2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지및항소취지

피고가2003. 12. 20.(소장청구취지에기재된2003. 12. 10.은2003. 12. 20.의오기로 보인다) 원고에대하여한양도소득세2, 428, 019, 140원및증권거래세97, 760, 850원의부과처분을취소한다.

가.원고는▢▢▢온라인주식회사(이하 '소외회사'라한다)를설립・운영하던사람인바,소외회사의주식등변동상황명세서상원고가2000.에소외회사의주식3, 793, 140 주를제3자에게양도한것으로되어있었다.

나. 피고는, 2000. 귀속분으로 원고가 소외 회사의 주식 양도와 관련하여 양도소득세를 납부한 양도 주식 수가 위 주식등변동상황명세서상에 기재된 양도 주식 수 3, 793, 140주보다 2, 900, 500주가 적은 것을 발견하고 세무조사를 한 다음 167, 500주는 2000. 1. 19.에 양도한 것으로서 그 양도가액은 그 무렵의 매매사례가액인 1주당 4, 000 원으로 보고, 1, 458, 000주는 2000. 5. 8.에 양도한 것으로서 그 양도가액은 그 무렵의 매매사례가액인 1주당 7, 000원으로 보고, 나머지 1, 275, 000주는 양도일자가 특정되지 않고 양도가액도 확인할 수 없다는 이유로 매매사례가액을 누적 평균하여 1주당 5, 408 원을 양도가액으로 계산하여, 2003. 12. 20. 원고에게 2000년 귀속 양도소득세 2, 428, 019, 140원과 위와 같은 주식 양도에 따른 2000년 귀속 증권거래세 97, 760, 850원 을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정 근거] 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 3, 을 제5호증, 을 제6호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가.원고의주장

비상장 회사 주식의 양도와 관련하여 주식 양도의 실지거래가액이 확인되지 않을 때 비로소 매매사례가액 등 보충적인 방법으로 주식양도 가액을 정할 수 있는바, 원고의 소외 회사 주식 양도와 관련한 실지거래가액은 확인이 가능하므로, 실지거래가액을 기준으로 하여 양도소득세 및 증권거래세를 다시 산정하면 이 사건 처분으로 부과된 양도소득세액 및 증권거래세액보다 훨씬 적은 금액이므로, 이 사건 처분 중 정당하게 산정된 세금액수를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다는 취지로 주장한다.

나. 관계법령

다. 판단

소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제114조 제5항, 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제176조의 2 제1, 3항이 '양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다!는 취지로 규정하고 있어, 원고가 양도한 소외 회사 주식의 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또 는 확인할 수 있는 경우에는 매매사례가액 등에 의하여 양도소득세를 산정할 수 없다

그런데, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4 내지 10호증, 갑 제11호증의 1 내지 65, 갑 제12호증, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제14호증의 1 내지 26, 갑 제15, 16호증, 갑 제17호 증의 1 내지 15, 갑 제18호증의 1, 2, 갑 제19호증, 갑 제20호증의 2, 3, 갑 제21호증의 1 내지 16, 갑 제22호증의 1 내지 12, 갑 제23호증, 을 제7 내지 9호증, 을 제10호 증의 1, 2, 을 제11호증의 5 내지 8, 12 내지 20, 을 제12호증의 1 내지 3, 을 제13호 증의 1 내지 5, 을 제14호증의 1 내지 4, 을 제15호증의 1 내지 11, 을 제17호증, 을 제18호증의 1 내지 12, 을 제19호증의 1 내지 13의 각 기재, 이 법원의 동안양세무서, 영등포구, 서초구, 서초세무서, 강남구, 송파구, 안양시 동안구, 남원시, 성남시 분당구 에 대한 각 사실조회결과, 이 법원의 강남세무서, 동안양세무서, 영등포세무서, 삼성세무서, 송파세무서, 남원세무서, 강서세무서, 성남세무서에 대한 각 과세정보제출명령회신결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2000. 1. 1.에 소외 회사 주식 1, 349, 997주를 보유하고 있다가, 2000. 1. 19.에 300, 000주를, 2000. 1. 20.에 500, 000주를, 2000. 1. 31.에 723, 633주를, 2000. 2. 23.에 40, 000주를, 2000. 3. 19.에 2, 400, 000 주를, 2000. 3. 27. 에 1, 000, 000주를, 2000. 5. 경 에 20, 000주를 각 추가로 취득한 사실 , 원고가 2000. 1. 31.에 추가 취득한 723, 633원은 무상 증자로 취득한 것으로서 그 취득 가액이 '0'원이고, 2000. 1. 1. 당시 보유하고 있던 주식 및 위 무상증자로 취득한 주식 을 제외한 나머지 추가 취득한 주식들은 액면가인 500원에 취득한 사실, 원고는 2000. 에 별지 2. '2000년 주식 양도 내역' 기재와 같이 소외 회사의 주식 3, 793, 140주를 총 양도대금 4, 189, 339, 000원에 양도한 결과 2000. 12. 31. 원고가 보유한 주식은 2, 540, 490주0, 349, 997주+300, 000주+500, 000주+723, 633주+40, 000주+2, 4000, 000주 +1, 000, 000주+ 20, 000주-3, 793, 140주)가 된 사실, 한편 이와 같은 주식양도와 관련하여 원고는 양도가액 1, 280, 639, 000원 부분에 대한 증권거래세 전액과 양도소득세 49, 726, 900원을 자진 신고・납부하였고, 피고는 위 주식 양도와 관련하여 원고에게 총 231, 820, 400원의 양도소득세를 부과・고지한 사실을 각 인정할 수 있고, 위에서 인정한 주식의 취득가액 및 양도가액에 근거하여 원고가 2000.에 얻은 주식 양도 차익을 계산 하면, 그 금액은 별지 3. 양도차익 산정내역 기재와 같이 총 2, 654, 585, 500원(위 소득세법 시행령 제162조 제5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 계산 하였다)이 된다.

위에서 살펴본 바와 같이 원고의 주식 양도와 관련한 실지 취득가액 및 양도가액 이 인정되는 이상, 매매사례가액을 기준으로 하여 위 주식 양도와 관련한 양도소득세 및 증권거래세를 산정할 수는 없고, 위에서 인정한 실지 취득 및 양도가액을 기준으로 하여 양도소득세 및 증권거래세를 산정함이 상당한바, 이를 기준으로 하여 정당한 세액을 계산하면, 원고가 추가로 납부하여야 할 양도소득세액은 별지 4. 2000년 귀속 양도소득세 세액계산표 기재와 같이 271, 942원이 되고, 증권거래세를 납부하지 아니한 양도가액 2, 908, 700, 000원(총양도가액 4, 189, 339, 000원-납부한 부분 양도가액 1, 280, 639, 000원)에 대한 증권거래세액은 별지 5. 2000년 귀속 증권거래세 세액계산표 기재와 같이 15, 997, 850원이 된다.

따라서, 이 사건 처분 중 양도소득세 271, 942원, 증권거래세 15, 997, 850원을 초과 하는 부분은 부적법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 양도소득세 271, 942원, 증권거래세 15, 997, 850원을 초과 하는 부분은 부적법하여 이를 취소하고, 나머지 부분은 적법하여 이 부분에 대한 원고 의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.