2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1, 3호증, 을1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○○에서 '금○○'라는 상호로 ○○카드 제조 및 임가공업을 영위하였다.

나. 원고는 퀸○○○○ 주식회사(변경전 상호 : 롯○○○ 주식회사, 이하 '퀸○○○'라고 한다)로부터, 발행일 '2003. 3.25.', 공급가액 12,933,330원(부가가치세 포함하면 14,226,663원)의 세금계산서 1매, 발행일 '2003. 5.30.', 공급가액 72,727,242원(부가가치세 포함하면 79,999,966원)의 세금계산서 1매 및 발행일 '2003. 6.10.', 공급가액 40,560,000원(부가가치세 포함하면 44,616,000원)의 세금계산서 1매(이하 위3매의 세금계산서를 합하여 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다)를 교부받고, 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는 2006. 4. 1. 원고가 퀸○○○○로부터 수취한 이 사건 각 세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서라는 이유로 위 공급가액 합계 126,220,000원(=12,933,330원 + 72,727,242원 + 40,560,000원, 1,000원 미만 버림)에 대한 매입세액을 불공제하여 산정한 2003년 제1기분 부가가치세 18,861,040원(가산세 포함)을 경정 · 고지하였다(이하 위 부가가치세 경정 · 고지를 '이 사건 부과처분'이라고 한다).

2. 원고의 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고가 수취한 이 사건 각 세금계산서는 실제 거래에 따라 작성된 것이므로, 이 사건 각 세금계산서상의 거래가 모두 가공거래임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하"매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만. 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여, 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항의 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부 받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이의 다툼이 없거나, 갑1, 2호증, 을3호증의 1, 2, 을4호증의 1 내지8, 을5호증의 1, 2, 3, 을6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

(1) 이 사건 각 세금계산서를 발행한 퀸○○○○의 명의상 대표이사는 조○○이었으나 실제운영자는 조○○였는데, 조○○는 큄○○○○ 뿐만 아니라 ○도 · 소매업을 영위하는 주식회사 남○○○(이하 '남○○○'이라고 한다), 주식회사 남○○○○○○(이하 '남○○○○○○'이라고 한다), 광○○○ 주식회사(이하 '광○○○'이라고 한다)를 실제로 운영하였다.

(2) 조○○는 쌍○○○, 남○○○○○○, 퀸○○○○가 실물거래 없이 매입처인 주식회사 케이○○○와 삼성○○○주식회사로부터 가공의 매입세금계산서를 교부받고, 매출거래처인 원고 및 주식회사 씨비○○, 주식회사 엘디○○, 주식회사 골드○○○ 등에게 가공의 매출세금계산서를 교부하였다는 혐의로 ○○세무서로부터 검찰에 고발되어 ○○○○지방검찰청에서 조사를 받게 되었는데, 검찰 조사 당시 문제가 된 세금계산서 중 일부는 실물거래라고 진술하였고, 조세범처벌법위반 등으로 기소되어 ○○○○지방법원 2004고합368, 2005고합2(병합),42(병합),49(병합)호로 재판을 받을 때에는 수수한 매입 · 매출세금계산서 중 일부는 실물거래라고 진술하면서 다만, 이를 특정하기 어려우니 양형조건으로 참작하여 달라고 진술하였으며, ○○○○지방법원은 2005.12.15. 조○○에 대하여 조세범처벌법위반(허위세금계산서 수수)에 대하여는 모두 유죄판결을 선고하였다.

(3) 조○○는 항소심인 ○○고등법원 2006노62(분리) 사건에서 보석으로 석방된 이후 세금계산서의 매입거래처가 주식회사 케이○○○, 삼성○○ 주식회사인 부분과 세금계산서의 매출거래처가 주식회사 베스○○○ 및 주식회사 케이○○, 주식회사 엘○○○, 주식회사 골○○○○ 부분은 실제로 거래를 하고 매입 · 매출세금계산서를 주고 받은 것으로 진술하였고, ○○고등법원은 2006.10.18. 조○○에 대한 조세범처벌법위반 중 세금계산서의 매입거래처가 주식회사 케이○○○○, 삼성○○ 주식회사인 부분과 세금계산서의 매출거래처가 주식회사 베스○○○ 및 주식회사 씨비○○, 주식회사 ○○금속, 주식회사 골드○○○ 부분에 대하여 무죄판결을, 이 사건 각 세금계산서의 수수행위를 포함한 나머지 부분에 대하여는 유죄판결을 산고하였고, 그후 2007. 2.15.위 판결은 확정되었다(대법원 2006도7681호).

(4) 원고는 이 사건 각 세금계산서의 발행일인 2003. 3.25. 14,226,240원, 2003. 5.30. 80,000,000원, 2003. 6.10. 44,616,000원을 퀸○○○○의 은행계좌로 각 이체하였다.

(5) 2003년도 제1기 동안 ○○○의 매입신고금액은 188,223,000원(퀸○○○○ 3매 126,220,000원, 광○○○ 1매 38,800,000원), 매출신고금액은 206,452,000원(대우○○○○주식회사 40매 882,564,000원 등)이다.

라. 판단

(1) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있는 것이므로 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이다. 그러나 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다.

또한 행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받은 것이 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 된다. 따라서 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다(대법원 1997.9.30. 선고 97다24276 판결, 1999.11.26. 선고 98두10424 판결 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 퀸○○○○가 원고에게 실물거래 없이 이 사건 각 세금계산서를 발행하였다는 사실은 관련 형사사건의 유죄판결로서 확정되었고, 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑4호증의 각 기재 및 증인 조○○, 공○○의 각 증언은 위 유죄확정판결에 비추어 믿기 어려우며, 원고가 이 사건 각 세금계산서의 발행일에 그 거래대금을 퀸○○○○의 은행계좌로 각 이체하였고 2003년도 제1기 동안 금○○의 매입신고금액이 매출신고금액에 거의 육박한다는 사정은 퀸○○○○와 가공거래를 한 업체들은 실제 거래로 위장하기 위해 그 대금을 무통장 입금 등의 방법으로 송금한 다음 수수료를 공제한 나머지 대금을 현금으로 반환받는 등의 방법으로 거래를 하여 왔던 점 등에 비추어 볼 때 위 형사판결의 사실판단을 배척하고 이 사건 각 세금계산서상의 거래가 실물거래라고 인정할 만한 자료로 삼기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 각 세금계산서는 실물거래 없이 수수된 것이라고 봄이 상당하므로, 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.