2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적 청구취지: 주문과 같다.

예비적 청구취지: 예비적으로, 피고가 2016. 5. 2. 원고에게 한 2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원(과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원 포함) 및 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 1973년 설립되어 선박과 해양구조물, 플랜트 및 엔진 등을 제조, 판매하는 법인이다.

나. SS지방국세청장은 2015. 4. 1.부터 2015. 10. 8.까지 원고에 대한 법인세 통합세무조사(이하 '이 사건 세무조사'라고 한다)를 실시한 후 피고에게 아래 표 기재 각 세무조사 적출사항을 반영하여 원고의 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지의 법인세를 경정ㆍ고지할 것을 통보하였다.

구분

조사항목

처분사유 1

원고가 선주사들과 선박건조계약을 체결하면서

선주사가 지정한 회사에 지급한 수수료는

업무무관비용에 해당하므로 손금불산입

처분사유 2

원고가 선박건조를 위해 조선소 내부에 설치한

안벽은 감가상각 대상 자산에 해당하지

않으므로 관련 감가상각비를 손금불산입

처분사유 3

원고의 특수관계법인에 대한 구상채권은 2006년경 소멸시효가 완성되어 이를 2010

사업연도에 대손금으로 손금산입한 것은

위법하므로, 관련대손금을 손금불산입

처분사유 4

원고는 HHMM중공업 주식회사가 원고가

보유한 상표를 사용하였음에도 그 상표권

사용료를 수취하지 않았으므로,

상표권 사용료 미수취금을 익금산입

처분사유 5

신고한 연구인력개발비 세액공제 중 세법상

요건을 충족하지 않은 부분 재계산

처분사유 6

기술개발준비금(연구인력개발준비금)

기타 처분사유

비업무용 부동산 관련 지급이자 손금불산입 등

기타 항목

다. 원고는 이 사건 세무조사 결과 중 처분사유 1 내지 3 및 기타 처분사유 중 일부에 대하여는 조기결정신청을 하였다. 이에 피고는 2015. 12. 3. 원고에게 2010 사업연도 법인세를 8,306,327,920원 증액경정ㆍ고지하고, 2011 사업연도 법인세를4,560,193,230원 증액경정ㆍ고지하는 처분(이하 '이 사건 증액경정처분'이라고 한다)을 하였다.

라. 원고는 2015. 11. 5. 처분사유 4, 5, 6 및 기타 처분사유 중 일부에 관하여 국세청에 과세전적부심사청구를 하였다. 이에 국세청장은 2016. 4. 21. 처분사유 5에 대해서는 일부채택 및 재조사 결정을, 처분사유 6에 대해서는 채택 결정을, 처분사유 4에 대해서는 불채택 결정을 하였다.

마. 피고는 위 과세전적부심사 결정에 따라 2016. 5. 2. 원고에게, 2010 사업연도 법인세 합계 5,189,706,000원[처분사유 4에 의하여 2010 사업연도에 8,621,346,845원의 상표권 사용료 미수취금이 익금에 산입되어 2,245,381,006원(본세 1,896,696,306원, 과소신고가산세 13,173,056원, 납부불성실가산세 335,511,644원)의 법인세가 증액되었으나, 처분사유 5 중 일부, 처분사유 6 및 기타 처분사유 일부로 인한 세액 감액 때문에 2010 사업연도 법인세는 5,189,706,000원이 감액되었다]을 감액경정ㆍ고지하고, 2011 사업연도 법인세 합계 3,673,674,230원(처분사유 4에 의하여 2011 사업연도에 9,633,707,200원의 상표권 사용료 미수취금이 익금에 산입되어 2,119,415,584원의 법인세가 증액되었으나, 처분사유 5 중 일부, 처분사유 6 및 기타 처분사유 일부로 인한 세액 감액 때문에 2011 사업연도 법인세는 3,673,674,230원이 감액되었다)을 감액경정ㆍ고지하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 감액경정처분'이라 한다).

바. SS지방국세청장은 과세전적부심사 결정에 따라 2016. 4. 26.부터 2016. 5. 25.까지 처분사유 5 중 나머지 일부에 대해 재조사를 실시하였고, 그 결과 피고는 2016. 6. 20. 원고에게 2011 사업연도 법인세를 2,079,250,687원을 감액경정ㆍ고지하는 처분(이하 '2차 감액경정처분'이라 한다)을 하였다.

사. 원고는 조세심판원에, 2016. 2. 26. 이 사건 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 2016. 7. 22. 이 사건 감액경정처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였다(위 2 사건은 병합하여 심리되었다).

아. 조세심판원은 2018. 11. 8. 이 사건 증액경정처분 중 처분사유 2, 3과 관련된 부분에 관한 원고의 심판청구를 인용하고, 이 사건 감액경정처분에 대한 심판청구는 '이 사건 감액경정처분이 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서는 세액이 감소한 이상 항고소송의 대상이 되지 않는다'는 이유로 각하하는 결정을 하였다(이하 '이 사건 행정심판'이라 한다).

자. 피고는 2018. 9. 20. 이 사건 행정심판이 계속되던 중 처분사유 1과 관련하여 2010 사업연도 법인세 446,936,704원과 2011 사업연도 법인세 610,255,557원을 직권으로 감액경정하였다(이하 '이 사건 직권감액경정'이라 한다).

차. 피고는 2018. 11. 15. 처분사유 2, 3과 관련하여 이 사건 행정심판 결과에 따라 2010 사업연도 법인세를 1,988,494,079원 감액경정하고, 2011 사업연도 법인세를 787,154,738원 감액경정하는 처분을 하였다(이하 '행정심판에 따른 감액경정'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 주위적 청구

1) 2010 사업연도 법인세의 경우, 처분사유 4에 의한 법인세의 증액은 위법하고, 처분사유 4에 의하여 증액된 세액은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 중이 사건 직권감액경정 및 행정심판에 따른 감액경정에 의하여 감액되고 남은 세액 속에 잔존하고 있으므로, 원고는 이 사건 증액경정처분 중 처분사유 4에 의하여 증액된 세액 2,245,381,006원의 부과처분에 대하여 그 취소를 구할 수 있다.

2) 2011 사업연도 법인세의 경우, 처분사유 4에 의한 법인세의 증액은 위법하고, 법인세에 관한 경정청구기간이 도과하기 전에 이 사건 증액경정처분이 있었으므로 이 사건 증액경정처분에 대한 항고소송에서 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초 신고한 세액에 대해서도 다툴 수 있으므로, 원고는 이 사건 증액경정처분 중 처분사유 4에 의하여 증액된 세액 2,119,415,584원의 부과처분에 대하여 그 취소를 구할 수 있다(이하에서는 이 사건 증액경정처분 중 처분사유 4에 의하여 증액된 2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원과 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 각 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

나. 예비적 청구

이 사건 감액경정처분 중 처분사유 4에 의한 법인세의 증액은 위법하고, 이 사건 감액경정처분의 경우 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 인정되므로, 원고는 이 사건 감액경정처분 중 처분사유 4로 인하여 증액된 부분(2010 사업연도 법인세 중 2,245,381,006원, 2011 사업연도 법인세 중 2,119,415,584원)에 대한 각 부과처분의 취소를 구할 수 있다.

3. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

1) 주위적 청구에 대하여

가) 2010 사업연도 법인세에 대한 이 사건 증액경정처분은 이 사건 감액경정처분, 이 사건 직권감액경정, 행정심판에 따른 감액경정에 의하여 681,191,140원을 초과하는 금액에 대하여는 이미 취소되었으므로, 이 사건 증액경정처분 중 681,191,140원을 초과하는 2010 사업연도 법인세 부과처분의 취소를 구하는 소는 이미 소멸된 법인세 부과처분에 대하여 다시 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

나) 2011 사업연도 법인세에 대한 이 사건 증액경정처분은 이 사건 감액경정처분, 2차 감액경정처분, 이 사건 직권감액경정, 행정심판에 따른 감액경정에 의하여 모두 취소되었으므로, 이 사건 증액경정처분 중 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 부과처분의 취소를 구하는 소는 이미 소멸된 법인세 부과처분에 대하여 다시 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

2) 예비적 청구에 대하여

감액경정처분은 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분으로 항고소송의 대상이 될 수 없으므로, 원고의 예비적 청구는 부적법하다.

나. 주위적 청구에 관한 본안 전 항변에 대한 판단

1) 관련 법리

증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조). 그런데 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제22조의2 제1항은 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리・의무관계에 영향을 미치지 아니한다."고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언 내용 및 그 주된 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다 할 것이다. 나아가 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2010두9808 판결 등 참조).

2) 판단

가) 이 사건 증액경정처분 중 2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원의 부과처분 취소 청구에 대하여 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 감액경정처분의 실질은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 일부를 취소한 것이 아니라 원고의 당초 신고 부분을 일부 취소한 것으로 볼 수 있고, 처분사유 4로 인하여 증액된 법인세는 이 사건 증액경정처분으로 증액된 2010 사업연도 법인세 8,306,327,925원 중 이 사건 직권감액경정 및 행정심판에 따른 감액경정에 의하여 감액되고 남은 세액은 5,870,897,142원의 한도 이내이므로, 원고는 처분사유 4의 위법이 있다면 처분사유 4로 인하여 증액된 2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원 전액의 취소를 구할 수 있다.

① 이 사건 감액경정처분은 이 사건 증액경정처분 사유인 처분사유 1, 2, 3 및 기타 처분사유와는 무관한 처분사유 4, 5, 6에 근거하여 이루어졌다.

② 피고는 2016. 5. 2. 이 사건 증액경정처분 사유인 처분사유 1, 2, 3 및 기타 처분사유와 전혀 무관한 처분사유 4, 5, 6과 관련한 과세전적부심사결정에 따라 이 사건 감액경정처분을 하였다.

③ 이 사건 감액경정처분 중 이 사건 증액경정처분의 처분사유와 무관한 처분사유 5, 6에 따른 감액은 이 사건 증액경정처분에 대한 쟁송절차와 무관하게 이루어진 것으로 볼 수 있으므로, 앞서 본 판례의 법리에 비추어 보면, 이는 이 사건 증액경정처분으로 증액된 세액의 일부를 감액한 것이라고 보기는 어렵고, 원고가 당초 신고한 세액의 일부를 감액한 것이라고 봄이 타당하다.

④ 이 사건 증액경정처분으로 인하여 증액된 세액 8,306,327,925원은 이 사건 직권감액경정으로 인하여 446,936,704원 감액되고, 행정심판에 따른 감액경정으로 1,988,494,079원 감액되어 5,870,897,142원이 잔존하고 있고, 이는 원고가 이 사건에서 취소를 구하는 2010 사업연도 법인세 2,245,381,006원을 초과하는 금액이다.

⑤ 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과하므로(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), 이 사건 증액경정처분 사유인 처분사유 1, 2, 3이나 기타 처분사유가 아닌 처분사유 4의 위법을 이유로 이 사건 증액경정처분으로 인하여 증액된 세액 일부의 취소를 구할 수 있다.

나) 이 사건 증액경정처분 중 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원의 부과처분 취소 청구에 대하여 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초 신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는 점(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등 참조), 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조), 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단인데도 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등을 고려하면, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 등 참조).

한편, 앞서 살펴본 구 국세기본법 제22조의2 제1항 규정의 문언 내용 및 그 주된 입법 취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 당초 신고나 결정에서의 세액에 관한 경정청구기간이 경과하지 아니한 경우 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액에 대하여도 취소를 구할 수 있다고 보아야 한다.

위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 피고는 2011 사업연도 법인세 법정신고기한인 2012. 4. 30.로부터 5년의 경정청구기간이 경과하기 이전인 2015. 12. 3. 원고의 2011 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 증액하는 이 사건 증액경정처분을 하였으므로, 원고는 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초 2011 사업연도 법인세로 신고한 세액에 대하여도 취소를 구할 수 있다. 그런데 원고가 이 사건에서 처분사유 4의 위법에 따라 취소를 구하는 세액 2,119,415,584원은 2011 사업연도 법인세로 당초 신고한 세액과 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액을 더한 금액에서 이 사건 감액경정처분, 2차 감액경정처분, 이 사건 직권감액경정, 행정심판에 따른 감액경정에 따라 감액되고 남은 세액 545,454,338,661원(갑 제4호증의 2, 을 제3호증의 11 경정결의서)의 한도 이내이므로, 원고는 처분사유 4의 위법이 있다면 처분사유 4로 인하여 증액된 2011 사업연도 법인세 2,119,415,584원 전액의 취소를 구할 수 있다.

다) 소결론

따라서 원고는 처분사유 4의 위법이 있다면 처분사유 4로 인하여 증액된 2010, 2011 사업연도 법인세 전액의 취소를 구할 수 있다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 주위적 청구에 관한 피고의 본안 전 항변은 이유 없다(주위적 청구에 관한피고의 본안 전 항변이 이유 없는 이상, 아래에서는 예비적 청구에 관한 피고의 본안전 항변에 대하여는 나아가 살펴보지 아니하고 주위적 청구에 대한 본안 판단을 하기로 한다).

4. 이 사건 처분의 적법 여부

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들, 즉 ① 조세심판원은 이 사건 행정심판 결정에서 처분사유 4에 의한 세액의 증액이 위법하다고 인정한 점, ② 피고 역시 처분사유 4에 의한 세액의 증액이 위법하다는 점에 대하여 이 사건에서 다투지 아니하고 있는 점, ③ 피고는 처분사유 4에 의한 세액의 증액이 위법하다는 전제에서 2012, 2013, 2014 사업연도 법인세 과세표준 중 상표권 사용료 미수취금을 익금에 산입한 부분을 감액경정한 점, ④ 원고는 HHMM중공업 주식회사로부터 상표권 사용료 등이 포함된 선박수주지원수수료를 지급받은 것으로 보이므로, 원고의 상표권 사용료 미수취금을 익금산입하여서는 안될 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 증액경정처분에 의한 법인세 증액 중 처분사유4에 의한 법인세의 증액은 위법하다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구는 이유 있으므로, 예비적 청구에 관한 판단 없이 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.