2. 피고가 2005. 9. 5. 원고에 대하여 한 2004년 2기분 부가가치세 26,200,730원의 부과처분 및 2004년 2기분 부가가치세 166,887,222원의 환급거부처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

원고가 제1심에서 청구취지 기재의 부가가치세 및 법인세 부과처분의 취소를 구한 데 대하여 제1심은 원고의 청구를 모두 기각하였고, 원고가 항소한 환송 전 당심은 제1심 판결 중 법인세 부과처분 부분을 취소하여 위 부분에 대한 원고의 청구를 인용하 고 부가가치세 부과처분 부분에 대한 원고의 항소는 기각하였는데, 이에 원고가 부가 가치세 부과처분 부분에 대하여, 피고가 법인세 부과처분 부분에 대하여 각 상고하자 상고심은 법인세 부과처분 부분에 대한 피고의 상고를 기각하고 부가가치세 부과처분 의 취소를 구하는 원고 패소부분에 대하여는 파기 환송하는 판결을 선고함으로써, 원고의 청구 중 법인세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 원고 승소로 확정되었다.

따라서 이 사건 청구 중 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분만이 이 법원의 심판대상이 된다(다만, 제1심 및 환송 전 당심은 2004년 2기분 부가가치세 166,887,222원의 환급거부처분의 취소청구 부분을 2004년 2기분 부가가치세

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 11호증, 을 제1 내지 8호증(이상 가지변호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있는바 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용 ・ 소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하며(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적 ・ 구체적으로 판단하여야 하고, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2 호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건의 경우 앞서 인정한 바와 같이 수입업체로부터 수출업체에 이르기까지 실제로 금지금이 실물로 전전 유통되었고, 원고는 이 사건 공급자로부터 이 사건 금지금을 각 매입하여 매입 당일 이를 인도받은 다음 그 대금을 모두 지급한 후 이 사건 공급자로부터 이 사건 거래에 따른 세금계산서 2장을 각 교부받아 매입 당일 이 사건 금지금을 홍콩 소재 수입상에게 수출한 사실을 알 수 있는 이상, 이 사건 금지금이 수입되어 수출되기까지의 일련의 전체거래가 모두 짧은 기간 내에 이루어지고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면 서 세금계산서를 작성 ・ 교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄 업체가 존재하고 있다는 등의 사정만으로는, 이 사건 거래가 세금계산서만을 발행하여 수수한 것이거나 폭탄영업을 실제 거래로 위장하기 위하여 금지금이 인도되고 대금이 지급되는 외관만을 취한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급 이 아니라고 단정하기는 어렵다 할 것이고, 따라서 이 사건 거래에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 그 계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 것으로서 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 보기는 어렵다.

(2) 이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 금지금을 해외로 반출한 것은 정상적인 재 화의 수출이라기보다 수출업자에게 인정되는 영세율제도와 매입세액 공제를 악용하여 오로지 폭탄업체를 이용하여 면세 금지금을 과세금으로 전환하는 방법에 의한 국가 조 세수입의 부정취득을 목적으로 하는 형식적 위장수출에 불과하고, 이러한 불법행위로 인한 국가의 손해를 방지하기 위하여 매입세액 공제를 부인하여 환급신청을 거부한 것 은 정당하며, 설사 환급을 하여야 한다 하더라도 국가는 동 금액 상당의 손해배상청구권을 가지므로 이를 가지고 상계하는 취지에서 환급을 거부할 수 있고, 원고의 위와 같은 매매행위는 반사회적인 것이어서 민법 제103조에 의하여 무효이거나 사전 공모에 의하여 조세포탈 목적으로 거래한 것으로서 통정한 허위의 의사표시이므로 민법 제108조에 의하여 무효이며, 이러한 영세율제도의 남용행위에 대하여는 매입세액 공제의 혜택을 허용하여서는 아니 된다고 주장한다. 그러나, 피고가 제출한 증거들만으로 원고가 폭탄업체 등과 공모하여 정상적으로 재화를 수출할 의사 없이 오직 영세율제도와 매입 세액 공제제도를 남용하여 부가가치세를 환급받을 목적으로만 이 사건 금지금을 해외 로 반출하였다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고 의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

마. 소결론

따라서, 이 사건 세금계산서가 공급자가 실제와 다르게 작성된 '사실과 다른 세금계산서'에 해당함을 전제로 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 부과처분은 위법하다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로, 이를 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.