2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 전기설비에 대한 검사와 점검업무 등을 수행하는 비영리공익법인인데, 2000. 5. 23. 그 노동조합과 사이에 '공공기관 퇴직금제도 개선지침 경영혁신 추진지침'에 따라 퇴직금 중간정산기준일을 1999. 12. 31.로 하는 퇴직금 중간정산에 대한 노사협약을 체결하였다. 다만, 원고가 위 기준일 무렵 재원을 일시에 확보하기는 어렵다는데 인식을 같이하여, 중간정산 퇴직원금은 2001년부터 분할하여 지급하되, 지연지급으로 인한 손해는 보전하기로 하면서 우선 2000년 지연지급분에 관하여는 연 8.5%의 이자율을 적용한 금액을 가산하여 지연보상금을 지급하기로 하였다. 이후 원고는 노동조합과의 협의를 거쳐 중간정산퇴직금 액수가 1000만원 미만인 자에 대하여는 전액을 일괄하여 지급하고, 1000만원 초과자에 대하여는 퇴직금 액수의 30%는 2001년에, 20%는 2003년에, 25%는 2005년에, 최종 25%는 2007년에 각 분할하여 지급하기로 하면서, 2001년 이후부터는 연 7%의 이자율을 적용하여 지연보상금을 지급하기로 하였다.

나, 이에 따라 원고는 2001. 1. 18. 중간정산 퇴직금을 신청한 직원들에게 퇴직원금 정산조로 32,349,084,940원, 지연보상금조로 463,792,300원을 각 지급하였고, 2002년에는 지연보상금조로 339,083,440원을 지급하였으며, 2003. 8. 14. 퇴직원금 정산조로 14,902,673,902원, 지연보상금조로 4,900,628,160원을 각 지급하였다.

다. 한편, 원고는 2000 사업연도에 7,813,940,210원, 2001 사업연도에 4,174,292,700원을 지급이자로 하여 장부에 계상한 후 이를 각 사업연도의 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다.

라. 이에, 피고는 2000 사업연도 7,813,940,210원과, 2001 사업연도 4,174,292,700원중 2001. 3. 18. 중간정산 퇴직금을 신청한 직원에 대한 지연보상금에 해당하는 2,544,830,190원은 국세청의 질의회신 등에 근거한 것이므로 원고가 장부에 계상한 대로 이자소득으로 하는 것이 타당하다는 과세전적부심사결과에 따라 이를 이자소득으로 보았다. 그러나 피고는, 2001. 3. 18. 중간정산 퇴직금을 신청하지 아니한 직원에 대한 지연보상금은 실제로 지급된 적이 없다는 이유로 그에 상당한 1,629,462,510원(이하 이 사건 지연보상금이라 한다)은 퇴직소득이라면서, 2005. 9. 21. 원고에 대하여 위 금원을 2001 사업연도 손금에 불산입하고, 2002 내지 2004 사업연도에 퇴직한 직원 등에게 실제로 지급한 지연보상금(2002년 40,333,490원, 2003년 699,786,000원, 2004년 44,753,280원)을 당해 사업연도의 손금에 각 산입하는 방식으로 법인세 과세표준을 경정하여 2002 사업연도 차감고지세액 591,543,740원(이는 2001 사업연도까지의 이월결손금이 2002 사업연도에 누적되어 있어 이월결손금을 조정한 결과이다)에서 2004 사업연도 환급세액 201,025,600원을 공제한 나머지 385,390,390원을 2002 사업연도 법인세로 부과·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제4 내지 7호증, 을 제1 내지 10호증(이상 가지번호 포함)의 각 기재

2 이 사건 처분의 적법여부

가 원고의 주장

원고는 퇴직금지급제도가 누진제에서 단수제로 변경됨에 따라 중간정산퇴직금을 지급하여야 했는데, 위 금원을 일시에 지급하기에 곤란하여 노동조합과의 합의를 토대로 위 퇴직금을 분할하여 지급하되, 그로 인한 손해를 전보한다는 의미에서 이자율 상당의 지연보상금을 지급하기로 하였다. 따라서 이 사건 지연보상금은 그 본질이 손해전보를 위한 것이므로 비록 소득세법에 퇴직소득으로 규정되어 있다 하여도 법인세법의 독자적 관점에 따라 이자소득으로 보아야 하므로, 피고가 이를 퇴직소득으로 보아 손금불산입 처리를 한 후 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

나. 판단

구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제44조 제2항 제3호에 의하면 근로기준법 제34조 제3항의 규정에 의하여 퇴직금을 중간정산 하여 지급한 때에는 이를 퇴직금으로 보아 손금에 산입하도록 하고 있고, 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되어 2001. 1. 1.부터 시행되는 것) 제42종의2 제1항 제5호에 의하면 퇴직급여지급규정·취업규칙의 개정 등으로 퇴직금지급제도가 변경됨에 따라 근로기준법 제34조 제3항의 규정에 의하여 퇴직금정산액을 지급하면서 퇴직금지급제도 변경에 따른 손실보상을 위하여 지급되는 금액을 퇴직소득으로 보도록 규정하고 있다.

그런데 위 인정사실에 의하면, 이 사건 지연보상금은 퇴직금지급제도가 변경되어 퇴직금중간정산을 실시하면서 중간정산금을 일시에 지급하지 못하고 이를 분할하여 지급함으로써 중간정산기준일과 실제 지급일간의 기간 동안에 발생한 손실을 전보하기 위한 것임을 알 수 있는바, 이는 퇴직금지급제도 변경에 따른 손실보상을 위하여 지급된 금액이므로 위 소득세법 시행령에 따른 퇴직소득에 해당하고, 소득세법 시행령에 위 금원의 성격에 관하여 별도의 규정을 두고 있는 이상 법인세법을 적용함에 있어 그 소득의 성격을 그와 달리 보아야 할 특별한 필요성이 있다고 하기도 어려우므로, 이 사건 지연보상금이 퇴직소득임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

제44조 (퇴직금의 손금불산입)

①법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직금은 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

②현실적인 퇴직에는 법인이 퇴직금을 실제로 지급한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

3. 근로기준법 제34조제3항의 규정에 의하여 퇴직금을 중간정산하여 지급한 때

제70조 (이자소득 등의 귀속사업연도)

①법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호와 같다.

2. 법인이 지급하는 이자등 : 소득세법시행령 제45조의 규정에 의한 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도, 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자등을 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 한다.

[소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되어 2001. 1. 1.부터 시행되는 것)]

제42조의2 (퇴직소득의 범위)

①법 제22조제1항에서 규정하는 퇴직소득은 다음 각호에서 규정하는 금액을 포함한다.5. 퇴직급여지급규정·취업규칙의 개정 등으로 퇴직금지급제도가 변경됨에 따라 근로기준법 제34조제3항의 규정에 의하여 퇴직금정산액을 지급하면서 퇴직금지급제도 변경에 따른 손실보상을 위하여 지급되는 금액