2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 독일 Lufthansa Tecknic AG(이하 ‘LHT'라 한다)로부터 항공기 부품을 수입하면서 구 관세법(2013. 1. 1. 법률 제11602호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제1호 , 구 관세법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제337호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 에 따라 관세를 전액 감면받아왔고, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항 제15호 , 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24683호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제8호 에 따라 부가가치세에 대하여는 면세 적용을 받아왔다.

나. 이후 2011. 7. 1.「대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정」(이하 ‘한-EU FTA'라 한다)이 발효됨으로써 원고가 LHT로부터 수입하는 항공기 부품 등에 대하여 관세 감면이 아닌 무관세가 적용될 수 있는 근거규정이 마련되었고, 이에 따라 원고는 2011. 7. 1. LHT를 비롯한 해외 거래처에 위 협정관세(무관세)를 적용받기 위하여 송품장 등에 수출자의 원산지 신고를 위한 일정한 문구[The exporter of the products covered by this document(customs authorization No ...(1)) declares that, except where otherwise clearly indicated, these products are of ... (2) preferential origin]를 기재해 줄 것을 요청하는 공문을 발송하였다.

다. 그런데 LHT는 담당자의 실수로 LHT가 한-EU FTA에 따른 협정관세 적용 대상 인증수출자가 아님에도 LHT의 세관인증번호(DE3227146)를 인증수출자의 세관인증번호(DE/3227/EA/0146)인 것처럼 잘못 기재한 송품장을 원고에게 발송하였다.

라. 원고는 2011. 7. 1.~2013. 2. 17. LHT로부터 다음과 같이 수입한 합계 941건의 물품 중, ① 2011. 7. 1.~11. 9. 수입한 138건에 대하여는 수입신고 시 「구 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」(2013. 1. 1. 법률 제11612호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘FTA 특례법‘이라 한다) 제10조 의 협정관세(무관세) 적용 신청 및 구 관세법 제89조 제1항 제1호 의 세율불균형품목 관세 감면 신청을 모두 하지 않았다가, ㉠ 2012. 5. 30. 그 중 75건(쟁점물품①)에 대하여 FTA 특례법 제10조 제3항 에 따라 협정관세(무관세) 사후적용 신청만을 하고, ㉡ 2012. 8. 1. 나머지 63건(쟁점물품②)에 대하여 협정관세(무관세) 사후적용 신청 및 세율불균형품목 관세 감면 신청을 하였고, ② 2011. 11. 10.~2012. 7. 3. 수입한 250건(쟁점물품③)에 대하여는 수입신고 시 협정관세(무관세) 적용 신청만을 하였고, ③ 2012. 7. 4.~2013. 2. 17. 수입한 553건(쟁점물품④)에 대하여는 수입신고 시 협정관세(무관세) 적용 신청 및 세율불균형품목 과세 감면 신청을 모두 하였다.

마. 피고는 2013. 4. 10.~5. 30. 원고에 대한 수입검증 서면조사 결과, LHT가 한-EU FTA에 따른 협정관세 적용 대상 인증수출자가 아님에도 원고가 쟁점물품 수입 건에 대하여 협정관세 적용을 신청한 사실을 확인한 후, 2013. 6. 27. 원고에 대하여 수입검증 서면조사 결과 통지를 하였는데, 그 중 쟁점물품 ①, ③에 관한 내용은 다음과 같다.

바. 원고는 2013. 6. 27. 피고에게 조사 결과에 대하여 이의가 없다는 내용의 회신을 하였고(을 제2호증의 1), 피고는 납세고지서 발급을 위한 최종 전산입력 과정에서 세액산정의 오류를 발견하여 기통지된 세액을 일부 변경한 후, 같은 날 원고에 대하여 관세 2,049,347,110원(= 쟁점물품① 2,043,322,150원 + 쟁점물품③ 6,024,960원), 부가가치세 2,935,521,880원(= 쟁점물품① 2,928,380,990원 + 쟁점물품③ 7,140,890원), 각 가산세 합계 1,057,656,500원(= 쟁점물품① 1,055,014,680원 + 쟁점물품③ 2,641,820원, 그 중 관세 가산세 334,581,380원, 부가가치세 가산세 723,075,120원)을 각 부과하였다(이하 관세 가산세 및 부가가치세 가산세의 각 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분을 받은 날부터 5일 이내인 2013. 7. 1. 관세법 시행령 제112조 제1항 제1호 에 따라 피고에게, 관세 본세에 관하여는 구 관세법 제89조 제1항 제1호 를 근거로, 부가가치세 본세에 관하여는 구 부가가치세법 제12조 제2항 제15호 를 근거로 감면 및 환급신청을 하였고, 피고는 같은 달 26. 위 관세 본세 및 부가가치세 본세를 원고에게 모두 환급하였다.

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 9. 24. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 4. 4. 기각결정을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증, 을 제1, 2, 4 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

가) 가산세는 본세의 신고·납부의무 등의 이행을 강제하기 위한 수단이므로 본세의 존재를 전제로 하여서만 인정될 수 있는 것인바, 사후감면·환급신청에 따라 관세 및 부가가치세 본세 전액이 감면·환급된 이상 이 사건 관세 가산세 및 부가가치세 가산세는 본세 없는 가산세에 해당하므로 이 사건 처분은 위법하다.

나) 이 사건 관세 가산세의 경우, 관세법 제42조 제1항 은 ‘관세액의 부족’을 관세 가산세 부과요건으로 규정하고 있는바, 사후감면신청에 따라 관세 본세 전액이 감면된 이상 결과적으로 ‘부족세액’이 존재하지 않게 되었으므로 이 부분 부과처분은 가산세 부과요건을 갖추지 못하여 위법하다.

다) 이 사건 부가가치세 가산세의 경우, 한-EU FTA에 따른 협정관세 적용이든, 세율불균형물품으로서 관세 감면 대상이든 모두 구 부가가치세법 제12조 제2항 제15호 에 따라 부가가치세 본세가 면제되므로, 원고는 당초부터 어떠한 신고·납부의무도 불이행한 것이 아니어서 LHT가 인증수출자인지 여부와 무관하게 부가가치세 가산세 부과처분은 위법하다.

라) 관세 가산세의 경우 ‘정당한 사유’는 국세 가산세보다 넓게 해석해야 하는 점, 제3자인 LHT의 책임범위 내에서 가산세 부과사유가 발생한 것이므로 원고에게는 의무 이행의 기대가능성이 없었다고 보아야 하는 점, 쟁점물품①, ③은 본래 관세가 면제되고 부가가치세 면세 적용을 받는 물품이므로 원고에게 요구되는 주의의무의 정도는 통상의 경우에 비하여 훨씬 낮다고 보아야 하는 점, LHT는 전세계에 항공기 부품 등을 수출하는 회사로서 원고로서는 LHT가 인증수출자 자격을 갖추고 있고 적절하게 업무처리를 하였다고 신뢰할 수 밖에 없었던 점, 원고가 과세관청의 잘못된 행정지도를 믿고 한-EU FTA에 따른 협정관세 적용 신청만을 하고 관세감면신청을 하지 않았던 점 등에 비추어 보면, 원고에게는 의무불이행에 대한 ‘정당한 사유’가 있다고 보아야 한다.

마) 이 사건 처분은 관세 가산세 및 부가가치세 가산세의 각 산출내역, 산출근거 등이 명확히 특정되지 않았으므로 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 가산세는 본세와는 별도의 세목으로서 가산할 국세의 납세의무가 성립하는 때에 독립하여 납세의무가 성립하고, 그 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 납세의무가 확정되는 점, 원고는 사후적으로 본세를 감면받은 것에 불과하여 부과처분 당시에 적법·유효하게 이미 이 사건 가산세 납세의무가 확정되었으므로, 본세가 부존재한 경우에 해당한다거나 사후적으로 위법하게 되었다고 할 수 없는 점, 본세의 산출세액이 없는 경우에는 가산세도 부과·징수하지 아니한다는 등의 특별한 규정이 없는 한 본세의 산출세액이 없다 하더라도 가산세만 독립하여 부과·징수할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 사후적으로 본세가 감면되었다고 하여 이 사건 가산세 납부의무가 부존재한다고 볼 수 없다.

나) 이 사건 처분 당시에는 관세의 부족세액이 존재하였음이 명백한바, 관세 가산세에 관한 원고의 주장에 따른다면 관련법령에 관세 및 가산세를 부과하여야 하는 근거규정이 존재함에도 과세관청이 향후 원고가 감면신청을 할 것을 예상하여 가산세를 부과하지 말았어야 한다는 수긍하기 어려운 결론에 이르게 되어 부당하다.

다) 가산세는 세법이 규정한 협력의무의 불이행에 대한 제재이므로, 단지 부가가치세 면세 적용이 동일한 조항에 근거하고 있다는 사정만으로 곧바로 협력의무 불이행이라는 법위반 상태가 소멸된다고 할 수 없으므로, 원고가 사후에 세율불균형물품 관세 감면신청을 하여 부가가치세가 감면되었다고 하더라도 협정관세 적용을 신청함에 있어서 이미 발생한 원고의 의무위반 사실 자체가 사라지는 것은 아니다.

라) 수출자가 인증수출자에 해당하여 협정관세를 적용받을 수 있는지 여부는 수입자가 확인하여야 하는 것이고 담당공무원의 행정지도에 의해 결정될 사항이 아닌 점, 협정관세 적용을 받는 경우와 세율불균형품목에 관한 관세 감면을 받는 경우는 농어촌특별세의 부담 여부에 있어 차이가 있으므로 주의의무의 정도가 통상의 경우에 비해 훨씬 낮다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고에게 의무불이행에 대한 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

마) 피고가 이 사건에 관한 과세처분을 하기 위해서는 각 수입물품에 관한 가산세를 일일이 계산하여 산출하여야 하므로, 개별 납세고지서를 작성하여 원고에게 고지하기 위해서는 상당한 기간이 소요될 수밖에 없었는데, 원고가 2013. 7. 1. 전에 처분이 완료될 수 있도록 협조해달라고 강하게 부탁하면서 직접 가산세 내역을 산출하였고 피고와 연락을 취함으로써 각각의 세액과 산출근거를 명확하게 이해하고 있었으므로, 납세의무자가 이 사건 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복 신청에 아무런 지장을 받지 않은 것이 명백한 경우에 해당한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 본세와 가산세의 관계

가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재로서, 개별 세법에 의하여 산출한 법인세 등 본세에 가산세를 가산한 금액을 본세의 명목으로 징수한다 하더라도 이는 징수절차의 편의상 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐 세법이 정하는 바에 의하여 성립·확정되는 본세와는 그 성질이 다르다. 그런데 가산세액을 구체적으로 산정함에 있어서는 본세 산출세액을 기준으로 하는 경우, 본세 납부세액을 기준으로 하는 경우, 본세 세액과 무관하게 산정하는 경우, 양자를 결합하여 산정하는 경우 등 다음과 같이 해당 법령에서 다양하게 규정하고 있다. 따라서 본세와 가산세가 그 법적 성질을 달리하고 별개의 부과처분이지만, 본세와의 관계(예를 들어 본세의 산출세액 또는 납부세액이 없는 경우 등)에서 개별 가산세액을 어떻게 산정하여 부과할 것인지는 가산세의 해당 근거법령의 구체적 규정 내용에 따라 결정되어야 할 문제라고 할 것이다( 대법원 2007. 3. 15. 선고 2005두12725 판결 등 참조).

2) 관세 및 부가가치세의 본세와 가산세의 관계

가) 구 관세법 제89조 제1항 은 세율불균형을 시정하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장이 지정하는 공장에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품을 제조 또는 수리하기 위하여 사용되는 부분품과 원재료 중 기획재정부령으로 정하는 물품에 대하여는 그 관세를 감면 할 수 있다고 하면서 제1호 에서 ‘항공기(부분품을 포함한다)’를 규정하고, 같은 조 제2항 의 위임에 따른 구 관세법 시행규칙 제35조 제2항 은 항공기제조업자 등이 항공기와 그 부분품의 제조 등을 위해 수입하는 부분품 및 원재료에 대한 관세의 감면율은 100분의 100으로 한다고 규정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법 제12조 제2항 은 다음 각 호의 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제 한다고 하면서 제15호 에서 ‘관세가 무세(무세)이거나 감면되는 재화로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고, 구 부가가치세법 시행령 제46조 는 법 제12조 제2항 제15호 에 규정하는 관세가 무세이거나 감면되는 재화로서 대통령령으로 정하는 것은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 재화로 한다고 하면서 제8호 에서 ‘항공기의 발착 및 항행의 안전에 필요한 기계·기구 및 그 부분품과 항공기의 부분품 및 지상정비용 기계·기구’를 규정하고 있다.

한편 구 관세법 제42조 제1항 은 세관장은 제38조의3 제1항 또는 제4항 에 따라 부족한 관세액을 징수할 때에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 징수한다고 규정하면서 ‘ 해당 부족세액의 100분의 10 ’( 제1호 ) 및 ‘ 해당 부족세액 × 당초 납부기한의 다음 날부터 수정신고일 또는 납세고지일까지의 기간 × 일정한 이자율’( 제2호 )을 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호 는 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액의 100분의 10 에 상당하는 금액을 가산세로 한다고 규정하고, 같은 법 제47조의4 제1항 제1호 는 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 ‘ 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 일정한 이자율‘( 제1호 )에 의한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있다.

나) 이 사건에 관하여 보건대, 피고가 원고의 쟁점물품①, ③ 수입 건에 대하여 관세 2,049,347,110원 및 가산세 334,581,380원, 부가가치세 2,935,521,880원 및 가산세 723,075,120원을 각 부과한 사실, 이후 원고는 피고에게 관세법 시행령 제112조 제1항 제1호 의 사후감면신청을 하여 구 관세법 제89조 제1항 제1호 , 구 부가가치세법 제12조 제2항 제15호 등에 따라 관세 2,049,347,110원 및 부가가치세 2,935,521,880원을 모두 감면·환급받은 사실은 앞서 본 바와 같다.

위 인정사실 및 관계법령에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ㉠ 구 관세법 제42조 제1항 은 해당 부족세액의 10/100에 상당하는 금액 및 해당 부족세액에 지연일수 및 일정 이자율을 곱한 금액을 가산세로 징수한다고 규정함으로써 관세 가산세는 납부세액을 기준으로 산정되는 점, ㉡ 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호 는 부가가치세 과소신고의 경우 과소신고한 납부세액의 10/100에 상당하는 금액을 가산세로 한다고 규정함으로써 부가가치세 가산세도 납부세액을 기준으로 산정되는 점, ㉢ 피고는 쟁점물품①, ③과 관련하여 구 관세법 제42조 제1항 및 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호 에 따라 관세 가산세 및 부가가치세 가산세를 산정하여 이 사건 처분을 한 점, ㉣ 그런데 피고는 원고의 사후감면신청에 따라 쟁점물품①, ③에 관한 관세 및 부가가치세를 모두 감면·환급해준 점 등에 비추어 보면, 피고가 쟁점물품①, ③에 관한 관세 및 부가가치세의 각 본세를 감면·환급해 줌으로써 원고의 납부세액이 존재하지 않게 되었으므로, 납부세액을 기준으로 산정되는 구 관세법 제42조 제1항 및 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호 에 따른 가산세 역시 존재하지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 있다.

다) 이에 대하여 피고는 처분 당시 본세의 납부세액이 존재하여 적법했던 이 사건 처분이 사후감면신청에 따라 본세가 전액 감면됨으로써 사후적으로 위법하게 될 수는 없다고 주장하나, 관세법 시행령 제112조 제2항 제1호 가 규정한 사후감면신청에 따른 감면효과를 같은 조 제1항 의 사전감면신청에 따른 감면효과와 다르게 볼 아무런 근거가 없으며, 쟁점물품①, ③ 관련 관세 및 부가가치세의 각 본세 역시 처분 당시에는 적법하였으나 원고의 사후감면신청에 따라 감면되어 취소된 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

또한 피고는 가산세는 그 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 납세의무가 확정되는 것이므로 이 사건 처분 시 이미 확정된 이 사건 가산세 납부의무가 사후감면신청 등으로 소멸될 수 없다고 주장하나, 조세채무의 확정이란 과세관청이 집행절차에 착수할 수 있는 상태에 있다는 조세절차법상 개념에 불과하여 납세의무자와 과세관청 사이의 조세실체법적 관계에 어떠한 영향을 미친다고 볼 수는 없고, 관세법 시행령 제112조 제2항 제1호 는 명시적으로 부과고지 이후의 감면신청을 규정하고 있으므로, 피고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3) 소결론

따라서 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 권순형(재판장) 문중흠 김정기

심급 사건

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