가. 청구인은 2002.10.31. 취득한 경기도 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2016.9.30. 양도한 후, 2016.10.14. 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산의 취득 당시 청구인의 계산서(토지분 OOO 수취금액 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 분양가액으로 보고 쟁점금액에서 부가가치세 환급액OOO원을 취득 당시 실지거래가액으로 하여 2017.7.17. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2017.9.19. 이의신청을 거쳐 2017.12.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 취득가액을 환산가액으로 한 청구인의 양도소득세 신고는 정당하다.

(가) 청구인은 쟁점부동산을 OOO원에 분양받았으나 분양계약서를 분실하여 취득가액을 환산가액으로 신고하였다. 쟁점부동산이 소재한 건물의 옆 건물 101-2호에 소재한 OOO는 쟁점부동산의 평당 분양가격이 OOO원이라고 확인서를 작성하였다. 또한, 쟁점부동산의 분양회사인 ㈜OOO은 쟁점부동산이 평당 OOO원)이었다는 확인서를 제출하였다. 처분청이 산정한 가액인 OOO원은 위 금액들에 비해 현저히 낮은 금액이므로 그에 따라 양도소득세를 경정함은 부당하다.

(나) 처분청은 쟁점부동산의 분양업자가 제출한 일부 계산서 및 세금계산서만으로 쟁점금액이 취득당시 실지거래가액이라는 의견일 뿐 그에 대한 객관적인 증빙자료는 제시하지 못하고 있다. 쟁점금액을 평당 가격으로 환산하면 OOO원 수준인데 신도시의 1층 상가의 분양가격으로는 지나치게 낮은 금액이다.

(다) 쟁점금액은 ㈜OOO이 잘못 신고한 가액이다. 「법인세법」 제121조 및 같은 법 시행령 제164조에 따르면, 법인이 재화나 용역을 공급하는 경우 계산서를 발급하여야 하나 예외적으로 부동산을 매각하는 경우에는 계산서 발급의무를 면제하고 있어 그에 대한 제재(가산세 부과)가 없다. OOO의 상가분양계약서를 보면, 통상 상가분양시 토지가액이 전체의 40～50%에 달하는데, 쟁점금액을 기준으로 하면 토지가액이 전체의 28.1%에 미치지 아니한다. 이러한 사정을 보면, 쟁점부동산의 분양시 ㈜OOO은 토지분에 대해 계산서를 적게 발급한 것으로 보인다.

(라) 청구인은 쟁점부동산을 취득하면서 2002.11.1. 잔금납입을 위해 OOO원을 대출받았다. 만약 처분청의 의견대로 쟁점금액(OOO원)이 분양가액이라면 잔금을 제외한 계약금과 중도금 등이 OOO원에 불과한데 이는 지나치게 적은 금액이므로 쟁점금액이 실제 분양가액이라고 보기 어렵다.

(2) (예비적 청구) 환산가액의 적용이 부적정하다 하더라도 쟁점부동산의 분양가액을 분양회사인 ㈜OOO의 대표이사가 확인한 가액인 OOO원으로 하고, 동 금액에서 부가가치세 환급액OOO원을 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액으로 하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산의 취득 당시 분양가액은 청구인이 세금계산서 등 수취금액으로 신고한 쟁점금액이고, 쟁점금액에서 부가가치세를 제외한 OOO원이 취득가액이다.

(1) 청구인은 2002.10.18. 쟁점부동산을 부동산임대사업장으로 등록하였고, 쟁점부동산의 취득시 부담한 부가가치세에 대한 조기환급을 2002년 11월·12월에 각각 신청하였다. 청구인은 그 당시 건물분 세금계산서 수취금액 OOO원(부가가치세 포함), 토지분 계산서 수취금액 OOO원의 합계인 OOO원을 신고하였다. 처분청은 청구인이 신고한 세금계산서 등 수취금액의 합계액인 OOO원(부가가치세 포함)을 쟁점부동산의 분양가액으로 보고 동 금액에서 부가가치세를 제외한 금액을 취득 당시 실지거래가액으로 산정하였다.

(2) 쟁점부동산(OOO, 전용면적 34.07㎡)과 같은 건물에 있는 OOO에 대한 부가가치세 및 양도소득세 신고내역에 따르면, 쟁점부동산과 전용면적이 동일한 OOO(전용면적 34.75㎡)의 세금계산서 및 계산서 수취금액 합계액은 OOO원(부가가치세 포함)으로, 쟁점금액(OOO원)과 별 차이가 없고, 201호의 경우 세금계산서 등의 수취금액(OOO원, 부가가치세 포함)에서 부가가치세를 제외한 금액(OOO원)이 양도소득세 신고시 취득 당시 실지거래가액으로 신고되었다. 이와 같은 제반 사정을 감안할 때, 청구인이 쟁점부동산의 세금계산서 및 계산서 수취금액으로 부가가치세 신고한 쟁점금액을 분양가액으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액이 불분명하여 환산가액을 취득가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액은 그 분양회사의 대표이사가 확인한 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액, 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나.가목 본문의 경우로서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정경정 및 통지] ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인 할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 법인세법

제121조[계산서의 작성ㆍ발급 등] ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

④ 부동산을 매각하는 경우 등 계산서등을 발급하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하지 아니한다.

(3) 소득세법 시행령

제89조[자산의 취득가액 등] ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

제163조[양도자산의 필요경비] ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 취득에 든 실지거래가액“이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2[추계결정 및 경정] ② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2.법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 양도 당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × [취득 당시의 기준시가 / 양도 당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도 당시의 기준시가)]

(4) 법인세법 시행령

제164조[계산서의 작성·교부 등] ③ 법 제121조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 토지 및 건축물을 공급하는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기부등본 기재내용은 아래 <표1>과 같고, 청구인이 쟁점부동산을 분양받아 2002.10.18. 부동산임대업을 사업자등록하고 부가가치세를 신고한 내용은 아래 <표2>와 같다.

(2) 처분청 제시자료에 따르면, 아래 <표3>과 같이 쟁점부동산(34.07㎡)과 동일한 층의 전용면적이 유사한 OOO(34.75㎡)의 세금계산서 등 수취금액이 각각 OOO원으로 비슷하고, OOO의 경우 세금계산서 등 수취금액에서 부가가치세를 제외한 금액을 취득 당시 실지거래가액(분양가액)으로 하여 양도소득세가 신고된 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 아래와 같은 입증자료를 제출하였다.

(가) 쟁점부동산을 분양한 ㈜OOO 및 쟁점부동산 인근에서 OOO가 작성한 확인서는 아래 <참고1> 및 <참고2>와 같다.

(나) OOO이 발행한 부채증명원에 따르면, 청구인은 2002.11.1. OOO대출 명목으로 OOO원 의 합계 OOO원을 대출받은 것으로 나타난다.

(다) 청구인은 쟁점부동산의 계산서(토지분)가 적게 발급되었다고 주장하면서 그 비교대상으로 2017.8.18. 분양된 경기도 OOO의 분양계약서를 제시하였고, 쟁점부동산과 비교대상 상가의 총분양가액 중 토지가격이 차지하는 비율은 아래 <표4>와 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

청구인은 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액이 불분명하여 환산가액을 취득가액으로 하여야 하고, 만약 취득 당시 실지거래가액이 불분명한 경우가 아니라면 그 취득가액은 분양회사의 대표이사가 확인한 가액으로 하여야 한다고 주장한다.

그러나, 청구인은 쟁점부동산의 취득 당시 건물분 부가가치세를 환급받기 위해 계산서 OOO원을 ㈜OOO으로부터 수취하였다고 과세관청에 신고하였고, 그에 따라 부가가치세를 환급받은 점,

쟁점부동산이 소재한 건물의 OOO 상가의 경우 그 소유자가 이를 양도한 후 세금계산서 등 수취금액을 분양가액(취득가액)으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타나는 점,

쟁점부동산 분양회사의 대표이사 확인서와 그 인근에 소재한 공인중개사의 확인서는 그 내용을 뒷받침하는 객관적 근거가 제시되지 아니하였을 뿐만 아니라 두 확인서상 평형(각각 18.57평 및 20평) 및 평당 분양가액(각각 OOO원)이 서로 상이하여 신빙성이 부족해 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 계산서와 세금계산서를 수취한 금액을 분양가액으로 보고 그 금액에서 부가가치세 환급액을 차감한 금액을 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.