2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 11. 28. 액정용 유리기판의 개발， 제조， 가공 및 판매를 목적으로 설립된 외국인투자법인이다.

나. 원고는 2005. 1. 21. 당시 재정경제부장관으로부터 구 조세특례제한법(2005. 3. 31. 법률 제7428호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제121조의2 제1항 제2호에 따라 원고의 사업으로 인한 소득에 대한 법인세 중 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도 개시일부터 5년 동안은 그 전액을， 이후 2년 동안은 그 50%를 각 감면하는 세 액감면(이하 '외국인투자세액감면'이라 한다) 결정을 받았다. 원고는 2008사업연도까지 는 결손금이 발생하여 법인세를 감면받지 못하다가， 2009사업연도부터 구 조세특례제한법 소정의 임시투자세액공제 및 고용증대특별세액공제(이하 통틀어 '임시투자세액공제등'이라 한다)와 동시에 적용받게 되었다.

다. 원고는 피고에게 2009사업연도 법인세를 신고・납부하면서 그 산출세액에서 외국 인투자세액감면을 우선 적용하여 000원의 법인세를 감면받았다.

라. 그런데 피고는 원고의 위 세액감면・공제 순서와는 달리， 산출세액에서 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제등을 우선 적용한 다음 최저한세가 적용되지 않는 외국인투 자세액감면을 적용하여 2011. 5. 6. 원고에게 2009년 궈속 농어촌특별세 0000원 (가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 12. 5.

위 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 3호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장

법인세액 산출에 있어 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 구 법인세법 제59조 제1항에 따라 별도의 규정이 없는 한 세액감면을 먼저 적용한 다음 세액공제를 적용하여야 한다. 그리고 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 세액공제・감면의 적용순 위를 정한 규정이 아니라 최저한세 적용대상이 되는 공제・감면 금액의 한도를 계산하는 방법을 정한 규정에 불과하므로 구 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제・감면 순서 의 예외규정인 '별도의 규정'에 해당하지 아니한다. 그럼에도 피고가 이와 달리 구 조 세특례제한법 제132조 제1항을 구 법인세법 제59조 제1항 소정의 공제・감면 순서에 관한 '별도의 규정'으로 보아 산출세액에서 세액공제를 먼저 적용한 다음 세액감면을 적용하여 해당 농어촌특별세를 증액 경정한 것은 위법하다.

(2) 피고의 주장

외국인투자세액감면은 '최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면'이고， 임시투자세액 공제등은 '최저한세가 적용되는 세액공제감면'이다. 그리고 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정은 내국법인 등의 각 사업연도의 소득에 대하여 '최저한세가 적용되지 않는 세액공제감면 등'을 적용하기 전 단계에서 '최저한세가 적용되는 세액공제 감면'을 적용하여 법인세를 계산하기 위한 규정이므로，공제・감면의 순서를 정한 구 법 인세법 제59조 제1항의 특별규정에 해당한다. 따라서 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 따라 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제등을 먼저 적용한 후 최저한세가 적용되지 않는 외국인투자세액감면을 적용한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건의 쟁점은 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정이 적용되는 임시투자세액공제등과 위 최저한세 규정이 적용되지 않는 외국인투자세액감면이 동 시에 적용되는 경우 그 적용의 순서이다.

(2) 그러므로 이하에서는 위 공제・감면 규정의 적용 순서에 관하여 보건대，아래의 각 사정들을 종합하면， 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 최저한세 규정에도 불구하 고 구 법인세법 제59조 제1항에 따라 외국인투자세액감면을 임시투자세액공제등보다 먼저 적용하여야 한다고 봄이 상당하다.

(가) 구 법인세법 제59조 제1항에 의하면， 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 '㉠ 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면，㉡ 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제，㉢ 이윌공제가 인정되는 세액공제' 순서로 적용하여야 한다. 그런데 외국인투자세액감 면은 구 법인세법 제59조 제1항 제1호 소정의 '㉠ 각 사업연도의 소득에 대한 세액감 면'에 해당하고， 임시투자세액공제등은 구 법인세법 제59조 제1항 제3호 소정의 '㉢ 이윌공제가 인정되는 세액공제'에 해당한다. 그러므로 법인세법 및 다른 법률에서 그 적용순위에 관한 '별도의 규정'이 없는 이상 외국인투자세액감면이 임시투자세액공제등보 다 먼저 적용되어야 한다.

(나) 구 조세특례제한법 제132조 제1항， 같은 법 시행령 제126조 제2항은 각 사업 연도의 소득에 대한 법인세를 산출함에 있어 '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'을 하 지 아니하고 산출한 세액에서 '최저한세가 적용되는 감면 등'을 한 후에 남는 세액을 산출하여 그 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다고 규정하고 있다. 그러나 다음과 같은 사정에 비추어 구 조세특례제한법 제132조에서 정한 최저한세가 구 법인세법 제59조 제1항이 정한 공제감면순서의 예외를 정한 '별도의 규정'이라고 보기 어렵다.

① 앞서 본 구 조세특례제한법령은 그 문언상 '최저한세가 적용되는 감면 등의 한도'를 정하는 방법을 규정하고 있을 뿐， 최저한세가 적용되지 않는 감면과의 적용순서 를 직접적으로 표현하고 있지 않다.

② 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 세액 산출의 적용순서를 정한 것이라기보다는， '최저한세 적용대상인 감면 등'을 하고 나서 법인세를 산출할 경우 그 법인세에 서 다시 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 하는 것은 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 이중으로 하는 셈이 되므로 '최저한세 적용대상인 감면 등'은 하지 아니하고 법인세를 산출하는 것은 당연하다는 점에서， 그 취지를 별도로 규정하지 않고 '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'을 할 것인지 여부만을 규정한 것으로 보인다.

③ 이 사건과 같이 감면 등의 적용순서의 차이에 따라 이월공제액에서 차이가 발생하는 경우에도， 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 )따라 산출되는 최저한세액은 변동이 없으므로 위 규정에 최저한세의 산출과 연관된 '감면의 적용순서'가 내포되어 있다고 보기 어렵다.

④ 구 조세특례제한법 시행령 제126조 제4항은 납세의무자가 신고한 법인세액이 최저한세에 미달하여 법인세를 경정하는 경우에 '최저한세 적용대상인 감면 등'의 범위 내에서 그 배제순서를 정하고 있다.

(다) 피고는 '최저한세 적용대상인 감면 등'이 우선 적용되어야 하는 근거로 구 법인세법 시행규칙(2006. 3. 14. 재정경제부령 제497호로 개정되기 전의 것) 제82조 제1 항 제3호 별지 제3호 서식 '법인세과세표준 및 세액조정계산서'， 같은 항 제4호 별지 제4호 서식 '최저한세조정계산서' 등의 작성요령을 들고 있다. 그러나 이는 구 법인세법 및 같은 법 시행령에서 법인세의 신고 • 납부에 필요한 행정절차를 규정한 것에 불과하므로， 상위법령인 구 법인세법 제59조 제1항이 정한 공제・감면의 적용순서의 예외 를 정한 '별도의 규정'으로 볼 수 없다.

(라) 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 현행 조세특례제한법 제132조 제3항은 최 저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 한다고 규정함으로써 구 법인세법 제59조 제1항에서 정한 적용 순서와 달리 감면순서를 정하고 있다. 그러나 조세법률주의의 원칙에 비추어 위 조항은 구 법인세법 제59조 제1항， 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 해석상 당연한 감면순서를 확인하는 조항이 아니라 구 법인세법 제59조 제1호에서 정한 감면순서의 예외를 새로이 창설한 조항으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 농어촌특별세의 사업연도 및 이 사건 처분 후에 신설된 위 규정은 이 사건 처분에 적용할 수 없다.

(3) 따라서 외국인투자세액감면보다 임시투자세액공제등을 먼저 적용하여 원고에 대 한 2009사업연도 귀속 농어촌특별세액을 증액 경정한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.