 조세회피의도라는 주관적 요건, 즉 과세관청이 조세회피 의도까지 입증해야 하는가에 대하여 현행 세법상 부당행위계산부인 규정은 그 성립요건으로 납세자의 조세회피의도를 포함시키지 않고, 조세법규의 엄격해석 원칙 내지 조세법률주의와 법적 안정성의 보장, 과세자료의 대부분이 납세자에게 편중되어 있는 점 등을 고려할 때 과세관청은 단지 특수관계인과의 거래와 객관적 요건으로 조세의 부담을 부당히 감소시킨 사실만을 주장, 입증하면 족할 것으로 판단된다(대법원 1995.12.26 선고 95누3589, 2004.10.15. 선고 2003두5235 판결 등 참조). 따라서, 부당행위계산부인 규정을 적용할 때 특수관계인 간의 법률행위의 효력이 없어지는 것은 아니므로 고가 임차료로 인하여 청구인의 부친의 소득은 당연히 클 수밖에 없으므로 단순히 부친의 세금부담이 크다고 하여 부당행위계산부인 요건이 적용될 수 없다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 특수관계인에게 쟁점토지 임차료를 시가보다 과다하게 지급한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제41조(부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계인"이란 「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

3. 특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

4. 특수관계인으로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

5. 그 밖에 특수관계인과의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

(3) 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액.(후단 생략)

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인의 2012년～2015년 귀속 종합소득세 신고 및 처분청의 경정결정 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 종합소득세 신고 및 경정결정 내역

(나) 청구인과 OOO 간에 체결한 쟁점토지 임대차계약서는 아래 <표2>와 같은바, 임차보증금은 OOO원, 2009.1.30.～2010.6.30. 월 OOO원, 2010.7.1.～2015.6.30. 월 OOO원, 2015.7.1.～현재까지 월 OOO원의 임차료를 지급한다고 기재되어 있다.

<표2> 쟁점토지의 임대차계약 내역

(다) 건물 등기사항전부증명서 및 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지 지상에 건물을 신축하여 2010.3.23. 청구인 명의로 소유권 보존등기하고, 부동산임대업을 영위하는 것으로 하여 사업자등록을 한 것으로 나타난다.

(라) 조사청은 2016.5.10.부터 2016.6.23.까지 청구인에 대한 증여세 조사를 실시하여 청구인이 특수관계인에게 시가보다 고가의 임차료를 지급한 것으로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였는바, 조사청의 조사종결보고서의 주요내용은 다음과 같다.

1) 2010년 6월까지의 쟁점토지 월 임차료 OOO원 중 담보제공에 대한 대가(보증보험료) OOO원을 차감한 순수 토지임차에 대한 대가를 OOO원으로 보고 「상속세 및 증여세법」제42조에 의하여 연도별로 용역의 시가와 대가를 비교한바, 그 차액이 시가의 30% 미만이므로 증여이익이 없다(증여세 과세대상이 아님).

2) 토지임대용역에 대한 「소득세법」상 시가는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래되는 가격이나, 부동산중개사무소에 시세를 확인한 것은 이에 해당하지 않으므로 보충적 평가방법에 의하여 시가를 산정하여야 하며, 청구인은 시가보다 높은 대가(쟁점토지 임차료)를 지급하고 이를 필요경비로 하여 소득세 부담을 부당하게 감소시킨 경우로 부당행위계산부인 적용대상에 해당한다.

(마) 처분청은 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이나 감정평가법인이 감정한 가액을 확인할 수 없어서 「법인세법 시행령」제89조 제4항 제1호에 따라 쟁점토지 임차료의 시가를 산정하였는바, 아래 <표3>과 같이 청구인이 계상한 필요경비(쟁점토지 임차료의 대가)와의 차액을 부당행위계산부인 규정을 적용하여 필요경비를 부인하였다.

<표3> 쟁점토지 시가 및 필요경비 부인 내역

(바) 청구인 및 OOO의 종합소득세 신고내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구인 및 OOO의 종합소득세 신고내역

(사) 처분청은 아래 <표5>와 같이 쟁점토지 임차료가 인근에 소재하는 구조 및 용도가 유사한 토지 임차료보다 약 200% 높은 수준으로 과다하다는 의견이나 청구인은 쟁점토지와 유사하지 아니하여 비교대상이 될 수 없는 임대사례라고 주장하였다.

<표5> 쟁점토지 및 비교대상 임대사례

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법령상 부당행위계산부인규정 적용시 원칙적으로 시가에 따르고, 시가가 불분명한 경우에 한하여 「상속세 및 증여세법」상의 보충적 평가방법을 적용하여 산정한 가액을 시가로 볼 수 있는바, 시가 산정이 곤란하여 보충적 평가방법을 선택할 수밖에 없었다는 점에 관한 입증책임은 과세관청에 있는 점, 임대차관계에 대한 부당행위계산부인규정 적용시 적정임차료(시가)는 당해 부동산과 유사한 임대사례를 비교하여 산정함이 타당해 보이는 점, 유사 임대사례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용실태, 사용범위, 임대료를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역 내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 고려하여 산정하는 것이 합리적인 점, 처분청이 제시한 임대사례는 그 위치나 이용실태, 업종코드OOO 등이 쟁점토지와는 달라 이를 그대로 비교대상 임대사례로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지에 대한 적정임차료를 산정하기 위하여 쟁점토지 인근지역의 유사 임대사례 및 가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.