소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 2002.7.20 황○○으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 및 지상건물을 3억 1,200만원에, 2002.9.30 송○○으로부터 위 ○○동 ○○번지 대지(이하 '위 각 대지를 통칭하여 '이 사건 대지'라 한다) 및 지상건물을 1억 1,200만원에 각 매수한 후, 이 사건 토지상에 있는 기존건물들을 철거하고 연면적 588.32㎡의 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하였다.

나. 원고는 2003. 8. 29. 진○○ 및 박○○에게 이 사건 대지 및 건물을 9억 200만원에 매도한 후, 2003. 10. 8. 피고에게 양도소득세를 신고함에 있어, 이 사건 대지 및 건물에 대하여 실지거래가액(위 306-46 대지는 3억 1,200만원, 위 312-63 대지는 1억1,200만원, 이 사건 건물은 436,100,000원)으로 양도소득세를 신고하고 납부하였는데, 피고는 세무조사를 벌여 이 사건 대지의 실지거래가액은 신고가액대로 적정한 것으로 인정하였으나, 이 사건 건물의 취득가액(신축공사비용) 436,100,000원의 거래가액이 불분명한 것으로 판단하고, 2004. 12. 10. 원고에 대하여 "이 사건 건물의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당한다"라는 이유로, 소득세법 제 114조 제5항 및 구 소득세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의 2 제2항 제2호에 의하여 환산한 382,091,091원(=404,394,410원X255,330,012원/270,234,067원)이 원고의 이 사건 건물의 취득가액이라는 전제 아래 양도소득세 11,982,922원으로 산출하고 신고불성실 가산세 941,131원, 납부불성실 가산세 697,089원을 더한 13,621,142원으로 경정한 후 기납부세액 934,567원을 차감한 12,686,575을 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 을1호증, 을2호증의 1,2, 을4호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 2002.8.10. 주식회사 ○○토건(이하 '○○토건'이라 한다)과 이 사건 건물의 신축공사에 관하여 공사대금 4억원(대금지급기일은 계약금 2,000만원은 계약당일, 1차 기성금 5,000만원은 2002.8.26.까지, 2차 기성금 5,000만원은 골조공사 끝난후, 잔금 2억 8,000만원은 준공검사 끝난후 은행대출을 받아 각 지급하기로 하였다), 준공예정일 2002.11.30.로 정하여 공사도급계약을 체결하였다.

(2) 그 후 ○○토건은 이 사건 건물을 완공하였고, 원고는 2003.2.26.까지 ○○토건 현장감독인 박○○에게 위 공사대금 중 376,000,000원을 지급한 후 박○○ 발행의 영수증(갑5호증의 3 내지 13)을 교부받았다.

(3) 한편, 원고는 이 사건 건물 신축공사 중 토목공사는 김○○에게 3,500만원에, 도시가스배관공사는 김○○에게 11,000만원에 각 도급주었고, 이들이 위 각 공사를 마친 후 위 각 공사대금을 지급하였다.

(4) 따라서 이 사건 건물의 취득가액은 436,100,000원이 사실인데도, 이를 실지취득가액으로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 소득세법 제96조 [양도가액]

①제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

○ 제97조 [양도소득의 필요경비계산](2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액이다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

○ 제100조 [양도차익의 산정]

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 · 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 · 감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액, 감정가액, 환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 제114조 [양도소득과세표준과 세액의 결정경정 및 통지]

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 · 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

구 소득세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것)

○ 제166조 [양도차익의 산정 등]

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

○ 제176조의2 [추계결정 및 경정]

①법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

②법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조제1항제1호 내지 제7호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항제1호의 매매사례가액 또는 동항제2호의 감정가액X(취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가(제164조제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가))

③법 제114조제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2인이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

부가가치세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제 19330호로 개정되기 전의 것)

○ 제48조의2 [과세표준의 안분계산]

④사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

다. 판단

(1) 앞서 처분의 경위 및 관련법령에서 본 바에 의하면, 이 사건 대지 및 건물의 양도는 소득세법 제96조 제1항 제4호, 제5호, 제6호에 따라 실지거래가액에 의하여야 하며, 양도차익을 계산함에 있어 양도가액을 실지거래가액에 의하는 경우 취득가액 역시 소득세법 제100조 제1항에 따라 실지거래가액에 의하여야 하는바, 원고가 위 양도신고 당시 이 사건 건물의 취득가액에 관하여 첨부한 도급계약서 기타 증빙자료를 가지고 소득세법 제114조 제5항 소정의 "취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 있는지"가 이 사건의 쟁점이므로 이하 이에 관하여 살피기로 한다.

(2) 원고 주장의 취득가액에 부합하는 듯한 갑1호증의 1,2,3, 갑4호증, 갑5호증의 1 내지 13, 갑6, 7호증의 각 1, 갑7호증의 1, 갑8호증의 각 기재와 증인 신○○의 일부 증언은 위 각 증거 및 을2호증의 1, 을3호증, 을5 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 아래와 같은 여러 사정에 비추어 선뜻 믿기 어렵고, 갑10호증, 갑11호증의 1 내지 6의 각 기재 및 영상만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 원고는 피고의 세무조사 당시 및 국세심판원 불복 청구 당시에도 대금입금에 대한 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다가, 이 사건 소 제기 후 비로소 갑4호증(지명원), 갑5호증의 2(예금통장사본)를 제출하였다.

② 원고가 제출하고 있는 갑5호증의 3 내지 13 각 영수증의 발행명의가 ○○토건의 명의가 아닌 박○○(○○토건의 법인등기부상 등록된 임원도 아니다)의 명의로 발행되었다.

③ 원고가 작성한 이 사건 건물 공사비입금내역(갑5호증의 1) 및 영수증을 보면 원고가 공사대금을 9회로 나누어 지급한 것으로 되어 있으나, 예금통장사본(갑5호증의 2)에는 2002.9.30. ○○토건에게 1,000만원을, 2002.10.17. 5,100만원을 각 송금한 것으로 되어 있어 그 지급일자, 금액, 총액에 차이가 있어 서로 불일치 할뿐만 아니라 위 1,000만원은 ○○토건에 대한 명의대여료로 지급된 것으로 보이고, 위 5,100만원은 누구에게 송금하였는지가 불분명하다.

④ 이 사건 건물을 박○○으로부터 실제 도급받아 공사하였다는 내용의 확인서(갑7호증의 1)를 제출한 유○○은 2002.10.23.까지 건설업과는 관련이 없는 전자상거래 업체를 운영하고 있었고, 원고가 운영하고 있던 법인의 10% 주주로도 등재되어 있는 등 개인적인 친분관계가 있는 것처럼 보인다.

⑤ 원고는 이 사건 건물의 공사대금 지급과 관련하여 ○○토건이 발행한 세금계산서를 제출하지 못하고 있다.

⑥ 근로복지공단 ○○지사장이 원고에게 보낸 압류해제통지서(갑9호증)에는 이 사건 건물 신축공사가 원고의 개인직영공사로 등재되어 있다.

⑦ 갑1호증의 2(=을4호증의 6)에는 원고가 이 사건 건물 신축공사 중 토목공사를 김○○에게 공사대금 3,500만원에 도급준 것으로, 갑1호증의 3(=을4호증의 7)에는 원고가 이 사건 건물 신축공사 중 도시가스시설공사를 ○○개발 주식회사에 도급준 것으로 각 기재되어 있으나, 원고는 도급인들이 발행한 세금계산서 및 공사대금 지급에 관한 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다.

⑧ ○○토건의 대표이사인 김○○이 갑1호증의 1과 같은 내용의 도급계약서를 작성한 사실은 있으나, 실제로 계약이 이루어지지 않아 이 사건 건물의 신축공사를 한 사실이 없고, 원고로부터 공사대금을 수령한 사실도 없다는 내용의 확인서(을3호증)를 작성하였다.

(3) 따라서, 이 사건의 경우는 이 사건 건물의 취득가액에 관하여 원고가 제출한 도급계약서 기타 증빙자료를 가지고 소득세법 제114조 제5항 소정의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로, 소득세법 제114조 제5항 및 구 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호에 의하여 환산한 취득가액에 의하여야 한다. 따라서 위와 같이 환산한 취득가액에 의하여 산출산 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.