가. 청구인은 OOOOO OO OOO OOOOOO 전 653㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2004.4.7. 취득하여 2008.3.10. (O)OO에 양도한 후 쟁점토지를 사업용토지라 하여 양도소득세율을 일반세율로 적용하여 양도소득세 11,604,020원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 소득세법 제104조의 3에 의한 비사업용토지에 해당된다 하여 60%의 양도소득 세율을 적용하여 2009.2.2. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 30,219,870원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2004.4.7. 다가구주택 및 근린생활시설의 신축목적으로 취득한 쟁점토지는 2001.1.29. OOOOO OOOOO OOOO 토지구획정리사업 시행인가를 받은 사업대상지 내의 토지로 환지처분이 진행중인 상태이었으며, 당초 동 토지구획정리 사업기간이 2000년 12월～2005년 12월로 예정되어 있었으나, 청구인은 2005년 4월경이면 건축행위가 가능할 것이라는 OOOOO OOO OOOO의 답변에 따라 최소한 2005년 12월 이후에는 건축이 가능할 것으로 믿고 쟁점토지를 매수하였다.

청구인은 쟁점토지를 매수한 후 2004.8.20. OOOO OOOOO 대표 OOO과 설계용역계약을 체결하였고, 2004.12.20. OOOO 대표 OOO와 건설공사 하도급계약을 체결하였으며 건축허가가 나면 즉시 시공할 생각으로 지반조성공사를 하던 중 관할행정관청인 OOOOOOOO의 제지로 공사를 중단하였는데, 동 토지구획정리사업이 대규모사업지구로 수차례 확대개편되면서 사업기간이 연장됨에 따라 쟁점토지에 대한 건축허가 및 착공신고가 지연되게 되었고, 2008년 2월경에 건축허가가 가능하다는 사실을 확인하고 건축허가신청을 하여 2008.2.20. 및 2008.2.21. 건축허가서 및 착공신고필증을 교부받았으나, 건축행위 가능기일이 지연됨으로 인하여 그 사이에 부동산경기가 악화되어 더 이상 건축행위를 진행하지 못하다가 2008.3.10. (O)OO에 쟁점토지를 양도하고 건축허가 명의를 이전하여 주었다.

청구인은 건축허가 주무관청인 OOOOO OOO 담당공무원의 말을 믿었다가 착공을 제때에 하지 못한 것이므로 최소한 당초 토지구획정리사업 종료예정일인 2005년 12월말부터 실제 건축행위가 가능하였던 2007.5.4.까지 1년 5개월간은 청구인의 의지와 무관하게 건축행위를 할 수 없었으므로 사업용 기간으로 인정하여야 한다.

그렇다면, 처분청이 사업용 기간으로 인정한 이 건 취득일부터 2006.4.7.까지 2년 기간은 물론 그 이후부터 건축행위가 가능하였던 2007.5.4.까지 1년 1개월, 그 이후부터 양도일까지 약 11개월도 사업용 기간으로 인정되는 것이 타당하므로 총 사업용으로 인정되는 기간은 약 4년으로 이는 토지 소유기간이 3년 이상 5년 미만인 쟁점토지는 소유기간중 3년 이상 양도일 직전 3년중 2년 이상을 사업용으로 사용하는 조건을 충족한다 할 것이므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 OOOOO OOO에 의해 OOOO 토지구획정리사업으로 도시개발이 진행중이던 토지를 취득한 경우로서 도시개발사업 또는 택지개발사업이 진행중인 토지를 취득한 경우 당해 토지는 소득세법시행령 제168조의 14 제1항 제1호의 규정에 의한 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당되지 아니하는 것이며,

소득세법시행규칙 제83조의 5 제1항 제5호 및 제8항에서 건축이 가능한 날부터 기산하여 2년간은 비사업용 토지로 보는 것이고, 또한 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우는 착공신고서 제출일)한 토지는 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행중인 기간을 사업용으로 사용한 기간으로 보고 있는 바,

쟁점토지의 경우 OOOOO OOOOOOO에게 최초 건축가능 시점을 문의한 결과, 2007.5.4.부터 건축이 가능하다는 회신을 받았고, 청구인은 2008.2.21. 건축허가서를 교부받았으며, 쟁점토지는 청구인의 소유기간이 3년 이상 5년 미만인 경우로서 소득세법시행령 제168조의 6에 따라 사업용 기간을 계산하여 보면, 총 보유기간중 사업용으로 사용한 비율이 약 72%로 비사업용 제외 기준 요건을 충족하지 못하므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지를 비사업용토지로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

(2) 소득세법시행령

(가) 제168조의 6【비사업용 토지의 기간기준】법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간.이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

(나) 제168조의 14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제104조의 3 제2항에 따라다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지 : 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제104조의 3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

5. 그 밖에 공익ㆍ기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

(3) 소득세법시행규칙 제83조의 5【부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제12조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

8. 「도시개발법」에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년

다. 사실관계

(1) 청구인은 2004.4.7. OOO과 공동으로 OOOOO OO OOO OOOOOO 전 1,306㎡를 각각 1/2 공유지분으로 매수하였고, 2007.12.11. 동 토지가 공유물 분할로 같은동 171-12 전 653㎡과 같은동 171-15 전 653㎡(쟁점토지)로 각각 분할되어 OOO과 청구인이 각각 소유권이전등기하였으며, 2008.3.10. 청구인이 쟁점토지를 (O)OO에 양도한 후 양도소득과세표준 신고시 사업용토지의 양도로 보아 일반 누진세율을 적용하여 양도소득세를 신고한 사실이 쟁점토지의 등기부등본 및 양도소득과세표준신고서 등에 의하여 확인된다.

(2) 2008년 11월 처분청은 OOOOO OOO 등의 관련 행정관청으로부터 쟁점토지가 소재한 OOOOO OO OOOOOO 일대지역에 대한 토지구획정리사업이 2001.1.29. 시행인가되어 사업완료일을2009.6.30.로 하여 사업이 진행중이었던 사실, 동 지역에 대한 건축가능시점이 2007.5.4.인 사실(OOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO, 2008.11.27) 및 2008.2.20. 청구인외 1인에게 쟁점토지 지상에 연면적 1,290.62㎡의 공동주택 건축허가를 득하고 2008.2.21. 착공신고필증을교부(2008-검단출장소-신축허가-25, 2008.2.21.)받은 사실 등을 확인하고,

소득세법시행령 제168조의 14 제1항 제1호·제4호 및 같은법 시행규칙 제83조의 5 제1항 제5호·제8호의 규정에 의하여 청구인의 쟁점토지 취득일부터 2년(730일, 2004.4.7.～2006.4.7.), 최초건축가능일부터 쟁점토지 양도일까지 10월 6일(311일,2007.5.4.～2008.3.10.), 합계 2년 10월 6일(1,041일)의 기간에 대하여 부득이한 사유가 있어비사업용토지로 보지 아니하는 기간으로 인정하는 한편,

같은법 제104조의 3 및 같은법시행령 제168조의 6 제2호에 규정한 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우로서 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간(3년, 쟁점토지는 2년 10월 6일으로 미충족), 양도일 직전 3년(2005.3.10.～2008.3.1.)중 1년을 초과하지 아니하는 기간[2년, 쟁점토지는 1년 11월 3일(2005.3.10～2006.4.7 및 2008.2.21～2007.5.4)로 미충족] 및 토지소유기간(1,433일)중 통산 20%를 초과하는 기간[80%(1,147일), 쟁점토지는 사업용토지로 사용한 정기간이 72.64%로 미충족) 중 사업용으로 사용하여야 하는 요건을 모두 충족하지 못한 것으로 보고 비사업용토지의 양도로 보아 이 건 과세한 사실이 처분청의 과세자료 등에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 매수할 당시 OOOOO OOO에서 동 지역에 대하여 토지구획정리사업을 시행중이었고, 당초 2005.12.31.이 사업종료예정일이었으나 시행기관의 사정으로 인하여 지연된 것이며, 청구인은 2005년 4월경에 건축행위가 가능할 것이라는 담당공무원의 말을 믿고 쟁점토지를 매수한 후, 설계용역 및 공사계약을 체결하여 지반조성공사 중 OOO의 제지에 따라 공사를 중단한 것으로 최소한 당초 토지구획정리사업 종료예정일이던 2005년 12월말부터 실제 건축행위가 가능한 시점인 2007.5.4.까지 1년 5월 동안은 청구인의 의지와 무관하게 건축행위를 법률상·사실상 할 수 없었으므로 신뢰보호의 원칙에 비추어 동 기간에 대하여 부득이한 사유가 있어 비사업용으로 보지 아니하는 기간으로 인정하여야 한다고 주장하면서 쟁점토지의 등기부등본, 사업계획서, 토지이용계획서,건축허가서, 착공신고필증, OOOO토지구획정리사업계획서, 건축설계계약서, OOOO 김윤화의 확인서, 입금표, 영수증 및 과태료고지서 등을 증빙자료로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 사업계획서 및 토지이용계획서를 보면, 2004.3.19. 청구인과 OOO이 인천광역시 서구 당하동 OOOO 토지구획정리 사업지구 116블록 2로트에 대지면적 1,306㎡에 건축연면적 1,720㎡의 지하 1층 지상 1층은 제1·2종 근린생활시설로 건축하고, 지상 2층, 3층은 단독주택을 건축하여 청구인 등이 입주하는 것으로 하여 착공예정일은 2005년 5월, 준공예정일은 2005년 12월로 되어 있으며,

설계계약서를 보면, 2004.8.20. 청구인외 1인과 OOOO 건축사사무소 OOO이 계약금액을 26,000천원(계약금 5,200천원, 기본설계시 10,400천원, 실시설계시 10,400천원 지급)으로 하고, 용역기간을 2004.8.20～2005.1.30.으로 하여 쟁점토지에 지하 1층 지상 3층의 건축설계용역계약을 체결한 것으로 되어 있고, 이 건 과세전적부심사시 증빙으로 제출된 건설공사하도급계약서를 보면, 2004.12.20. 청구인외 1인과 OOOO OOO가 계약금액을 16,000천원(공급가액은 54,000천원으로 기재)으로 하고, 공사기간을 2005.6.1.～2005.6.15.로 하여 부지정리(터파기, 흉관매설) 공사계약을 체결한 것으로 되어 있다.

(나) OOOO 토지구획정리사업계획서를 보면, 인천시 서구 원당·당하동 일원 0.943㎢ 지역에 사업비를 54,616백만원, 사업기간을 2000.12.～2005.12.로 하여 주택용지 944,776㎡, 공공시설을 포함한 상업용지 362,912㎡를 개발한다는 내용으로 2001.1.29. 사업시행인가를 하고, 2001.8.25. 지구단위계획 결정고시한 것으로 나타나며, 2003년 12월 현재 공정은 55%이고, 2005년 12월 사업준공예정으로 계획된 것으로 되어있고,과태료고지서를 보면, 2008.3.6. OOOOO OOO장이 청구인외 1인에게 국토의계획및이용에관한법률 제144조에 의거 청구인이 사업계획서대로 이행하지 아니한 부분에 대하여 과태료 및 범칙금 5,000천원을 고지하여 청구인 등이 납부한 것으로 나타난다.

(다) OOOO OOO의 확인서(2008.12.30.)를 보면, OOOOOOOOOOO OOOO라는 상호로 사업을 하였고, 부가가치세 체납으로인해 일시 휴업을 하였다가 사업재개 준비중 2004년말경 쟁점토지와 관련 하도급공사를 하기로 하였고 실제 사업이 개시되면 계약서를 재작성하기로 하고 가계약을 작성하고서 계약금 160만원을 지급받았으며,2005년 4월말경 건축허가를 받을 것으로 예상하고 장비를 투입하여 토지정지작업을 시작하였으나, 관할구청의 제지로 중단하고, 공사비는 기지급받은 금액으로 대체하였으며, 이후 몇차례 건축허가가 미루어지다 2008년 2월 건축허가를 받았다는 통보를 받고 부지정리 공사를 시행하였다는 등의 내용으로 되어 있고, 첨부된 입금표를 보면, 작성일자 미상일에 OOOO 김윤화가 청구인외 1인으로부터 1,600천원을 가계약금으로 지급받은 것으로 되어 있다.

(라) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴보면, 소득세법시행령 제168조의 14 제1항 제1호에서 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지의 경우 사용이 금지 또는 제한된 기간에 대하여는 비사업용토지로 보지 아니하나, 쟁점토지의 경우는 청구인의 취득일(2004.4.7.) 전에 국토의계획및이용에관한법률에 의한토지구획정리사업이 시행인가(2001.2.29.)되어 사업이 이미 시행중이었던경우이므로 위의 규정의 적용대상에 포함되지 아니하는 것으로 판단되고(OO OOOOOOOOO, 2008.10.31. 같은 뜻임),

또한, 청구인이 2004년 12월 OOOO 김윤화와 공사계약을 체결하고 부지정리공사를 진행중에 관할행정관청의 제지로 중단된 것이므로최소한 당초 사업완료예정일인 2005년 12월부터 최초 건축가능일까지 기간에 대하여 비사업용토지로 보지 아니하여야 한다고 주장하나,

OOOO OOO는 1995년 사업개시하여 1997년 폐업하였다가 2005.12.15. 사업자등록한 점으로 볼 때, 2004년 12월 당시는 사업자가 아니었던 것으로 보여지고, 당해 공사와 관련하여 계약금 1,600천원을 지급하였다는 증빙으로 제출한 입금표는작성일자가 기재되어 있지 아니하며, 이 건 과세전적부심사시 증빙자료로 제출한 공사계약서상 계약금액 16,000천원은 아래 란에 기재된 공급가액 54,000천원과 다른 점 등 청구인의 주장이 신빙성이 없는 점 및 청구인 등이 쟁점토지를 취득하기 이전에 이미토지구획정리사업이 시행중이었던 사실 등을 종합하여 볼 때,위와 같은 청구인의 주장 또한 받아들이기 어렵다.

(4) 그렇다면, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 소득세법시행령 제168조의 6 제2호에 정한 사업용토지로 사용한 기간요건을 충족하지 못한 것으로 보고 비사업용토지의 양도로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.