1. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제186조는 본문에서 용도구분에 의한 재산세 비과세사유를 규정하면서 그 중 하나로 제1호에서 ‘제사종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산’을 들고 있고, 그 위임에 따라 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제136조 제2항, 제79조 제1항 제2호는 ‘고등교육법에 따른 학교’를 그 비영리사업자 중 하나로 정하고 있다.

한편 구 지방세법 제280조 제4항 본문은 ‘중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다’고 규정하고 있다.

그리고 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정된 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제2항은 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대한 재산세를 2012. 12. 31.까지 면제하는 규정을 두고 있고, 제60조 제3항 제1호는 창업보육센터 사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2012. 12. 31.까지 재산세의 100분의 50을 경감하는 규정을 두고 있는데, 그 부칙 제3조는 ‘이 법 시행 전에 종전의 지방세법의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 정하고 있다.

2. 원심은, ① 원고가 창업보육센터를 설립하고 입주자들에게 지도교수를 배정하여 멘토링 및 교육을...

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