소득세법 제100조양도차익의 산정

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2001. 8. 9. ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○○번지 답 1,140㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 중 원고의 지분 342/1534를 기독교 대한성결교회 ○○○교회(이하 '○○○교회'라 한다)에게 양도하고, 2001. 12. 31. 피고에게 이 사건 토지의 실제 취득가액을 153,400,000원(원고의 지분에 해당하는 금액은 25,415,900원이다)으로, 실제 양도가액을 180,000,000원(원고의 지분에 해당하는 금액은 40,130,368원이다)으로 하여 양도소득세 1,871,830원으로 확정신고하였다.

나. 피고는 2005. 11. 17. 원고에게, 원고에 대한 조사 결과 원고가 신고한 이 사건 토지의 양도가액과 취득가액이 사실과 다르고, 제출된 계약서가 허위임을 이유로 이 사건 토지를 기준시가에 의하여 양도가액을 602,388,000원(원고의 지분에 해당하는 금액은 132,671,029원이다), 취득가액을 153,400,000원(원고의 지분에 해당하는 금액은 25,415,906원이다)으로 보고, 원고의 지분에 해당하는 양도소득세를 계산한 다음, 원고가 이미 납부한 금액을 차감한 나머지 41,871,510원을 부과하는 경정처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1,2호증, 을제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고를 비롯한 이 사건 토지의 공유자들은 실제로 이 사건 토지를 ○○○교회에 375,000,000원에 양도하였는 바, 위 교회의 예금거래기록 명세서, 재정장부, 헌금보고서 등의 기재에 의하여 이를 인정할 수 있고, 이 사건 토지를 실제로 258,750,000원에 ○○○으로부터 취득하였는 바, 이는 ○○○, ○○○의 확인서 등의 기재에 의하여 인정할 수 있거나, 설령 위 취득가액을 실지 거래가액으로 인정할 수 없다고 하더라도, 원고가 이 사건 토지를 취득하기 2월 전인 1991. 10. 8. ○○○이 ○○○ 주식회사로부터 취득한 232,000,000원을 매매사례가액으로 보아, 이에 의하여 취득가액을 인정하여야 함에도, 피고가 위와 같은 실지거래가액을 인정하지 않고 기준시가에 기초하여 이 사건 처분을 한 것은 실질과세원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

■ 구 소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것)

제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양로 인하여 발생하는 소득

제96조 (양도가액)

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

제100조 (양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

■ 구 소득세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것)

제176조의2(추계결정 및 경정)

① 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 인정사실

앞에서 든 증거들과 갑제3호증의 1, 4, 5, 갑제7, 8호증, 갑제9호증의 1 내지 4의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑제3호증의 3의 기재는 믿지 아니한다.

(1) 원고는 ○○○, ○○○, ○○○ 등 3인(그 후 ○○○이 1996. 3. 12. 자기 소유의 지분 일부를 ○○○에게 양도하여 공유자는 원고를 포함하여 5명이 되었다)과 함께, 1991. 12. 12. ○○○으로부터 분할 전 ○○시 ○○구 ○○동 ○가 ○○○번지 답 1,534㎡(그 후인 1994. 10. 27. 위 토지로부터 394㎡를 분할하고 남은 것이 이 사건 토지이다)를 매수하여 그 중 342/1,534 지분을 소유하고 있던 중 2001. 8. 9. 같은 날 매매를 원인으로 하여 ○○○교회 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

(2) 원고는 국세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판을 청구하며, 작성일자가 2001. 7. 9., 매도인이 ○○○외 4인, 매수인이 ○○○, 매매대금이 375,000,000원, 그 중 계약금 36,000,000원은 계약시에 지불하고, 잔금 339,000,000원은 2001. 8. 9. 지급하기로 하는 내용의 이 사건 토지에 대한 매매계약서를 제출하였는데, 부동산 중개업자로서 위 매매계약서를 작성한 ○○○는 중개사무소 운영과 관련한 위법행위로 수사받고 폐업하여 위 매매계약서의 진정성을 확인할 수 없다.

(3) ○○○교회 명의 ○○은행 계좌에 2001. 8. 9. 대출금 명목으로 2차례에 걸쳐 합계금 346,898,357원이 입금되었고, 같은 날 339,000,000원이 출금되었으며, ○○○교회의 2000년도 재정장부 및 2001. 8. 12. 헌금보고서에는 성전건축대지금 명목으로 375,000,000원이 기재되어 있으나, 한편 ○○○교회는 ○○은행으로부터 위 대출금을 포함하여 약 500,000,000원을 대출받았고, ○○○교회의 대표자 ○○○은 피고 산하 조사 담당 공무원에게 토지매입비용으로 약 500,000,000원을 지출하였다고 말하였다.

(4) 이 사건 토지는 왕복 4차선 도로와 연결되어 있긴 하나 대부분이 도로와 직접 닿지 않는 토지였는데, 2001년경 시세가 많이 올라 2001년도 공시지가는 595,080,000원(=1,140㎡ X 522,000원/㎡)이다.

라. 판단

양도소득세의 산정에 적용되는 구 소득세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항 제3호는 기준시가 과세원칙에 대한 예외로서 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의할 경우의 하나로, 양도자가 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우를 들고 있는 바, 이러한 신고가 없거나 신고가 있더라도 증빙서류의 제출이 없을 때 또는 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득가액 또는 양도가액 전부의 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여야 하고, 위 신고기간이 지난 후에는 실지거래가액이 확인되더라도 그에 의하여 양도차익을 결정할 수는 없다고 할 것이다.(대법원 2000. 7. 6. 선고 2000두1508 판결 참조)

살피건대, 위와 같은 법리에서 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류를 첨부하여 한 신고가 없거나, 신고가 있더라도 증빙서류의 제출이 없을 때, 또는 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득가액 또는 양도가액 전부의 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여야 하고, 위 신고기간이 지난 후에는 실지거래가액이 확인되더라도 그에 의하여 양도차익을 결정할 수 없다고 할 것인데, 원고는 당초 피고에게 이 사건 토지를 180,000,000원에 양도하였다고 신고하였다가 확정신고 기한이 지나고, 피고로부터 이 사건 처분이 있은 후 실제 양도가액이 375,000,000원이라고 주장하고 있어 원고가 당초 신고한 양도가액 180,000,000원은 허위임이 분명한 바, 설령 원고의 주장대로 이 사건 토지의 실지거래가액이 375,000,000원으로 확인되었다고 보더라도 그에 의하여 양도차익을 결정할 수는 없다고 할 것이고, 양도소득세를 산정함에 있어 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하고, 이를 기초로 하여 양도소득세를 계산한 이 사건 처분은 적법하다(또한, ① 위에서 본 바와 같이 원고는 허위의 양도가액을 신고하였을 뿐만 아니라 그 당시 375,000,000원에 관한 증빙서류를 제출한 바도 없는 점, ② 별다른 근거나 준칙 없이 수기로 작성된 교회장부와 한정된 기간에 해당하는 통장입출금 내역만을 가지고 거액의 실제 토지매매대금을 인정하기는 어려운 점, ③ 원고가 주장하는 이 사건 토지의 양도가액은 공시지가의 약 62.2%에 해당하는 금액으로서 공시지가가 시가에 비하여 낮게 평가되는 것이 일반적인 점에 비추어 보면 공시지가보다 낮은 가격으로 매매된다는 것은 극히 이례적인 점 등에 비추어 보면, 양도가액이 375,000,000원이라는 원고의 주장도 받아들일 수 없고, 구 소득세법(2001. 12. 31. 법률 제6557호로 개정되기 전의 것) 제100조 제1항에 의하여 양도가액을 기준시가로 계산할 경우 취득가액도 기준시가에 의하여야 하므로, 취득가액에 관한 원고의 주장도 더 나아가 살필 필요없이 이유없다.)

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.