가. 청구법인은 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서 OOO매, 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서 OOO매, 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서 OOO매, 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 하고 위 OOO, OOO, OOO와 함께 총칭하여 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서 OOO매를 수취하고, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 중에는 OOO로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서 OOO매를 각수취하여 해당 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.7.8.부터 2014.10.16.까지 청구법인에 대하여 조세범칙조사를 실시하여, 위 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 부당과소신고가산세를 적용한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.12.8. 청구법인에게 부가가치세 OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.1.30. 이의신청을 거쳐 2015.6.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 거래경위는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 OOO 설립된 법인으로 석유류 도매업과 주유소업, 운수관련서비스업, 부동산임대업을 영위하고 있고, 본사와 각 지점에 필요한 유류구매는 전량 본사에서 구입하고 각 지점에서는 판매만 전담하고 있다.

(나) 석유제품 유통구조가 1997년부터는 종전의 허가제에서 유가자율화 및 등록제로 바뀌어 구역의 제한없이 전국적으로 판매할 수 있게 되었고, 2008년 9월에는 상표 표시제(폴사인제)가 폐지되어 석유제품 혼합판매를 허용하였으며, 2009년 5월에도 「석유사업법」을 개정·시행함으로써 유류 판매업체 간 수평거래를 허용하여 정유사 간 과점적 가격결정 구조가 경쟁적인 것으로 전환되자 전국에 있는 일반대리점의 임직원들이 찾아와 기존의 거래처보다 유리한 공급조건을 제시하였다.

(다) 청구법인은 다음과 같이 쟁점거래처와 유류거래를 시작하고 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제 후 부가가치세를 신고·납부하였다.

1) OOO과의 거래는 2009년 10월 관리이사 OOO와 영업과장이 찾아와 거래를 요청하여 OOO의 명함, 석유판매업등록증, 사업자등록증, 법인통장사본을 제시받아 OOO와 OOO에 등록된 업체가 맞는지 확인하였고, 거래처가 제품이 청구법인에 도착한 뒤 샘플을 검수하고 이를 수송한 운전기사가 봉인 후 서명날인 할 것, OOO 제품을 OOO에 소재한 “OOO”에서 출하해 줄 것, 외상으로 제품을 공급하고 검수 뒤에 대금을 수령하는 조건 등을 수락하여 공급계약서를 작성하고 거래를 시작하였으며, 주식회사 OOO을 통해 전자세금계산서를 발행하여 더욱 신뢰하였다.

2) OOO와의 거래는 2010년 1월 대표이사 OOO이 찾아와 거래를 요청하여 OOO의 명함, 석유판매업등록증, 사업자등록증, 법인통장사본을 제시받아 OOO와 OOO에 등록된 업체가 맞는지 확인하였고, 제품이 청구법인에 도착한 뒤 샘플을 검수하고 이를 수송한 운전기사가 봉인 후 서명날인 할 것 등의 조건을 수락하여 공급계약서를 작성하고 거래를 시작하였으며, OOO가 유류대금의 선입금을 요구하여 거래를 단절하였다.

3) OOO와의 거래는 2010년 5월 대표이사 OOO가 OOO과 함께 찾아와 거래를 요청하여 OOO의 명함, 석유판매업등록증, 사업자등록증, 법인통장을 제시받아 OOO와 OOO에 등록된 업체가 맞는지 확인하였고, 거래처가 제품이 청구법인에 도착한 뒤 샘플을 검수하고 이를 수송한 운전기사가 봉인 후 서명날인 할 것 등의 조건을 수락하여 공급계약서를 작성하고 거래를 시작하였다.

4) OOO와의 거래는 2010년 5월 OOO가 찾아와 거래를 요청하여 OOO의 명함, 석유판매업등록증, 사업자등록증, 법인통장사본을 제시받아 OOO와 OOO에 등록된 업체가 맞는지 확인하였고, 거래처가 제품이 청구법인에 도착한 뒤 샘플을 검수하고 이를 수송한 운전기사가 봉인 후 서명날인 할 것 등의 조건을 수락하여 공급계약서를 작성하고 거래를 시작하였다.

(라) 청구법인의 거래조건은 유류를 선공급 후 대금지불조건이었으며, 이 조건을 수락하는 업체와 거래하였고 송금증빙내역에서 볼 수 있듯이 쟁점거래처 모두 외상으로 제품을 공급한 후 운전기사의 날인이 들어간 검수가 끝난 뒤 형편에 따라 당일 또는 2～3일 후에 지급하되 법인통장으로만 대급을 지급하였다.

(2) 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 개시할 당시 ‘신규거래처 거래지침’에 따라 사업자등록증, 석유판매업대리점등록증, 쟁점거래처 명의 법인통장의 사본을 받아 보관하며 사업자등록증을 발급한 세무서와 석유판매업대리점 등록증을 발급한 지방자치단체에 등록된 업체인지 확인하였으며, 또한 관할소방서에까지 쟁점거래처의 위험물 저장시설 소유(임차) 여부를 확인하고 거래를 하였기 때문에 쟁점거래처가 실제공급자라고 믿었고 그와 같이 믿은 것에 대한 과실이 없이 선량한 관리자로서 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다.

(가) 청구법인은 쟁점거래처와 거래를 개시할 당시 사업자등록증, 석유판매업대리점등록증, 쟁점거래처 명의 법인통장의 사본을 받아 보관하며 사업자등록증을 발급한 세무서와 석유판매업대리점 등록증을 발급한 지방자치단체에 등록된 업체인지를 확인하였다.

또한, OOO의 경우 석유저장시설 설치장소가 OOO임을, OOO의 경우 석유저장시설 설치장소가 OOO임을, OOO의 경우 석유저장시설 설치장소가 OOO임을, OOO의 경우 석유저장시설 설치장소가 OOO임을 각각 관할 소방서에 확인하였다.

(나) 정유사 저장소 또는 OOO 출하소에서 출하 시 지시된 출하전표에 기재된 운반(유조차)차량번호, 운전기사명이 동일한지 확인하고, 청구법인의 영업소에 제품을 하차하기 전 샘플을 용기에 수거해 월일, 유종, 수량, 차량번호, 기사명, 기사휴대폰번호를 기재하여 봉인 후 기사서명을 받아 보관하는 등의 조치를 취하였다.

(다) 처분청이 청구법인에게 발송한 “유류거래 시 주의할 사항안내” 공문에서 언급하고 있는 사항은 청구법인이 이미 거래에서 실행하고 있다.

(라) 법원에서도 출하전표에 온도, 비중 및 밀도를 기재하는 곳이 공란으로 되어 있음에도 다른 정상거래에 따른 출하전표를 볼 때 온도, 비중 및 밀도를 기재하는 곳이 공란으로 되어 있거나 서식상 기재하는 곳이 없는 경우가 있어 이를 문제삼지 아니하였다OOO.

(마) OOO와의 매입거래에 대하여 조사청은 세액공제 대상으로 판단하였다.

1) 청구법인은 2010년도에 OOO로부터 2008년과 2009년거래분에 대하여 세무조사를 받는 중 자료상 혐의자인 OOO의 2010년 제1기 과세기간의거래분 OOO원에 대하여 소명요구를 받게 되자 청구법인은 거래처에 자료상여부에대한 즉각적인 반증을 요구하였고 확인한 결과 2010.7.13. OOO의 사업자등록을 OOO장이 직권 말소한 사실을 알게 되었다.

2) 청구법인은 매입세액 불공제 등 피해를 우려하여 입증 전까지 미지급대금을 담보로 지급하지 않겠다고 통보하여 사업자등록이 직권 말소된 사실을 인지하지 못하였던 OOO는 OOO를 찾아가 실질적인 유류공급을 해왔던 것이므로 사업장 이전에 따른 정정신청이 늦어진 것이고, 세금탈루의 혐의가 인정될 여지가 없음에도 이러한 상황에서 사업자등록을 직권 말소한 것은 부당한 것이라고 강력히 항의하여 OOO장은 2010.10.1. 사업자등록을 계속사업자로 부활하였다.

3) 청구법인이 유류대금을 지급하지 않은데 대하여 OOO는 2010.11.19. OOO에 유류대금 청구의 소를 제기하였고 법원은 조사청과 OOO장에게 청구법인과 OOO와의 거래에 따른 매입세액공제여부를 질의하였으며, 2010.12.21. 조사청은 유류매입대금 미지급 등의 사유로 다툼이 있었다는 점 등의 정황으로 보아 실물거래가 있었던 것으로 판단하여 청구법인을 선의의 사업자로 판단하고 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 거래분에 대하여 부가가치세 매입세액 공제 대상으로 판단하였다는 회신을 하였다.

4) 2011.2.8. OOO은 OOO의 2010년 제2기 부가가치세 예정신고 시 매출처인 청구법인에 대하여 공급가액 OOO원으로 신고한 사실을 정보공개통지서를 통하여 확인하여 주었고, 조사청과 OOO의 회신에 근거하여 청구법인은 매입세액을 공제받을 수 있음을 확인하였으며, 법원은 청구법인이 OOO에게 미지급대금을 지급하라는 조정결정을 하여 지급하게 되었다.

5) 조사청은 OOO가 발행한 세금계산서가 조사청으로부터 부가가치세 매입세액 공제 대상이라는 공문을 받기 이전 거래분이라 매입세액 불공제하여야 한다는 의견이나, 과세관청이 2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세 매입세액을 정상거래라 확인하여 주고 이제 와서 자료상과의 거래라 하여 회신공문과 배치되는 처분을 하는 것은 타당하지 아니하다.

(바) 조사청의 과세근거는 다음과 같은 사유로 수긍할 수 없다.

1) 조사청은 청구법인이 제품 도착 후 샘플검수 및 봉인, 운전기사의 서명날인, OOO에서 OOO제품을 출하, 외상거래 등의 조건을 수락한 거래상대방과 거래를 시작한 것은 자료상이라는 사실을 미필적으로 인식한 것이라는 의견이나, 신규거래 시 쟁점거래처에 국한된 조건이 아니라 모든 거래처에 대하여 동일하게 적용한 것이고, 내부매뉴얼인 신규거래처 거래지침에 정한 업무절차이며 자료상이라면 받아들일 수 없는 거래조건이므로 자료상 개입을 사전 차단하려는 방안으로 시행된 것이다.

2) 조사청은 정유사가 발행한 정상적인 것과 달리 청구법인이 수취한 출하전표에는 탱크번호, 온도, 비중, 발행시간, 황함량 중의 일부 또는 전부가 기재되어 있지 아니하고 4대 정유사의 출하전표상 도착지가 청구법인이 아니고 유류 출고사실도 없으므로 쟁점세금계산서와 불일치하여 사실과 다른 세금계산서를 발행하였다고 의심하기에 충분하다고 하나, 정유사 출하전표의 양식이 정형화되어 있지 아니하고 온도, 밀도, 황함량, 환산수량 등이 모두 기재되어 있는 것도 아니며, ① OOO의 출하전표에는 환산수량 기재가 없고, ② OOO의 그 것에는 황함량, 환산수량 기재가 없으며, ③ OOO의 그 것에는 온도, 환산량, 황함유량 기재가 없고, ④ 그 외 OOO의 그 것에는 온도, 밀도, 환산수량, 황함량의 기재가 없는 것으로 확인되므로 조사청의 의견은 거래 현실을 도외시한 것이다.

3) 조사청은 청구법인이 일부 수송사실확인서를 정정하고 원본제출을 하지 아니하여 사실과 다른 세금계산서라고 하나, 수송사실확인서는 유류가 하차된 후 운전기사에게 받는 임의서류로서 보관의무가 있는 것도 아니어서 일부가 없었던 것이고 이전 거래처의 복사본 양식이 남아서 수정액으로 지우고 당해 거래처의 명칭을 기재한 것이므로 이는 문제가 될 수 없다.

4) 조사청은 청구법인이 다른 대리점의 유류단가보다 리터당 OOO원 정도 저렴하게 매입한 것을 자료상이 개입된 것으로 보았으나, 정유사의 시장점유율을 지키기 위하여 혹은 자금이 필요하여 덤핑판매하고 대리점도 국제유가 인상 전 매입한 유류를 출하하거나 장려금을 지급받기 위하여 저가판매하고 있으며 일반 주유소의 가격차이도 리터당 OOO원 정도는 흔한 사례이다.

5) 조사청은 청구법인이 OOO에 자료상과의 거래로 「조세범처벌법」위반혐의로 고발되어 대법원에서 유죄판결받은 사실이 있어 선의의 거래당사자로 볼 수 없다고 하나, 확정판결의 증거로 채택된 유류운반자의 증언이 위증으로 증명되어 법원OOO에서 재심사유로 재심되었다.

(사) 쟁점거래처에 대한 조사청의 조사내용과 결과는 다음과 같은 사유로 수긍할 수 없다.

1) OOO의 OOO에 대한 고발사건에 대하여 OOO가 2012.6.27. 실질대표자 OOO의 「특정범죄가중처벌 등에 관한 법률」위반(허위세금계산서 교부 등) 혐의에 대하여 혐의없음으로 불기소처분을 하였는데도 조사청이 2년 6개월이 경과한 시점에서 이 건 거래를 부인하고 과세한 것은 과세권 남용에 해당한다.

2) OOO장은 2010년에 직권말소한 OOO의 사업자등록에 대하여 2010.10.1. 현장확인을 소홀히 한 결과 부활하여 대금지급 등의 거래를 이행하도록 하는 결과를 초래하였고, 2010.12.21. 조사청은 청구법인의 요청에 대하여 2010년 제1기 부가가치세 과세기간분을 정상거래로 확인한 후 태도를 바꾸어 OOO를 자료상으로 고발한 것이므로 과세관청의 업무소홀 내지 직무유기에 해당한다.

3) 조사청은 자료상으로 고발한 OOO이 검찰에서 불기소 처분되었어도 행정심판은 형사재판이나 민사재판에 구속받는 것이 아니라는 의견이나, 검찰이 2012.6.27. 불기소결정을 하여 자료상 혐의가 부인되었는데도 2년 6개월이 지난 시점에서 여전히 OOO을 자료상이라 하여 청구법인에게 과세한 처분은 사법절차에서 자료상이 부인되어도 끝까지 자료상으로 보아야 하고 거래 상대방은 불이익을 받아야 한다는 것이어서 사법판단을 무시하는 것이다.

(3) 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취한 것이 부정한 적극적인 행위에 의한 것이 아니므로 부당과소신고가산세를 부과한 처분은 잘못된 것이다.

(가) ‘부당한 방법’으로 볼 수 있는 경우를 예시적으로 규정하고 있는 「국세기본법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것) 제27조 제2항은 그 일반조항이라고 할 수 있는 제6호에서 ‘부당한 방법’에 해당하기 위해서는 국세포탈 등의 목적이 필요하다는 취지로 규정하고 있으므로, 「국세기본법」제47조의3 제2항 제1호가 규정하는 부당과소신고가산세의 요건인 ‘부당한 방법으로 한 과세표준의 과소신고’란 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우로서 그 과소신고가 조세포탈의 목적에서 비롯된 것을 의미한다고 보아야 한다(대법원 2013.11.28. 선고 2013두12362 판결, 같은 뜻임).

(나) 청구법인이 쟁점거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다고 하더라도, 청구법인은 쟁점세금계산서상의 유류를 실제 공급받았으므로 청구법인의 입장에서는 쟁점세금계산서의 실제 공급자가 다르다고 하여도 달리 이를 통해 부가가치세를 포탈할 유인이 없고, 매입처인 OOO에 대하여는 이 건 과세처분일 이전에 무혐의로 불기소 처분되었고, 매입처인 OOO와의 거래에 대하여는 거래진행중인 과세기간 내에 조사청에 자료상 여부 확인요청을 하여 매입세액 공제 대상이라는 공문을 받았을 뿐 아니라 OOO에서는 미지급대금을 지급하라는 조정성립까지 있었고, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취한 외에 부정한 적극적인 행위를 한 사실이 없으므로 부당과소신고가산세를 적용한 이 건 처분은 잘못된 것이다(조심 2015전2819, 2015.12.31. 및 조심 2013전2597, 2014.3.13. 참조).

나. 처분청 의견

(1) 조사청은 2010.7.23.부터 2010.11.10.까지 기간 중 청구법인에 대하여 2008∼2009사업연도의 조세범칙조사를 실시하여 무자료 유류판매상을 통하여 저가에 유류를 매입하고, OOO 외 OOO개 업체의 자료상으로부터 위장세금계산서 OOO원을 수취한 것을 확인하여 청구법인과 대표이사 OOO을 「조세범처벌법」위반혐의로 검찰에 고발한 사실이 있다OOO.

그리고, OOO.사업연도의 청구법인과 대표이사 OOO의 「조세범처벌법」위반 사건에 대하여 OOO에서 공소사실이 유죄로 인정된다고 판결하였다.

또한, 쟁점거래처에 대하여 조사관서에서 세무조사한 결과, 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서가 아니라는 의견이다(사실관계 및 판단 참조).

위와 같이 청구법인은 유류가 도착한 뒤 샘플을 검수하고, 이를 수송한 운전기사가 봉인 및 서명 날인할 것과 OOO 제품을 OOO에 소재한 OOO에서 출하해 주며, 외상으로 제품을 공급하고 검수 뒤 대금 지급의 조건을 수락한 경우 거래를 시작한 것은 각 거래처가 소위 자료상으로서 실제 공급하는 자가 아니라는 사실을 미필적으로나마 인식한 것으로 판단되는 점,2014.9.12. 청구법인의 종업원 OOO이일부 수송사실확인서는 당초 출하지 및 작성월일 등이 작성되지 않아서 추후 국세청에 제출 시 작성하여 제출한 것이며 원본은 따로 있고 여직원과 연락하여 제출하겠다고 답변한 것으로 보아 사후에 작성된 것으로 보이는 점, 청구법인은 1989년부터 석유류 도매업을 영위하여 왔고, 대표이사 OOO은 그동안의 경험을 통해 유류 공급의 정상적인 구조와 유통경로, 유류업계의 일반적 거래 형태나 방식 및 업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성을 충분히 알고 있었다고 보이며, 저가로 유류를 매입함에도 거래처의 사업장 및 저장시설을 실제 확인하지 아니하였고, 수취한 출하전표의 기재사항이 제대로 되어 있지 아니한 점, 쟁점거래처에 대한 조사결과 자료상으로 고발된 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서는 「부가가치세법」제17조 제2항에 따른 공급자가 다르게 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(2) 청구법인은 다음과 같은 이유로 선의의 거래당사자에 해당하지 않는다.

(가) 유류의 실제공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서상의 공급자가 사실과 다르다는 점을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없는 것이며, 공급받은 자가 이러한 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2012.3.29. 선고 2011두26695 판결 등 참조).

(나) 청구법인은 선량한 거래당사자의 주의의무를 다하였다고 주장하나, 정유회사가 발행한 정상적인 출하전표에는 온도와 밀도에 따라 유류의 부피가 달라져 발행시간이 초단위로 기재되어 있고 온도·밀도가 정확하게 기재되어 있는 반면에 쟁점거래처의 출하전표에는 탱크번호, 온도, 비중, 발행시간, 황함량 중 전부 또는 일부분이 기재되어 있지 않아 출하전표가 정상적으로 발행된 것이라고 볼 수 없으며, 청구법인이 원고인 법원판결OOO에서도 출하전표는 유류공급이 정상적으로 이루어지는 경우 정유사로부터 주유소까지 유류와 함께 이동하므로 정상적인 유통경로를 거쳐 유류가 거래된 것이라는 점을 확인시켜 주는 중요한 자료인데, 청구법인과 거래한 딜러 및 운반기사들은 정품유류인지를 확인시켜 준 후 특별한 이유없이 정유사가 발행한 출하전표는 회수하면서 OOO 등의 명의로 된 출하전표를 발행·교부하였고 정유사의 출하전표와 비교한 결과 주문자, 도착지 등이 상이한 것으로 보아 청구법인이 선량한 관리자의 주의의무를 다한 것으로 볼 수 없다고 판시하였다.

(다) 청구법인은 쟁점거래처와 거래할 때 다른 거래처에서 구입한 유류단가보다 리터당 OOO원정도 저렴한 것으로 알고 있던 것은 4대 정유사의 유류덤핑보다 자료상 등의 개입으로 정상적인 거래가액보다 저가의 유류를 구매한 것으로 보인다.

(라) 청구법인은 유류샘플을 채취한 다음 운반차량번호 및 운반기사들의 서명을 받아놓은 방법으로 확인절차를 거쳤다고 하나 이러한 방법만으로는 해당 유류에 대한 실제 공급자를 확인할 수 없으며, 수송사실확인서는 사후에 운송기사를 확인하는 서류이지 세무상 중요한 서류가 아니고 법령에서 정한 문서도 아니므로 일부 원본이 보관되어 있지 않고 수정액으로 지운 흔적이 있다고 하여 이를 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 보는 것은 부당하다고 주장하나, 통상 작성된 문서를 정정하거나 보충하는 경우 그 사유를 적는 방법 등을 사용하는 것이 일반적임에도 OOO의 수송사실확인서는 당초 작성된 출하지인 OOO를 수정액으로 지우고 별도로 OOO을 기재한 것 등으로 보아 이는 거래처 등의 사실관계를 정확하게 반영하고 있는 것으로 볼 수 없다.

(마) 청구법인은 2012.6.27. OOO에 대한 OOO의 혐의없음(증거불충분) 불기소처분과 관련하여 이 건 과세처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 행정재판이나 민사재판은 형사재판에 의하여 구속받는 것이 아니고, 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있는 것이므로 청구주장은 이유가 될 수 없다(대법원 1987.10.26. 선고 87누493 판결 등 참조).

(바) 청구법인이 운전기사를 통해 확인하였다고 하는 정유사 출하전표에 의하면 유류의 도착지가 청구법인으로 되어 있지 아니하고 다른 거래처의 상호가 기재되어 있는바, 정상적인 유통경로를 통하지 아니한 물품이라는 의심이 있음에도 단지 유류가 4대 정유사로부터 출고된 것인지만 확인한 것은 선량한 거래당사자의 주의 의무를 다하였다고 보기 어렵고 쟁점거래처의 사업장을 방문하여 실제 사업을 운영하고 있는지, 임직원이 실제 근무하는지, 실제 공급받은 유류가 누구의 것인지 등을 구체적으로 파악하지 아니하였으며, 위험물저장시설을 갖추었는지 확인한다고 하였으나 OOO와 OOO는 유류저장시설이 없는 것으로 조사되었다.

(사) 4대 정유사의 유류출고사실을 조회한바, 청구법인을 도착지로 하여 출고된사실이 없는 것은 정유사의 출하전표에 표시된 유류의 이동경로와 쟁점매입세금계산서가 불일치한 것이고 쟁점거래처가 유류의 실제공급자가 아니고 사실과 다른 세금계산서를 발행하였다고 의심할 만한 충분한 사정이 있었음에도 이를 확인하여 보지도 아니한 채 유류거래를 계속하였는데, 이는 청구법인이 알았거나 알지 못한데 과실이 있다고 보아야 하는 것으로서 청구법인과 관련된 선결정례(조심 2011전1180, 2011.12.23. 참조)에서도 과세처분은 정당한 것으로 인정되었다.

(3) 청구법인이 쟁점세금계산서를 수령할 당시 쟁점세금계산서가 공급자가 다른 세금계산서라는 것을 알 수 있었던 것으로 보이므로, 청구법인의 쟁점세금계산서 수취는 「국세기본법 시행령」 제27조 제2항 제3호에 해당한다 할 것이어서 부당과소신고가산세 적용은 정당하다.

(가) 조사청은 이 건 이외에 OOO까지 청구법인의 2008～2009사업연도에 대한 조세범칙조사를 실시하고 청구법인이 OOO원의 거짓세금계산서를 수취한 것을 확인하여 부가가치세 및 법인세 OOO원을 경정·고지한 사실이 있으며, 조세심판원 결정OOO, 법원 판결OOO에서 선량한 관리자의 주의의무를 다하지 아니한 것으로 확정되었다.

또한, 「조세범처벌법」위반 사건에 대한 법원 판결OOO에서도 공소사실이 유죄로 인정되었다.

(나) 청구법인은 OOO 석유류를 취급한 사업자로서 2008년부터 2010년까지 OOO 외 3개의 거래처와 동일하거나 유사한 거래를 하면서 시중가격보다 낮게 유류를 매입하면서 거래처의 사업장 및 저유소를 실제 확인하지 않았으며, 출하전표상의 거래처 상호가 서로 상이하여 정상적인 유통경로를 거친 유류가아님을 충분히 인지할 수 있었고, 출하전표 역시 전부 또는 일부분이 기재되어 있지 아니하여 정상적으로 발행된 것이 아니라는 사실을 알고 있었다.

(다) 쟁점거래처 중 OOO와 OOO는 유류저장시설이 없는 사실이 조사청 등에 의하여 확인되었고, 관련 거래가 계속· 반복적으로 발생하여 거래 중에 유류의 실제 공급자가 누구인지 확인할 수 있었던 것으로 보이지만 청구법인은 적극적으로 확인하지 아니하였다.

(라) 결국, 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하지 아니하고, 공급자의 사업장을 방문하는 등 정상적인 사업자에 해당하는지 여부를 확인함에 있어 적극적인 노력이 없었던 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수령할 당시 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 것을 알 수 있었으므로 청구법인의 쟁점세금계산서 수취는 「국세기본법 시행령」제27조 제2항 제3호에서 규정한 부당한 방법에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 선의의 거래당사자라는 청구주장의 당부

② 부당과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청이 확인한 쟁점거래처의 현황은 아래 <표1>과 같다.

(2) 조사청이 OOO까지 청구법인에 대하여 조세범칙조사를 실시하였는 바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 OOO에 본점을 두고 OOO의 주유소를 운영하고 있으며, 자료상으로부터 거짓세금계산서를 교부받은 혐의로 조사대상자로 선정되었다.

(나) 조사결과 부가가치세 적출과표는 아래 <표2>와 같다.

(다) 조사결과 쟁점거래처로부터 허위세금계산서를 수취한 내역은 아래 <표3>과 같다.

(라) 조사청의 기타 조사내용은 다음과 같다.

1) 청구법인의 대표이사 OOO은 2014.9.12. 작성된 전말서에서 2010사업연도 중 조사된 2008～2009사업연도와 2014.7.8.부터 조사된 2010사업연도의 유류구매 및 판매절차, 세금계산서, 거래명세표, 출하전표, 수송사실확인서 등의 거래형태가 동일하다고 답변하였다.

가) 정유사에서 발행한 출하전표의 차량번호, 운전기사명, 수량, 유종이 일반대리점이 발행한 차량번호, 운전기사명, 수량, 유종이 다르면 부정유류라고 할 수 있다고 답변하였다.

나) 최초 정유사에서 발행한 출하전표의 도착지와 일반대리점에서 발행한 출하전표의 출하지 및 도착지는 동일하지 않으며 정유사에서 발행한 출하전표와 일반대리점에서 발행한 출하전표를 보고 유류제품이 정상제품인지 아닌지 알 수 있다고 답변하였다.

2) 청구법인의 종업원 OOO은 2014.8.25. 작성된 전말서에서 유류 판매단가가 대표자 OOO에 의해 결정되면 각 주유소에 판매단가를 전달하여 판매하는것으로 답변하였고, 4대 정유사, 현물대리점, 일반대리점, 수입사기름에 대한 유류단가를 조회 후 대표자 OOO에게 구두나 유선으로 보고하고 대표자 OOO의구매결정이 떨어지면 해당 거래처에 연락하여 유류를 구매한 것으로서 주요 과정을 다음과 같이 진술하였다.

가) 정유사에서 발행된 출하전표에 기재된 부분 중 출발시간과 도착시간 외에 4대 정유사 중 어느 정유사에서 출하된 것인지만 확인하고 그 외 부분은 확인하지 않았고 현재에도 확인되는 부분은 마찬가지다.

나) 일반대리점에서 유류구매 시 받은 출하전표는 출하날짜, 유종, 수량, 차량번호, 운전기사의 이름만을 확인하고 그 이외에는 확인을 하지 아니하였다.

다) OOO와 처음 거래 당시 4대 정유사에서 구입한 유류단가보다 리터당 OOO원 정도 저렴한 것으로 알고 있었으며, 주문한 유류에서 가짜석유가 섞여 있는지 확인하고 문제가 있으면 배상시키려는 목적으로 샘플용 시료를 채취하여 보관하였다.

라) 2014.9.12. 작성된 전말서에서 OOO의 수송사실확인서상 출하지와 작성월일은 직접 작성하였고 그 외에는 모두 복사된 사유를 묻는 질문에 동 확인서는 원본이 아니며, 당초 작성 시 출하지 및 작성월일 등이 작성되지 않아 추후 국세청에 제출 시 작성하여 제출한 것이다.

3) OOO, OOO의 유류를 운반한 OOO은 2014.8.19. 확인서에서 청구법인이 증빙자료로 제출한 출하전표와 인수자란에 사인된 OOO에 대하여 모른다고 답변하였고, 2014.10.6. 유류를 상차 후 송유관 입구에서 또는 청구법인으로 가는 도중 갓길에서 OOO, OOO의 담당자를 만나 출하지가 OOO, OOO로 기재되고 도착지가 청구법인으로 되어 있는 출하전표를 받아 청구법인에 전달한 사실이 있으며, 대리점 담당자는 누구인지 정확히 모른다고 진술하였다.

4) OOO, OOO와 관련된 운반자 OOO은 유류를 상차한 장소가 OOO이며, OOO 출하전표는 저유소 입구에서 일반대리점 직원에게 주었고, OOO에서 상차한 유류는 출하전표 없이 운반하였다고 진술하였다.

5) OOO와 관련된 운반자 OOO은 2014.9.17. 유류를 상차한 장소가 OOO이고 도착지가 청구법인으로 되어있는 출하전표는 본 사실이 없다고 확인하였으나, 2014.10.6.에는 유류를 상차한 후 OOO 입구에서 OOO 직원을 만나 출하지가 OOO, 도착지가 청구법인으로 되어 있는 출하전표를 받아 청구법인에 전달한 사실이 있으며, 대리점 직원이 누구인지는 정확히 모른다고 2014.9.17. 작성한 기존의 확인서와 다르게 진술하였다.

(3) 쟁점거래처에 대한 주요 조사내용은 다음과 같다.

(가) OOO에 대한 조사내용

조사청은 유류저장시설 및 유류운반차량 등이 없는 사무실 사업자로 확인되었고 OOO 외 1개 업체로부터 매입한 OOO원은 전부 실물거래 없이 대표이사 OOO가 임의로 세금계산서합표만 작성하여 제출한 가공거래이고, 매출처인 OOO 외 OOO개 업체에 발행한 매출세금계산서 OOO원은 전액 가공매출로 확정하였다.

(나) OOO에 대한 조사내용

1) OOO은 청구법인이 제출한 OOO원의 소명내역, 세금계산서, 거래명세서, 금융자료, 정유사 차량 출고현황 등의 자료를 검토한 결과, OOO이 실물거래로 위장하기 위해 매출대금에 대한 금융자료를 상호 일치시키고, 이에 맞추어 출하전표 등을 허위 작성하여 가공의 매출세금계산서를 발행·교부한 것으로 확인하여 가공거래로 확정하였다.

2) OOO에 직접 출장하여 OOO의 운반자로부터 받은 수송사실확인서 원본OOO매를 확인한 결과, OOO매는 출하지가 당초에 자료상으로 고발된 OOO로 작성한 후 화이트로 지우고 그 위에 OOO 이름으로 적었으며 OOO매는 당초에 OO저장소(잘 확인이 안됨)로 작성한 후 화이트로 지우고 그 위에 OOO로 적었고 OOO매는 OOO로 적었는데 복사를 통해 기재한 것으로 확인되었다.

(다) OOO에 대한 조사내용

OOO장은 OOO가 제출한 OOO원의 세금계산서, 거래명세표, 거래사실확인서, 금융거래내역확인서, 출하전표, 대표이사 OOO과 거래(명함) 등의 자료를 검토한 결과, OOO는 저장시설이 없는 업체이고, OOO은 실물거래를 직접 하였거나 소개한 사실 등이 없는 것으로 확인되었으며, 정유사에 운반차량을 통해 OOO에게 유류출하여부를 조회한 결과, 그런 사실이 없는 것으로 확인되어 가공거래로 확정하였다.

(라) OOO에 대한 조사내용

1) OOO은 OOO의 2009년 제2기부터 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 OOO로부터의 매입 OOO원은 OOO가 일방적으로 신고한 사항으로확인되었고, 유류 도매업 등록신청 시 제출된 OOO소재OOO에 대한 사실관계 조사한 결과, OOO로부터 임대한 사업장으로 계약일 이후 임대료가 지급되지 않는 등계약기간동안 어떠한화물의 입·출고가 없었던 것으로 조사되었다.

2) 2010년 3월 이후 사장과 영업직원이라는 자(인상착의와 인적사항은 기억이 없다고 진술함)로부터 소개를 받아 거래를 계속하였으며 유류는 4대 정유사의 저유소에서 오는 것을 알고 있을 뿐 구체적인 출하지나 정상거래처 여부를 확인한 사실은 없는 점 등에 비추어 가공거래로 확정하였다.

(4) 청구법인이 제시한 주요 증빙은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 심리자료로 신규거래처 거래지침, 정유사가 발행한 출하전표 샘플, OOO의 OOO과 실대표자 OOO에 대한 불기소결정서, 조사청의 자료상혐의자인 OOO에 거래사실 조회서, OOO이 발급한 OOO의 말소된 2010.3.22. 사업자등록증과 부활된 2010.10.1. 사업자등록증(개업연월일은 2009.6.17.로 동일하며 교부사유는 사업장이전), OOO에 내용증명으로 발송한 독촉장, OOO에 OOO의 자료상 해당여부를 확인하기 위해 내용증명으로 발송한 서신, OOO의 OOO의 거래처 소명자료에 대한 검토결과 회신공문(2010년 1기분에 한하여 위장매입에 해당되나 선의의 사업자이므로 부가가치세 매입세액 공제대상으로 판정), OOO의 청구법인과 OOO간의 조정회부결정서OOO와 조정성립조서OOO, OOO의 정보공개통지서(OOO가 2010년 제2기 부가가치세 예정신고시 매출처인 청구법인에 대하여 공급가액 OOO원을 신고한 사실을 확인), OOO과 거래시 징취한 자료의 일부(사업자등록증, 석유판매업등록증, 은행계좌, 전자세금계산서, 거래명세서, 출하전표, 유류시료채취사진, 수송사실확인서, 무통장입금확인서), OOO와 거래시 징취한 자료의 일부(사업자등록증, 석유판매업등록증, 은행계좌, 명함, 저유소 임대차계약서, 거래내역, 세금계산서, 거래명세서, 출하전표, 유류시료채취사진, 수송사실확인서, 은행 거래내역확인서, 무통장입금확인서), OOO와 거래시 징취한 자료의 일부(사업자등록증, 석유판매업등록증, 설치자가 OOO인 OOO이 발행한 위험물제조소 등 완공검사필증, 은행계좌, 법인인감증명서, 법인등기부, 제품거래계약서, 액체화물 저장탱크 임대차계약서, 세금계산서, 거래명세표, 출하전표, 유류시료채취사진, 수송사실확인서, 은행 거래내역확인서), OOO와 거래시 징취한 자료의 일부(사업자등록증, 석유제품 공급계약서, 석유판매업등록증, 저유소 임대차계약서, 세금계산서, 거래명세서, 출하전표, 유류시료채취사진, 수송사실확인서, 은행 거래내역확인서) 등을 제출하였다.

(나) OOO이 청구법인과 OOO 간 OOO원의 거래에 대하여 회신한 공문OOO을 보면, 검토결과 귀 법인에서 제출한 제출서류 및 조사진행 중 유류매입대금 미지급 등의 사유로 OOO와 다툼이 있었다는 점 등 여러 정황으로 보아 실물거래가 있었던 것으로 판단되어 조사대상기간인 2010년 제1기 거래분에 대해서는 부가가치세 매입세액 공제대상(위장매입, 선의의 거래당사자)으로 판단하였으며, 다만 2010년 제2기 거래분에 대해서는 조사대상기간이 아니므로 확인하지 않았다고 기재되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)청구법인은 1989년부터 석유류 도매업을 영위하여 왔고, 대표이사 OOO은그동안의 경험을 통해 유류 공급의 정상적인 구조와 유통경로, 유류업계의 일반적 거래 형태나 방식 및 업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성을 충분히 알고 있었고, 쟁점거래처로부터 저가유류를 매입함에도사업장 및 저장시설을 실제 확인하지 않은 것으로 보인다.

(나) 청구법인은 쟁점거래처 중 OOO와 OOO의 경우 각각 OOO에 소재한 석유저장시설을 확인하였다고 하나, 석유저장시설이 「석유 및 석유대체연료 사업법」제10조, 같은 법 시행령 제15조 및 별표2에서 석유판매업 일반대리점의 등록 요건으로 규정한 같은 시·도 또는 인접한 시·도에 위치하지 아니하므로 청구주장을 신뢰하기 어려운 것으로 보인다.

(다)청구법인이 운전기사를 통해 확인하였다고 하는 정유사 출하전표에 의하면 유류의 도착지가 청구법인으로 되어 있는 것은 없이 다른 거래처의 상호가 기재되어 있는바, 정상적인 유통경로가 아니라고 의심할 수 있음에도 단지 유류가4대 정유사로부터 출고된 것인지만 확인한 것은 선량한 거래당사자의 주의의무를 다하였다고 보기 어려우므로 OOO·OOO·OOO로부터 매입에 대하여 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

다만, OOO와의 2010년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 중의 매입 공급가액 OOO원은 사실거래를 담보하기 위하여 2010년 제1기 과세기간의 외상매입금을 미지급하는 상황속에서 OOO가 청구법인에게 유류대금 청구의 소를 제기하고, 청구법인이 OOO에게 OOO와의 거래가 부가가치세 매입세액 공제가 가능한지를 확인요청까지 하여 2010.12.21. OOO으로부터 2010년 제1기 부가가치세 과세기간의 거래에 대하여 매입세액 공제가 가능하다는 회신을 받음에 따라 매입대금을 지급하였으며, 2010년 제2기 과세기간의 매입 공급가액도 2011.1.27. OOO의 조정결정에 따라 2011.2.11. OOO의 매출로 신고된 사실을 나타내는 OOO의 정보공개통지서를 확인한 후 최종 지급한 것으로 나타나는바, 이는 과세관청의 공적인 답변에 따라 업무를 처리한 것으로 선량한 관리자의 주의의무를 다한 것으로 보이므로 OOO와의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 사기 기타 부정한 행위라 함은 조세의 부과·징수를 불가능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위가 있음을 의미하는 것이고, 이러한 행위가 수반됨이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 하거나 또는 조세를 납부하지 아니한 사실은 해당되지 않는다 할 것이다(대법원 2003.2.14. 선고 2001도3797 판결, 같은 뜻임).

(나) 이 건의 경우 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취한 것이 부정한 적극적인 행위에 의한 것이 아니므로 부당과소신고가산세를 적용하여과세한 처분은 잘못된 것이라 주장하나, 청구법인은 OOO 석유류를 취급한 사업자로서 쟁점거래처로부터 시중가격보다 낮게 유류를 매입하면서 거래처의 사업장 및 석유저장시설을 실제 확인하지 아니하였고,쟁점거래처 중 OOO는 유류저장시설이 없음이 OOO장에 의하여 확인되었으며, 관련 거래가 계속· 반복적으로 발생하여 거래 중에 유류의 실제 공급자가 누구인지 확인할 수 있었던 것으로 보이지만 청구법인은 적극적으로 이를 확인하지 아니한 점에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서를 수령할 당시 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 것을 알 수 있었으므로 청구법인의 쟁점세금계산서 수취는 「국세기본법 시행령」제27조 제2항 제3호에서 규정한 부당한 방법에 해당하므로 처분청이 부당과소신고가산세를 적용하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.