제1심 판결의 부가가치세 부과처분 부분 중 세금계산서 기재불성실 가산세와 그에 대한 가산금, 중가산금에 관한 부분 및 법인세 부과처분 중 증빙미수취 가산세와 그에 대한 가산금, 중가산금에 관한 부분을 취소하고, 원고의 이 부분 소를 각하한다.

이 사건 중 세금계산서 기재불성실 가산세와 그에 대한 가산금, 중가산금을 제외한 나머지 부가가치세 부과처분 부분을 서울고등법원에 환송한다. 나머지 상고를 기각한다.

1. 세금계산서 기재불성실 가산세 부분 등에 관한 직권판단

기록에 의하면, 피고는 이 사건 상고를 제기한 후인 2011. 7. 15. 이 사건 부가가치세 부과처분 중 세금계산서 기재불성실 가산세와 그에 대한 가산금, 중가산금에 관한 부분 및 이 사건 법인세 부과처분 중 증빙미수취 가산세와 그에 대한 가산금, 중가산금에 관한 부분을 직권취소한 사실이 인정되므로, 결국 원고의 이 부분 소는 이미 소멸하고 없는 처분에 대하여 취소를 구하는 것이 되어 그 소의 이익이 없어 부적법하게 되었다.

2. 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점에 관하여

원심판결 이유에 의하면, 원심은 채택증거를 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 실질적으로 운영하는 BBB귀금속 주식회사(이하 'BBB귀금속'이라 한다.)가 골드매니저 등 3개 사업자들로부터 공급가액 합계 0000원 상당의 금지금(이하 '이 사건 금지금'이라 한다.)을 매입하면서 교부받은 각 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다.)는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않고 이 점은 원고가 악의적 사업자의 조세포탈범행에 공모가담한 혐의로 유죄의 확정판결을 받은 사실이 있다고 하더라도 마찬가지라고 판단하였다.

관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 사실인정과 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 '사실과 다른 세금계산서'에 관한 법리오해의 위법이 없다.

3. 부당한 매입세액 공제・환급 주장이 신의성실의 원칙에 위배된다는 점에 관하여

(1) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라 한다.) 제15조는 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다."고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있는바, 수출업자인 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제・환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였음에도 불구하고 매입세액의 공제・환급을 구하는 것이라면, 이는 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 원고가 매입세액 공제・환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되므로 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조). 그리고 위와 같은 법리는 수출업자뿐만 아니라 구매확인서에 의하여 국내 영세율 매출을 함으로써 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제・환급받는 사업자의 경우에도 마찬가지로 적용된다고 할 것이다(대법원 2011. 7. 14. 선고 2009두19304 판결 참조).

다만, 영세율이 적용되지 않는 국내 과세사업자의 경우는 위에서 본 일련의 변칙적금지금 거래에 있어서 어느 한 단계를 차지하더라도 위 거래의 필수적인 존재가 아닐 뿐만 아니라 영세율이 적용되는 사업자와 악의적 사업자 사이의 도관역할 등을 할 뿐이어서 그의 매입세액 공제・환급을 인정하더라도 매출세액과 매입세액의 차액이 국가에 납부되므로 국고에 직접적 손실이 발생하지 아니하며, 또한 전단계세액공제제도의 근간을 유지하는 데에는 영세율이 적용되는 사업자의 매입세액 공제・환급을 제한하는 것으로 족하고, 더 나아가 그 중간 단계에 있는 과세사업자의 매입세액 공제・환급마저 부인하는 것은 국가가 부당한 이득을 취하는 결과에 이르게 된다는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 신의성실의 원칙은 국내의 과세거래에 관련된 매입세액의 공제・환급에 대하여는 적용될 수 없다고 할 것이다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두16367 판결,대법원 2011. 7. 24. 선고 2009두19304 판결 등 참조).

(2) 이러한 법리에 비추어 보면, 수출업자 겸 도매업자인 BBB귀금속이 이 사건 금지금 거래 중 영세율이 적용되는 수출이나 구매확인서 등에 의한 매출을 함에 있어 그 전에 있은 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 BBB귀금속에 대한 매입세액 공제・환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였음에도 불구하고 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액의 공제・환급을 구하는 것이라면, 이는 악의적 사업자의 부정거래에 편승한 BBB귀금속이 매입세액 공제・환급제도를 악용하여 악의적 사업자가 포탈한 매출세액의 일부를 이익으로 분배받고자 하는 것일 뿐만 아니라 전단계세액공제제도를 취하고 있는 부가가치세 제도 및 전반적 조세 정의의 근간을 훼손하는 것이 되므로 국세기본법 제15조가 규정하는 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다.

(3) 원심판결 이유와 기록에 의하면, 이 사건 금지금 거래에는 국내 과세거래 뿐만 아니라 영세율이 적용되는 수출이나 구매확인서 등에 의한 매출이 상당 부분 포함되어 있음을 알 수 있다.

그렇다면 원심으로서는 먼저 이 사건 부가가치세 부과처분의 내역을 심리하여 영세율이 적용되는 수출거래나 구매확인서 등에 의한 매출거래에 관한 매입세액의 공제・환급 부분과 국내 과세거래에 관한 매입세액의 공제・환급 부분을 구분한 다음, 전자에 관하여는 BBB귀금속이 그 거래를 함에 있어 위 법리에서 본 바와 같은 부정거래가 있었음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못하였는지 여부에 관하여 충분히 심리하여 BBB귀금속의 매입세액 공제・환급 주장이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부를 판단하였어야 할 것이다.

그럼에도 원심은 이러한 심리・판단을 하지 아니한 채 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다는 이유만으로 BBB귀금속의 매입세액 공제・환급 주장이 모두 허용되어야 한다고 보아, 피고가 BBB귀금속의 매입세액 공제・환급을 허용하지 않는 취지에서 원고를 BBB귀금속의 2차 납세의무자로 지정하여 한 이 사건부가가치세 부과처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 신의성실의 원칙에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 증빙미수취 가산세와 그에 대한 가산금, 중가산금을 제외한 나머지 법인세 부과처분 부분에 관하여

이 사건 상고장에는 이 부분도 상고대상으로 기재하고 있으나 상고장이나 상고이유서에 적법한 상고이유의 기재가 없다.

5. 결론

원심판결 중 부가가치세 부과처분 부분 전부와 법인세 부과처분 중 증빙미수취 가산세 및 그에 대한 가산금, 중가산금에 관한 부분을 파기하되, 이 사건 중 피고의 직권취소 부분은 대법원이 직접 재판하기에 충분하므로 자판하기로 하여 제1심 판결 중 피고의 직권취소 부분을 취소하고, 이 부분 소를 각하하며, 이 사건 중 세금계산서 기재불성실 가산세와 그에 대한 가산금, 중가산금을 제외한 나머지 부가가치세 부과처분 부분을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고는 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.