2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 설시할 이유는 제1심 판결문 제2쪽 제15행 “2014. 2. 18.”을 “2014. 2. 13.”로 고치고, 제3쪽 제11행 “이하 같다” 부분을 “이하 ‘법’이라 한다”로, 제13행 “이하 같다” 부분을 “이하 ‘시행령’이라 한다”로 각 고치고, 아래 2.항에서 원고의 주장에 관한 판단을 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 원고의 주장에 관한 판단

가. 원고의 주장

⑴ 피고는 당초 “ 부가가치세법 제35조 및 동법 시행령 제72조 에 의거 관세조사를 통해 받은 수정세금계산서는 매입세액공제 대상이 안 된다”는 사유로 이 사건 처분을 하였는데, 제1심 소송계속 중에 “이 사건 수입세금계산서는 인천세관장이 당초 과세기간이 경과한 후 소급하여 작성한 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제 대상이 될 수 없다”고 그 처분사유를 변경하였는바, 이러한 처분사유의 변경은 처분의 동일성의 범위 내에 있다고 볼 수 없어 허용될 수 없다.

⑵ ㈎ 최초 납세의무자가 일구상사 등으로 잘못 기재된 수입계산서가 이미 발급된 바 있고 그 무렵 부가가치세가 모두 납부된 바 있으므로, 이 사건 수입세금계선서는 수입세금계산서 교부에 관한 고시 제3조에 따른 수입세금계산서의 수정교부에 해당한다. 인천세관장은 단지 납세의무자만 잘못 기재된 사항을 수정하기 위하여 납세의무자를 원고로 기재한 이 사건 수입세금계산서를 교부한 것이므로 이 사건 세금계산서의 발급일은 당초의 발급일로 보는 것이 타당하고, 따라서 이 사건 세금계산서가 과세기간이 지난 후에 원고에게 교부되었다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다.

㈏ 수입세금계산서는 부가가치세법 제16조 제2항 에 따라 전자적 방법으로 교부하게 되어있고, 세금계산서를 전자적 방법으로 교부하는 경우 작성일자는 전자적 방법에 의하여 확인되므로 수입세금계산서에 작성일자가 별도로 기재되지 않고, 실제 작성일자를 소급하여 작성일을 변경할 수도 없다. 이 사건 수입세금계산서의 작성일자는 소급하여 기재되지 않았고 실제 교부일이 있는 그대로 표시된 것이므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다.

㈐ 부가가치세법상 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액(매입세액)은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것인데, 수입세금계산서 또는 수정된 수입세금계산서의 경우 그 작성 시기에 관한 규정이 존재하지 않으므로 재화의 수입시기가 속하는 과세기간 이후에 발급된 수입세금계산서라도 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.

나. 판단

⑴ 첫 번째 주장에 관하여

행정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 처분청은 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계가 동일성이 있다고 인정되는 한도 내에서 다른 사유를 추가 혹은 변경할 수 있고, 여기서 기본적 사실관계의 동일성 유무는 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적인 사실에 착안하여 그 기초인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한지 여부에 따라 결정된다( 대법원 2014. 10. 27. 선고 2012두11959 판결 , 대법원 2009. 11. 26. 선고 2009두15586 판결 등 참조).

피고의 당초 이 사건 처분 사유는 “ 부가가치세법 제35조 및 동법 시행령 제72조 에 의거 관세조사를 통해 받은 수정세금계산서는 매입세액공제 대상이 안 된다”는 것이었는데, 제1심 소송계속 중에 “이 사건 수입세금계산서는 인천세관장이 당초 과세기간이 경과한 후 소급하여 작성한 것으로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제 대상이 될 수 없다”는 취지의 처분사유를 추가(2015. 6. 3. 자 피고 답변서 제6쪽)하였음은 당사자 사이에 다툼이 없거나 이 법원에 현저하다.

원고의 이 사건 경정청구는 원고가 인천세관장으로부터 발급받은 수입세금계산서상의 매입세액을 각 그 과세기간의 매출세액에서 공제하여야 함을 전제로 매입세액 상당의 환급을 구하는 경정청구이고, 이에 대한 피고의 이 사건 처분에 관한 당초의 처분사유와 추가된 처분사유는 모두 동일한 이 사건 수입세금계산서와 관련하여 거기에 기재된 매입세액은 공제대상이 되지 않는다는 것으로서 동일한 사실관계에 기초한 것이고, 다만 그 공제대상이 되지 않는 이유에 관한 법률적 평가만을 달리한 것일 뿐이므로 그 처분사유의 추가 혹은 변경이 허용된다고 할 것이다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

⑵ 두 번째 주장에 관하여

㈎ 법 제17조 제2항 제2호 는 제16조 제1항 · 제2항 · 제4항 및 제5항 에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 부터 제4호 까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외하는 것으로 규정하고 있고, 법 제16조 제1항 제4호 에서는 위 필요적 기재사항의 하나로서 '작성연월일'을 규정하고 있으며, 시행령 제60조 제2항 제3호 는 법 제17조 제2항 제2호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우의 하나로서, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우를 규정하고 있다.

한편, 법 제16조 제5항 은 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다고 규정하고, 시행령 제56조 는 제16조 제5항 에 따라 발급하는 세금계산서는 법 제16조 제1항 의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따르도록 규정하고 있는데, 수입세금계산서 교부에 관한 고시(2013. 5. 6. 자 관세청 고시 제2013-21) 제2조 제1항은 세관장이 부가가치세를 징수, 환급, 충당하는 때에는 별지 제1호 서식의 수입세금계산서를 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 별지 제1호 서식의 기재사항에는 세관의 명칭과 등록번호, 수입자의 상호, 성명 및 등록번호, 과세표준과 세액, 납부 연월일 등을 기재하도록 되어 있다.

㈏ 법 제17조 제2항 제2호 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 "세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 '작성연월일'이 사실과 다르게 기재된 경우"라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고( 대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조, 이 사건 세금계산서는 전자세금계산서로서 작성연월일이 실제와 같으므로 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 취지의 원고의 주장은 이 점에서 그 이유가 없다.), 다만 그러한 경우에도 시행령 제60조 제2항 제3호 에 의하여 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 수 없으므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것이며, 수입세금계산서의 경우에도 이와 동일하다할 것이다.

㈐ 갑 제4호증, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 인천세관장은 원고에 대한 관세조사를 실시한 후 일구상사 등에게 발급한 수입세금계산서를 취소하고 2014. 11. 7. 원고에게 당초 일구상사 등에게 발급한 수입계산서와 세관의 등록번호와 명칭, 과세표준 및 세액, 납부 연월일 등은 동일하고 수입자의 기재부분 만을 원고의 상호와 등록번호, 사업장 주소, 대표자 성명 등으로 기재한 내용의 별지 기재 수입세금계산서를 각 교부한 사실을 인정할 수 있는바, 이와 같은 수입세금계산서의 발급 경위에 비추어 보면, 인천세관장이 원고에게 새로이 발급한 이 사건 수입세금계산서는 단지 일구상사 등 명의로 기왕에 발급된 수입세금계산서의 수입자의 명칭만을 원고 명의로 수정하는 내용의 주1) 수정수입세금계산서 라고 볼 수는 없고, 관세조사결과 실제 수입자가 원고로 확인됨에 따라 잘못 발급된 일구상사 등 명의의 수입세금계산서는 취소하고 동시에 원고 앞으로 새로이 발급한 수입세금계산서라고 할 것이다(다만 일구상사 등 명의로 납부된 부가가치세는 원고의 기납부 세액으로 정리된 것으로 보인다).

따라서 원고 명의로 발급된 이 사건 수입세금계산서는 2014. 11. 7. 교부되어 실제작성일이 거래 주2) 시기 와 다른 경우로서 시행령 제60조 제2항 제3호 에 의하여 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일하지 아니하므로 법 제17조 제2항 제2호 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된‘ 세금계산서에 해당하고 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다. 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

앞서 본 바와 같이 세관장은 부가가치세를 징수, 환급, 충당하는 때에 수입세금계산서를 교부하도록 되어 있으므로( 법 제16조 제5항 , 시행령 제56조 , 수입세금계산서 교부에 관한 고시 제2조 제1항), 그 작성 시기에 관한 규정이 존재하지 않으므로 재화의 수입시기가 속하는 과세기간 이후에 발급된 수입세금계산서라도 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다는 취지의 원고의 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 결론

제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

[별지 생략]

주1) 수입자 변경의 수정수입세금계산서는 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고한 경우를 전제로 하는 것이다.

주2) 부가가치세를 징수한 때로서 이 경우 일구상사 등으로부터 부가가치세를 납부 받은 때인 2011. 2기부터 2013. 1.기까지로 볼 것이다.