가. 청구인은 1979.6.9. 취득한 OOOO OOO OOO OOO OOOOOOO 답 1,226㎡(이하 “쟁점 1농지”라 한다)와 OO O OOOOOOO 답 1,098㎡(이하 “쟁점 2농지”라 하고, 쟁점 1농지와 쟁점 2농지를 합하여 “쟁점농지”라 한다)를 2006.12.12. 청구외 OOO 외 3인에게각각 양도하고, 2007.5.31. 쟁점농지 중 쟁점 2농지의 양도는 8년 이상 자경한 농지라 하여 2006년 귀속 양도소득세를 감면 신고하였고, 쟁점 1농지의 양도는 신고누락하였다.

나. 2007.9. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사 결과 쟁점농지는 양도일 현재 사실상 농지가 아니라는 사실을 확인하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고, 2007.11.12. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 143,759,950원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점농지를 OOO에게 임대시 임대차계약서 상 농지로서의 원상회복 조건을명문으로 규정하였고, 임대차계약기간 중 임차인의 간곡한 요청에의해 부득이하게 양도하였으므로, 조세특례제한법 시행령 제66조제5항 단서의 규정에 따라 임대차계약 체결일인 2004.8.20.을 쟁점농지 양도의 매매계약체결일로 보아 매매계약체결일 현재의 농지를 기준으로 양도소득세를 감면하여야 하며, 또한 쟁점농지를 임대차계약기간 중에 양도하였으므로 이는 일시적인 휴경상태에 있었던 것이므로 양도소득세 감면한도 내의 금액을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점농지는 OOOOOO(OOO), OOOO(OOO)이 화원용 조립식하우스를 설치하여 2005.9.20.부터 계속영업을 하고 있음을 확인할 수 있으며, 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항의 농지는 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지가 기준이고, 쟁점농지는 양도일인 2006.12.12. 현재 농지가 아닌 사실이 명백하므로 양도소득세 감면을 부인한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지를 양도할 당시 농지가 아니라고 보아 8년 자경양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ①농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(괄호안 생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

②농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2)조세특례제한법 시행령제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)①법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(괄호안 생략) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(괄호안 생략)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

④법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호안 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. (단서 생략)

⑤제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의한양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 당해 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑥법 제69조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업·폐업하거나 해산하는 경우

2. 당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 조세특례제한법 시행규칙제27조 (농지의 범위)①영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·저소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

(4) 소득세법 시행령제162조 (양도 또는 취득의 시기)①법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(괄호안 생략)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계및 판단

(1) 2007.9. 처분청 조사공무원이 작성한 ‘양도소득세 조사 보고서’를 보면, 청구인으로부터 쟁점 1농지를 취득한 OOO은 2005.2.1.부터 꽃 도·소매업을 영위하면서 쟁점 1농지를 취득한 후에도 동일장소에서 계속영업 중에 있는 것으로, 쟁점 2농지를 취득한 OOOOOOO은 2005.9.20.부터 꽃 도·소매업을 영위하던 사업자에게 계속하여 쟁점 2농지를 임대하고 있는 사실을 확인하고, 쟁점농지를 양도당시 농지가 아닌 것으로 판단하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하는 것으로 되어 있음이 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점농지의 경우임대차계약기간 중 임차인의 간곡한 요청에의해 부득이하게 양도하였으므로양도일이 아닌 임대차 계약체결일 당시의 현황으로 농지여부를 판단하는 것이 실질과세원칙에 부합하고, 임대차계약기간 동안 일시적 휴경상태에 있었으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 청구인이 1979.6.9. 취득한 쟁점농지의 부동산등기부등본을 보면, 쟁점 1농지는 2006.12.12. OOO에게 826㎡, OOO에게 400㎡가 각각 소유권 이전된 것으로, 쟁점 2농지는 2006.12.12. OOO에게 767㎡, OOO에게331㎡를 각각 소유권 이전된 사실이 확인되고, 농지원부상 청구인은 농업인으로 등재되어 있는 사실이 확인된다.

(나) 청구인이 심리자료로 제시한 2004.8.20. 청구인과 OOO 간에 체결된 ‘월세부동산임대차계약서’를 보면, 쟁점농지(750평)를 임대하여 매월 25일 월세 200천원을 받는 것으로 되어 있고, 2004.8.20.을 명도일로 하여 월세기한은 84개월로 정하는 것으로 되어 있으며, 임차인은 임대인의 승인하에 개축 또는 변조할 수 있으나 부동산의 반환 기일전에 임차인의 부담으로 원상 복구키로 되어 있으며, 단서 사항으로 계약기간 이내에 계약위반시 피해금액의 2배를 보상하는 것으로 되어 있다.

(다) 2007.7.20. OOO이 처분청에 제출한 확인서를 보면, 임차계약 직후 쟁점농지 상에 조립식하우스 4동(1동당 50평)을 설치하여 화원용으로 사용하였으며, 60평을 주차장으로, 잔여농지 490평 상에는 단감나무, 석류나무, 줄장미, 대추나무, 매실나무 등을 몇 천주 식재하여 조림한 것으로 되어 있고, 쟁점농지의 위치가 생각보다 좋아 매출이 신장하기에 쟁점농지를 임차하여 사용하기 보다는 매입하는 것이 유리하다 판단하여 청구인을 설득하여 쟁점농지 전부를 매입하였다는 내용으로 되어 있음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(라) 국세통합전산망에 의하여 확인한 쟁점농지 상의 사업자 등록상황을 보면, 쟁점 1농지 소재에는 OOO이 OOOOOO(OOOOOOOOOOOO)이라는 상호로 2005.2.1. 사업장을 이전하여 생화 및 관엽식물 도매업을 영위하는 것으로, 쟁점 2농지 소재에는 OOO이 OOOO(OOOOOOOOOOOO)이라는 상호로 2005.9.20. 개업하여 난 도·소매업을 영위하는 것으로 나타나고, 신고된 수입금액을 보면 다음 <표>와 같다.

(OOOOO)

(3) 조세특례제한법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제5항을 보면, 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 재촌 자경한 농지를 양도하는 경우 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 감면하는 것으로 되어 있고, 양도소득세를 감면받을 수 있는 농지는 양도일 현재의 농지를 기준으로 하는 것으로 되어 있으며, 예외적으로 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하는 것으로 규정되어 있다.

(4) 살피건대, 쟁점농지의 양도일인 2006.12.12. 현재의 상황을 보면, 청구인은 쟁점농지를 2004.8.20.부터 7년간 OOO에게 임대한 상태에 있었고, 쟁점농지에서는 OOO, OOO이 2005.2.1. 및 2005.9.20. 각각 사업자등록을 하고 조립식하우스를 설치 및 주차장을 마련하는 등 꽃 도소매업을 영위한 것으로 나타나며, 쟁점농지의 일부에 단감나무, 석류나무, 줄장미, 대추나무, 매실나무 등을 몇 천주 식재하여 조림하였다고 하나 이는 판매를 목적으로 일시 식재된 것으로 보여지므로 쟁점농지는 양도일 현재 실제 경작에 사용되고 있는 농지가 아닌 사실이 분명하고, 임대차계약과 매매계약은 별개의 독립된 계약으로서 임대차계약일을 매매계약일로 보아야 할 근거는 없는 것으로 판단되며, 청구인이 쟁점농지를 임대하고 OOO으로부터 매월 임대료를 받는 것으로 되어 있어 임대기간 중의 농지를 양도한 것이 일시적 휴경상태는 아니라 할 것이므로, 처분청이 조세특례제한법 제69조 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세의 감면적용을 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.