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청주지방법원 2017.01.26 2016구합11143

법인세등부과처분취소

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위 등

가. 조세특례제한법 시행령의 개정 경과 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억 원 이상이 되는 등 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간(이하 ‘중소기업 유예기간’이라 한다)에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우’(제3호)를 들고 있다.

한편 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)은 제2조 제1항 제3호 후단에 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2호 (다)목의 ‘관계회사(이후 관계기업으로 명칭이 변경됨, 이하 편의상 ’관계기업‘이라 한다)에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, ‘관계기업에 속하는 기업’들의 경우에는 위 중소기업기본법 시행령 제7조의2(이후 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정된 중소기업기본법 시행령부터는 제7조의4로 조문이 이동되었다)에 따라 산정한 전체 매출액이 위 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 매출액 기준인 합계 1...