2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2004. 12. 1. 원고에게 한 2002 사업연도 법인세 12,594,424,010원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

가. 위 이유란 제1항의 앞부분에 있는 "이 법원"(제2면 7행)을 "제1심 법원"으로 고쳐 쓴다.

나. 위 이유란 제2의 다.(2)(다)항 끝부분(제8면 맨 밑에서 두 번째줄)아래에 다음 주상 및 판단 부분을 추가하고, 그 다음의 "(라)"항을 "(마)"항으로 고쳐 쓴다.

"(라) 또한 피고는, 기업합리화적립금이 구 조세감면규제법 또는 조세특례제한법에 의한 법정적립금임에도 불구하고 원고가 이를 임의적립금의 일종인 별도준비금에 포함시켜 적립해 놓은 점, 기업합리화적립금은 그 사용목적이 반드시 이월결손금의 보전 또는 자본에의 전입으로 한정되어 있는데 비하여 별도준비금은 그 사용목적이 특별히 정해져 있지 않아 주주에 대한 이익배당의 형태로 사외유출까지 가능한 점, 구 조세감면규제법이 1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되면서 종전과는 달리 기업합리화적립금의 적립을 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제의 사전요건으로 규정해 놓은 점, 이에 따라 기업합리화적립금의 적립시기는 원칙적으로 세액감면 등을 받는 당해 사업연도이고 다만 처분가능이익이 적립할 기업합리화적립금에 미달하는 경우 등에는 예외적으로 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지인 것으로 보아야 할 것인 점등을 종합해 보면, 원고가 2001 사업연도에 임의적립금인 별도준비금 1,100억여 원을 적립한 것은 위와 같이 개정된 구 조세감면규제법 제123조에 따른 적법한 기업합리화적립금의 적립에 해당되지 않는다고 주장한다.

살피건대, 이 법원의 한국회계기준원에 대한 사실조회결과에 의하면, 임의적립금으로서 사용용도를 특별히 한정하지 않은 별도준비금의 적립으로 표시한 것은 법정적립금인 기업합리화적립금의 적립으로 볼 수 없다고 되어 있으나, 이는 기업의 외부 감사를 위한 회계처리에 관한 기준을 밝힌 것으로서 세법의 입법목적에 따른 조세 부과에 관하여 그대로 적용될 수는 없는 것이고, 위에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 특별부가세를 감면받은 후 이익잉여금이 처음으로 발생한 2001 회계연도에 1,100억여원을 별도준비금으로 적립한 다음 이 사건 처분 이전인 2004. 8. 9. 2003 회계연도까지 누적된 별도준비금 중 80억원을 기업합리화적립금으로 과목을 수정하기로 의결하고 이를 감사보고서 주석에 반영함으로써 위 2001 회계연도부터 기업합리화적립금에 상당하는 금액이 사외에 유출되지 아니한 채 그대로 사내에 유보되어 왔다고 볼 수 있으며, 또한 구 조세감면규제법이 1997. 12. 13. 법률 제5417호로 개정되면서 제1심 판결 이유란의 별지 관계법령 기재와 같이 법조항의 문언이 일부 달라지거나 새로운 조항이 추가된 사실은 인정되지만 그러한 사정만으로는 위 개정법률이 기업합리화적립금의 적립을 세액공제 등의 사전요건으로 규정하고 있다고 단정하기 어려우므로, 피고의 위 자중 역시 이유 없다."

다. 위 이유란의 별지 관계 법령 기재 중 제12면 24행 아래에 다음 부분을 추가한다.

"① 제5조 내지 제7조ㆍ제9조 내지 제11조ㆍ제20조ㆍ제25조 내지 제27조ㆍ제31조제7항 내지 제9항ㆍ제32조제8항ㆍ제34조ㆍ제37조ㆍ제45조ㆍ제46조ㆍ제50조ㆍ제51조ㆍ제53조ㆍ제54조ㆍ제88조ㆍ제93조ㆍ제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.(1997. 8. 30. 법률 제5402호로 개정되기 전의 것)"

2. 그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.