2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제1호증 내지 제7호증의 8의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 인정된다.

가. 원고는 1995년도 2기분부터 1997년도 2기분까지의 부가가치세 과세기간 중 소외 두산종합식품 주식회사 등 곡물가공업체로부터 동 업체들이 외국에서 수입한 밀, 보리, 옥수수 등을 탈곡, 정맥, 제분하는 과정에서 부수되어 생산되는 밀기울, 소맥강, 옥피, 옥분배아 등(이하 ‘밀기울 등’이라 한다)을 구입하여, 별도의 가공을 하지 않은 상태로 소외 주식회사 우성사료 등 사료가공업체에게 합계 금 630,608,880원 상당의 밀기울 등을 판매한 후 이에 대하여는 면세로 신고하고, 소외 사선낙농영농조합법인 등에게 금 182,195,060원 상당 및 낙농가에게 금 182,195,000원 상당의 밀기울 등을 판매한 후 이 부분에 대하여는 매출신고를 누락하였다.

나. 이에 피고는 원고가 밀기울 등을 구입하여 판매하는 것은 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 보고, 낙농가에게 직접 판매한 부분에 대하여는 영세율불성실가산세를 적용하여 1998. 6. 3. 원고에 대하여 1995년 2기분 부가가치세 금 9,000,100원(영세율불성실가산세 19,800원 포함), 1996년도 1기분 부가가치세 금 4,802,860원(영세율불성실가산세 247,676원 포함), 1996년도 2기분 부가가치세 금 4,742,550원(영세율불성실가산세 361,081원 포함), 1997년도 1기분 부가가치세 금 20,366,810원(영세율불성실가산세 909,371원 포함), 1997년도 2기분 부가가치세 금 53,433,200원(영세율불성실가산세 1,399,266원 포함)을 부과 고지하였다.

2. 당사자의 주장

원고는, 원고가 곡물가공업체로부터 구입한 밀기울 등은 부가가치세가 면제되는 곡류를 원료로 하여 그 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 일차가공을 거쳐 식용에 공하는 곡물의 공급에 필수적으로 부수되는 재화로서 부가가치세가 면제되는 것이므로 원고가 사료가공업체 등에게 공급한 밀기울 등에 대하여 부가가치세를 부과하고, 낙농가에 공급한 밀기울 등에 대하여도 과세대상에 해당함을 전제로 영세율불성실가산세를 부과한 것은 위법하다고 주장한다.

이에 대하여 피고는, 부가가치세가 면제되는 주된 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 대하여도 부가가치세가 면제되기 위하여는 부수되는 재화가 주된 재화와 함께 공급되어야 하므로 이 사건에서와 같이 원고가 면세대상인 곡물의 공급에 필수적으로 부수되는 밀기울 등만을 별도로 구입하여 공급하는 경우는 부가가치세가 부과되어야 한다고 주장한다.

3. 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

부가가치세법(이하 ‘법’이라 한다) 제1조 (과세대상) ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 한다.

법 제12조 (면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면세한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리 나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

법시행령 제3조 (부수재화 또는 용역의 범위) 법 제1조 제4항 의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각 호에 게기하는 것으로 한다.

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

법시행령 제28조 (미가공식료품의 범위) ① 법 제12조 제1항 제1호 에 규정하는 가공되지 아니하는 식료품은 다음 각 호에 규정하는 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·건조·냉동 염장·포장 기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용에 공하는 것으로 한다.

1. 곡류

조세감면규제법 제99조 (부가가치세영세율의 적용) 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(중략)하는 농업용 축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 것

마. 사교관리법에 의한 사료 (중략)

나. 판 단

(1) 판단컨대, 원고가 공급한 밀기울 등이 밀 등의 곡류를 식용에 공하기 위하여 탈곡, 정미, 제분 등 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거치는 과정에서 필수적으로 부수되는 재화로서 부가가치세 면세대상인 법 제12조 제1항 제1호 에서 정한 가공되지 아니한 식료품의 공급에 필수적으로 부수되는 재화에 해당하는 것이기는 하다.

그러나 밀기울 등의 공급 자체가 법 제12조 제3항 이 정한 재화의 공급에 해당하는가에 관하여는 우선, 부가가치세의 과세대상은 재화나 용역 그 자체가 아니라 재화나 용역의 공급이고, 따라서 부가가치세가 면세되는 것도 특정한 재화나 용역 그 자체가 아니라 특정한 재화나 용역의 공급이므로 동일한 재화나 용역이라 하더라도 그것이 법령에서 면세대상으로 규정하고 있는 공급에 해당하지 않는다면 면세대상이라 할 수 없는데, 부가가치세 과세대상 및 면세대상을 규정하고 있는 법 제1조 제4항 및 제12조 제3항 의 규정에 의하면, 주된 재화나 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화나 용역은 주된 재화나 용역에 포함되어 주된 재화나 용역이 과세대상인 경우에는 별도로 과세가 되지 않고, 주된 재화나 용역이 면세대상인 경우에는 당연히 면세가 된다는 것이나 이는 주된 재화나 용역을 공급하는 자가 부수적인 재화나 용역을 공급할 경우에만 해당되는 것이고, 면세대상인 재화의 부수적인 재화에 해당되어 역시 면세되는 재화라 하더라도 이를 주된 재화와는 아무런 관련이 없이 독립하여 거래할 경우에는 법 제12조 제3항 이 정한 면세대상인 부수적인 재화의 공급에 해당하지 않게 되어 부가가치세 면세대상이 되지 않는다고 봄이 상당하다.

나아가 법 제12조 제1항 제1호 에 의하면, 그 공급을 면세대상으로 규정한 식용에 공하는 농산물은 국내에서 생산된 것이거나 수입된 것인가를 불문하지만, 식용에 공하지 아니하는 것으로서 그 공급이 면세대상이 되기 위하여는 국내에서 생산된 것이어야 하는바, 이 사건에 있어서 원고가 공급한 밀기울 등은 식용에 공하는 수입밀 등을 가공하는 과정에서 부수되어 나온 식용에 공하지 아니하는 농산물인바, 결국 이는 국내에서 생산된 것이 아니어서 그 공급을 부가가치세 면세대상이라고 할 수도 없다(원고가 들고 있는 대법원 1986. 10. 28. 선고 85누954 판결 은 국내에서 생산된 벼의 가공에 부수한 미강에 관한 것으로 미강은 국내에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물에 해당하므로 위 대법원판결을 이 사건에 그대로 적용할 수는 없다고 할 것이다).

따라서 원고가 공급한 밀기울 등이 부수적인 재화에 해당하는 것이기는 하나 부가가치세 면세대상에 해당하지 않는다고 보고 부가가치세를 부과·고지한 것은 적법하다고 할 것이다.

(2) 한편, 원고가 농가에 직접 공급한 밀기울 등에 대하여는 조세감면규제법 제99조 에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되지만 이 경우 세율이 ‘0’인 것을 제외하고는 부가가치세법상의 납세의무자인 것에 다름이 없어 일반 과세사업자가 부담하는 부가가치세법상의 모든 권리의무를 지게 되므로, 원고가 이 부분 매출을 누락하자 피고가 영세율불성실가산세를 부과한 것은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 황경남(재판장) 배호근 김귀옥

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