소득세법 시행령 제164조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 12. 26. 주식회사 XX전력에게 부산 해운대구 XX동 0000-0 주유소 용지 1390㎡(이하 '이 사건 주유소 용지'라 한다), 위 주유소 용지 지상 건물, 같은 동 0000-0 주차장 152㎡(이하 '이 사건 주차장 용지'라 한다, 이하 이 사건 주유소 용지와 이 사건 주차장 용지를 합하여 '이 사건 토지'라 한다)를 000원(= 이 사건 토지가격 000원 + 건물 가격 000원)에 매도한 후 2007. 7. 28. 피고에게 이 사건 토지의 양도가액을 이 사건 토지의 2006. 1. 1. 기준 개별공시지가 000원/㎡으로 적용하여 계산한 양도소득세 000원을 신고・납부하였다.

나. 피고는 감사원으로부터 "이 사건 주유소 용지는 2006. 11. 9. 공장 용지에서 주유소 용지로, 이 사건 주차장 용지는 2006. 12. 5 공장 용지에서 주차장 용지로 지목이 각 변경되었는데, 이는 토지 양도 직전에 지목이 변경됨에 따라 개별공시지가가 없는 경우에 해당하므로, 피고는 2 이상의 감정평가기관에 의뢰한 감정가액을 고려하여 평가한 금액을 양도가액으로 하여 원고에게 부족 정수한 양도소득세를 추가 징수하여야 한다"는 내용의 시정요구를 받았다

다. 피고는 한국감정원 동래지점(이하 '한국감정원'이라 한다)과 주식회사 OO감정평가법인 부산경남지사(이하 'OO감정평가법인'이라 한다)에 평가기준일을 2006. 12. 26. 로 하여 이 사건 토지에 대한 감정평가를 각 의뢰하였고, 2010. 7. 1. 원고에게 아래와 같이 위 감정평가기관에 의해 감정된 감정가액(이하 '이 사건 감정가액'이라 한다)의 산출평균액을 이 사건 토지의 양도가액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세 000원(= 양도소득세 000원 + 납부불성실가산세 122,974,665원)을 부과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였고, 감사원은 2011. 3. 24. 이 사건 처분 중 납부불성실가산세 122,974,665원을 적용하지 아니하는 것으로 그 세액을 경정하면서 원고의 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 신고 당시의 법령에 따라 양도소득세를 성실하게 신고・납부하였음에도 불구하고 그 신고로부터 4년이나 지난 현재 원고에게 이 사건 처분과 같은 거액의 양도소득세를 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.

2) 이 사건 감정가액은 인근 주유소 용지 및 인근 상업용 토지와 비교할 때 지나치게 높은 금액으로서 정당한 감정가액으로 볼 수 없으므로, 이를 기초로 산정된 이 사건 처분은 위법하다.

3) 피고는 이 사건 토지가 구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조 제1항 및 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제164조 제1항 제3호에 해당한다는 이유로 2 개 감정 평가기관에 감정을 의뢰하여 평가한 산술평균액을 이 사건 토지의 양도가액으로 하여 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건 토지는 기존에 개별공시지가가 있었으나 지목이 변경됨에 따라 개별공시지가가 없는 토지가 된 경우로서 이는 처음부터 개별공시지가가 없는 경우와는 다르므로, 구 소득세법 시행령 제164조 제3항을 적용하여야 할 것인데, 피고가 위 시행령 제164조 제1항을 적용한 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫째 주장에 대한 판단

살피건대, 과세관청은 양도소득확정신고기간 도과후에도 과세권이 제척기간에 걸리지 아니하는 한 언제든지 양도소득세 부과결정 또는 경정결정을 할 수 있으므로(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 참조), 원고의 주장과 같이 양도소득세 신고 이후 4년이 지난 시점에서 이 사건 처분을 하였다고 하여 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 '주장은 이유 없다.

2) 둘째 주장에 대한 판단

살피건대, 앞서 본 증거에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 한국감정원이 2006. 12. 26. 기준 이 사건 주유소 용지의 시가를 000원, 이 사건 주차장 용지의 시가를 000원으로 산정하고, OO감정평가법인이 이 사건 주유소 용지의 시가를 000원, 이 사건 주차장 용지의 시가를 000원으로 산정하였는바, 이와 같이 두 감정기관의 감정평가액이 거의 대등한 점, ② 이 사건 주유소 용지의 2007. 1. 1. 기준 개별공시지가가 000원으로서 감정인들이 평가한 감정가액과 큰 차이가 없는 점, ③ 원고가 매도한 이 사건 토지의 평당 매도 가격이 약 000원[= 매매가격 000원 ÷ (주유소 용지 1390㎡ + 주차장 용지 152㎡)]으로서 위 감정가액 보다 훨씬 높은 점에 비추어 보면, 위 감정가액은 정당한 것이라고 할 것이고, 위 감정 가액이 인근의 유사 용도 토지의 공시지가보다 높게 결정되었다는 사정만으로 부당하다고 할 수 없으므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

3) 셋째 주장에 대한 판단

구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 단서는 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제164조 제1항은 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목・이용상황 등 지가형성요인이유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 말한다고 규정하고 있으며, 위 시행령 제164조 제1항 제3호는 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「지적법」 상의 지목이 변경된 토지를 규정하고, 위 시행령 제164조 제3항이 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 규정하고 있다. 살피건대, 위 규정들의 취지를 종합해 보면, 이 사건과 같이 토지의 형질 및 용도변경으로 지목이 변경된 토지는 개별공시지가가 없는 토지로서 그 기준시가는 구 소득세법 시행령 제164조 제1항에 따라 이루어지고, 원고가 주장하는 위 시행령 제164조 제3항은 기준시가 있는 토지를 지목의 변경이 없는 가운데 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우 그 직전의 기준 시가를 적용한다는 것으로서 이 사건에 적용될 수 없는 것이므로, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.