2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 코스닥등록법인인 주식회사 AA오(이하 "소외 회사"라 한다) 발행 주식을 2005.1. 21.부터 매수 및 유상증자참가의 방법으로 취득하여 2005. 3. 11. 3,284,070주(지분율 3.28%)를 보유하게 되었는데, 2005. 1. 25. ~ 2005.8.11. 기간 동안 총 4,789,290주를 양도(양도가액 3,097,647,850원)하였으나 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 피고는 원고가 2005.3. 11. 기준으로 소외 회사의 주식을 3% 이상 소유하여 「소득세법 시행령」 제157조 제4항에 따른 대주주에 해당된다고 보아 위 주식양도 전부에 관하여 2009. 11. 6. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세 227,958,630원을 결정・고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2010.1. 27. 조세심판청구를 제기하였는바 조세심판원은 2010. 12. 3. 원고가 2005. 1. 25. 양도한 소외 회사 주식 4,000주는 양도소득세 과세 대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다 라고 결정하였고, 피고가 그 결정에 따라 양도가액 등을 차감하여 경정한 결과 오히려 2011. 1. 14. 원고에게 2,340원을 추가・고지함으로써 총 227,960,970원이 경정・고지된 상태이다(이하 이와 같은 경정결정을 '이 사건 부과처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전 체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

1)「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호 제2문에서 규정하는 "이 경우 직전 사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때"를 해석함에 있어 "미달"의 의미는 일부라도 주식을 소유하는 것을 전제로 하고 있는 것인데, 원고는 직전사업연도 종료일 현재 소외 회사의 주식을 소유한 바가 없으므로 위 조항 제2문의 대주주에 해당하지 않는다.

2) 피고는 원고가 2005. 3. 11. 소외 회사의 유상증자에 참여하여 대주주가 된 것으로 보고 있으나, 원고가 2005. 3. 11. 신주인수대금을 지급하고 인수한 2,854,070주의 입고일은 2005. 3. 30.이고 그 이전인 2005. 3. 29. 원고가 보유하고 있던 주식 430,000주를 모두 매도하였으므로 2005.3. 30. 신주가 입고되었을 때에는 신주 2,854,070주만을 소유하고 있었으므로 결국 원고는 소외 회사 주식을 3% 이상 소유한 적이 없다.

3) 설령 원고가 2005. 3. 11. 3% 이상 보유 대주주에 해당하게 되었다고 하더라도 이는 다른 주주들의 유상증자 회피에 따른 실권주 발생 및 소외 회사의 일부 실권주 불발행 결의로 인한 것으로 원고로서는 자신의 의사와 무관하게 3% 이상 보유 대주주 가 되었다. 이러한 경우에는 일정기간 내에 주식을 처분함으로써 양도소득세의 과세대상이 되는 3% 이상 보유 대주주의 지위에서 벗어날 기회를 제공하는 예외규정을 두어 원고와 같은 선의의 피해자를 보호하여야 한다. 그러한 보호조치 없이 원고를 대주주 로 보고 양도소득세를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙에 반하여 위법하다. 뿐만 아니 라 소외 회사의 주식은 2005. 1. 21. 매매거래가 정지되어 같은 해 3. 22.에야 매매거래가 재개되었으므로 원고는 3% 이상 주식 보유를 회피할 수 있는 정상적인 방법이 없었으므로 더욱 그러하다.

4) 설령 원고가 2005. 3. 11. 3% 이상 보유 대주주에 해당하게 되었다고 하더라도 2005. 3. 31. 630,000주를 매도함으로써 3% 이상 주주의 지위에서 벗어났으므로 그 후인 2005. 4. 6. 이후의 양도에 관하여 양도소득세를 부과하는 것은 위법하고,3% 이상 대주주가 되었을 때 원고 주식수는 3,284,070주에 불과하므로 동 주식수에 한정하여양도소득세를 부과하여야 한다.

5) 원고는 고의적으로 양도소득세 신고를 회피한 것이 아니므로 가산세를 부과하는 것은 과잉금지원칙에 위배된다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 사실의 인정(원고의 주식 취득 및 양도 내역)

원고는 유상증자 등으로 2005. 3. 11. 현재 소외 회사의 주식 100,000,000주 중 3.28%인 3,284,070주를 소유하였고, 2005. 1. 21. - 2005. 8. 11. 기간 동안 총 4,789,290주를 협회중개시장(코스닥시장)을 통하여 아래 표와 같이 양도하였음은 갑 제 2호증의 기재와 앞서 든 증거들에 의하여 인정된다.

(아래 표 생략)

(2) 구체적 판단

(가) 원고의 1) 주장에 관하여

원고처럼 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식을 전혀 보유하지 아니한 경우에는 이후 당해 연도에 주식을 3% 이상 취득하였다가 매도하더라도 양도소득세의 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호를 제한하여 해석할 만한 합리적인 근거를 찾기 어렵고, 그와 같은 해석은 과세형평의 측면에서도 타당성을 인정하기 어렵다. 따라서 같은 호 제2문에서 말하는 '직전 사업연도종료일 현재 (지분율이) 100분의 3에 미달한 자'에는 '직전 사업연도 종료일 현재 주식 등을 전혀 보유하지 아니한 자'도 포함되는 것으로 해석함이 상당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 원고의 2) 주장에 관하여

앞서 든 증거들에 의하면, 원고는 신주인수의 납입기일로 보이는 2005.3.11.신주인수대금을 모두 납입한 사실을 인정할 수 있으므로 그 다음날 신주를 소유하게 되었고(상법 제423조 참조), 그 취득일은 「소득세법 시행령」 제162조 제1항에 따라 대금을 청산한 날인 2005. 3. 11.이다. 원고는 신주의 취득일인 2005. 3. 11. 이미 기존의 보유 주식 430.000주도 소유하고 있었으므로 2005. 3. 11. 이후에는 3% 이상 보유 대주주에 해당한다. 원고가 주장하는 신주의 주식입고일은 원고가 신주의 소유자가 되는 날 또는 「소득세법 시행령」 제157조 제4항 제1호 제2문의 "취득일"과는 원칙적으로 무관한 것으로 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다.

(다) 원고의 3) 주장에 관하여

유상증자 시 주주들의 실권을 금지하고 있지 않고, 회사의 실권주 불발행 결의도 금지하고 있지 않으므로 「소득세법 시행령」에 의하여 과세대상이 될 정도의 규모로 협회등록법인의 주식을 보유하고 있던 원고로서는 선주를 인수할 당시 자신의 주식 보유 비율에 변동이 생길 수 있음을 예상할 수 있을 것으로 보인다. 따라서 신주인수 과정에서 주식 보유 비율이 달라져 3% 미만에서 3% 이상 보유자가 된 경우 그 주주가 양도소득세 부과대상이 되지 않도록 그 지위에서 벗어날 기회를 반드시 제공하여야 할 합리적 이유를 찾기 힘들므로 그러한 보호조치 없이 원고를 대주주로 보고 양도소득세를 부과하는 것이 과잉금지의 원칙에 반한다고 할 수 없다. 그리고 아래에서 보는 바와 같이 일단 3% 이상 보유 대주주가 된 이상 그 이후에 주식을 매도하더라도 당해 연도에는 대주주로서 과세대상임에는 변함이 없으므로 매매거래정지조치의 존부는 그러한 원고의 지위에 아무런 영향을 주지 못한다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다.

(라)원고의 4)주장에 관하여

「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호 제1문에서 직전사업연도 종료일 현재 3% 이상의 지분을 보유한 경우 당해 연도에 양도하는 주식 전부에 대하여 대주주의 지위에서 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과하는 점에 비추어 볼 때, 같은 호 제2문에 따라 당해 연도 중에 3% 이상의 지분을 보유하게 된 경우 그 이후부터 당해 사업연도의 종료일까지 사이에 양도하는 주식 전부에 대하여 계속하여 대주주의 지위에서 양도한 것으로서 양도소득세의 과세대상에 해당한다고 봄이 상당하다. 즉, 직전 사업연도 종료일 현재 대주주에 해당한다면 당해 연도에 거래하는 모든 주식의 거래를 대주주로서 거래한 것으로 보는 것과 마찬가지로, 당해 연도 중에 대주주가 되었다면 그 이후 당해 사업연도 종료일까지 거래하는 모든 주식에 대하여도 대주주로서 거래한 것으로 봄이 타당하다. 1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 구 「소득세법 시행령」 제157조 제6항은 양도소득세 부과대상이 되는 대주주의 해당 여부를 주식을 양도하는 날 현재의 주식보유비율을 기준으로 개별적으로 판단하는 입장이었으나, 1999. 12. 31. 개정시 '직전 사업연도 종료일'이라는 특정 시점을 기준으로 대주주의 해당 여부를 판단하는 방식으로 개정되었는데, 이러한 입법 연혁도 위와 같은 해석을 뒷받침한다. 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 모두 이유 없다.

(마) 원고의 5) 주장에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결, 대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조).

이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3)소결

이 사건 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.