2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1990. 6. 4. ○○시 ○○구 ○○동 459-1 ○○2단지 아파트 151동 208호 (이하 '종전주택'이라 한다)를 취득하여 보유하다가 주택재건축정비사업의 시행으로 종전주택을 조합에 제공하고, 2003. 12. 24. ○○시 ○○구 ○○동 425 ○○ 108동 201호(이하 '쟁점주택'이라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2006. 12. 28. 쟁점주택을 6억 원에 양도하고, 2007. 2. 27. 양도가액을 6 억 원으로, 취득가액을 462,380,000원(기준시가로 환산한 금액)으로 하여, 2006년 귀속 양도소득세 26,187,340원을 신고 ・ 납부하였다.

다. 피고는 2010. 2. 11. 원고에 대하여, 취득가액을 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정된 것) 제166조 제2항(이하 '개정규정'이라 한다)을 유추하여 214,931,240원으로 하여 양도차익을 산정한 다음, 양도소득세 90,789,150원을 증액 결정 ・ 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 취득가액을 2006년 당시 시행되던 법령인 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28.대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다)에 따라 기준시가로 환산한 462,384,000원으로 보아야 함에도, 이와 달리 취득가액을 개정규정에 따라 214,931,240원으로 하여 양도차익을 계산한 이 사건 처분은 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 1990. 6. 4. 종전주택을 59,375,240원에 취득하였고, 필요경비로 938,742원을 지출하였으며, 종전주택을 조합에 제공할 당시의 평가액은 89,444,000원이었다.

(2) 원고는 종전주택을 조합에 제공하는 외에 추가 분담금으로 155,556,000원을 부담한 후 쟁점주택을 취득하였고, 그 후 2006. 12. 28. 쟁점주택을 6억 원에 양도하였으며, 필요경비로 7,302,300원을 지출하였다.

(3) 개정규정을 유추하여 계산한 쟁점주택의 양도차익과 쟁점주택 양도 당시의 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한 다) 제100조 제1항, 제97조 제1항 제1호에 따라 양도가액에서 기존주택과 그 부수토지의 취득에 소요된 실지거래가액(청산금을 납부한 경우에는 그 청산금을 포함한다)을 취득가액을 공제하는 방법으로 산정한 양도차익은 아래 계산과 같이 모두 376,827,718원이다.

(4) 개정규정을 유추하여 산정한 경우의 취득가액과 종전주택 양도당시 구 소득세법 제100조 제1항, 제97조 제1항 제1호에 따라 산정한 경우의 취득가액은 모두 214,931,240원( = 종전주택 취득가액 59,375,240원 + 추가분담금 155,556,000원)이 다.

라. 판단

(1) 구 소득세법 시행령 제166조 제1항은 "주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 '입주자로 선정된 지위'를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익"의 계산방법에 관하여, 같은 조 제5항은 "정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수 토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 '신축건물 및 그 부수토지'를 양도하는 경우 '기준시가'에 의한 양도차익"의 계산방법에 관하여 각각 규정하고 있으나, 정비사업조합의 조합원이 위와 같이 취득한 '신축건물 및 그 부수토지'를 양도하는 경우의 '실지거래가액에 의한 양도차익 계산방법'에 관하여는 별도의 규정을 두고 있지 아니하다(이에 관한 규정은 2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정된 소득세법 시행령 제 166조 제2항에서 신설되었다). 그런데 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 그 사업계획에 따라 신축주택 및 그 부수토지를 취득하는 것은 기존주택과 그 부수토지에 관한 권리가 변형된 것에 불과하고 그와 별개의 주택과 토지를 취득한 것으로 볼 수 없으므로(대법원 2008. 9. 25. 선고 2007두8973 판결 등 참조), 재건축조합의 조합원이 위와 같이 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우에 그 실지거래가액에 의한 양도차익은 구 소득세법 제100조 제1항, 제97조 제1항 제1호에 따라 양도가액에서 기존주택과 그 부수토지의 취득에 소요된 실지거래가액(청산금을 납부한 경우에는 그 청산금을 포함한다)을 취득가액으로 공제하는 방법으로 산정함이 타당하다(대법원 2010. 12. 9. 선고 2010두4503 판결 등 참조)

(2) 이 사건에서 보건대, 구 소득세법의 관련 규정에 따라 쟁점주택의 취득가액을 계산하면, 원고는 종전주택을 59,375,240원에 취득하였고 쟁점주택을 취득하기 위한 추가 분담금으로 155,556,000원을 부담하였으므로 쟁점주택의 취득가액은 214,931,240원이며, 한편 피고가 쟁점주택의 양도가액 6억 원에서 위 취득가액 및 필요경비를 공제하는 방법으로 양도차익을 산정한 다음 이 사건 처분을 하였음은 앞서 본 바와 같은 바, 비록 피고가 쟁점주택의 취득가액 및 양도차익을 산정함에 있어 개정규정을 유추 하여 계산하였다고 하더라도, 이는 결과적으로 구 소득세법 제100조 제1항, 제97조 제1항 제1호에 따라 쟁점주택의 양도차익 및 취득가액을 산정한 것과 동일하므로, 이 사건 처분이 소급과세원칙에 위반하였다고 할 수 없다.

(3) 원고는 또, 재건축사업을 하기 위하여 조합에 종전주택을 신탁하였는데 피고가 위 신탁을 양도로 보고 쟁점주택의 양도차익을 계산하였으므로 이 사건 처분은 이 점에 있어서도 위법하다는 취지로 주장하나, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 쟁점주택의 신탁을 양도로 보고 양도차익을 계산한 것이 아니므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다.

(4) 따라서 쟁점주택의 취득가액을 214,931,240원으로 보고 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.