가. 청구법인은 OOOOO간 경량전철건설(이하 “경전철시설”이라 한다)과 관련하여 2003년 제1기～2004년 제1기 기간동안 제공받은 건설용역에 대한 대가를 지급하면서 지급한 부가가치세 매입세액 2003년 제1기 26,392,820원, 2003년 제2기 31,096,200원, 2004년 제1기 547,384,610원, 계 604,873,630원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하여 신고하고 쟁점매입세액을 환급받았다.

나. 처분청은 쟁점매입세액을 공제받지 못할 매입세액을 잘못 환급한 것으로 보아 2004.7.12. 청구법인에게 2003년 제1기 부가가치세 29,032,100원, 2003년 제2기 부가가치세 34,205,820원, 2004년 제1기 부가가치세 619,201,470원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.10.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

경전철시설은 사회간접자본시설에대한민간투자법(이하 “민간투자법”이라 한다) 제4조 제1호의 규정에 의한 방식(Build-Transfer-Operation, 이하 “BTO방식”이라 한다)으로 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설이란 것에 대하여 다툼이 없고, 무상사용권을 허여받는 대가로 그러한 사회간접자본시설(경전철시설)을 지방자치단체에 기부채납하는 것은 부가가치세 과세거래에 해당하는 것이며(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO OO OO), 이러한 기부채납 행위는 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의 2 규정에 의거 영세율이 적용되는 것이다.

기부채납과 기부채납 재산의 무상사용으로 인한 사업활동은 별개의 거래이므로, 기부채납한 후 동 시설을 이용한 사업이 면세사업이라는 이유로 부가가치세의 과세거래(조세특례제한법상 영세율 적용)가 면세거래로 바뀌는 것이 아니고, 전단계에서 부담한 매입세액을 후단계 거래의 과세여부에 따라 결정된다는 처분청의 논리는 거래단계별로 부가가치세 과세(영세율 포함)나 면세여부가 결정되는 부가가치세법의 기본원리에 반하는 것이므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 제105조 제1항 3의 2호에 부가가치세 영세율 적용범위를 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식(BTO방식)으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동 법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역으로 규정하고 있고, BTO방식으로 도시철도를 건설하여 면세사업에 사용시 국가 기부체납한 재산에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이며, 당해 시설물의 건설단계에서 부담한 매입세액은 공제되지 아니하는 것이므로(OOOOO OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO), 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

BTO방식으로 지방자치단체에 공급하는 경전철시설의 건설용역과 관련하여 지급한 쟁점매입세액이 매입세액공제대상인지, 아니면 공제받지 못할 매입세액인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제105조(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것)【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. (이하 생략)

3. 국가 지방자치단체 또는 도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사(부산교통공단법에 의한 부산교통공단을 포함한다)에 직접 공급하는 도시철도건설용역

3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역

(2) 조세특례제한법 제105조(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것)【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. (이하 생략)

3. 다음 각목의 1에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역

마. 사회간접자본시설에대한민간투자법 제2조 제7호에 의한 사업시행자

3의 2. 사회간접자본시설에대한민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역

(3) 조세특례제한법 부칙(2004.12.31. 법률 제7322호) 제23조【도시철도민간투자사업 시행자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대한 영세율 적용에 관한 적용례】제105조 제1항 제3호 마목의 개정규정은 이 법 시행전에 주무관청과 실시협약을 체결한 사회간접자본시설에대한민간투자법상 사업시행자에 대하여 부가가치세를 결정·경정 또는 다시 경정하는 분부터 적용한다.

(4) 부가가치세법 제22조(2003.12.30. 법률7007호로 개정되기 전의 것)【가산세】⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액(산식 생략)

(5) 부가가치세법 제22조(2003.12.30. 법률7007호로 개정된 것)【가산세】⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. (생략)

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

가. (생략)

나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하여 다음의 사실을 알 수 있다.

(가) 2002.12.13. OO산업개발 컨소시엄은 민간투자법에 따른 경전철시설 건설과 관련하여 OOOO OO시로부터 사업시행자 지정 및 실시협약을 체결하고, 2003.1.13. 동 사업을 시행할 사업주체로 청구법인을 설립하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 2003.1기～2004.1기(예정) 부가가치세 신고시 경전철시설과 관련된 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급받은 것에 대하여, “BTO방식으로 도시철도를 건설하여 면세사업에 사용시 국가 기부채납에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이며, 당해 시설물의 건설단계에서 부담한 매입세액은 공제되지 아니하는 것”이라는 재정경제부 예규(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)가 시달됨에 따라 쟁점매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 보아 이 건 부가가치세를 부과하였다.

(다) 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의 규정에 의하면, 2004. 12.31.이전에는 국가 등에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여만 영세율을 적용하도록 규정하였다가, 2004.12.31. 개정된 같은 법 제105조 제1항 제3호 마목에서 사회간접자본시설에대한민간투자법 제2조 제7호에 의한 사업시행자(이하 “민간투자사업자”라 한다)에게 직접 공급하는 도시철도건설용역에 대하여도 영세율을 적용하도록 하면서 동 규정 시행(2005.1.1.) 이전에 실시협약을 체결한 민간투자사업자에 대하여는 부가가치세를 경정 또는 다시 경정하는 분부터 적용(부칙 제23조)하도록 규정하여 2004.12.31. 이전 거래분에 대하여 소급 적용하도록 규정하고 있음을 알 수 있다.

(라) 위 2004.12.31. 개정된 규정에 따라, 경전철시설과 관련하여 청구법인과 건설회사간에 일괄도급계약으로 수행한 도시철도건설용역 부분은 건설회사가 수정세금계산서를 교부하고 경정(환급)청구하여 환급받은 것을 청구법인에게 지급하였는 바, 이 건 과세와 관련하여 청구법인은 아래<표>와 같이 쟁점매입세액중 사업관리비 및 법인운영비 등과 관련된 매입세액을 환급받지 못하는 결과를 초래하였고, 기 환급받은 세액에 대하여 신고불성실 및 납부불성실 가산세를 부담하였다.

OOOOOO OOOOOO OO OOOO OOOOOO

(OO O O)

(2) 쟁점매입세액에 대하여 매입세액공제대상으로 볼 것인지, 아니면 공제받지 못할 매입세액으로 볼 것인지 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 이 건과 같이 민간투자사업자에게 도시철도건설용역을 공급(기부채납)하는 경우 2004.12.31. 이전에는 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의 규정에 의한 영세율 적용대상이 아니고, 같은 항 제3호의 2의 규정에 의한 사회간접자본시설과 관련된 건설용역이고 과세거래로서 영세율 적용대상에 해당되므로 청구법인이 건설회사 등으로부터 공급받은 사회간접자본시설관련 건설용역(도시철도건설용역)은 기부채납과 별개의 거래로서 전단계의 매입세액은 공제대상이라고 주장한다.

(나) 그러나 부가가치세가 면제되는 도시철도운송을 영위할 청구법인이 경전철시설을 건설하여 지방자치단체에 기부채납하고 동 시설을 무상으로 면세사업에 사용할 것이라면 기부채납 당시 면세전용되는 것으로 봄이 타당하므로 면세와 관련된 전단계의 매입세액은 공제받지 못할 매입세액으로 봄이 타당하다. 따라서, 처분청이 쟁점매입세액에 대하여 공제받지 못할 매입세액으로 보아 이 건 부가가치세을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.