1. 원심판결 이유와 기록에 따르면, 다음의 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 유아교육 및 보육 등을 목적으로 설립된 재단법인으로 1994. 3. 1. 유치원을 설치하여 운영하고 있다.

나. 원고는 1995. 12. 31. 이전부터 시흥시 (주소 생략) 전 11,804㎡(이하 ‘쟁점 토지’라 한다)를 소유하여 왔다.

다. 피고는, 원고가 구 지방세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28524호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 에서 규정한 비영리사업자는 아니므로, 쟁점 토지도 구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호 에서 재산세 분리과세대상으로 규정한 ‘비영리사업자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지’에 해당하지 아니하여 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상이라고 보아, 2016. 9. 3. 원고에게 재산세 10,685,290원 및 지방교육세 2,137,050원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 관련 법리 및 규정

가. 토지에 대한 재산세의 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세를 함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 데에 그 취지가 있다. 이러한 분리과세제도의 취지에 비추어 보면, 분리과세요건을 규정하는 권한은 입법자의 입법형성권의 범위에 속한다( 대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결 , 대법원 2013. 7. 26. 선고 2011두19963 판결 등 참조).

나. 지방세법령의 개정경과

1) 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법’이라 한다) 제107조 제1호 , 제127조 제1항 제1호 , 제184조 제1호 는 ‘제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산’에 대하여는 관련 취득세·등록세 및 재산세를 부과하지 않는다고 규정하면서 비영리사업자의 범위를 대통령령에 위임하였고, 같은 법 제234조의15 제4항 , 제2항 제6호 및 그 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 지방세법 시행령’이라 한다) 제194조의15 제4항 제14호 도 ‘ 시행령 제79조 의 규정에 의한 비영리사업자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지’를 종합토지세 분리과세대상 토지로 정하였다.

2) 개정 전 지방세법의 위임에 따라 개정 전 지방세법 시행령은 비영리사업자의 범위를 제79조 제1항 각호 에서 일괄 규정하였는데, 제2호 는 ‘초·중등교육법에 의한 학교를 경영하는 자’를, 제6호 는 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자’를 비영리사업자의 하나로 들고 있었다.

3) 구 초·중등교육법(2004. 1. 29. 법률 제7120호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호 는 ‘유치원’을 학교의 종류 중 하나로 규정하고 있었는데, 2004. 1. 29. 법률 제7120호로 유치원의 설립·운영에 관한 근거법률인 유아교육법이 별도로 제정되어 2005. 1. 30. 시행됨에 따라 위 조항은 삭제되었고, ‘초·중등교육법에 의한 학교’에서 ‘유치원’이 제외되었다.

4) 한편 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법(이하 ‘개정 지방세법’이라 한다) 및 2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정된 지방세법 시행령(이하 ‘개정 지방세법 시행령’이라 한다)에서는, 앞서 본 ‘비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 취득세·등록세 및 재산세 비과세규정’은 일부 조문의 위치만 변경되었을 뿐 내용이 동일하게 유지되었고, ‘비영리사업자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있는 토지’는 종합토지세가 재산세로 통합되면서 개정 지방세법 제182조 제1항 제3호 (라)목 및 그 위임에 따른 개정 지방세법 시행령 제132조 제4항 제14호 에서 재산세 분리과세대상 토지로 규정되었다. 이와 별도로 개정 지방세법은 제272조 제5항 본문에 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등을 면제한다.’는 규정을 신설하였다.

개정 지방세법 시행령 제79조 제1항 각호 는 비영리사업자의 범위를 규정하면서 ‘영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자’를 삭제하였고, 유아교육법이 제정되었음에도 ‘유아교육법에 의한 유치원을 운영하는 자’를 새로 추가하지도 않았다.

그 결과, 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원의 경우에 그 사업에 직접 사용하지 않는 토지를 영유아보육시설 또는 유치원을 운영하는 자가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고 있다는 이유만으로는 더 이상 재산세를 분리과세하지 않게 되었으므로, 초·중등교육법에 의한 초·중·고등학교 등의 경우보다 세법상 불리한 취급을 받게 되었으나, 다른 한편으로 영유아보육시설 및 유치원을 운영하려고 하는 자에 대하여도 취득세·등록세를 면제하게 된 측면에서는 초·중·고등학교 등의 경우보다 세법상 유리한 취급을 받게 되었다.

5) 전부 개정된 지방세법령이 2011. 1. 1.부터 시행됨에 따라 비영리사업자의 범위에 관해서는 구 지방세법 시행령 제22조 , 재산세 분리과세대상 토지에 관해서는 구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제13호 등으로 관련 조문의 위치만 변경되었을 뿐, 이러한 영유아보육시설, 유치원과 초·중·고등학교 등에 대한 세법상 취급의 차이는 이 사건에 적용되는 구 지방세법령까지도 계속되었다.

3. 판단

원심은, 유아교육법에 의한 유치원 또는 그 경영자를 초·중등교육법에 의한 학교 또는 그 경영자와 구별하여 취급하고자 하는 입법자의 의도에 따라 유아교육법에 의한 유치원을 경영하는 자를 구 지방세법령의 ‘비영리사업자’에 포함시키지 않은 것이고, 유치원을 경영하는 자가 소유하는 토지를 재산세 분리과세대상에서 제외한 것이 초·중·고등학교 경영자와의 형평에 반한다고 볼 수 없다는 등 판시와 같은 이유로, 유아교육법에 의한 유치원을 경영하는 자가 구 지방세법 시행령 제22조 에서 규정한 ‘비영리사업자’에 해당한다고 볼 수 없고, 쟁점 토지는 재산세 분리과세대상에 해당하지 않는다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 법리 및 관련 규정의 개정경과와 내용 등에 비추어 보면, 이러한 원심의 판단에 구 지방세법령의 비영리사업자의 범위에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.